View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12030_low_3 (Length: 602)

Name: NF12030_low_3
Description: NF12030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12030_low_3
NF12030_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-586)||(8337977-8338553)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (68-531)||(21482146-21482605)
chr4 (69-586)||(36100150-36100669)
chr4 (172-586)||(36107515-36107928)
chr4 (182-526)||(34971777-34972120)
chr4 (69-529)||(36090464-36090933)
chr4 (112-163)||(34972148-34972199)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (68-531)||(6838181-6838634)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 586
Target Start/End: Original strand, 8337977 - 8338553
Alignment:
Q  9 gagatggacatcaaagtaacaaaccacattgttatcagtacaactgagacaatgtgtacattgtcttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtcta 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8337977 gagatgcacatcaaagtaacaaaccacattgttattagtacaactgagacaatgtgtacattgtcttttctcttgacaaccttaacaatttttatgtcta 8338076  T
Q  109 tttcaacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctcaaacttcaaattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338077 tttcaacaacaacatcacaatcatccatttaaacttttctcaattgtttttctcaaacttcaaattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaa 8338176  T
Q  209 acacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgc 308  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338177 -cacctcattctcaaccatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaacaccaaaatctttggcaattataactgcaaaagatgc 8338275  T
Q  309 ttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaagtggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8338276 ttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaagtggcggccacgactacgaaggcttctcttacgtatca 8338375  T
Q  409 gatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggta 508  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338376 gacatatcttttgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggta 8338475  T
Q  509 agatttattataccattgcaaagnnnnnnnnttctcttgctttcccgtctggggtctgttctacactaggtgctggtg 586  Q
    |||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338476 agatttattataccattgcaaagaaaaacaattctcttgctttcccgtctggggtctgttctacactaggtgctggtg 8338553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 68 - 531
Target Start/End: Original strand, 21482146 - 21482605
Alignment:
Q  68 attgtcttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtctatttcaacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctcaaact 167  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||| ||    
T  21482146 attgtcttttctcttcataactttaacaattgtcatgtctatttcaacaacaacatcacaatcaccctttcaaaattttctcaattgcttttctcaatct 21482245  T
Q  168 tcaaattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaa 267  Q
    |  |||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||      
T  21482246 ttgaattcctctatctctgatatcatttacactccaaacaat-atctcattctcaaccatcctcaacatgaaaatacaaaacaagagatttaaaacaa-- 21482342  T
Q  268 acaacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattc 367  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||| ||||| |||||||| ||||| |    
T  21482343 -caacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattctcatgtccaagcaacaattcaatgcctcaaaagtaacaaaattcagatcagaatcc 21482441  T
Q  368 gaagtggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttaca 467  Q
    |||||||||| |||||||  ||||| ||||| || | |||||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  21482442 gaagtggcggccacgactttgaaggtttctcatatgtatcagacgtgccttttgttataattgacttgcttcatctcaattcagttgatgtcaatttaca 21482541  T
Q  468 agatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaag 531  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| | || ||| ||||||||||||||| ||||    
T  21482542 agaagaaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggaaagctttattataccattggaaag 21482605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 69 - 586
Target Start/End: Original strand, 36100150 - 36100669
Alignment:
Q  69 ttgtcttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtctatttcaacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctcaaactt 168  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||   ||    
T  36100150 ttgttttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtctgtttcaacaacaacatcactatcacccattcaaaatcttctcaattgtttttatcattatt 36100249  T
Q  169 caaattccccta--tc-tctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaa 265  Q
    |  | ||   ||  || |||||  | ||||||   ||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  36100250 ctcaatcttttaattcatctgacattatttacggtccaaa-aaacccctcattctcaaccatcctaaatatgaaaatacataacaagagatttaaaacag 36100348  T
Q  266 aaacaacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaat 365  Q
     |||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||  |||||||    
T  36100349 caacatcaccaaaagctttagcaattataactccaaaagatgattctcatgtccaaacaacaattaaatgtgccaaaatcaacaacttccaattaagaat 36100448  T
Q  366 tcgaagtggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaattta 465  Q
     ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||  |||||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  36100449 ccgaagtggcggccacgattatgaaggcttctcatacttatcagacgtgccttatgttataattgacttgcttcacctcaattcagttgaagtcaattta 36100548  T
Q  466 caagatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaagnnnnnnnnttctcttgctttcccgtctggggtct 565  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||        ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36100549 caagatgaaacaacatgggttgaagctggtgcaacacttggtaagatttattataccatttcaaagaaaaataattctcttgctttcccatctggggtct 36100648  T
Q  566 gttctacactaggtgctggtg 586  Q
    ||| | | |||||||||||||    
T  36100649 gtttttctctaggtgctggtg 36100669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 172 - 586
Target Start/End: Original strand, 36107515 - 36107928
Alignment:
Q  172 attcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaa 271  Q
    |||||| | |||||||||| | |||||||||||||||   ||||||||||||  ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||  |||||    
T  36107515 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatg-cctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa 36107613  T
Q  272 caccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaag 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  36107614 caccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcgcatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaag 36107713  T
Q  372 tggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagat 471  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || || | |||||||||  ||| | ||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  36107714 tggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttattatacttgacatgtttcatctcaattcagttgatatcaatttacaagaa 36107813  T
Q  472 gaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaagnnnnnnnnttctcttgctttcccgtctggggtctgttcta 571  Q
      ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||             ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  36107814 tcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttta 36107913  T
Q  572 cactaggtgctggtg 586  Q
    | |||||||||||||    
T  36107914 ctctaggtgctggtg 36107928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 182 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 34972120 - 34971777
Alignment:
Q  182 ctctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaacaccaaaacc 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||| |||||  | | |||||  ||||||| |||| || ||| |||||| ||||| ||    
T  34972120 ctctgaagtcatttacacaccaaacaat-acctcattctcagccatactaaatgtaagaatactaaacaagatatttaaagcaacaacaaccccaaagcc 34972022  T
Q  282 tttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaagtggcggtcac 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||     
T  34972021 tttggcaattataactgcaaaagatgtttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagtaacaacattcagataagaattcgaagtggagggcat 34971922  T
Q  382 gactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagatgaaactgcat 481  Q
    ||||| ||||| || || ||   |||||||||  ||| | || || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||  |||    
T  34971921 gactatgaaggtttatcatatttatcagatgtgccttttattgtacttgacatgtttcacctcaattcagttgatgtcaatttacaagaatcaacaacat 34971822  T
Q  482 gggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattg 526  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  34971821 gggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattatacaattg 34971777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 69 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 36090933 - 36090464
Alignment:
Q  69 ttgtcttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtctatttcaacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctca----- 163  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| || || ||||| |||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||||||||         
T  36090933 ttgttttttctcttgacaactataacagttgtcttgtctgtttctacaacaacatcacaatctcccatttaaaattttctcacttgtttttctcattatt 36090834  T
Q  164 ----aacttcaaattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttg 259  Q
        | |||  ||||||| | | |||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||| | ||||||||||||||| ||||||||||      
T  36090833 ctcaatctttgaattcccatgtttctgacatcatttacactcaaaacaa-cacctcattcttaaccatcttcaacatgaaaatacattacaagagattca 36090735  T
Q  260 aaacaaaaacaa-caccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcaga 358  Q
    |||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  36090734 aaacagcaacaaacactaaaacctttggcaattataacagtaaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcaga 36090635  T
Q  359 taagaattcgaagtggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatct 458  Q
    | ||||||||||||||||| || || |||||||| || ||  | | ||||||  |  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |    
T  36090634 tcagaattcgaagtggcggacatgattacgaaggtttatcaaatgtatcagacatgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgt 36090535  T
Q  459 caatttacaagatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaa 529  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  36090534 caatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcaggtgcaatacttggtaagatttattatacgattgcaa 36090464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 112 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 34972199 - 34972148
Alignment:
Q  112 caacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctca 163  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  34972199 caacaacaacatcacaatcacccattcaaaattttcttaactgtttttctca 34972148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 68 - 531
Target Start/End: Original strand, 6838181 - 6838634
Alignment:
Q  68 attgtcttttctcttgacaaccttaacaattttcatgtctatttcaacaacaacatcacaatcatccattcaaacttttctcaattgtttttctcaaact 167  Q
    ||||| ||||||  || |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||| | ||||||  |||| | |||||| |||| ||        
T  6838181 attgtgttttcttatggcaaccttaacaattgtcttgtctaattcaacaacaacagcaaaatcacctattcaacattttataaattgtctttcaca---- 6838276  T
Q  168 tcaaattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaaacacctcattctcaaacatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaa 267  Q
         ||||| | |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| || ||||||||| |||||  |    
T  6838277 -----ttcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaa-cacctcattctcaactatcctcaacataaaaatacaaaataagagatttaaaacagca 6838370  T
Q  268 acaacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattc 367  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  6838371 acaacaccgaagcctttggcaattataactgtaaaagatgattctcatgtccaagaaacagttaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattc 6838470  T
Q  368 gaagtggcggtcacgactacgaaggcttctcttacggatcagatgtatcttctgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttaca 467  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |  || || | |||||||||  ||| ||||||| ||||| || |||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  6838471 gaagtggtggtcacgactatgaaggttgttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatctcaattctgttgatgtcaatttaca 6838570  T
Q  468 agatgaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaag 531  Q
    |||   ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  6838571 agaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataccattgcaaag 6838634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University