View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1202_low_44 (Length: 325)

Name: NF1202_low_44
Description: NF1202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1202_low_44
NF1202_low_44
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (82-325)||(26831768-26832011)
chr7 (82-325)||(36897630-36897872)
chr7 (127-325)||(26928311-26928510)
chr7 (82-325)||(14103523-14103767)
chr7 (82-325)||(14413540-14413784)
chr7 (91-316)||(15752467-15752689)
chr7 (91-258)||(42261057-42261223)
chr7 (275-325)||(14103055-14103106)
chr7 (275-325)||(14413072-14413123)
chr7 (275-325)||(15753128-15753179)
chr7 (247-325)||(29417916-29417994)
chr7 (244-325)||(42260917-42260998)
chr7 (247-299)||(17774553-17774605)
chr7 (275-325)||(26832433-26832484)
chr7 (275-325)||(44950530-44950580)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (82-325)||(1092250-1092493)
chr3 (82-325)||(54602830-54603074)
chr3 (91-325)||(20819458-20819693)
chr3 (82-325)||(35235079-35235323)
chr3 (91-325)||(40066203-40066438)
chr3 (91-325)||(32751400-32751635)
chr3 (100-325)||(54627748-54627973)
chr3 (82-325)||(24782779-24783032)
chr3 (82-325)||(35233977-35234221)
chr3 (82-325)||(54492953-54493198)
chr3 (118-242)||(55482038-55482162)
chr3 (246-325)||(20410995-20411075)
chr3 (274-325)||(46650973-46651025)
chr3 (271-325)||(35235736-35235791)
chr3 (105-190)||(55481556-55481641)
chr3 (275-325)||(32750922-32750973)
chr3 (271-325)||(35234609-35234664)
chr3 (275-325)||(54627262-54627313)
chr3 (275-325)||(24782313-24782364)
chr3 (275-325)||(55482169-55482220)
chr3 (275-325)||(20820122-20820173)
chr3 (275-325)||(40065725-40065776)
chr3 (247-325)||(40791591-40791669)
chr3 (283-325)||(50672432-50672475)
chr3 (275-325)||(54602364-54602413)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (82-325)||(5574202-5574445)
chr5 (91-325)||(17648000-17648235)
chr5 (115-325)||(6915089-6915300)
chr5 (185-325)||(24087224-24087358)
chr5 (275-325)||(17647523-17647574)
chr5 (107-182)||(20731469-20731544)
chr5 (275-325)||(26359676-26359727)
chr5 (275-322)||(5574861-5574909)
chr5 (247-325)||(19293021-19293099)
chr5 (247-325)||(5577166-5577244)
chr5 (275-325)||(26359376-26359427)
chr5 (139-208)||(20731095-20731163)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (82-325)||(6336675-6336919)
chr4 (82-325)||(56443364-56443608)
chr4 (91-325)||(1613684-1613919)
chr4 (82-325)||(55082672-55082916)
chr4 (91-325)||(48083180-48083417)
chr4 (139-325)||(42259977-42260164)
chr4 (82-243)||(12800504-12800665)
chr4 (271-325)||(42259516-42259571)
chr4 (267-322)||(12800457-12800513)
chr4 (275-325)||(56444025-56444076)
chr4 (278-325)||(1614741-1614789)
chr4 (247-325)||(17215171-17215249)
chr4 (275-325)||(36112044-36112095)
chr4 (247-325)||(39334197-39334275)
chr4 (115-175)||(17215246-17215306)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (82-325)||(15565229-15565473)
chr8 (100-325)||(26056-26282)
chr8 (82-325)||(20831950-20832194)
chr8 (82-325)||(44308344-44308584)
chr8 (115-325)||(25630412-25630623)
chr8 (114-325)||(12502324-12502536)
chr8 (229-321)||(6869218-6869311)
chr8 (262-325)||(15730731-15730794)
chr8 (270-325)||(9879059-9879115)
chr8 (275-325)||(26721-26772)
chr8 (275-325)||(12502986-12503037)
chr8 (275-325)||(25094368-25094419)
chr8 (275-325)||(25631068-25631119)
chr8 (275-322)||(20832608-20832656)
chr8 (275-322)||(15564761-15564809)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (100-325)||(9708604-9708830)
chr2 (82-325)||(15830557-15830801)
chr2 (115-325)||(36207207-36207419)
chr2 (115-299)||(38937620-38937804)
chr2 (229-325)||(3106830-3106927)
chr2 (275-325)||(9708107-9708158)
chr2 (271-325)||(36207854-36207909)
chr2 (189-269)||(7278059-7278139)
chr2 (278-325)||(15830088-15830136)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (82-325)||(39365076-39365320)
chr1 (100-325)||(1799425-1799651)
chr1 (82-325)||(44431422-44431666)
chr1 (82-325)||(16835070-16835314)
chr1 (82-325)||(46295130-46295374)
chr1 (82-325)||(21247152-21247396)
chr1 (100-325)||(29487522-29487748)
chr1 (82-322)||(42774958-42775198)
chr1 (91-325)||(25376967-25377202)
chr1 (110-325)||(16797891-16798108)
chr1 (232-325)||(48731384-48731478)
chr1 (275-325)||(23703644-23703695)
chr1 (275-325)||(1799002-1799053)
chr1 (275-325)||(44432085-44432136)
chr1 (271-325)||(46294677-46294732)
chr1 (275-325)||(16834601-16834652)
chr1 (279-325)||(40315396-40315443)
chr1 (284-325)||(11202031-11202073)
chr1 (275-322)||(19076200-19076248)
chr1 (275-322)||(19124090-19124138)
chr1 (275-322)||(23703262-23703310)
chr1 (247-299)||(45141733-45141785)
chr1 (275-321)||(21246691-21246738)
chr1 (275-321)||(27234652-27234699)
[»] scaffold0340 (2 HSPs)
scaffold0340 (82-325)||(1542-1785)
scaffold0340 (275-325)||(2195-2246)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (197-325)||(42198-42327)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (91-316)||(1563622-1563844)
chr6 (91-180)||(11099648-11099737)
chr6 (223-325)||(11099739-11099842)
chr6 (235-325)||(28538051-28538142)
chr6 (275-325)||(1563132-1563183)
chr6 (247-325)||(23075118-23075196)
chr6 (275-322)||(28537765-28537813)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (115-220)||(425054-425159)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (115-175)||(13038-13098)
scaffold0113 (275-322)||(12715-12763)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26832011 - 26831768
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26832011 tagcaaagccatatactgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatc 26831912  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26831911 tgacaagtgtggctgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatattattgtata 26831812  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26831811 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtgataatgca 26831768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36897872 - 36897630
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  36897872 tagcaaagtcatatactttgacatcttggtaattcttgactatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatc 36897773  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  36897772 t--caagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 36897675  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  36897674 ccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgca 36897630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 127 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26928510 - 26928311
Alignment:
Q  127 caatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgtta 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26928510 caatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgattttcatatcgtta 26928411  T
Q  227 gactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26928410 gactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 26928311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 14103523 - 14103767
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14103523 tagcaaagccatatattttgatatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatc 14103622  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  14103623 tgacaagtatgattgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 14103722  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  14103723 ccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgataatgca 14103767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 14413540 - 14413784
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14413540 tagcaaagccatatattttgatatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatc 14413639  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  14413640 tgacaagtatgattgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 14413739  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  14413740 ccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgataatgca 14413784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 91 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 15752689 - 15752467
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| || ||||| |      
T  15752689 catatatttcgacatctcggtaattcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgacagg-- 15752592  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
      | ||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||| |||||||  ||| |||||||||||||| || | |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  15752591 --gttgttctttgctatgctgacttttatatcattaggctctaatggatggttaatgtttgatcggttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaa 15752494  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagt 316  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||    
T  15752493 cttatctaatatgctccacaattcagt 15752467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 42261223 - 42261057
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| | | |||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||| |||||||| |||    
T  42261223 catatattttgacatcttgataatttttggttataccaaacatatgtcatttatgtgctttattatgtatgtcatgcattatttttctatctgacatgtg 42261124  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgttt 258  Q
    ||| ||||| || |||| |||| |||||| |  |||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42261123 tggttgtac-ttgctatactgaatttcatttgattaagctctaatacatggttaatgtttgatcgttt 42261057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 14103106 - 14103055
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14103106 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 14103055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 14413123 - 14413072
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14413123 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 14413072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 15753128 - 15753179
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15753128 ttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgataatgca 15753179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Original strand, 29417916 - 29417994
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  29417916 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 29417994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 42260998 - 42260917
Alignment:
Q  244 aatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  42260998 aatgtttgatcgtttcagagaacatatatggttgtataccgtcaaaatttagctaatatgtttcacaa-tcagtgataatgca 42260917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 247 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 17774605 - 17774553
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  17774605 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaa 17774553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 26832433 - 26832484
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  26832433 ttgtatatcgtcaaaacatagctaatatgctccgcaattcagtgataatgca 26832484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 44950530 - 44950580
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44950530 ttgtataccgtcaaa-cttagctaatatgctccacaattcaatgataatgca 44950580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1092493 - 1092250
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1092493 tagcaaagccatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgtcaattaagtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 1092394  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1092393 tggcaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatttttgatcgtttaaaggaacatatatgattgtata 1092294  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092293 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtgataatgca 1092250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 54602830 - 54603074
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54602830 tagcaaagtcatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtcttatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 54602929  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  54602930 tgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgttcgatcgtttaaagaaacatatatggttgtata 54603029  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54603030 tcgttaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 54603074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 20819693 - 20819458
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20819693 catatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtg 20819594  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  20819593 tggttgtactttactatgctgactttctaatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaa 20819494  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20819493 cttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 20819458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 35235323 - 35235079
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  35235323 tagcaaagccatataatttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatc 35235224  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  35235223 tgacatgtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttatata 35235124  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35235123 ccatcaaaacatagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 35235079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Original strand, 40066203 - 40066438
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  40066203 catatactttgacatcttggtaattcttggttacaccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatttgacaagtg 40066302  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||    
T  40066303 tggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaagaacatatatggttctataccgtcaaaa 40066402  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40066403 cttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 40066438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Original strand, 32751400 - 32751635
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  32751400 catatattttgacatgttgataattgttggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtg 32751499  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    ||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  32751500 tggttgtactttactacattgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaa 32751599  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32751600 catagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 32751635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 100 - 325
Target Start/End: Original strand, 54627748 - 54627973
Alignment:
Q  100 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||||    
T  54627748 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatatatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatcagacaaatgtggttgtac 54627847  T
Q  200 tttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  54627848 tttactatgcaga-cttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaa 54627946  T
Q  300 -atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  54627947 tatgctccacaattcagtgataatgca 54627973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 24782779 - 24783032
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattattt-atgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccat 180  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24782779 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtattattttatgtgctttattatgtatgacatgtattagttttccat 24782878  T
Q  181 ct--------gacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacat 272  Q
    ||        ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  24782879 ctgacaatctgacaagtgtgattgtactttactatgctgactctcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcatttaaaggaacatatat 24782978  T
Q  273 gattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24782979 ggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 24783032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 35234221 - 35233977
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  35234221 tagcaaagccatatattttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatatgtcattcatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatc 35234122  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |  ||| ||| ||| |||||||    
T  35234121 tgacaggtgtggctgtactttgctatgctgtcttttatatcattaggcactaatacatggttaatgtttgatcgtttcagagaaaatatatggttgtata 35234022  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35234021 ccgtaaaaacttagctaatatcctccacaattcagtgataatgca 35233977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 54493198 - 54492953
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattctt-ggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccat 180  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| |||    
T  54493198 tagcaaagccatatattttgacatcttgataattttttggctatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtataccatgcattagtttttcat 54493099  T
Q  181 ctgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtat 280  Q
     ||||| |||||| | ||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||| ||| ||||||    
T  54493098 ttgacaggtgtggttatactttgttatgctgactttcatatcattaggctctaatacatcattaatgtttgatcgtttcggagaacatatatggttgtat 54492999  T
Q  281 accgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  54492998 accgtcaaaacttaactaatatgctccacaattcaatgataatgca 54492953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 242
Target Start/End: Original strand, 55482038 - 55482162
Alignment:
Q  118 tggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttc 217  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  55482038 tggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttttcatatgacaagtgtggctgtacgttgctatgctgactttc 55482137  T
Q  218 atatcgttagactctaatacatgat 242  Q
    ||||| |||  || |||||||||||    
T  55482138 atatcattatgctataatacatgat 55482162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 246 - 325
Target Start/End: Original strand, 20410995 - 20411075
Alignment:
Q  246 tgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  20410995 tgtttgatcgtttaaagaaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctttacaattcagtgataatgca 20411075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 274 - 325
Target Start/End: Original strand, 46650973 - 46651025
Alignment:
Q  274 attgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46650973 attgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 46651025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 271 - 325
Target Start/End: Original strand, 35235736 - 35235791
Alignment:
Q  271 atgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35235736 atgattgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 35235791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 190
Target Start/End: Original strand, 55481556 - 55481641
Alignment:
Q  105 tcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||  |||| |||||||    
T  55481556 tcttggtaattattggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtaatgcattagtttttaatctaacaagtg 55481641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 32750973 - 32750922
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  32750973 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgca 32750922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 325
Target Start/End: Original strand, 35234609 - 35234664
Alignment:
Q  271 atgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  35234609 atgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgttgcacaattcagtgataatgca 35234664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 54627313 - 54627262
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54627313 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 54627262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 24782364 - 24782313
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  24782364 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcaacaattcagtgataatgca 24782313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 55482169 - 55482220
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  55482169 ttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcggtgataatgca 55482220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 20820122 - 20820173
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  20820122 ttgtatatcgacaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatgca 20820173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 40065776 - 40065725
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  40065776 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcaatgataatgca 40065725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 40791669 - 40791591
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  40791669 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 40791591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 283 - 325
Target Start/End: Original strand, 50672432 - 50672475
Alignment:
Q  283 cgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50672432 cgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgca 50672475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 54602413 - 54602364
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  54602413 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaca--tcagtgataatgca 54602364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 5574445 - 5574202
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5574445 tagcaaagccatatactgtgacatcttggtaattatcggttatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 5574346  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  5574345 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgaacgtttaaagaaacatatatgattgtata 5574246  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5574245 ccgtcaaaacttagctaaatgctccacaattcagtggtaatgca 5574202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Original strand, 17648000 - 17648235
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17648000 catatactctgacatcttgttaattcttggttatgtcaatcatatattatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtg 17648099  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  17648100 tggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaa 17648199  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  17648200 cttagctaatatgctccacaatttagtgataatgca 17648235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 115 - 325
Target Start/End: Original strand, 6915089 - 6915300
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgatt 214  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| ||| |    
T  6915089 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggttgtactttgttatgttgact 6915188  T
Q  215 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattc 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||     
T  6915189 ttcatatcattaggctctaatacatgattaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaatta 6915288  T
Q  314 agtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||    
T  6915289 agtgataatgca 6915300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 185 - 325
Target Start/End: Original strand, 24087224 - 24087358
Alignment:
Q  185 caagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccg 284  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||      ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24087224 caagtgtggctgtactt-attatgttgactttcatatc------ctctaatacttggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccg 24087316  T
Q  285 tcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24087317 tcaaaacttagctaatatgcttcacaattcagtgataatgca 24087358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17647574 - 17647523
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17647574 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 17647523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 182
Target Start/End: Original strand, 20731469 - 20731544
Alignment:
Q  107 ttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatct 182  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  20731469 ttggtaattcttagttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttttcatct 20731544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 26359676 - 26359727
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  26359676 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatgca 26359727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Original strand, 5574861 - 5574909
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5574861 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataat 5574909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Original strand, 19293021 - 19293099
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  19293021 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 19293099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Original strand, 5577166 - 5577244
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  5577166 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 5577244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26359427 - 26359376
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||    
T  26359427 ttgtatatcgtcaaaacttagttaatatactccacaattcagtgataatgca 26359376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 20731095 - 20731163
Alignment:
Q  139 atttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatg 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||    
T  20731095 atttatgtgcttcattatgcatgtcatgtattatttttccatccga-gagtgtggttgtactttgctatg 20731163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 6336675 - 6336919
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6336675 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 6336774  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6336775 tgacaagtgtggttgtactttactatggtgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 6336874  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6336875 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 6336919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 56443608 - 56443364
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56443608 tagcaaagccatatactttgacatctttgtaatttttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 56443509  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56443508 tgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaagacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 56443409  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  56443408 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 56443364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1613919 - 1613684
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  1613919 catatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctcacaagtg 1613820  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  1613819 tggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgtttaaagggacatatatggttgtataccatcaaaa 1613720  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1613719 cttagctaatatgctccacaatttagtgataatgca 1613684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 55082916 - 55082672
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  55082916 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttctatc 55082817  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  55082816 tgacaagtatggttgtcctttactatgttgactttcatatcgttaaactctaatacatagttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatattgttgtata 55082717  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55082716 ccgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 55082672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 48083417 - 48083180
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatga--catgtgttagttttccatctgacaag 188  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||| |    
T  48083417 catatattttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtgtcatgcattagttttccatctgacagg 48083318  T
Q  189 tgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaa 288  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  48083317 tgtgactgtattttgctatgctgactttcatatcattaagctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaa 48083218  T
Q  289 aacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48083217 aatttagctaacatgctccacaattcagtgatattgca 48083180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 139 - 325
Target Start/End: Original strand, 42259977 - 42260164
Alignment:
Q  139 atttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaataca 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||   || ||||||    
T  42259977 atttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccttctgacaggtgtgactgtactttgctatgctgactttcatatcattaagttcaaataca 42260076  T
Q  239 tgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || ||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  42260077 tggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagccaatatgctacacaattaagtgataatgca 42260164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 12800665 - 12800504
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  12800665 tagcaaagccatatattttgacatctttgtagtttttggttatgtcaatcatatgttatttatgtgcttcattttgtatgtcatgcattagttttccatc 12800566  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgatt 243  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  12800565 tgacaggtgtggttgtactttgctatgttgactttcatatcattaggctccaatacatgatt 12800504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 271 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 42259571 - 42259516
Alignment:
Q  271 atgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42259571 atgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 42259516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12800513 - 12800457
Alignment:
Q  267 atacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12800513 atacatgattgtataccgtcaaaacatagctaatatgctctacaattcagtgataat 12800457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 56444025 - 56444076
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  56444025 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 56444076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 278 - 325
Target Start/End: Original strand, 1614741 - 1614789
Alignment:
Q  278 tataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1614741 tatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 1614789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17215249 - 17215171
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17215249 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgaataccgtcaaaacttaactaatatgcttcacaa-tcagtgataatgca 17215171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 36112044 - 36112095
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  36112044 ttgtataccgtcaaaatttagctaatatgttccacaattcagtgataatgca 36112095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Original strand, 39334197 - 39334275
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  39334197 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 39334275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 17215306 - 17215246
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttt 175  Q
    |||||||||||||||| || | | ||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||    
T  17215306 tcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcattatgtatgccatgcattagttt 17215246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 15565229 - 15565473
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15565229 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 15565328  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  15565329 tgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaacgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 15565428  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  15565429 ccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgca 15565473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 100 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26282 - 26056
Alignment:
Q  100 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtac 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  26282 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagcgtggttgtac 26183  T
Q  200 tttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  26182 tttactatgctgactttcatatcgttagactataatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtgtaccgtcaaaacttagctaa 26083  T
Q  300 -atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  26082 tatgctccacaattcagtgataatgca 26056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 20832194 - 20831950
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20832194 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaatttttggttatgtcaatcatgcattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 20832095  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  20832094 tgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatttttaatgttttatcgtttaaatgaacatatatggttgtata 20831995  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20831994 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 20831950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44308584 - 44308344
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44308584 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 44308485  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    | ||    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  44308484 taac----gtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 44308389  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44308388 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 44308344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 115 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 25630623 - 25630412
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgatt 214  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||| |    
T  25630623 tcttgtttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgaaaggtgtggctctactttgctatgctgact 25630524  T
Q  215 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattc 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| || | ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  25630523 ttcatatcattaggctctaatacatggttaatgtttgatcgcttcagggagcatatatggttgtataccgtcaaaacttagttaatatgctccacaattc 25630424  T
Q  314 agtgataatgca 325  Q
    | ||||||||||    
T  25630423 aatgataatgca 25630412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12502536 - 12502324
Alignment:
Q  114 ttcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgat 213  Q
    |||||||||||| ||||||| | | |||||||||||| ||||||||||  |||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||     
T  12502536 ttcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgctttattatgtatgttatgcattagttttccatctgacatgtgtggttgtactttgttatgctgac 12502437  T
Q  214 tttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaatt 312  Q
     |||||||| |||  |||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||  || ||||||||| |||||| ||||||    
T  12502436 gttcatatcattaagctctaatatatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtatatcgtagaagcttagctaatatgctctacaatt 12502337  T
Q  313 cagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||    
T  12502336 cagtgataatgca 12502324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 229 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6869311 - 6869218
Alignment:
Q  229 ctctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataa 321  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6869311 ctctaatacatagttaatgtttgatcgtttcatggaacatatatgattgtataccgtcaaaatttagctaacatgctccacaattcagtgataa 6869218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 15730794 - 15730731
Alignment:
Q  262 ggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  15730794 ggaacatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgcttcacaa-tcagtgataatgca 15730731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 270 - 325
Target Start/End: Original strand, 9879059 - 9879115
Alignment:
Q  270 catgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9879059 catggttgtatatcgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 9879115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 26721 - 26772
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26721 ttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 26772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 12502986 - 12503037
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  12502986 ttgtataccgacaaaacttagctaatatgctccacaattcactgataatgca 12503037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 25094419 - 25094368
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25094419 ttgtatatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgca 25094368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 25631068 - 25631119
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  25631068 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctagaattcagtgataatgca 25631119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Original strand, 20832608 - 20832656
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  20832608 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccataattcagtgataat 20832656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15564809 - 15564761
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15564809 ttgtatatcatcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataat 15564761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 100 - 325
Target Start/End: Original strand, 9708604 - 9708830
Alignment:
Q  100 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtac 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  9708604 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtgattctac 9708703  T
Q  200 tttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9708704 tttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaa 9708803  T
Q  300 -atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  9708804 tatgctccacaattcagtgataatgca 9708830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 15830557 - 15830801
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15830557 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 15830656  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    | |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  15830657 tcacaagtgtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtata 15830756  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15830757 ccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 15830801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 115 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36207419 - 36207207
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgatt 214  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| |    
T  36207419 tcttggttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattaattttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgact 36207320  T
Q  215 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattg--tataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaat 311  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36207319 ttcatatcattag-ctctaatacatggttaatgtttgttcgtttcagggaacatatatggttgtatataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 36207221  T
Q  312 tcagtgataatgca 325  Q
    | ||||||||||||    
T  36207220 taagtgataatgca 36207207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 38937804 - 38937620
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgatt 214  Q
    |||||||||||||||| || | | ||||||||| |||||  ||||||  |||  |||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||| |    
T  38937804 tcttggttatgccaattatatgtcatttatgtgtttcatcgtgtatgctatgcattagtttttcatctgacaggtgtagttgtactttattatgctgact 38937705  T
Q  215 ttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    |||| ||| | || |||||||||||| ||||| ||||||||||| | | ||||||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  38937704 ttcacatcatcaggctctaatacatggttaatttttgatcgtttcatgtaacatatgtggttgtataccgtcaaaacttatctaa 38937620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 229 - 325
Target Start/End: Original strand, 3106830 - 3106927
Alignment:
Q  229 ctctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3106830 ctctaatacatggttaatgtttggtcgtttcagggaacatatatggttgtatatcgttaaaacttaactaatatgctccacaattcagtgataatgca 3106927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 9708158 - 9708107
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9708158 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 9708107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 325
Target Start/End: Original strand, 36207854 - 36207909
Alignment:
Q  271 atgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  36207854 atgattgtataccgtcaaaacttagctaatattgtccacaattcagtgataatgca 36207909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 7278139 - 7278059
Alignment:
Q  189 tgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacata 269  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| |||  |||||||||  | ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  7278139 tgtgggtgtactttgctatgctgactatcatatcattatgctctaatacgcggttaatgtttgatcgttttatggaacata 7278059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 15830136 - 15830088
Alignment:
Q  278 tataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  15830136 tatatcgtcaaaacttagctattatgctccacaattcagtgataatgca 15830088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 39365320 - 39365076
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39365320 tagcaaagccatatactatgacatcttggtaattcttaattatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 39365221  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  39365220 tgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttggactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 39365121  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39365120 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 39365076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 100 - 325
Target Start/End: Original strand, 1799425 - 1799651
Alignment:
Q  100 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtac 199  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1799425 tgacatcttggtaattcttgattatgccaatcatatattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtac 1799524  T
Q  200 tttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1799525 tttactatgctgactttcatatcgttagactctagtacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacaaatatggttgtataccgtcaaaacttagctaa 1799624  T
Q  300 -atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  1799625 tatgctccacaattcagtgataatgca 1799651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44431666 - 44431422
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44431666 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 44431567  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    | ||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  44431566 taacaagtgcggttgtactttactatgttgactttcatatcattagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaagaacatatatggttgtata 44431467  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44431466 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 44431422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 16835070 - 16835314
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  16835070 tagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttgggtatgtcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtaagacatgtattagttttccatc 16835169  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  16835170 tgacaaatgtggttgtactttattatgctgactttcatatcgttgaactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtata 16835269  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16835270 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 16835314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 46295130 - 46295374
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  46295130 tagcaaagccatatactttgacatcttgataattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatc 46295229  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  46295230 tgacaaatgtggttgtactttactatgctgactttcataccgttagactataatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatcgttgtata 46295329  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  46295330 tcgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgca 46295374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Original strand, 21247152 - 21247396
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  21247152 tagcaaagccatatattttgacatcttggttattcttggttatgccaatcatatattatttatgtgcttcattatgtatcacatgtattagttttccatc 21247251  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  21247252 tgacaagtatggctgtactttactatgctgactttcatatcattataccttaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggatcatatatggttgtata 21247351  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21247352 caatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 21247396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 100 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 29487748 - 29487522
Alignment:
Q  100 tgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29487748 tgacatcttggtaattcttggttatgcgaatcatatatcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggctgtac 29487649  T
Q  200 tttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29487648 tttgctatgctgactttcatatcattagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttgagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaa 29487549  T
Q  300 -atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29487548 catgctccacaattaagtgataatgca 29487522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 82 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 42775198 - 42774958
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  42775198 tagcaaagccatatattttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatatgtcatttctgtgctttattatgtatgtcatgcattagttttccatc 42775099  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  42775098 tgacaggtgtggctgtactttgctatgctga-cttcatatcattaggctctaatacatggtaaatgtctgatcgtttcagggaacatatatggttgtata 42775000  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42774999 ccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataat 42774958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 25377202 - 25376967
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  | | | |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| ||| |||| |||    
T  25377202 catatattttgacatcttagtaattcttggttatgcaaattctatgtgatttatgtgcttcactatgtatgtcatgcattagttttctatccgacaggtg 25377103  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
    || ||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  25377102 tgactgtactttgctatgttgactttcatatcattaggctctaatacatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtatagcgtcaaaa 25377003  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  25377002 cttagctaatatgctccacaatttagtgataatgca 25376967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 110 - 325
Target Start/End: Original strand, 16797891 - 16798108
Alignment:
Q  110 gtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgc 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| ||||| || |||||| |||||     
T  16797891 gtaattcttggttatgtcaatcatgtgccatttatgtgcttcattatgtatgccatatattagtttttcatctgacaggtgtgactttactttgctatgt 16797990  T
Q  210 t-gattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctcca 307  Q
    | || ||||||||| |||| |||||||| ||  ||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16797991 tggactttcatatcattaggctctaatatatagttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatactcca 16798090  T
Q  308 caattcagtgataatgca 325  Q
    |||||| |||||||||||    
T  16798091 caattcggtgataatgca 16798108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 232 - 325
Target Start/End: Original strand, 48731384 - 48731478
Alignment:
Q  232 taatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| || ||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  48731384 taatacatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttatatgctgtcaaaactaagctaatatgctccacaattcaatgataatgca 48731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 23703644 - 23703695
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23703644 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 23703695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1799053 - 1799002
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1799053 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 1799002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 44432085 - 44432136
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44432085 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 44432136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 46294732 - 46294677
Alignment:
Q  271 atgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46294732 atgattatatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 46294677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16834652 - 16834601
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16834652 ttgtatatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgca 16834601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 325
Target Start/End: Original strand, 40315396 - 40315443
Alignment:
Q  279 ataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  40315396 ataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattaagtgataatgca 40315443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 325
Target Start/End: Original strand, 11202031 - 11202073
Alignment:
Q  284 gtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11202031 gtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 11202073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Original strand, 19076200 - 19076248
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  19076200 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataat 19076248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Original strand, 19124090 - 19124138
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  19124090 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataat 19124138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 23703310 - 23703262
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23703310 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctacacaattcagtgataat 23703262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 247 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 45141785 - 45141733
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa 299  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  45141785 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaa 45141733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 21246738 - 21246691
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataa 321  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  21246738 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcattgataa 21246691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 27234699 - 27234652
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataa 321  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27234699 ttgtataccgtcaaaacttagttaatatgttccacaattcagtgataa 27234652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1785 - 1542
Alignment:
Q  82 tagcataggcatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatc 181  Q
    ||||| || |||||| | |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1785 tagcaaagccatatactttgacatcttgataattcttagttatgcgaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatc 1686  T
Q  182 tgacaagtgtggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtata 281  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  1685 tgacaagtgtggttgtactttactatgctga-cttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgattaaaggaacatatatggttgtata 1587  T
Q  282 ccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  1586 tcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcaatgataatgca 1542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Original strand, 2195 - 2246
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2195 ttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 2246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 197 - 325
Target Start/End: Original strand, 42198 - 42327
Alignment:
Q  197 tactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagc 296  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  42198 tactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagc 42297  T
Q  297 taa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42298 taatatgctccacaattcagtgataatgca 42327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 91 - 316
Target Start/End: Original strand, 1563622 - 1563844
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtg 190  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| || ||||| |      
T  1563622 catatatttcgacatctcggtaattcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgacagg-- 1563719  T
Q  191 tggctgtactttactatgctgattttcatatcgttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaa 290  Q
      | ||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||| |||||||  ||| |||||||||||||| || | |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  1563720 --gttgttctttgctatgctgacttttatatcattaggctctaatggatggttaatgtttgatcggttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaa 1563817  T
Q  291 cttagctaa-atgctccacaattcagt 316  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||    
T  1563818 cttatctaatatgctccacaattcagt 1563844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 91 - 180
Target Start/End: Original strand, 11099648 - 11099737
Alignment:
Q  91 catatattgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccat 180  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11099648 catatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccat 11099737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 325
Target Start/End: Original strand, 11099739 - 11099842
Alignment:
Q  223 gttagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataa 321  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11099739 gttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtataaaggagcatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataa 11099838  T
Q  322 tgca 325  Q
    ||||    
T  11099839 tgca 11099842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 235 - 325
Target Start/End: Original strand, 28538051 - 28538142
Alignment:
Q  235 tacatgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  28538051 tacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataatgca 28538142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 1563183 - 1563132
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1563183 ttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgataatgca 1563132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 325
Target Start/End: Original strand, 23075118 - 23075196
Alignment:
Q  247 gtttgatcgtttaaaggaacatacatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgca 325  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  23075118 gtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaa-tcagtgacaatgca 23075196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 28537813 - 28537765
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  28537813 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaaaattcagtgataat 28537765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 220
Target Start/End: Original strand, 425054 - 425159
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgatt 214  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||| |||| | |||||||| ||||||||| |    
T  425054 tcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatggattagttttcaatctgacaggtgttgttgtactttgctatgctgact 425153  T
Q  215 ttcata 220  Q
    ||||||    
T  425154 ttcata 425159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 115 - 175
Target Start/End: Original strand, 13038 - 13098
Alignment:
Q  115 tcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttt 175  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  13038 tcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttt 13098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12763 - 12715
Alignment:
Q  275 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataat 322  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12763 ttgtataccctcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataat 12715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University