View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12017_high_1 (Length: 794)

Name: NF12017_high_1
Description: NF12017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12017_high_1
NF12017_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-780)||(15661939-15662701)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 15662701 - 15661939
Alignment:
Q  18 ataatttattgcattctgcagcaatgttagcaccgcctgatcgtctcaatatagtctcgggagcagctttacaaatgatgcttgaattatcatggtttga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662701 ataatttattgcattctgcagcaatgttagcaccgcctgatcgtctcaatatagtctcgggagcagctttacaaatgatgcttgaattatcatggtttga 15662602  T
Q  118 ggtatatatagtatacatatatgtttttctatctcatataaaaatacgaatcatatgatagatttcatgaagtaataagtttacatacagaataatacat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662601 ggtatatatagtatacatatatgtttttctatctcatataaaaatacaaatcatatgatagatttcatgaagtaataagtttacatacagaataatacat 15662502  T
Q  218 atgtcatcgatttggcaggaggtgaaaaagaacatgcagccacatatgattgaaatgaaaaattctgaaggaatgacacctcgcgaactatttaccaaag 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662501 atgtcatcgatttggcaggaggtgaaaaagaacatgcagccacatatgattgaaatgaaaaattctgaaggaatgacacctcgcgaactatttaccaaag 15662402  T
Q  318 aacatgctgaattgcttaaaaaaggagagtcatggatgaagcaaacagcgaattcttgtatggttgtttcgactctcattgcaactggagtgttttcagc 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15662401 aacatgccgaattgcttaaaaaaggagagtcatggatgaagcaaacagcgaattcttgtatggttgtttcgactctaattgcaactggagtgttttcagc 15662302  T
Q  418 tgcatttagcttaccaggtggaaacaatgataacacagaatctcctaattatttagataagcctgcattcctcgtatttgctttatccgactccatggca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662301 tgcatttagcttaccaggtggaaacaatgataacaaagaatctcctaattatttagataaacctgcattcctcgtatttgctttatccgactccatggca 15662202  T
Q  518 cttatctcgtcttcaacttcaatcttgatatttctatccatccttatctcgcgatatgcggagcaagattttctcaagtcactgcctttgaagttgatat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662201 cttatctcgtcttcaacttcaatcttgatatttctatccatccttatctcgcgatatgcggagcaagattttctcaagtcactgcctttgaagttgatat 15662102  T
Q  618 ctggactagtggcattgtttgtgtctataatcagcatgatgatagcatttagtagtgctttctacataacatattatcatggtttgaaatgggttcctaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662101 ctggactagtggcattgtttgtgtctataatcagcatgatgatagcatttagtagtgctttctacataacatattatcatggtttgaaatgggttcctaa 15662002  T
Q  718 ttttatttctgttcttgcatttttaccgataccgttgtttatatgtttacagttttctctgtg 780  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15662001 ttttatttctgttcttgcatttttaccgataccgttgtttatatgtttacagttttctctgtg 15661939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University