View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12029_low_5 (Length: 680)

Name: NF12029_low_5
Description: NF12029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12029_low_5
NF12029_low_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-660)||(5284808-5285473)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (25-520)||(24906732-24907230)
chr1 (25-520)||(24899273-24899771)
chr1 (30-520)||(24890201-24890694)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 5285473 - 5284808
Alignment:
Q  1 ttgcgactctgggccaaccatgtcttaaaagtttaaatcttccatcagcacatcgacgtaacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttct 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5285473 ttgcgactctgggccaagtatgtcttaaaagtttaaatcttccatcagcacatcgacataacatctccaaaagcaccaaaatcatctcgcatggctttct 5285374  T
Q  101 tcctttccaatgaagaagaagttcggttaaaacagaaacacaatctgattccactgctcttactctttttctctcgaactccacaagttgaattaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5285373 tcctttccaatgaagaagaagttcggttaaaacagaaacacaatctgattccactgctcttactctttttctcccgaactccacaagttgaattaacttt 5285274  T
Q  201 tgtagtgttgcttttgannnnnnnnnnn---gtttaaatctgatcctttagaagttgaactaatttgacgaaaaactgtttttatattctgtagtttcga 297  Q
    |||||||||||||||||              ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5285273 tgtagtgttgcttttgattttttttttttttgtttaaatctgatccttaagaagttgaactaatttgacgaaaaactgtttttatattctgtagtttcga 5285174  T
Q  298 tggattaacaacttttgatatagatttcaacataaaactgtgcatgttcttgaattgtagttacccgtttagaaaaatctcattgaagagtctaaaaatt 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5285173 tggattaacaacttttgatatagatttcaacataaaactgtgcatgttcttgaattgtagttacccgcttagaaaaatctcattgaagagtctaaaaatt 5285074  T
Q  398 ctctattttt-aagttaaagagtgttaaaacatttttctgataattgaagattgtaaaggatgtctatagcttcatcctctgcacctattttgaactcaa 496  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5285073 ctctattttttaagttaaagagtgttaaaacatttttctgataattgaagattgtaaaggatgtctatagcttcatcctctgcacctattttgaactcaa 5284974  T
Q  497 aagcaaaacttcaacttcatcatcgtaaagggtaacttcaaattcaattgtttaacataaatatgaataatgtgttgtttgtcactgtccagactat--a 594  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  5284973 aagcaaaacttcaacgtcatcatcgtaaagggtaacttcaaattcaattgtttaacataaatatgaataatgtgttgtttgtcactgtccagactataga 5284874  T
Q  595 gagtacaaaatgtgtttaaatactaaggcataattggccgaatctgtgatcaattgttgttttctg 660  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284873 gagtacaaaatgtgtttaaatactaaggcataattggccgaatctgtgatcaattgttgttttctg 5284808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 25 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 24907230 - 24906732
Alignment:
Q  25 ttaaaagtttaaatcttccatcagcacatcgacgtaacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttcttcctttccaatgaagaagaagttc 124  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  24907230 ttaagagttcaaatcttccatcagcacattgacataacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttctttctttgcaatcaagaagaagttc 24907131  T
Q  125 ggttaaaacagaaacacaatctgattccactgctcttactctttttctctcgaactccacaagttgaattaacttttgtagtgttgcttttgannnnnnn 224  Q
      | ||| || |||||||| ||||||| | |||| ||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||           
T  24907130 tatcaaagcataaacacaacctgattcaattgcttttactctatttcttccgaattcgacaagttgaattaacgtttgtagtgttgcttttgatgctttc 24907031  T
Q  225 nnnngtttaaatctgatcctttagaagttgaactaatttgacgaaaaact--gtttttatattctgtagtttcgatggattaacaacttttgatatagat 322  Q
         || | ||||| || || |||||||||||||| | ||||||| |||  ||||||| ||||  |||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  24907030 t----ttgatatctggtctttgagaagttgaactaactcgacgaaatactcggtttttagattcgctagttttgatggatcagcaacttttgatatagat 24906935  T
Q  323 ttcaacata-aaactgtgcatgttcttgaattgtagttacccgtttagaaaaatctcattgaagagtctaaaaattctctattttt-aagttaaagagtg 420  Q
    |||| || | |||||| | |||||||||||| |||||||||| |||  || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |    
T  24906934 ttcagcaaacaaactgcgtatgttcttgaatcgtagttacccttttgtaataatctcattaaagagtctaaaaattctccatttttgaagtttaagagag 24906835  T
Q  421 tta--aaacatttttctgataattgaagattgtaaaggatgtctatagcttcatcctctgcacctattttgaactcaaaagcaaaa-cttcaacttcatc 517  Q
    ||   |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  24906834 ttttcaaaccttgttctgataattgaagattgtaaaggatgtttatagcttcatcttctgcacctattttgaagtcaaaagcaaaaccttcaacatcatc 24906735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 24899771 - 24899273
Alignment:
Q  25 ttaaaagtttaaatcttccatcagcacatcgacgtaacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttcttcctttccaatgaagaagaagttc 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  24899771 ttaaaagttcaaatcttccatcagcacattgacataacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttctttctttgcaatcaagaagaagttc 24899672  T
Q  125 ggttaaaacagaaacacaatctgattccactgctcttactctttttctctcgaactccacaagttgaattaacttttgtagtgttgcttttgannnnnnn 224  Q
      | ||| || |||||||| ||||||| | |||| ||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||           
T  24899671 tatcaaagcaaaaacacaacctgattcaattgcttttactctatttcttccgaattcgacaagttgaattaacgtttgtagtgttgcttttgatgctttc 24899572  T
Q  225 nnnngtttaaatctgatcctttagaagttgaactaatttgacgaaaaact--gtttttatattctgtagtttcgatggattaacaacttttgatatagat 322  Q
         || | ||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||  || |||| |||   ||| || ||||||| | |||||||||| ||||||    
T  24899571 t----ttgatatctggtctttgagaagttgaactaactcgacgaaaaactcggtatttagattagctagatttgatggatcagcaacttttgaaatagat 24899476  T
Q  323 ttcaac-ataaaactgtgcatgttcttgaattgtagttacccgtttagaaaaatctcattgaagagtctaaaaattctctattttt-aagtt--aaagag 418  Q
    |||||| | ||||||| | |||||||||||| |||||||||| | |  ||||||   ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  | ||||    
T  24899475 ttcaacaaaaaaactgcgtatgttcttgaatcgtagttacccttatgaaaaaataaaattaaagagtctaaaaattctccatttttgaagtttaagagag 24899376  T
Q  419 tgttaaaacatttttctgataattgaagattgtaaaggatgtctatagcttcatcctctgcacctattttgaactcaaaagcaaaa-cttcaacttcatc 517  Q
    | || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  24899375 ttttcaaaccttgttctgataattgaagattgtaaaggatgtttatagcttcatcttctgcacctattttgaagtcaaaagcaaaaccttcaacatcatc 24899276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 520
Target Start/End: Original strand, 24890201 - 24890694
Alignment:
Q  30 agtttaaatcttccatcagcacatcgacgtaacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttcttcctttccaatgaagaagaagttcggtta 129  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||  | |    
T  24890201 agttcaaatcttccatcagcacattgacataacatctccaaaagcaccaaaatcatctcacatggctttctttctttgcaatcaagaagaagttctatca 24890300  T
Q  130 aaacagaaacacaatctgattccactgctcttactctttttctctcgaactccacaagttgaattaacttttgtagtgttgcttttgannnnnnnnnnng 229  Q
    || || |||||||| ||||||| | |||| ||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||                
T  24890301 aagcataaacacaacctgattcaattgcttttactctatttcttccgaattcgacaagttgaattaacgtttgtagtgttgcttttgatgctttct---- 24890396  T
Q  230 tttaaatctgatcctttagaagttgaactaatttgacgaaaaact--gtttttatattctgtagtttcgatggattaacaacttttgatatagatttcaa 327  Q
    || | ||||| || || |||||||||||||| | ||||||| |||  ||||||| |||   |||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||     
T  24890397 ttgatatctggtctttgagaagttgaactaactcgacgaaatactcggtttttagatttgctagttttgatggatcagctacttttgatatagatttcat 24890496  T
Q  328 cata-aaactgtgcatgttcttgaattgtagttacccgtttagaaaaatctcattgaagagtctaaaaattctctattttt-aagtt--aaagagtgtta 423  Q
    |||| |||||| | |||||||||| | |||||||||| |||  || ||| | ||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||  | ||||| ||     
T  24890497 catataaactgcgtatgttcttgattcgtagttacccttttgtaataattttattaaagagtctataaattctccatttttgaagtttaagagagttttc 24890596  T
Q  424 aaacatttttctgataattgaagattgtaaaggatgtctatagcttcatcctctgcacctattttgaactcaaaagcaaaa-cttcaacttcatcatc 520  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  24890597 aaaccttgttctgataattgaagattgtaaaggatgtttatagcttcatcttctgcacctattttgaagtcaaaagcaaaaccttcaacatcatcatc 24890694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University