View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12023_high_2 (Length: 784)

Name: NF12023_high_2
Description: NF12023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12023_high_2
NF12023_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-767)||(32487779-32488521)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 767
Target Start/End: Original strand, 32487779 - 32488521
Alignment:
Q  13 agcagagatggaagatcttaattaggctgcaatttttcataacatgatgattatgtcacaatatgaacaagaaataatactctgtagtgtactaagacat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32487779 agcagagatggaagatcttaattaggctgcaatttttcataacatgatgattatgtcacaatatgaacaagaaataatactctgtagtgtactaagacat 32487878  T
Q  113 caaaatatgaacaagaaattaaagaactgtttaggaaaatgcagtaaccaatgttggatctattgactgaggcacattaacaccaacnnnnnnnnncttg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |         ||||    
T  32487879 caaaatatgaacaagaaattaaagaactgtttaggaaaatgcagtaaccaatgttggatctattgactgaggcacattaacacc--caaaaaaaaacttg 32487976  T
Q  213 atagtgacaatttatagtagttggcatgaactgacctagatatatattgcacattatatgatacatgaaccctaacatttctcaaatagtaagatctaac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32487977 atagtgacaatttatagtagttggcatgaactgacttagatatatattgcacattatatgatacatgaaccataacatttctcaaatagtaagatctaac 32488076  T
Q  313 tcacaagacattcaaccataatggagtggagctgcttggctgggacatgtctatgatggatccacctttttcgttgacataaagagttttggtgtgctct 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||    
T  32488077 tcacaagacagtcaaccataatggagtggagctgcttggctgggacatgtctatgatggatccacctttttcgttg----------ttttggtgtgctct 32488166  T
Q  413 tcattagtgttgtgattttgagggtgatctttgatgtggtttaacatagacattttagccatttcttcaagcattttgggaggaataggaggcataaaat 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32488167 tcattagtgttgtgattttgagggtgatctttgatgtggtttaacatagacattttagccatttcttcaagcattttggggggaataggaggcataaaat 32488266  T
Q  513 gaccataattcttacatttggtagggttgctgctgaattttctgtccttgtaatccatgatcctccttccaaaatgattatacctaagccatggccccaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488267 gaccataattcttacatttggtagggttgctgctgaattttctgtccttgtaatccatgatcctccttccaaaatgattatacctaagccatggccccaa 32488366  T
Q  613 aacatttttatttcttgattctgcattagttctggtgtcgtgcagtttacaattggcttcggtatgaccaatcaagccacaagcgaagcagaattgaggg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488367 aacatttttatttcttgattctgcattagttctggtgtcgtgcagtttacaattggcttcggtatgaccaatcaagccacaagcgaagcagaattgaggg 32488466  T
Q  713 aggttctcatatcgaaaatcaatccaatgtgctccatccttggcgctaccaatgt 767  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32488467 aggttctcatatcgaaaatcaatccaatgtgctccatccttggcgctaccaatgt 32488521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University