View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12038_low_8 (Length: 379)

Name: NF12038_low_8
Description: NF12038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12038_low_8
NF12038_low_8
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-366)||(24854247-24854612)
chr5 (8-308)||(6431026-6431323)
chr5 (8-240)||(5342537-5342769)
chr5 (8-306)||(41614752-41615050)
chr5 (188-366)||(1709620-1709799)
chr5 (16-306)||(27949948-27950236)
chr5 (8-179)||(31470690-31470861)
chr5 (235-359)||(5337057-5337179)
chr5 (10-159)||(8241592-8241741)
chr5 (10-88)||(10133540-10133618)
chr5 (10-88)||(28443698-28443776)
chr5 (71-164)||(27496575-27496668)
chr5 (24-159)||(22416201-22416336)
chr5 (198-246)||(28335971-28336019)
chr5 (274-354)||(31470575-31470655)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (14-366)||(41792594-41792944)
chr7 (1-366)||(110126-110491)
chr7 (1-366)||(15030935-15031300)
chr7 (1-366)||(29330608-29330972)
chr7 (9-366)||(38000071-38000427)
chr7 (1-365)||(35583394-35583758)
chr7 (43-366)||(7253603-7253924)
chr7 (1-256)||(33851504-33851758)
chr7 (187-366)||(26793414-26793594)
chr7 (229-366)||(38256086-38256223)
chr7 (229-366)||(38263661-38263798)
chr7 (8-54)||(43747858-43747904)
chr7 (332-366)||(45491085-45491119)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-366)||(13721934-13722299)
chr4 (1-366)||(40691309-40691675)
chr4 (1-366)||(55610024-55610381)
chr4 (1-366)||(45657851-45658216)
chr4 (1-371)||(38989028-38989397)
chr4 (1-366)||(52917831-52918186)
chr4 (12-216)||(40760876-40761079)
chr4 (188-366)||(53270884-53271061)
chr4 (270-366)||(40760779-40760875)
chr4 (8-86)||(11649127-11649205)
chr4 (267-366)||(4352682-4352781)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-366)||(44206041-44206406)
chr3 (1-366)||(49325647-49326011)
chr3 (1-365)||(3939781-3940144)
chr3 (1-365)||(47373101-47373464)
chr3 (8-366)||(8484758-8485115)
chr3 (9-364)||(41972963-41973317)
chr3 (1-366)||(21448991-21449357)
chr3 (8-364)||(21978221-21978578)
chr3 (8-364)||(22000652-22001009)
chr3 (130-366)||(48064910-48065146)
chr3 (188-366)||(16478666-16478844)
chr3 (99-364)||(22162835-22163101)
chr3 (42-364)||(18877496-18877819)
chr3 (1-136)||(48063656-48063791)
chr3 (8-342)||(9331969-9332288)
chr3 (22-159)||(25213231-25213369)
chr3 (332-364)||(30389912-30389944)
chr3 (22-152)||(51327445-51327574)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (1-366)||(10311027-10311393)
chr1 (9-366)||(4852805-4853161)
chr1 (9-366)||(5748185-5748542)
chr1 (8-366)||(10221576-10221932)
chr1 (1-362)||(18277953-18278315)
chr1 (1-366)||(39599648-39600013)
chr1 (1-366)||(7198366-7198730)
chr1 (8-366)||(17384233-17384592)
chr1 (8-342)||(50890452-50890784)
chr1 (189-366)||(7562941-7563118)
chr1 (9-256)||(30516780-30517026)
chr1 (269-366)||(12524053-12524150)
chr1 (278-366)||(29946646-29946734)
chr1 (8-119)||(7563139-7563250)
chr1 (10-67)||(15499960-15500017)
chr1 (15-159)||(48181098-48181242)
chr1 (28-58)||(11355597-11355627)
chr1 (332-366)||(14271323-14271357)
chr1 (10-88)||(15248457-15248535)
chr1 (10-67)||(11237453-11237510)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (3-366)||(5462714-5463076)
chr2 (2-366)||(15111681-15112044)
chr2 (9-366)||(34949940-34950296)
chr2 (9-362)||(18964774-18965125)
chr2 (138-367)||(5936159-5936388)
chr2 (28-145)||(5936891-5937008)
chr2 (270-355)||(41962562-41962647)
chr2 (23-159)||(25630523-25630659)
chr2 (194-362)||(16414549-16414717)
chr2 (194-342)||(31717104-31717252)
chr2 (33-164)||(37126475-37126605)
chr2 (22-88)||(2734623-2734689)
chr2 (22-159)||(33946279-33946415)
chr2 (10-57)||(42014750-42014797)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-366)||(24832182-24832546)
chr8 (1-135)||(10296-10430)
chr8 (286-366)||(42190904-42190984)
chr8 (8-86)||(41836116-41836194)
chr8 (10-159)||(12191384-12191532)
chr8 (10-159)||(12435812-12435960)
chr8 (10-88)||(16796063-16796141)
chr8 (21-57)||(14194172-14194208)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-366)||(29436351-29436717)
chr6 (1-366)||(13038348-13038712)
chr6 (1-179)||(34950312-34950490)
chr6 (269-362)||(34950524-34950617)
chr6 (264-366)||(18584253-18584355)
chr6 (28-179)||(12303873-12304023)
chr6 (30-88)||(20386691-20386749)
chr6 (30-159)||(33554079-33554207)
chr6 (22-159)||(17521170-17521306)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (1-366)||(16930-17285)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (264-366)||(250764-250866)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 24854612 - 24854247
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24854612 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 24854513  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  24854512 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 24854414  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24854413 tacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 24854314  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24854313 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 24854247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6431323 - 6431026
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  6431323 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaataga 6431224  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||||| ||||    
T  6431223 tggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttaattgt 6431125  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||       |||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  6431124 aatgaaaacagggacccctatttattgaggtatgtgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtggg--acacaaaaaaatccaatgctgaat 6431027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 5342769 - 5342537
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5342769 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccagttcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaga 5342670  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       | |||||||||||||| ||||    
T  5342669 gggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttttcttctgatgtagtttaattgt 5342570  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 240  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5342569 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtat 5342537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 41615050 - 41614752
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |    
T  41615050 gaccaccctccttgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcatcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacaga 41614951  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||          ||| ||||||||| ||||    
T  41614950 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtattcggatcaaggccagggaattccatgattttttttcctggtgtagtttaattgt 41614851  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 306  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||        ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  41614850 aatgaaaacagggatccctttttatagaggtatctggccgttgtggaccataaaaactgtcggtgaaatgtgggtcacacaaaagaatccaatactgaa 41614752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 188 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 1709799 - 1709620
Alignment:
Q  188 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacaca 286  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  1709799 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacaaagacccctatttatagagatatgtgagcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 1709700  T
Q  287 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1709699 caaaagaatcaaatgctgaataaattcagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 1709620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 306
Target Start/End: Original strand, 27949948 - 27950236
Alignment:
Q  16 tcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtgg 115  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  27949948 tcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgatccttcagcacggaaagggtgacatcgttgcgaatcctaaacagatggggtgg 27950047  T
Q  116 tgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaa 215  Q
    | ||||  ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||  || ||||| ||||         |||| ||||||||||||||||||||||    
T  27950048 ttttccctcgttgtagtagattgtcgctagtttcgtgttcggatcaaagttagagaattccatgatttttt--tctggtgtagtttacttgtaatgaaaa 27950145  T
Q  216 catggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||       |||| |||||| |||||  ||||||||||||||  ||||||||    
T  27950146 catggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtagaccacataaattgtcggtgcattgtggatcacacaaaagaatcttatgctgaa 27950236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 31470861 - 31470690
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||      
T  31470861 gaccaccctcctcgtgtctttgcggttgagttgacggttgatttgatccacatcatccttcagctcggagagggtgacatcgttgcgaatcctaaacagt 31470762  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  31470761 tggggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgatagcttggggttcagatcaaagccagtgaattccatg 31470690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 235 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 5337179 - 5337057
Alignment:
Q  235 aggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 334  Q
    |||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5337179 aggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca--aaagaatccaatgatgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 5337082  T
Q  335 ccctcaccatactcaaagtctcaag 359  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  5337081 ccctcaccatactcaaagtcccaag 5337057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 8241741 - 8241592
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtctcgaattctaaacatat 108  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| | || | ||||||||||||| || | |||| |||||||| |    
T  8241741 ccaccatcctcgtgtctctgtgattgagttgacggttgatttgatccagatgatccttcaacctgtagagggtgacatcagtgt-gaatcctaaacatgt 8241643  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
    |||||||| || | | ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||    
T  8241642 ggggtggtttttccctgttgtagtaaaatgcagctaacttggtgttcggat 8241592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 10133618 - 10133540
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||    
T  10133618 ccaccctccgcgtgtctttgtggttgagttggcggttgatttgatccagctgatccttcaacctggagatggtgacatc 10133540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Original strand, 28443698 - 28443776
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||    
T  28443698 ccaccctccgcgtgtctctgtggttgagttggtggttgatttgatccagctgatccttcaacccagagaaggtgacatc 28443776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 164
Target Start/End: Original strand, 27496575 - 27496668
Alignment:
Q  71 cccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag 164  Q
    |||| ||||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  27496575 cccgaagagggtgacatcattgtgaattctgaacatatggggtggtttccccccgttgtaataaattgcagctagcttggcgttcggatcaaag 27496668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22416336 - 22416201
Alignment:
Q  24 tctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccac 123  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||| | |||| |||| ||||||||   | ||||  | |||| |||  ||||| |||| |    
T  22416336 tctttgtggttgaattgatggttgatttgatctagttcacccttcaacccgaagagcgtgacatcagtttgaatcatgaacagatgaagtggttttcccc 22416237  T
Q  124 cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  22416236 tattgtagtaaattgcagctagcttggtgttcggat 22416201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 198 - 246
Target Start/End: Original strand, 28335971 - 28336019
Alignment:
Q  198 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggc 246  Q
    ||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28335971 gtttactggttatgaaaacagggacacctatttatagaggtatctgggc 28336019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 274 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 31470655 - 31470575
Alignment:
Q  274 aatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtc 354  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||  | ||  |||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  31470655 aatgtgggacatgcaaaagaatccaattgttaagcaatccaaattttaaaatctgaaccaaccatcaccatacacaaagtc 31470575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Original strand, 41792594 - 41792944
Alignment:
Q  14 cctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggt 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41792594 cctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatctagctcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacatatggggt 41792693  T
Q  114 ggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaa 213  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  41792694 ggtgttccatcgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagc-agggaatttcatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaa 41792791  T
Q  214 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatcc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41792792 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccacaaaaattattggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatct 41792891  T
Q  314 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41792892 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccct 41792944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 110126 - 110491
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  110126 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 110225  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||         ||||||| |||||    
T  110226 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtaatagaccgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccattttttttttgtctgatctagtt 110325  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110326 tacttataatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 110425  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  110426 gctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaaccctctccatactcaaagtcccaagtttccct 110491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 15031300 - 15030935
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15031300 caactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgattcagctcatccttcatctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 15031201  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  15031200 aaacagatgggttggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 15031102  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031101 tacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 15031002  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031001 tgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 15030935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 29330972 - 29330608
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  29330972 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtgattgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtggcatcgtctcgaatcct 29330873  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||||||||||||    
T  29330872 aaacagatggggtggtgttccaccgctgtagtagactgctgctagcttggtgttcggatcaaagctagagaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 29330774  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29330773 taattgtaatgaaaacaggaacccctatttatagaggtatgtgagcgttgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcaaat 29330674  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29330673 gctgaataaatccagattctaaaatccgaacgaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccct 29330608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 38000071 - 38000427
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  38000071 accaccctgctcgtgtctttgtgttcgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaaat 38000170  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||         ||||||||||||||||| |||    
T  38000171 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccat-atttttttgtctgatgtagtttactagta 38000269  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 308  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | || ||||||       |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38000270 atgaaaacaggtacccctatttatagaggtatgtggacgttatggaccacaaaaattgccggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 38000369  T
Q  309 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  38000370 aatccagattctaaaatccaaaccaaccctcaccacactcaaagtcccaagtttccct 38000427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 35583758 - 35583394
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35583758 caactccgaccaccctcctcttgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccaactcatccttcagtccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 35583659  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||||||||||||    
T  35583658 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttttgtctgatgtagtt 35583559  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||       |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  35583558 taattataatgaaatcagggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatatgggacacaaaaaaaaatccaat 35583459  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 365  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35583458 gctgaataaattcttattctaaaatcctaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 35583394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 43 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 7253924 - 7253603
Alignment:
Q  43 ggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgc 142  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7253924 ggttaatttgatccaactcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgc 7253825  T
Q  143 tagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgt 242  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7253824 tagcttggtgttcgaatcaaagccagggaattcca--gtatttttgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgt 7253727  T
Q  243 gggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 342  Q
    |||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7253726 gggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcaaatgctgattaaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 7253627  T
Q  343 atactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  7253626 atactcaaagtcccaagtttccct 7253603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 33851504 - 33851758
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33851504 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 33851603  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||| ||||        |||||||||||||    
T  33851604 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttaggatcaaggccagggtattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 33851702  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc 256  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  33851703 taattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggacc 33851758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 187 - 366
Target Start/End: Original strand, 26793414 - 26793594
Alignment:
Q  187 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacac 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||    
T  26793414 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtgtgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 26793513  T
Q  286 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26793514 acaaaagaatccaatgctaaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatactcaaagtctcaagtttccct 26793594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 229 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 38256223 - 38256086
Alignment:
Q  229 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 328  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38256223 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38256124  T
Q  329 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  38256123 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccct 38256086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 229 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 38263798 - 38263661
Alignment:
Q  229 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 328  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38263798 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38263699  T
Q  329 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  38263698 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccct 38263661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 43747904 - 43747858
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 54  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43747904 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 43747858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 332 - 366
Target Start/End: Original strand, 45491085 - 45491119
Alignment:
Q  332 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45491085 caaccctcaccatactcaaattctcaagtttccct 45491119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 13721934 - 13722299
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13721934 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagcttatccttcagctcggagagggtgacatcatctcgaatcct 13722033  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  13722034 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgctgctagtttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 13722132  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13722133 tacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 13722232  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13722233 tgctgaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 13722299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 40691675 - 40691309
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||    
T  40691675 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgattcagctcatccttcagcttggagagggtgacatcgtctcgaatcct 40691576  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||        |||||||||||||    
T  40691575 aaacagatggggtgatgttacaccgttgtagtagattgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccaaggaattccatgttttttttgtctgatgtagtt 40691476  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40691475 tacttgtaatgaaaacagagacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacaaaaaagaatccaa 40691376  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40691375 tgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacaatactcaaagtctcaagtttccct 40691309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 55610381 - 55610024
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55610381 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttga-------tttgattcagctcatcctttaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 55610289  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  55610288 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagacagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 55610190  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55610189 taattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 55610090  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55610089 gttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 55610024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 45658216 - 45657851
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  45658216 caactccgaccaccctctatgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccaggagagggtgacatcgtctcgaatcct 45658117  T
Q  101 aaacatat-ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 199  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  45658116 aaacagatgggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 45658018  T
Q  200 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| |       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45658017 ttacttgtaatgaacacagggaccactatttatagaggtatctgggtgttgtggatcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 45657918  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45657917 tgctgaataaatccggattctaaaattcgaaccaatcctcaccatacacaaagtctcaagtttccct 45657851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 38989397 - 38989028
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||| ||    
T  38989397 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggttacatcgtcgttaatcct 38989298  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    | | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  38989297 agatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 38989199  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  38989198 tacttgcaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgaaatgtgggacacacaaatgaatcgaat 38989099  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctatgct 371  Q
    ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38989098 gctgaataagtccaaattttaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtttcaagtttccctttgct 38989028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 52918186 - 52917831
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  52918186 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcctctcgaatcct 52918087  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  52918086 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgtcgctatcttggtgttcgaatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 52917988  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||         |||||||||       |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52917987 tacttgtaatgaaaacaaggacccc-atttatagaggt--------gttgtggaccacaaaagttgtcggtgcaatgtaggacacacaaaagaatccaat 52917897  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  52917896 gctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatgctcaaagtcctaagtttccct 52917831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 40761079 - 40760876
Alignment:
Q  12 accctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggg 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  40761079 accctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaaatcatccttcagcccggagagggtgacattgtctcgaatcctaaacagatggg 40760980  T
Q  112 gtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  40760979 gtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttgtttt-gtctgatgtagtttacttgtaatg 40760881  T
Q  212 aaaac 216  Q
    |||||    
T  40760880 aaaac 40760876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 188 - 366
Target Start/End: Original strand, 53270884 - 53271061
Alignment:
Q  188 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||       |||| || ||||||||||||||||    
T  53270884 gtctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagttatctggtcattgtggaccacaaaaattgtcgg-gcaatgtgggacacac 53270982  T
Q  288 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  53270983 aaaagaatccaatgttgaataattctggattttaaaatccgaaccaaccctcatcatacacaaagtcccaagtttccct 53271061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 270 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 40760875 - 40760779
Alignment:
Q  270 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||    
T  40760875 gtgcaatgtggaacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatctgaaccaaccttcaccatactcaaattcccaagattccct 40760779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 86
Target Start/End: Original strand, 11649127 - 11649205
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 86  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  11649127 gaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 11649205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 267 - 366
Target Start/End: Original strand, 4352682 - 4352781
Alignment:
Q  267 ttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||| ||| |||||||    
T  4352682 ttggtgcaatgtgggacatataaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccaacaccgtacacacagtcccaattttccct 4352781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 44206406 - 44206041
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44206406 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggtttagttgattgttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 44206307  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||    
T  44206306 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttctgatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 44206208  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44206207 tacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 44206108  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44206107 tgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 44206041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 49326011 - 49325647
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  49326011 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttaagctcggagagggtgacatcgtcttgaatcct 49325912  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |        |||||||||||||    
T  49325911 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcacgctttttt-gtctgatgtagtt 49325813  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||        |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  49325812 tacttgtaatgaaaacaaggaccccaatttatagaggtatgtgggcgttgtagaccacaaaaaattgtcggtgc-atgtgggacacacaaaataatccaa 49325714  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49325713 tgttgaataaatacggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 49325647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3940144 - 3939781
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  3940144 caactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgtgttgacggttgatttgatccagctcatccttcagtccggagagggtgatatcgtctcgaatcct 3940045  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||| ||    
T  3940044 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtaatt 3939946  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||       || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3939945 taattgtaatgaaaacagggacccatatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattatcggtgcaatgtgagacacacaaaagaatccaat 3939846  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3939845 gctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 3939781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 47373464 - 47373101
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47373464 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 47373365  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||  |||        |||||||||||||    
T  47373364 aaacagat-gggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagacagggaattctatgttttttt-gtctgatgtagtt 47373267  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatgga-cccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||       || |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47373266 taattgtaatgaaaacagggaccccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaattatcagtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 47373167  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47373166 tgctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 47373101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 8 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 8485115 - 8484758
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  8485115 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgacttgatccagctcatccttcagcctagagagggtaacatcgtctcgaatcctaaacaga 8485016  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    | || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||        ||||||||||||||||||||    
T  8485015 ttggttg-tgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaggggattccatgtgttttaggtctgatgtagtttacttgt 8484917  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8484916 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtatatgggcgttgtggaccataaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 8484817  T
Q  308 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  8484816 aaatccggattctaaaatccaaacaaaccctcaccatactcaaagtcctaagtttccct 8484758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 9 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 41973317 - 41972963
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||    
T  41973317 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggcgacatcgtctcgaatcttaaacagat 41973218  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||||| |||||    
T  41973217 gagatggtgttccaccgttgtagtagactgcagttagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttaattgta 41973119  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 308  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41973118 atgaaaacagggacccttatttatagaggtatgtgggcgatgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagattccaatgctgaata 41973019  T
Q  309 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41973018 aatctggattctaaactccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttcc 41972963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21449357 - 21448991
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  21449357 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgtcggttgatttgatccatctcatccttcagctcagagagggtgacatcgtctcgaatcct 21449258  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||        |||||||||||||    
T  21449257 aaacagatggggtggtg-tccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcagatcaaagccagggaattccttgttttttt-gtctgatgtagtt 21449160  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttat--agaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 297  Q
    | ||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21449159 tgcttgtaatgaaaatagggacccctatttatagagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 21449060  T
Q  298 aatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21449059 aatgctgaataaatctggattcttaaatccgaaccaaccttcaccatactcaaagtctcaagtttccct 21448991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 21978578 - 21978221
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcga-attctaaacat 106  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  | | ||||||||||     
T  21978578 gaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgacatcgttgcaatattctaaacag 21978479  T
Q  107 atggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttactt 205  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||         |||| |||| |||||||    
T  21978478 atagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttt-ttctggtgtactttactt 21978380  T
Q  206 gtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctga 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| |    
T  21978379 gtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggctacacagaagaatctaatgctaa 21978280  T
Q  306 ataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
    |  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21978279 agcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttcc 21978221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22001009 - 22000652
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcga-attctaaacat 106  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  | | ||||||||||     
T  22001009 gaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgacatcgttgcaatattctaaacag 22000910  T
Q  107 atggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttactt 205  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||         |||| |||| |||||||    
T  22000909 atagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttt-ttctggtgtactttactt 22000811  T
Q  206 gtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctga 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| |    
T  22000810 gtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggctacacagaagaatctaatgctaa 22000711  T
Q  306 ataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
    |  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  22000710 agcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttcc 22000652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 130 - 366
Target Start/End: Original strand, 48064910 - 48065146
Alignment:
Q  130 agtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatt 229  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  48064910 agtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggccccctatt 48065008  T
Q  230 tatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 328  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48065009 tatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgagacacacaaaagaatccaatgctgaataaatctggattctaaaatcca 48065108  T
Q  329 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48065109 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 48065146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 188 - 366
Target Start/End: Original strand, 16478666 - 16478844
Alignment:
Q  188 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 287  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||    
T  16478666 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacac 16478765  T
Q  288 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16478766 aaaagaatccaatgttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 16478844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 99 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22163101 - 22162835
Alignment:
Q  99 ctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcc-agtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgta 197  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | ||||         |||  ||||    
T  22163101 ctaaacagatggggtggtgttccaccattgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttttttctcgtgta 22163002  T
Q  198 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 297  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22163001 ctttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggccacacagaagaatcc 22162902  T
Q  298 aatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  22162901 aatgctgaagcaatccagattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttcc 22162835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 364
Target Start/End: Original strand, 18877496 - 18877819
Alignment:
Q  42 cggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccg 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||  | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  18877496 cggttgatttgatccagctcatcctttagccgggagaggatgatatcgttgcaaatcctaaacagatggggtgatgttccaccgttgtagtagactgccg 18877595  T
Q  142 ctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 240  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| |||||  |||         |||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  18877596 ctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaattcgatgatttttttttctagtgtactttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggcat 18877695  T
Q  241 gtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctca 340  Q
     ||||| ||||||| |       |||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||| ||||   || | |||||||||||||||| |||||||||    
T  18877696 ttgggcgttgtggagcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggccatccagaagaatccaatgttgaagccattcagattctaaaatccgaaacaaccctca 18877795  T
Q  341 ccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
     ||||| ||||| | |||||||||    
T  18877796 tcatacacaaagacccaagtttcc 18877819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Original strand, 48063656 - 48063791
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48063656 caactccgatcaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 48063755  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagat 136  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48063756 aaacagatgggatggtgttccaccgttgtagtagat 48063791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 342
Target Start/End: Original strand, 9331969 - 9332288
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |    
T  9331969 gaccaccctcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctggtccttcagcccggagagggtgacatcgttgcgaatcctaaacaaa 9332068  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||| ||||               |||| ||||||||||||||    
T  9332069 tggggtggttctccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcgaatcaaagtcagggaat---------------tctggtgtagtttacttgt 9332153  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    |||||||| | ||| ||||||||| |||  ||| || || || ||||||       |||| |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  9332154 aatgaaaatagggatccctatttacagatttatctgcgcgttatggaccacataaattgtcggtgcattgtgaatcacacaaaagaatccaatgctgaaa 9332253  T
Q  308 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 342  Q
       |||||||| || |||  |||||||||||||||    
T  9332254 ctttccggattatagaatatgaaccaaccctcacc 9332288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 25213369 - 25213231
Alignment:
Q  22 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 121  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  25213369 tgtctatgtggttgagttggtggttgatttgatttagctgacccttcagcccggagagggtgacatccgtgcgaatcctgaacatatggggtggtttccc 25213270  T
Q  122 ac-cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
     | ||||| | || | ||| |||||||||||||||||||    
T  25213269 ccacgttgaattaaactgcagctagcttggtgttcggat 25213231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 364
Target Start/End: Original strand, 30389912 - 30389944
Alignment:
Q  332 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30389912 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcc 30389944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 51327574 - 51327445
Alignment:
Q  22 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 121  Q
    ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| ||||| |  ||| | |||||||||||||||||| |  | ||| || |||||||||| |||| ||||    
T  51327574 tgtctctgtagttgagtttgaggttgatttgattcagctgactcttcaacccggagagggtgacatcattgcaaatcctgaacatatgggatggttttcc 51327475  T
Q  122 accgttgtagtagattgccgctagcttggtg 152  Q
     ||||||||||| |  || ||||||||||||    
T  51327474 -ccgttgtagtaaaccgcagctagcttggtg 51327445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 10311393 - 10311027
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  10311393 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcatctcgaatcct 10311294  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||| || |||||    
T  10311293 aaacagatggggtggtgttccacagttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttttgtctaatatagtt 10311194  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10311193 tacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatacaa 10311094  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10311093 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 10311027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 4852805 - 4853161
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4852805 accaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacagat 4852904  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||        |||||||||||||||||||||    
T  4852905 ggggtggtgttccaccgttctagtagactgccgctagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgta 4853003  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 308  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4853004 atgaaaacagggacccctatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgtgacacacaaaagaattcaatgctgaata 4853103  T
Q  309 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4853104 aatccggattctgaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccct 4853161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5748542 - 5748185
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  5748542 accaccctcctcgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctcctccttcagctcgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacagat 5748443  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||  |||| ||||       | ||||||||||||||||||||    
T  5748442 gcggtggtgttccaccgttgtagtagactgccactagcttggtgttcggatcaaagtcaggtaattccatgtttttttc-tctgatgtagtttacttgta 5748344  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5748343 atgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 5748244  T
Q  308 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5748243 aaatccggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 5748185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 10221932 - 10221576
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10221932 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaga 10221833  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||        ||||||||||||||| ||||    
T  10221832 tggggtggtgttccacaattgtaatagacagccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcatgttttttt-gtctgatgtagtttaattgt 10221734  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||       |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  10221733 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtgaaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca-aaaagaatcaaatactgaat 10221635  T
Q  308 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10221634 aaattcggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 10221576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 18277953 - 18278315
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  18277953 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcaaaataatccttcaacacggagagggtgacatagtctcgaatcct 18278052  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||         |||||||||||||    
T  18278053 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctatcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatttttttttggtctgatgtagtt 18278152  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18278153 tacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggatacacaaaagaatccaa 18278252  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18278253 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 18278315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 39599648 - 39600013
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  39599648 caactccgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacattgtctcaaatcct 39599747  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||| ||||        ||  |||||||||    
T  39599748 aaacaaacggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcatatcaaagccagggaattccatgttttttt-gttcgatgtagtt 39599846  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39599847 tacttgtaatgaaaacagtgacccatatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 39599946  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  39599947 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagttccaagtttccct 39600013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 7198730 - 7198366
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  7198730 caactctgaccaccctcctcgtgtctttgtagttgagttgacggttgatttgatccctctcgtccttcagctcggagatggtgacatcgtctccaatcct 7198631  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       ||||||||||||||    
T  7198630 aaacagatggggtagtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccag-gaattccatg-ttttttcgtctgatgtagtt 7198533  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||        || | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7198532 tacttgtaatgaaaacagggacccctaattatagaggtatgtaggcgttgttgaccacaaaaaattatcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 7198433  T
Q  300 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7198432 tgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaacactcaccatactcaaagtctcaagtttccct 7198366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 17384592 - 17384233
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||| |    
T  17384592 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgatttgacgattgatttgatccagctcacccttcagccctgagagggtgacatcgttgcaaatcctaaacaga 17384493  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt-ctgatgtagtttacttg 206  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||         | ||| | || ||||| ||    
T  17384492 tggggtggtgtttcaccgttgtagtagactcccactagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgatttttttttcctggtataatttacgtg 17384393  T
Q  207 taatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 306  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |       |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17384392 taatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttatggatcataaaaattgtcggtggaatgtgggacacataaaagaatccaatgttgaa 17384293  T
Q  307 taaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||    
T  17384292 gcaatccagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagttcaaagtttccct 17384233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 342
Target Start/End: Original strand, 50890452 - 50890784
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  50890452 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagatcatccttcagcccagtgagggtgacatcgttgcgaatcctaaacata 50890551  T
Q  108 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 207  Q
    ||||||||| |||| || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||         |||| ||||||||||||||    
T  50890552 tggggtggttttcccccattttagtatactgctgctagcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgatttttt--tctggtgtagtttacttgt 50890649  T
Q  208 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 307  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||     
T  50890650 aatgaaaacagtgacccctatttatagagttatttgggcgttgtggaccacttaaactgtcggtgcaatgtggatcacacaaaagaatccaatgttgaag 50890749  T
Q  308 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 342  Q
       | |||| | || ||||||||||||||||||||    
T  50890750 gtgttcggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 50890784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 189 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 7563118 - 7562941
Alignment:
Q  189 tctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacaca 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||        |||| ||||||||||||| ||||||    
T  7563118 tctggtgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggactgctaaaattgtcggtgcaatgtgggccacaca 7563019  T
Q  289 aaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  7563018 aaagaattcaatgttgaagcaatccggattctaaaatccgaaccaacactcaccatacacaaagtcttaagtttccct 7562941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30517026 - 30516780
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||| ||    
T  30517026 accaccctcctcgtgtctctgtggttgagttggcagttgatttgatccagctgatcctttagcctggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacagat 30516927  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    ||||| || | || ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||         ||   ||||||||||||||     
T  30516926 ggggttgtttccccccagtgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgatttttt-ttcaagtgtagtttacttgtg 30516828  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc 256  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  30516827 attaaaacagggacccctatttatagagttatttgggcgttgtggacc 30516780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 269 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 12524150 - 12524053
Alignment:
Q  269 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12524150 ggtgcaatgtgggaaacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 12524053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 278 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 29946734 - 29946646
Alignment:
Q  278 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946734 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattataaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 29946646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 7563250 - 7563139
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 107  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |    
T  7563250 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacaga 7563151  T
Q  108 tggggtggtgtt 119  Q
    ||||||| ||||    
T  7563150 tggggtgatgtt 7563139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 67
Target Start/End: Original strand, 15499960 - 15500017
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 67  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15499960 ccaccctcctagtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatgcagctaatcctt 15500017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 48181242 - 48181098
Alignment:
Q  15 ctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtg 114  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||  |||||  |||||||    | |||  | |||| ||||||||    
T  48181242 ctccttatgtcttcgttgttgagttgacggtagatttgatccaactgatccttcaacctagagagcatgacatcagtgcaaatcttgaacaaatggggtg 48181143  T
Q  115 gtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
    || || | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||    
T  48181142 gtttttccccgttgtagtaaattgcagctggcttggtgtttggat 48181098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 58
Target Start/End: Original strand, 11355597 - 11355627
Alignment:
Q  28 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 58  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11355597 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 11355627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 332 - 366
Target Start/End: Original strand, 14271323 - 14271357
Alignment:
Q  332 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14271323 caactctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 14271357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Original strand, 15248457 - 15248535
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||  ||||||||    
T  15248457 ccaccctccttgtatctctgtggttgaattgacggttgatttgatctagctaattcttcaacccggagaaagtgacatc 15248535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 67
Target Start/End: Original strand, 11237453 - 11237510
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 67  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  11237453 ccaccctccttgtgtctttgtggttgagtcgacaattgatttgatccaactgatcctt 11237510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 3 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5463076 - 5462714
Alignment:
Q  3 actcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaa 102  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5463076 actccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttaattcgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctagaatcctaa 5462977  T
Q  103 acatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagttta 202  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||| ||||        |||||||||||||||    
T  5462976 acagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagtttggtgtttggatcaaagccaaggaattccatgttttttt-gtctgatgtagttta 5462878  T
Q  203 cttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgc 302  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5462877 cttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgc 5462778  T
Q  303 tgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5462777 tgattaaatccggattctaaaatctgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 5462714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 15112044 - 15111681
Alignment:
Q  2 aactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattcta 101  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15112044 aactctgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatctaactcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatccta 15111945  T
Q  102 aacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagttt 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||        |||| |||||||||    
T  15111944 aacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactaccgctagcttggtgttcggatcaaagcctgggaattccatgatttttt-gtctaatgtagttt 15111846  T
Q  202 acttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatg 301  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15111845 acttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggatacacaaaagaatccaatg 15111746  T
Q  302 ctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15111745 ctgaataaatccgaattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccct 15111681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 34949940 - 34950296
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | ||| ||||||| ||    
T  34949940 accaccctactcgtgtctatgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagaaggtgagatcgttgcaaatcctaaacagat 34950039  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||         |||| ||||||||||||| |    
T  34950040 ggggtgatgttccaccgttgtagtagactgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccatagaattccatgttttttttttctggtgtagtttacttg-a 34950138  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 308  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34950139 atgaaaacagggaccccgatttatagacgtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaagc 34950238  T
Q  309 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  34950239 aatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatacacaaagtcccaagtttccct 34950296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 362
Target Start/End: Original strand, 18964774 - 18965125
Alignment:
Q  9 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 108  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||    
T  18964774 accaccctcctcctgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaactcatccttcatcccggagagggtgacatcgtcgcaaatcctaaacagat 18964873  T
Q  109 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 208  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||         | || ||||| |||||||||    
T  18964874 tgggtggttttcccccgttgtagtagactgcagctatcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgattttta-ttatggtgtag-ttacttgta 18964971  T
Q  209 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 308  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        |||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||      
T  18964972 atgaaaacagggatccctatttatagagttatctgggcgttgtggaccacataaactgtcagtgcaatgtgggcaacacaaaagaacccaatgctgaagc 18965071  T
Q  309 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 362  Q
      ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  18965072 tttccagattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtgtcaagttt 18965125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 138 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5936388 - 5936159
Alignment:
Q  138 gccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagagg 237  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||         |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5936388 gccgctagcttggtgtttggatcaaagccaatgaattccatgatttttttttctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagg 5936289  T
Q  238 tatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 337  Q
    ||| ||||| || ||||||       |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5936288 tatatgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtaggacacacaaaagaatccaatgctaaagcaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 5936189  T
Q  338 tcaccatactcaaagtctcaagtttcccta 367  Q
    |||| |||| |||||||  |||||||||||    
T  5936188 tcacaatacacaaagtccgaagtttcccta 5936159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 5937008 - 5936891
Alignment:
Q  28 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgtt 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5937008 tgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgtt 5936909  T
Q  128 gtagtagattgccgctag 145  Q
    |||||||| | |||||||    
T  5936908 gtagtagactaccgctag 5936891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 270 - 355
Target Start/End: Original strand, 41962562 - 41962647
Alignment:
Q  270 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtct 355  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41962562 gtgcaatgtggtccatacaaaagaatccaatgctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaactttcaccatactcaaagtct 41962647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 25630659 - 25630523
Alignment:
Q  23 gtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcca 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| | || |||||||||||||||  | ||||| ||| ||| |||||||| | ||||     
T  25630659 gtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagccgacccttcaacctggagagggtgacatcagcgcgaatcctagacaaatggggtgatattcct 25630560  T
Q  123 ccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
    || |||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  25630559 ccattgtagcaaactgcagctagcttggtgttcggat 25630523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 194 - 362
Target Start/End: Original strand, 16414549 - 16414717
Alignment:
Q  194 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 293  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||||| ||| | ||| |||||||||       |||| ||||||||||||  |||||| ||||    
T  16414549 tgtagtttacttgaaatgaaaatagggctccctatttatagagttatctaggcgttgtggaccacataaattgtcggtgcaatgtggatcacacataaga 16414648  T
Q  294 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 362  Q
    ||| |||| ||||    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||    
T  16414649 atctaatgttgaagctttccgtattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtcccaagttt 16414717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 194 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 31717252 - 31717104
Alignment:
Q  194 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 293  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||||        ||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  31717252 tgtagtttacttgtaatgaaaatagggatccctatttatagagttatatggacgttgtggaccacataaactgtcggtgcaatgtggatcacacaaaaga 31717153  T
Q  294 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 342  Q
    |||||||| ||||    || ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  31717152 atccaatgatgaagctttctggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 31717104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 37126605 - 37126475
Alignment:
Q  33 ttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagt 132  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | || | |||| | ||||||||||||||||||    ||||| || |||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  37126605 ttgagttgacgattgatttgatctatctgacccttcaacccggagagggtgacatcagtacgaatcctgaacagatggggtggttttcc-ccgttgtagt 37126507  T
Q  133 agattgccgctagcttggtgttcggattaaag 164  Q
    | ||| | || |||||||||||||||| ||||    
T  37126506 aaatttcagcaagcttggtgttcggatcaaag 37126475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 88
Target Start/End: Original strand, 2734623 - 2734689
Alignment:
Q  22 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||    
T  2734623 tgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgacccttcaacctggagagggtgacatc 2734689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Original strand, 33946279 - 33946415
Alignment:
Q  22 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 121  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||| |  | |||||||||||||||    | ||| || ||||||||||||||| | ||    
T  33946279 tgtctttgtagttgaattggcggttgatttgatccagctgacccttcaatctggagagggtgacatcaatgccaatcctgaacatatggggtggt-tccc 33946377  T
Q  122 accgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
     | |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  33946378 cctgttgcagtaaattgcagctagcttgatgttcggat 33946415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 42014797 - 42014750
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 57  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42014797 ccaccctccttgtgtctctgtgggtgagttgacggttgatttgatcca 42014750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 24832182 - 24832546
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  24832182 caactccgaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacattgtctcgaatcct 24832281  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||        |||| ||||||||    
T  24832282 aaacagatggggtgctgttccactgttgtagtagactacctctagcttggtgtttagatcaaagccagggaattccatgttgtttt-gtctaatgtagtt 24832380  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24832381 taattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaggaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 24832480  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  24832481 gctgaataaatccagattgtaaaatccgaacaaaccctcaccatactcaaagtcccaagtctccct 24832546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 10430 - 10296
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |     
T  10430 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcca 10331  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 135  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10330 aaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 10296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 286 - 366
Target Start/End: Original strand, 42190904 - 42190984
Alignment:
Q  286 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  42190904 acaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccct 42190984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 86
Target Start/End: Original strand, 41836116 - 41836194
Alignment:
Q  8 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 86  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  41836116 gaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 41836194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 159
Target Start/End: Original strand, 12191384 - 12191532
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 109  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12191384 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12191483  T
Q  110 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12191484 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12191532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 159
Target Start/End: Original strand, 12435812 - 12435960
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 109  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12435812 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12435911  T
Q  110 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12435912 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12435960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 16796141 - 16796063
Alignment:
Q  10 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||    
T  16796141 ccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctaatccttcaactcggagagggtgacatc 16796063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 57
Target Start/End: Original strand, 14194172 - 14194208
Alignment:
Q  21 atgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 57  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14194172 atgtctatgtggttgagttggcggttgatttgatcca 14194208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 29436351 - 29436717
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29436351 caactccgaccaccctcctcgtgtgtttgtggttgagttgacggttgctttgatccaactcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 29436450  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcca-gtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 199  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||           ||||||||||    
T  29436451 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgtttggatcaaagccaggggaattccat-attttttttcctgatgtagt 29436549  T
Q  200 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 298  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436550 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 29436649  T
Q  299 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436650 atgttgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 29436717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 13038348 - 13038712
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13038348 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgaattgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 13038447  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||         ||| ||||||||    
T  13038448 aaacagacagggtgatgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagtcggggaattccatgtcttttt-atctaatgtagtt 13038546  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||       |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13038547 taattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgttgaccacataaattgtcggtgcaatgtgggaaacacaaaagaatgcaat 13038646  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13038647 gctgaataaatccagattctaaaatccgatccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccct 13038712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 34950312 - 34950490
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34950312 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcatttagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcct 34950411  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 179  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  34950412 aaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatg 34950490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 269 - 362
Target Start/End: Original strand, 34950524 - 34950617
Alignment:
Q  269 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34950524 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttt 34950617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 264 - 366
Target Start/End: Original strand, 18584253 - 18584355
Alignment:
Q  264 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 363  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18584253 ttgtcggtgcaatgtgggagacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatactcaaagtcccaagtttc 18584352  T
Q  364 cct 366  Q
    |||    
T  18584353 cct 18584355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 28 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 12304023 - 12303873
Alignment:
Q  28 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgtt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||| | |||    
T  12304023 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccc-gagaaagtgacgtcgttgcgaatcctaaacagatggggtggttttcccctgtt 12303925  T
Q  128 gtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 179  Q
     | ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  12303924 attgtagactgccgctagattggtgtttggatcaaagccagggaatttcatg 12303873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 30 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 20386749 - 20386691
Alignment:
Q  30 tggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 88  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  20386749 tggttgagttgacggttgatttgatctagctgatccttcaacccggagagcgtgacatc 20386691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 33554207 - 33554079
Alignment:
Q  30 tggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||| || |||||||| || | ||||  |||||| ||| || ||| |||| |||| |    
T  33554207 tggttgagttgacggttgatttgattcaactgttcctttaacccggatagtgtgacatcagtgt-gaatcttaaacaaatgaggaggt-ttcccccgtgg 33554110  T
Q  129 tagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  33554109 tagtaaattgcaactagcttggtgttcggat 33554079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Original strand, 17521170 - 17521306
Alignment:
Q  22 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 121  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||  || ||||||| | |||||| |  ||| |||||||||||    | ||| || |||| |||||||||| ||||    
T  17521170 tgtctttgtagttgagttggcgattgacatgttccagctgaccctttaacttggatagggtgacatcaatgcaaatcctgaacagatggggtggt-ttcc 17521268  T
Q  122 accgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 159  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  17521269 cccgttgtagtaaattgcagctagcttggtgtttggat 17521306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 16930 - 17285
Alignment:
Q  1 caactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattct 100  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16930 caactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgaaggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcct 17029  T
Q  101 aaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||        |||||||||||||    
T  17030 aaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaagaaattccatgttttttt-gtctgatgtagtt 17128  T
Q  201 tacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         | ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17129 tacttgtaatgaaaacatcgacccctatttatagagg---------catgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaat 17219  T
Q  301 gctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 366  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  17220 gttgaatgaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccct 17285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 366
Target Start/End: Original strand, 250764 - 250866
Alignment:
Q  264 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 363  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||||||||    
T  250764 ttgtcggtgtaatgtgggccacacaaaagaatccaatcctgaagttttccggattataaaatccgaaccaaccctcaccctacagaaagtgccaagtttc 250863  T
Q  364 cct 366  Q
    |||    
T  250864 cct 250866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University