View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12019_high_12 (Length: 390)

Name: NF12019_high_12
Description: NF12019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12019_high_12
NF12019_high_12
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-373)||(11117741-11118108)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (75-373)||(25523228-25523526)
chr6 (70-365)||(24140436-24140731)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (78-373)||(8522701-8522996)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (78-373)||(42117330-42117625)
chr5 (72-373)||(42123078-42123379)
chr5 (78-373)||(34232990-34233285)
chr5 (78-373)||(34240763-34241058)
chr5 (91-374)||(41713768-41714051)
chr5 (78-373)||(42128472-42128767)
chr5 (138-209)||(41444107-41444178)
chr5 (162-310)||(41572300-41572448)
chr5 (162-310)||(41617939-41618087)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (78-361)||(12248049-12248332)
chr2 (78-361)||(11994597-11994880)
chr2 (71-211)||(32682106-32682246)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 11118108 - 11117741
Alignment:
Q  6 actcaactgattggggatagcagcttgcaatatgtggacaagtcgtttgatggttactacacagaatactcagattctgtgactgtggcaacaaaaggga 105  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  11118108 actcaactgattggggatagcaacttgcaatacatggacaagccgtttgatatgtcctacacagaatactcagattctgtgactgtggaaataaaaggga 11118009  T
Q  106 acaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaaggggagattccaaatgctattggtgagcttca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11118008 acaaaatgacactggtgaaaattccaataaagttagtaagtattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattacaaatgctattggagagcttca 11117909  T
Q  206 tgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgacatacatagaatctttggatctttcctca 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  11117908 tgcactcaaagggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatctttcatca 11117809  T
Q  306 aatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||    
T  11117808 aatatgttaaccagtgtgattcctgcagaattaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttc 11117741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 75 - 373
Target Start/End: Original strand, 25523228 - 25523526
Alignment:
Q  75 tcagattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaag 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25523228 tcagattctgtgactgtggcaacaaaagggattcaaatgaaattggtgaaaattccaataaagtttgtatctattgatttttcaagaaacaaatttgaag 25523327  T
Q  175 gggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaactt 274  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  25523328 gagagattccaaatgctattggagagcttcatgcactcaaagggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaactt 25523427  T
Q  275 gacatacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| || |||||||    
T  25523428 gacatacttggaatctctggatctttccctgaatatgttaaccggtgtgattcctgcggaattaaccaatttaaactttcttgaagtcatgaatctttc 25523526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 70 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 24140731 - 24140436
Alignment:
Q  70 aatactcagattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatt 169  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24140731 aatactcaaattctgtgactgtggcaacaaaagggaccaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatatgtcaagaaacaaatt 24140632  T
Q  170 tgaaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaatagga 269  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||   |||||||||||| |||||||||||| | || || |||    
T  24140631 tgaaggagagattccaaatgctatcggagagcttcatgcactcaaagggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcgga 24140532  T
Q  270 aacttgacatacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttg 365  Q
    || ||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||  ||||| |||||||    
T  24140531 aagttgacatacttggaatctttgaatctttcatcaaatatgttaaccggcgtgattccttcggaattaaccaatatgaacagtcttgaagtcttg 24140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 78 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 8522996 - 8522701
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  8522996 gattctgtgattgtggcgacaaaagggaacaaaatgaaactagtgaaaattccaaacaactttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggcg 8522897  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||   |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8522896 agattccaaagattattggtgagcttcatgcaatcatagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattcccaaatccataggaaacttgac 8522797  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||| |  ||  ||||| |||||||||||||||    
T  8522796 atacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccgatgtgattcctttggaattaaccaatcttaacagtcttgaagtcttggatctttc 8522701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 78 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 42117625 - 42117330
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||| || |    
T  42117625 gattctgtgattgtgtcgacaaaagggagcaaaatgacattggtgaaaattccaaacatttttgtaattattgatttgtcaaaaaacaaatttgagggag 42117526  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| |    
T  42117525 agattccaaatgctattggagacctccatgcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaacttgtc 42117426  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    | || | ||||| |||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||    
T  42117425 aaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgcttaccggtatgatccctgcagaattaaccaatttagactttcttcaagtcttgaatctttc 42117330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 72 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 42123379 - 42123078
Alignment:
Q  72 tactcagattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttg 171  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  42123379 tactctgattctgtgaccgtggcaacaaaaggaaccaaaatgacactcgttaaaattccaaaaaagtttgtaagtattgatatgtcaagaaacaaatttg 42123280  T
Q  172 aaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaa 271  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| | ||||||||| |||||   ||||||||| |  |||| ||||||| | ||||| ||| |    
T  42123279 aaggagagattccaaatgctattggaaagctacatgcactcatagggcttaacctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggata 42123180  T
Q  272 cttgacatacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctt 371  Q
    |||| || || | ||||  |||||||| || ||||||||| | || | | |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||    
T  42123179 cttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatgctcactgatgtgattcctgcagaactaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatt 42123080  T
Q  372 tc 373  Q
    ||    
T  42123079 tc 42123078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 78 - 373
Target Start/End: Original strand, 34232990 - 34233285
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || |    
T  34232990 gattctgtgactgtggcaaacaaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggag 34233089  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
      |||||||||| ||| || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| || |||| ||||||  | || |||  |||||||||    
T  34233090 gaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgac 34233189  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    | || | ||||| |||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||    
T  34233190 aaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttc 34233285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 78 - 373
Target Start/End: Original strand, 34240763 - 34241058
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || |    
T  34240763 gattctgtgactgtgacgacaaaaggcatcaaaatgacactgacgaaaattccaacaatgtttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggag 34240862  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
      |||||||||| ||| || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||| || |||| ||||||  | || |||  |||||||||    
T  34240863 gaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgac 34240962  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    | || | ||||| |||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||    
T  34240963 aaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttc 34241058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 91 - 374
Target Start/End: Original strand, 41713768 - 41714051
Alignment:
Q  91 tggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaaggggagattccaaatgc 190  Q
    |||| |||||||| |||||||   |||| ||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||     
T  41713768 tggcgacaaaaggaaacaaaaccccacttgtgaaaattccaaaaatctttgcaagtattgatttttcaagaaataaatttgatggggagattccagatgt 41713867  T
Q  191 tattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgacatacatagaatct 290  Q
    |||||| ||||||||||  || ||||||||||| |||||   ||||| ||| || ||||| |||||| | || || |||||||||| | || | |||||     
T  41713868 tattggagagcttcatgatctcaaagggcttaacctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatca 41713967  T
Q  291 ttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttct 374  Q
    |||||||| || ||||||||| | || |||  ||||||||   | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41713968 ttggatctctcgtcaaatatgctcactggtcggattcctgtaaagttaaccaatttggactttcttgaagtcttggatctttct 41714051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 78 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 42128767 - 42128472
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  42128767 gattctatgattgtggcgacaaaagggaacaaaaggacattggtgaaaattccaaatatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggag 42128668  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
    | |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || || |||||   ||||| ||| |  || | |||||| || || || |||||||||||    
T  42128667 atattccaaatgattttggtgagcttcatgcactaataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaacttgac 42128568  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagtcttggatctttc 373  Q
    | || | ||||  |||||||| || |||||| || | || | | |||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||    
T  42128567 aaacttggaatggttggatctctcatcaaatgtgctcactgatgtgattcctgcagaattaagcaatttgggttttcttgaagtcttagatctttc 42128472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 41444178 - 41444107
Alignment:
Q  138 tttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgca 209  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41444178 tttgtaagtattgatttttcaggaaacaaatttgaaggagacattccaaatgttattggtgagcttcatgca 41444107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 310
Target Start/End: Original strand, 41572300 - 41572448
Alignment:
Q  162 aacaaatttgaaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaact 261  Q
    ||||| |||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| ||||||  | |    
T  41572300 aacaattttgaaggagagattctgaatgttattggggagcttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaat 41572399  T
Q  262 caataggaaacttgacatacatagaatctttggatctttcctcaaatat 310  Q
    |  ||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41572400 ccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatat 41572448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 310
Target Start/End: Original strand, 41617939 - 41618087
Alignment:
Q  162 aacaaatttgaaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaact 261  Q
    ||||| |||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| ||||||  | |    
T  41617939 aacaattttgaaggagagattctgaatgttattggggagcttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaat 41618038  T
Q  262 caataggaaacttgacatacatagaatctttggatctttcctcaaatat 310  Q
    |  ||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41618039 ccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatat 41618087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 78 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 12248332 - 12248049
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  12248332 gattctgtgattgtggcatcaaaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggag 12248233  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||   ||||||||| |  |||| ||||||||| || || |||||||||||    
T  12248232 agattccaaatgttattgatgagcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgac 12248133  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagt 361  Q
    | || | ||||   ||||||| || ||||||||| | || | | ||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12248132 aaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagt 12248049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 78 - 361
Target Start/End: Original strand, 11994597 - 11994880
Alignment:
Q  78 gattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaatttgaagggg 177  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  11994597 gattctgtgattgtggcgtcaaaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggag 11994696  T
Q  178 agattccaaatgctattggtgagcttcatgcactaaaagggcttaatctttctggtaacagacttaccggtcatattcccaactcaataggaaacttgac 277  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||   ||||||||| |  |||| ||||||||| || || |||||||||||    
T  11994697 agattccaaatgttattgatgagcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgac 11994796  T
Q  278 atacatagaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccggtatgattcctgcggaattaaccaatttggactttcttgcagt 361  Q
    | || | ||||   ||||||| || ||||||||| | || | | ||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11994797 aaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagt 11994880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 211
Target Start/End: Original strand, 32682106 - 32682246
Alignment:
Q  71 atactcagattctgtgactgtggcaacaaaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatttttcaagaaacaaattt 170  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  32682106 atactcagattctgtgactatggggacaaaagggagcaaaatgacactagtgaaaattccaagaaactttgtaagtattgatttgtcaagaaacagattt 32682205  T
Q  171 gaaggggagattccaaatgctattggtgagcttcatgcact 211  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32682206 gaaggagagattccaaatgctattggggagcttcatgcact 32682246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University