View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12010_low_2 (Length: 421)

Name: NF12010_low_2
Description: NF12010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12010_low_2
NF12010_low_2
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (5-403)||(2320504-2320902)
chr2 (17-403)||(2302803-2303189)
chr2 (5-403)||(2293184-2293588)
chr2 (5-403)||(2309515-2309919)
chr2 (17-403)||(2330073-2330459)
chr2 (5-403)||(2326358-2326756)
chr2 (7-400)||(2350376-2350775)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (188-248)||(41126540-41126600)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 5 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2320902 - 2320504
Alignment:
Q  5 ccttaactttcgtccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatcct 104  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2320902 ccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatcct 2320803  T
Q  105 tgtacctttcggacaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaact 204  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2320802 tgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaact 2320703  T
Q  205 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagac 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2320702 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaatagaatcctcagattccgatgcagttttgagac 2320603  T
Q  305 ggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320602 ggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 2320504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2303189 - 2302803
Alignment:
Q  17 tccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatccttgtacctttcgg 116  Q
    |||| ||||||||||| ||||  | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  2303189 tcctcgctcttatcagcggaagtagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaatccttgtaactttcgg 2303090  T
Q  117 acaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaactctttcaccaaaa 216  Q
     || |||| ||| |||||||||| ||  ||||| || | |||| || |||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  2303089 ccagaaattcagtatattgaatctgccgatatttaacataattgtcatttgcacacgctcaatatcactgatattctcatcgttaactctttcaccaaaa 2302990  T
Q  217 cacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagag 316  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2302989 cacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaaccgtgacagaatctgcagattccgatgcggttttgagacggttgatgagag 2302890  T
Q  317 tgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 403  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2302889 tgtgtaacacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggaaggatgaagtatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 2302803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2293588 - 2293184
Alignment:
Q  5 ccttaactttcgtccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatcct 104  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  2293588 ccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcaacaaaatcct 2293489  T
Q  105 tgtacctttcggacaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaact 204  Q
    |||| ||||||| || || | |||  ||||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2293488 tgtaactttcggccagaagttcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaact 2293389  T
Q  205 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatc------tgcagattccgatgcagttt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| ||||||      | | ||||| ||||||||||    
T  2293388 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttagttccgattctgatgcagttt 2293289  T
Q  299 tgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggag 398  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2293288 tgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacgaag 2293189  T
Q  399 ggtac 403  Q
    |||||    
T  2293188 ggtac 2293184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2309919 - 2309515
Alignment:
Q  5 ccttaactttcgtccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatcct 104  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| | ||||||||    
T  2309919 ccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcgacaaaatcct 2309820  T
Q  105 tgtacctttcggacaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaact 204  Q
    |||| ||||||| || |||| |||  ||||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2309819 tgtaactttcggccagaaattcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaact 2309720  T
Q  205 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatc------tgcagattccgatgcagttt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| ||||||      | | ||||| ||||||||||    
T  2309719 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttggttccgattctgatgcagttt 2309620  T
Q  299 tgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggag 398  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2309619 tgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcgaaagcaaggttacgacggag 2309520  T
Q  399 ggtac 403  Q
    |||||    
T  2309519 ggtac 2309515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2330459 - 2330073
Alignment:
Q  17 tccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatccttgtacctttcgg 116  Q
    |||| ||||||||||| |||| || |||||| ||||| || ||||| ||||||   ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  2330459 tcctcgctcttatcagcggaagcagaacatcttcttgatctttaagcaacttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaaaatccttgtaactttcgg 2330360  T
Q  117 acaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaactctttcaccaaaa 216  Q
     || |||| ||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330359 ccagaaattcagtatattaaatctgctaaaattcaacagaatcgtcctttgtacacgctcaatatcgttaattttctcatcgttaactctttcaccaaaa 2330260  T
Q  217 cacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagag 316  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330259 cacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaacagaatcctcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagag 2330160  T
Q  317 tgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 403  Q
    | || |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  2330159 tctgcagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttagatggatgaagcatctcggaggcgaggttacgacggagagtac 2330073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2326756 - 2326358
Alignment:
Q  5 ccttaactttcgtccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatcct 104  Q
    ||||||||| | ||||  |||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||  || | ||| |||| || ||||| ||| | |||||||| |||||||     
T  2326756 ccttaacttgcttcctccctcttatcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattgtttacgcaacaaaatcca 2326657  T
Q  105 tgtacctttcggacaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaact 204  Q
    || | |||| || || |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | || | ||||||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||||||    
T  2326656 tgcaacttttggccagaaatgcagtatattgaatctgctaaccttcaacaaaagtgtcctttgtacacgctcaatatcattaattttttcatcgttaact 2326557  T
Q  205 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagac 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||| |||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  2326556 ctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcaattttgagac 2326457  T
Q  305 ggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtac 403  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  2326456 ggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttggatggatgaagcatctcagaggcgaggttacgacggagggtac 2326358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 2350775 - 2350376
Alignment:
Q  7 ttaactttcgtccttgctcttatcagtggaaacaaaacatcctcttgttccttaagtaacttcaataactcctctcatcggttacgcaataaaatccttg 106  Q
    ||||||| | |||| ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||| || ||||| || |  || |||||||  |    
T  2350775 ttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttcccatcgtttgcaaaacaaaatccgag 2350676  T
Q  107 tacctttcggacaaaaatgcagaatattgaatcggctaatattcaatagaattttcctttgtaaacgctcaatatcactgcttttctcatcgttaactct 206  Q
    || |||| || || ||||  |  |||||||||  | ||| | |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2350675 taacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactct 2350576  T
Q  207 ttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattcc------gatgcagttttg 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    ||||| |  | |||  ||| | |||| || | ||||      ||||||||||||    
T  2350575 ttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctgtttccaattcggatgcagttttg 2350476  T
Q  301 agacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggaggg 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  2350475 agacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggaggg 2350376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 41126600 - 41126540
Alignment:
Q  188 ttttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcata 248  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  41126600 ttttatcatcattaactcgttcaccaaaacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcata 41126540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University