View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12023_low_23 (Length: 446)

Name: NF12023_low_23
Description: NF12023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12023_low_23
NF12023_low_23
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (25-430)||(41316924-41317329)
chr5 (25-430)||(41324988-41325393)
chr5 (126-430)||(41328965-41329269)
chr5 (26-430)||(41332898-41333302)
chr5 (95-426)||(41337709-41338040)
chr5 (86-430)||(41311129-41311473)
chr5 (17-271)||(41369921-41370175)
chr5 (31-425)||(31177513-31177907)
chr5 (134-423)||(41305243-41305532)
chr5 (40-426)||(31187585-31187971)
chr5 (31-425)||(41367082-41367476)
chr5 (40-426)||(31225807-31226193)
chr5 (48-425)||(41287095-41287472)
chr5 (116-219)||(41329489-41329592)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-425)||(17248447-17248787)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (212-354)||(12438292-12438434)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (100-156)||(22941642-22941698)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 25 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41317329 - 41316924
Alignment:
Q  25 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 124  Q
    |||||||||| ||| |||||||   |||||||| ||||||| | | | ||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41317329 caatacatattaaaaacgacgagggataggaattaagcatagatcgtgttttctacctgcagtaatcccaaatgactcagtcatatccaattcttcattc 41317230  T
Q  125 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcc 224  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317229 ttcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcc 41317130  T
Q  225 ttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaata 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317129 ttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaata 41317030  T
Q  325 ccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317029 ccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41316930  T
Q  425 actaac 430  Q
    ||||||    
T  41316929 actaac 41316924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 25 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41325393 - 41324988
Alignment:
Q  25 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 124  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||| |   |  |||||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||    
T  41325393 caatacatattaaagacgacgagtaataggaattaagcatagattgtgctttctacctgcagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattc 41325294  T
Q  125 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcc 224  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  41325293 ttcattttattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaattcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttc 41325194  T
Q  225 ttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaata 324  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  41325193 ttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaata 41325094  T
Q  325 ccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41325093 ccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41324994  T
Q  425 actaac 430  Q
    | ||||    
T  41324993 agtaac 41324988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 126 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41329269 - 41328965
Alignment:
Q  126 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcct 225  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  41329269 tcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttct 41329170  T
Q  226 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41329169 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41329070  T
Q  326 cttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41329069 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 41328970  T
Q  426 ctaac 430  Q
    |||||    
T  41328969 ctaac 41328965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 26 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41333302 - 41332898
Alignment:
Q  26 aatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattct 125  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| || |||| | | |  |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| |  ||||||||||    
T  41333302 aatacatattaaagacgacgagtaataggaattaaacatagatcgtgctttcttcctacagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattct 41333203  T
Q  126 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcct 225  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  41333202 tcattttattgggaagcttccaatcaaagtggcaaagtaattgagcaagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctcct 41333103  T
Q  226 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333102 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41333003  T
Q  326 cttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  41333002 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 41332903  T
Q  426 ctaac 430  Q
     ||||    
T  41332902 ttaac 41332898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 95 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 41338040 - 41337709
Alignment:
Q  95 aatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggta 194  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| ||   ||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||| ||||| |||||| |    
T  41338040 aatgattcagtcatatcaagttcttgatggctcattccatttggaagtttccaatcaaagtgataaagcaacttagcaagaggcagctcaacattgggca 41337941  T
Q  195 aggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctc 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41337940 aggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctc 41337841  T
Q  295 aggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||    
T  41337840 aggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattg 41337741  T
Q  395 atttggcatctctccctactttctcttggaac 426  Q
    ||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  41337740 atttcacatctctctctactttctcttggaac 41337709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 86 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41311473 - 41311129
Alignment:
Q  86 gtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaa 185  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||| | |||||    
T  41311473 gtaatcccaaatgactcagccatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttccaatcaaaccggtaaagtaattgagcaagaggtagctcaa 41311374  T
Q  186 tattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaac 285  Q
    | || |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  41311373 tgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaac 41311274  T
Q  286 aaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctca 385  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || |||||||| | ||| ||||||    
T  41311273 aaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctca 41311174  T
Q  386 taaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaac 430  Q
    |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41311173 tgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaac 41311129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 41370175 - 41369921
Alignment:
Q  17 gttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  41370175 gttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaatcatattttcttactgctgtaatcccaaatgattcagtcatatccaatt 41370076  T
Q  117 cttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||   ||| ||||||||    
T  41370075 cttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaagccaaacataatgcctggaca 41369976  T
Q  217 catcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatca 271  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||| |||| |||||  | ||||||||||||    
T  41369975 catcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatca 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Original strand, 31177513 - 31177907
Alignment:
Q  31 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 130  Q
    |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||   ||| |||||||||| | | || ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  31177513 atattaaagacgacgagttataggaatcaagcataggtcatgttttcttactacagcaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcatt 31177612  T
Q  131 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccag 230  Q
     |||| | |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| || |||||||    
T  31177613 ccattaggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccag 31177712  T
Q  231 caccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttgg 330  Q
    |||| || |||||| | || ||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||      
T  31177713 caccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc 31177812  T
Q  331 atctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31177813 atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaa 31177907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 134 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 41305532 - 41305243
Alignment:
Q  134 ttggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcac 233  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||   ||||||||| |  |||| ||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  41305532 ttgggaagcttccaatcaaagttataaagtaattcagcaagaggaagttcaacatttgataaggcaaatgcaatgcccggacacatcctccttccagcac 41305433  T
Q  234 caaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatc 333  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41305432 caaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatc 41305333  T
Q  334 tcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgg 423  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41305332 tcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 40 - 426
Target Start/End: Original strand, 31187585 - 31187971
Alignment:
Q  40 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||   |  ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31187585 acgacgagtaataggaatcaagcataggtcatgttttcttcctatagccatcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31187684  T
Q  140 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |    
T  31187685 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31187784  T
Q  240 gtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttcc 339  Q
    ||||| |||| || |  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||    
T  31187785 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31187884  T
Q  340 aatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaac 426  Q
    ||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31187885 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaac 31187971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 41367476 - 41367082
Alignment:
Q  31 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 130  Q
    |||||||  ||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||||| || ||| || ||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||    
T  41367476 atatcaaggacgacgaatgaaaggaatcaagcataagtcatgttttcttcctactgcaagcccaaatgactccgtcatatctaattcttcattcttcatt 41367377  T
Q  131 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccag 230  Q
     |||| | ||||||||||||||| |||||||||||   ||| | ||| | ||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41367376 ccatttggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaactgagctaaaggtagctctatgttgggtaaggcaaatgcaatacccagacacatcctccttccag 41367277  T
Q  231 caccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttgg 330  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| ||    
T  41367276 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaacccaatacctcgg 41367177  T
Q  331 atctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||  |||| || ||||| | ||| |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  41367176 atctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaa 41367082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 40 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 31226193 - 31225807
Alignment:
Q  40 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 139  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |   ||| ||||||| || | | || ||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31226193 acgacgagtgataggaatcaagcacaggtcattttttcttcctacagaaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31226094  T
Q  140 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |    
T  31226093 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31225994  T
Q  240 gtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttcc 339  Q
    ||||| |||| || |  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||    
T  31225993 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31225894  T
Q  340 aatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaac 426  Q
    ||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31225893 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaac 31225807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 48 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 41287472 - 41287095
Alignment:
Q  48 taataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttcca 147  Q
    |||||||||| || ||||   ||| ||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||| |||||  |||||||||    
T  41287472 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacacttcattccattgagaagcttcca 41287373  T
Q  148 atcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaat 247  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||||||| | |||||  ||||||| | | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41287372 atcaaagtgataaagtaattcagcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 41287273  T
Q  248 tcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagccc 347  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  41287272 tcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccc 41287173  T
Q  348 aagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  41287172 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 41287095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 41329592 - 41329489
Alignment:
Q  116 tcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaatattgggtaaggcaaatgcaatacctggac 215  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||   ||||||| |||  |||| ||||| |||  |||||||||| | |||||    
T  41329592 tcttcattattcattccattggaaagctttcaatcaaagtcataaagtaattcagcaagacgcagttcaacattggctaaaccaaatgcaatgcttggac 41329493  T
Q  216 acat 219  Q
    ||||    
T  41329492 acat 41329489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 85 - 425
Target Start/End: Original strand, 17248447 - 17248787
Alignment:
Q  85 tgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactca 184  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||    
T  17248447 tgtaatcccaaatgactcggtcatatctagatcttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaattgagcaagaggcaactca 17248546  T
Q  185 atattgggtaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaa 284  Q
    || ||||||| | |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  17248547 atgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaa 17248646  T
Q  285 caaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctc 384  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  17248647 aaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatc 17248746  T
Q  385 ataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 425  Q
    ||| || |||||| | ||| | |||||||||| ||| ||||    
T  17248747 atacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaa 17248787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 212 - 354
Target Start/End: Original strand, 12438292 - 12438434
Alignment:
Q  212 ggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcag 311  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |  |  |||||| |||||||||| | || || ||| |||||||| |||||  | ||      
T  12438292 ggacacattcttcttccagcaccaaaaggtataaactcgaaattagaccctttgtaatcaattggacaatcaataaatctctcaggattaaacttttctc 12438391  T
Q  312 cttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcatt 354  Q
    |||||  ||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  12438392 cttcattccaatactttgggtctcttccaattgcccatgcatt 12438434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22941698 - 22941642
Alignment:
Q  100 ttcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtg 156  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22941698 ttcactcatgtccaaatcttcatttttcatctcattgggaagtttccaatcaaagtg 22941642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University