View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1202_high_22 (Length: 460)

Name: NF1202_high_22
Description: NF1202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1202_high_22
NF1202_high_22
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (30-448)||(8929115-8929544)
chr4 (77-428)||(8999934-9000285)
chr4 (86-448)||(8900355-8900717)
chr4 (86-417)||(8955000-8955331)
chr4 (98-444)||(8966045-8966391)
chr4 (74-427)||(8979326-8979679)
chr4 (92-405)||(9030862-9031175)
chr4 (86-427)||(8914260-8914601)
chr4 (77-202)||(9014008-9014133)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (80-445)||(9400046-9400411)
chr5 (86-448)||(20073814-20074176)
chr5 (178-206)||(31052820-31052848)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 448
Target Start/End: Original strand, 8929115 - 8929544
Alignment:
Q  30 attttaaatagaaaattatttgaaaacccaactaagagttgcaataaatag-----------ggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8929115 attttaaatagaaaattatttgaaaacccaactaagagttgcaataaatagaatctacatagggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgt 8929214  T
Q  119 tgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagtt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8929215 tgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagtt 8929314  T
Q  219 ccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8929315 ccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctc 8929414  T
Q  319 taagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaata 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8929415 taagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaata 8929514  T
Q  419 tggtagccacctacaatgcacttttccctt 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8929515 tggtagccacctacaatgcacttttccctt 8929544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 77 - 428
Target Start/End: Original strand, 8999934 - 9000285
Alignment:
Q  77 atagggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggta 176  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| |    
T  8999934 atagggatcttggcaacaaggcaaagaggattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttcagtatcaatatcttcctttactgttccatgtggca 9000033  T
Q  177 attcccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacgg 276  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| | ||  |||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  9000034 atttccaatcaaatgaataaagaagattggcaaggataagttccaatgaggcaactgccataggcatacctgggcaaattctacgaccagctccaaaggg 9000133  T
Q  277 aattaattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatga 376  Q
     |||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||  | || |||||| |||    
T  9000134 tattagttcaaaatcttgtccattaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataaaattcttctggatttttccaaacattagggtctctctga 9000233  T
Q  377 atagaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagccac 428  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||| || || ||||||| ||| ||||    
T  9000234 atagcccaagcattcacatacaatattgtcttggctggaatattgtatccac 9000285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 86 - 448
Target Start/End: Original strand, 8900355 - 8900717
Alignment:
Q  86 ttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaat 185  Q
    |||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8900355 ttggctgcaaggcaaagctcattcttcttgtgttgagtgagtcctggccacctttcagtatcaatatcttcctttaccataccatctggtaattcccaat 8900454  T
Q  186 caaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattc 285  Q
    |||| || || |||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| |||    
T  8900455 caaaggagtatagaagatttgcaaggataacttccaatgatgcaactgccatagacatacctgggcaaattctacgaccggctccaaagggaattagttc 8900554  T
Q  286 aaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaa 385  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||  || | |||| ||||||||| ||||    
T  8900555 aaaatcttgtccataaaaatttatagaactttctaaaaatctttcaggataaaactcttctgggtttttccaaacatctgggtctgtatgaatagcccaa 8900654  T
Q  386 gcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagccacctacaatgcacttttccctt 448  Q
    ||||||||| | || || |  ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8900655 gcattcacaaacacaatcgcctttgcaggaatttggtagccacttataatgcacttttccctt 8900717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 86 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 8955331 - 8955000
Alignment:
Q  86 ttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaat 185  Q
    ||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||   |||||    
T  8955331 ttggctataaggtaaagaggattcttcttgtgttgagtgatccctggcagcatttctgtatcaacatcttcttttaccaacccatctggtaagctccaat 8955232  T
Q  186 caaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattc 285  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || | ||| | ||  ||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||| |||    
T  8955231 caaatgaatagagaagatttgcaaggataagttccaacgaggcgattgccataggtataccggggcaaattctacgaccagctccaaagggtattagttc 8955132  T
Q  286 aaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaa 385  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | | ||||||| || |  ||||| ||||||| ||||    
T  8955131 aaagtcttgtccaataaaatttatagaactttctaagaatctctcaggataaaattcttctgggtttatccaaatatctggatctctctgaatagcccaa 8955032  T
Q  386 gcattcacatatactattgtttttgcaggaat 417  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  8955031 gcatttacatataatattgtctttgcaggaat 8955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 98 - 444
Target Start/End: Original strand, 8966045 - 8966391
Alignment:
Q  98 cagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaatcaaatgaataga 197  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |    
T  8966045 cagagaggattcttcttgtgttgagtgatcccaggcaacgtttcagtatcaatatcttcctttaccaatccatgtggtaacttccaatcaaaagaataaa 8966144  T
Q  198 gaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattcaaaatcatgtcc 297  Q
    |||||||||||||| | ||||| |  ||||||||| | | ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8966145 gaagattagcaaggatcagttctactgatgcaactcccatagatatacctggacaaattctacgacctgctccaaacggaataaattcaaaatcttgtcc 8966244  T
Q  298 aagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaagcattcacatat 397  Q
    |||||||||  | ||||  || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |    | |||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  8966245 aagaaaattcgtcgaacattccaagaatctctcgggataaaactcttctggatttttccaattacttgggtctctttgaatagcccaagcattcacatac 8966344  T
Q  398 actattgtttttgcaggaatatggtagccacctacaatgcacttttc 444  Q
    |||||||| || || ||||| | ||| |||| || ||||||||||||    
T  8966345 actattgtgttggctggaatcttgtaaccacttataatgcacttttc 8966391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 74 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 8979679 - 8979326
Alignment:
Q  74 taaatagggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtg 173  Q
    ||||||||||  ||||  |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || ||||    
T  8979679 taaatagggatattgggaacaaggtaaagaggattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttcggtatcaatatcttccttttctaaaccttgtg 8979580  T
Q  174 gtaattcccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaa 273  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||| || || || ||||||||||| || ||||||||    
T  8979579 gcaatttccaatcaaaagaatagagaagattagcaaggataagttccaatgatgcaactgccatagacatgccaggacaaattctacgaccagctccaaa 8979480  T
Q  274 cggaattaattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctcta 373  Q
     || |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||| | | ||  |||||     
T  8979479 gggtattagttcgaaatcatgtccaataaaatttatagaactttctatgaatctctcgggataaaattcttctggatttttccaagtattaggatctctt 8979380  T
Q  374 tgaatagaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagcca 427  Q
    ||||||| |||  | || ||||| | ||||||||  || ||||||| |||||||    
T  8979379 tgaatagcccagacgtttacatacaatattgtttgggctggaatattgtagcca 8979326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 92 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 9031175 - 9030862
Alignment:
Q  92 acaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaatcaaatg 191  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9031175 acaaggcaaagaggattcttcttgtgttgagtgatccctggcagcattgatgtatcaatatcttcctttaccaacccatctggtaatttccaatcaaatg 9031076  T
Q  192 aatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattcaaaatc 291  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||| ||| || |||||||| |  |  |  || ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||    
T  9031075 aataaagaagattggcaaggataagtttcaatgaggcaactgccatgggtaagccggggcaaattctacggccagctccaaagggtattagttcaaaatc 9030976  T
Q  292 atgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaagcattc 391  Q
     ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | || |||||  | |  |||||| ||||||| ||||||||||    
T  9030975 ttgtccagtaaaatttatagaactttctaagaatctttcaggataaaattcttctgcgttttcccaaacattatggtctctctgaatagcccaagcattc 9030876  T
Q  392 acatatactattgt 405  Q
    ||||| | ||||||    
T  9030875 acatacaatattgt 9030862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 86 - 427
Target Start/End: Original strand, 8914260 - 8914601
Alignment:
Q  86 ttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaat 185  Q
    |||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||    
T  8914260 ttggctgcaaggcaaagttcattcttcttgtgttgagtgagtcctggccacctttcagtatcaatatcttcctttatcaggccatctggtaattcccaat 8914359  T
Q  186 caaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattc 285  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| ||||||| |  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||    
T  8914360 caaaggaatatagaagattggaaaggataagttcgagtgatgcaactgccatagacatacctggacaaattctacgaccggctccaaaaggaattagttc 8914459  T
Q  286 aaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaa 385  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||  |  |||||| ||||||||| ||||    
T  8914460 aaaatcttgtccatgaaaatttaaagaactttctaaaaatctctctggataaaattcttctgggtttttccaaacatttgagtctgtatgaatagcccaa 8914559  T
Q  386 gcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagcca 427  Q
    ||||||||| | ||||| |  ||||| ||||| ||| |||||    
T  8914560 gcattcacaaacactatcgcctttgcgggaatttggaagcca 8914601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 77 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9014133 - 9014008
Alignment:
Q  77 atagggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggta 176  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||     |||||||| |    
T  9014133 atagggatcttggcaacaaggcaaagaggattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttcagtatcaatatctttctttagtgttccatgtggca 9014034  T
Q  177 attcccaatcaaatgaatagagaaga 202  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  9014033 atttccaattaaatgaataaagaaga 9014008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 80 - 445
Target Start/End: Original strand, 9400046 - 9400411
Alignment:
Q  80 gggactttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaatt 179  Q
    ||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||   ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9400046 gggaccttggcaaaaaggcaaagatggttcttcttgtgttgagcaatccctggcaacctttcaaaatcaacatcttccttaaccaacccatgtggcaatt 9400145  T
Q  180 cccaatcaaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaat 279  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| |||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| || || | |||||| |||||    
T  9400146 cccaatcaaaggaatagaggatattggcaaggataagttccaatgatgcaactgccatagaaatgcctggacaaattcttcgtccagatccaaagggaat 9400245  T
Q  280 taattcaaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaata 379  Q
     |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  9400246 aaattcaaagtcttgtccaagaaaatttatagaactttctaagaatctctctggataaaactcttctggatctttccaaacattagagtctctatgaata 9400345  T
Q  380 gaccaagcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagccacctacaatgcacttttcc 445  Q
    | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| | ||||| |||||    
T  9400346 gcccaagcattcacatacactattgtctttgctggaatctggtaaccacctatagtgcacatttcc 9400411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 86 - 448
Target Start/End: Original strand, 20073814 - 20074176
Alignment:
Q  86 ttggctacaaggcagagatgattcttcttgtgttgagtgatccctggcaacatttctgtatcaatatcttcctttaccaacccatgtggtaattcccaat 185  Q
    |||||| ||||||| || | |||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  20073814 ttggctgcaaggcaaagctcattctttttgtgctgagtgagtcctggcaacctttcagtatcaatatcttcctttactagaccatctggtaattcccaat 20073913  T
Q  186 caaatgaatagagaagattagcaagggtaagttccaacgatgcaactgcaacagaaatacctgggcaaattctacggcctgctccaaacggaattaattc 285  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||    
T  20073914 caaaggaatatagaagatttgcaaggataagttcgagtgatgcaactgccatagacatacctggacaaattctacgaccggctccaaagggaattagttc 20074013  T
Q  286 aaaatcatgtccaagaaaatttatagaactctctaagaatctctcaggataaaactcttccggatctttccaaatttcagagtctctatgaatagaccaa 385  Q
    |||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  | || |||| ||||||||| ||||    
T  20074014 aaaatcttgtccgtgaaaatttatcgaactttctaaaaatctctcaggataaaattcttctggatttttccaaacattagggtctgtatgaatagcccaa 20074113  T
Q  386 gcattcacatatactattgtttttgcaggaatatggtagccacctacaatgcacttttccctt 448  Q
    ||||||||| | ||||  |  ||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20074114 gcattcacaaacactaccgcctttgccggaatttggtagccacctatagtgcacttttccctt 20074176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 178 - 206
Target Start/End: Original strand, 31052820 - 31052848
Alignment:
Q  178 ttcccaatcaaatgaatagagaagattag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31052820 ttcccaatcaaatgaatagagaagattag 31052848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University