View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12021_high_5 (Length: 696)

Name: NF12021_high_5
Description: NF12021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12021_high_5
NF12021_high_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-685)||(3932463-3933147)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 3933147 - 3932463
Alignment:
Q  1 tccttgtaatatcctcccatccatatcttggagaagatactgaagctttcactctgacccaatctccaacctgatttcagatatattaacaatttaaata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933147 tccttgtaatatcctcccatccatattttggagaagatactgaagctttcactctgacccaatctccaacctgatttcagatatattaacaatttaaata 3933048  T
Q  101 caggaaaacaataataaggcattacccagtaagtacaaggtaacaaacttaaaatggaagcaaatgatcaacatcaaccaaaagaattgtcaccttaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933047 caggaaaacaataataaggcattacgcagtaagtacaaggtaacaaacttaaaatggaagcaaatgatcaacatcaaccaaaagaattgtcaccttaaaa 3932948  T
Q  201 tcttccaccttctccatatcagatggatcagcttgccatggtatgggtcgatttggtatttctattattaagagaccatcattctcaatctcacttattc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932947 tcttccaccttctccatatcagatggatcagcttgccatggtatgggtcgatttggtatttctattattaagagaccatcattctcaatctcacttattc 3932848  T
Q  301 ttccaacactgtgatgtgtctcaccaccccaagcatatctaggttctgcaacagatcgcttcacacataccctatcaccaatctgtaagacaaatacaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932847 ttccaacactgtgatgtgtctcaccaccccaagcatatctaggttctgcgacagatcgcttcacacataccctatcaccaatctgtaagacaaatacaaa 3932748  T
Q  401 tcatgtaacaaaaataggacaaaaatattaagtcagagaattaaaataatctacattcctcttaccctaaaaggaggaacatgctcaatctcctctggtt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932747 tcatgtaacaaaaataggacaaaaatattaagtcagagaattaaaataatctacattcctcttaccctaaaaggaggaacatgctcaatctcctctggtt 3932648  T
Q  501 cacaatgccatggattttgaacatagctcaactcgactaacaaactactgtcaggtcggatacaatatacaatgccaatggttcccggtaccacatttcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3932647 cacaatgccatggattttgaacatagctcaactcgactaacaaactactgtcaggtcggatacaatatacaatgccaatggttcctggtaccacatttcc 3932548  T
Q  601 taatccatgctttgaagttgtaagggttggacgaacacgaacccaatctccaaccttgaactcctcaacccgttccatctctgct 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932547 taatccatgctttgaagttgtaagggttggacgaacacgaacccaatctccaaccttgaactcctcaacccgttccatctctgct 3932463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University