View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12032_high_7 (Length: 492)

Name: NF12032_high_7
Description: NF12032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12032_high_7
NF12032_high_7
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (20-383)||(4783799-4784162)
chr7 (20-383)||(4816228-4816591)
chr7 (20-481)||(4636533-4636988)
chr7 (25-383)||(4863690-4864048)
chr7 (31-301)||(4643521-4643791)
chr7 (29-378)||(4630700-4631049)
chr7 (37-301)||(4672526-4672790)
chr7 (27-392)||(4666694-4667062)
chr7 (24-243)||(4662899-4663118)
chr7 (19-421)||(4712038-4712437)
chr7 (19-303)||(4697153-4697437)
chr7 (25-299)||(4653372-4653646)
chr7 (24-309)||(4845983-4846268)
chr7 (50-116)||(4647561-4647625)
chr7 (343-412)||(4846299-4846365)
chr7 (343-392)||(4643445-4643494)
chr7 (332-392)||(4672435-4672495)
chr7 (332-378)||(4697466-4697512)
chr7 (247-306)||(4647378-4647437)
chr7 (261-313)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-392)||(18925705-18926078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 20 - 383
Target Start/End: Original strand, 4783799 - 4784162
Alignment:
Q  20 atgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783799 atgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 4783898  T
Q  120 acaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgtt 219  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4783899 acaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgtt 4783998  T
Q  220 cataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4783999 cataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaacctatgc 4784098  T
Q  320 ctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataa 383  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4784099 ctacggtatatcgtgatgtcacgttgaatggaattgagattttgaaaataagtgataaaaataa 4784162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 20 - 383
Target Start/End: Original strand, 4816228 - 4816591
Alignment:
Q  20 atgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816228 atgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 4816327  T
Q  120 acaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgtt 219  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816328 acaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgtt 4816427  T
Q  220 cataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4816428 cataaggattatgccgtgactatgggttctcatggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacatcgattaccaaaacctatgc 4816527  T
Q  320 ctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataa 383  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4816528 cttcggtatatcgtgatgtcacgttgaatggaattgagattttgaaaataagtgataaaaataa 4816591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 4636988 - 4636533
Alignment:
Q  20 atgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 119  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636988 atgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaa 4636889  T
Q  120 acaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgtt 219  Q
      |  | |||||||||   |||||||| ||||||||| | | ||||| ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  4636888 ctataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtatggttcctgtt 4636789  T
Q  220 cataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgc 319  Q
    |||||||||||||  ||  ||||||      | ||   || |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||    
T  4636788 cataaggattatgttgtttctatgg------agggattaatctctcaaattgaaagagtttatctttcaatcaagcttcaacgattaccacaacccatgc 4636695  T
Q  320 ctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacattat 419  Q
    |||| || ||||||||||| |   | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636694 ctacagtatatcgtgatgttattcttaatggaatcgagattttcaaaattagtgataaatataacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacattat 4636595  T
Q  420 actttcatctaaaaaatcaaagtccaagaagtcaaccatagtcatagttggagtttcatctc 481  Q
    ||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4636594 actatcatctcaaaaacaaaagtccaagaagtcaactgtagtcatagttggagtttcatctc 4636533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 25 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 4864048 - 4863690
Alignment:
Q  25 acagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacagg 124  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | | |      
T  4864048 acagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaata 4863949  T
Q  125 atggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataa 224  Q
    | |||||||||   |||||||||||||||| | ||||| |||||||   ||  |||||||||||| ||||||| ||| ||| | | ||||||||||||||    
T  4863948 aaggtgatagagcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcataa 4863849  T
Q  225 ggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacg 324  Q
    ||||||| | ||| ||||    ||| |||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||  | |||  |||     
T  4863848 ggattatactgtgtctataaactctgaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaacctttcgctcaagttacaacaattaccaaagaccatgtttaca 4863749  T
Q  325 gtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataa 383  Q
       || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  4863748 aaataccgtgatgttacgttgaatggaatcgagatttttaaaataagcgataaaaataa 4863690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 31 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643521
Alignment:
Q  31 gattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtg 130  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | | |  | ||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtg 4643692  T
Q  131 atagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggatta 230  Q
    |||||   |||||||| ||||||||| | | ||||| ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  4643691 atagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggatta 4643592  T
Q  231 tgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaac 301  Q
    |||  || ||||||  | |||||  |||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||| ||||    
T  4643591 tgcaatgtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaatctttcaatcaagcttcaac 4643521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 29 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 4631049 - 4630700
Alignment:
Q  29 aggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatgg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |   || | | |  | ||    
T  4631049 aggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaagg 4630950  T
Q  129 tgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggat 228  Q
    |||||||   |||||||||||||||| | | | | | |||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||    
T  4630949 tgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggat 4630850  T
Q  229 tatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctacggtgt 328  Q
    ||||  |||  ||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||  |||| || |||| |  ||  | |    
T  4630849 tatgttgtgcttatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcgacgagcaccagaaactatacacacaatat 4630750  T
Q  329 atcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaa 378  Q
    |||||||||||  | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4630749 atcgtgatgtcctgctgaatggaattgagattttcaaaataagtgataaa 4630700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 37 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672526
Alignment:
Q  37 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||   |    |||||||||     
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  137 gatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgt 236  Q
      ||||||||||| |||| | | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  4672690 cctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctgatgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgctgt 4672591  T
Q  237 gactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaac 301  Q
     ||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||    
T  4672590 cactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttctattaagcttcaac 4672526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 27 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 4667062 - 4666694
Alignment:
Q  27 agaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggat 126  Q
    |||| |||| ||||| || ||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |        
T  4667062 agagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatcca 4666963  T
Q  127 ggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgat---aaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcata 223  Q
    |||||||||   ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||| |     || | ||||||| || | | |||||||||||||    
T  4666962 ggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgctttattggagtagtggtgttcgtatggttcctgttcata 4666863  T
Q  224 aggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatgcctac 323  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||  ||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||| ||||| || || |   |||    
T  4666862 aggattatgccttgactatggattctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttcaacgagtaccagaaactgtctttac 4666763  T
Q  324 ggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 392  Q
        ||  ||||||||    | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4666762 aaaatacagtgatgtccttcttaatggaatcgagattttaaaaataagtgacaaaaataacaatctcgc 4666694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 4663118 - 4662899
Alignment:
Q  24 gacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacag 123  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |     
T  4663118 gacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaat 4663019  T
Q  124 gatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcata 223  Q
     | ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| | ||||  |   || ||||||||||||||||||  || || | | |||||||||||||    
T  4663018 aaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcata 4662919  T
Q  224 aggattatgccgtgactatg 243  Q
    |||||||||  |||||||||    
T  4662918 aggattatggtgtgactatg 4662899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Original strand, 4712038 - 4712437
Alignment:
Q  19 gatgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatca 118  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  4712038 gatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatca 4712137  T
Q  119 aacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgt 218  Q
    |  |  | |||||||||   |||||||| || ||  |||||| ||||||||||| |   |||||||||||    |||||||||| |    |  |||||||    
T  4712138 agaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgt 4712237  T
Q  219 tcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatg 318  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||   ||||||   ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||  |||| ||  |||     
T  4712238 tcataaggattatgctgtgaaaatgtactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaacctttcaattaagcttcaacgagaaccagaaagtatc 4712337  T
Q  319 cctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgctggtttgaatcccaacaaacacatta 418  Q
       ||    || ||||||||||   |||||||||| |||||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4712338 tacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataagtgataaa---aataatctcgctggtttgaatcccatcaaacacatta 4712434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 303
Target Start/End: Original strand, 4697153 - 4697437
Alignment:
Q  19 gatgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatca 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4697153 gatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatca 4697252  T
Q  119 aacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgt 218  Q
    || |    |||||||||   ||||| || ||||||| | ||| |||||| ||   ||  |||||||||||    ||||||  | ||||| | ||||||||    
T  4697253 aaaatataggtgatagagtctttcaaatattcatagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgt 4697352  T
Q  219 tcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacga 303  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||   |||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  4697353 tcataaagattatgctgtgtctatgcactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagacttaatctttcaatcaagctacaacga 4697437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 4653646 - 4653372
Alignment:
Q  25 acagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |      
T  4653646 acagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggata 4653547  T
Q  125 atggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataa 224  Q
    | |||||||||   || ||||| || ||| |||||   ||||||||||||| ||||||||||||    |||||   ||||| |||  |||||||||||||    
T  4653546 aaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatggagcaatgctcgtttgattcctgttcataa 4653447  T
Q  225 ggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctaca 299  Q
    ||||||||  |||||||||   ||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  4653446 ggattatgttgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagctaca 4653372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 309
Target Start/End: Original strand, 4845983 - 4846268
Alignment:
Q  24 gacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacag 123  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||  |     
T  4845983 gacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaat 4846082  T
Q  124 gatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgttcata 223  Q
     | |||||||||   |||||||| || ||  |||||| ||||||||||| |  ||||||||||||    |||||||||| |    |  ||||||||||||    
T  4846083 aaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgttcata 4846182  T
Q  224 aggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattacca 309  Q
    |||||||||| ||||  ||    ||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  4846183 aggattatgctgtgaaaatctactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcaacgattacca 4846268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647561
Alignment:
Q  50 attttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatat 116  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatat 4647561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 412
Target Start/End: Original strand, 4846299 - 4846365
Alignment:
Q  343 ttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgctggtttgaatcccaacaaac 412  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4846299 ttgaatggaatcgagattttcaaagtaagtgataaa---aacaatctggctggtatgaatcccaacaaac 4846365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 343 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 4643494 - 4643445
Alignment:
Q  343 ttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 392  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4643494 ttgaatggaatcgagattttaaaaataagtgacaaaaataacaatctcgc 4643445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 332 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 4672495 - 4672435
Alignment:
Q  332 gtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 392  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  4672495 gtgatgtcacattaaatggaatcgagattttcaaagtaagtgataaaaataataatctcgc 4672435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 378
Target Start/End: Original strand, 4697466 - 4697512
Alignment:
Q  332 gtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaa 378  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4697466 gtgatgtcacattgaatggcatcgagattttgaaaataaatgataaa 4697512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 247 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 4647437 - 4647378
Alignment:
Q  247 tctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgatta 306  Q
    |||||||| |||||   ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4647437 tctcaaggaggaaggaatcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcaacgatta 4647378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 261 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4661688 - 4661636
Alignment:
Q  261 ctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaat 313  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||| |||| ||||||    
T  4661688 ctctcaaattgaaagagttgatctttcaatcaagcttcaaccattatcaaaat 4661636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Original strand, 18925705 - 18926078
Alignment:
Q  19 gatgagacagaggattacaatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatca 118  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  18925705 gatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataa 18925804  T
Q  119 aacaggatggtgatagaagatttcagattttcatagatgatagtttggctgaaccaagtgctgatgtgataaggtggagtggtgctccttttgttcctgt 218  Q
    |  |  | |||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    ||||||||||||| | | ||||||||    
T  18925805 agaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgt 18925904  T
Q  219 tcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacgattaccaaaatctatg 318  Q
    ||||||||||||||  |||||||||   |||| ||  |||||||| |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||  |||| ||  |||     
T  18925905 tcataaggattatgttgtgactatgtactctcgagaaggaagctcgcaaattaaaagagttaatctttcaataaagctacaacgagcaccagaaaatatc 18926004  T
Q  319 cctacggtgtatcgtgatgtcacgttgaatggaatcgagattttgaaaataagtgataaatataacaatctcgc 392  Q
        |    || ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  18926005 tactcaaaataccgtaatgtcacattgaatgggatcgagattttgaaaataagtgacaaaaataacaatctcgc 18926078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University