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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1202_high_1 (Length: 1317)

Name: NF1202_high_1
Description: NF1202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1202_high_1
NF1202_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (35-1317)||(43365300-43366582)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1204; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1204; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 1317
Target Start/End: Original strand, 43365300 - 43366582
Alignment:
Q  35 catcatcacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 134  Q
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T  43365300 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 43365399  T
Q  135 tccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 234  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365400 tccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 43365499  T
Q  235 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 334  Q
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T  43365500 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 43365599  T
Q  335 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365600 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 43365699  T
Q  435 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 534  Q
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T  43365700 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 43365799  T
Q  535 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 634  Q
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T  43365800 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 43365899  T
Q  635 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgta 734  Q
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T  43365900 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgta 43365999  T
Q  735 tatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagtta 834  Q
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T  43366000 tatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagtta 43366099  T
Q  835 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 934  Q
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T  43366100 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 43366199  T
Q  935 aaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaa 1030  Q
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T  43366200 aaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaa 43366299  T
Q  1031 ggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaag 1130  Q
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T  43366300 ggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaag 43366399  T
Q  1131 tatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggacta 1230  Q
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T  43366400 tatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga--- 43366496  T
Q  1231 gctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccat 1317  Q
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T  43366497 -ctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccat 43366582  T

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