View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12041_low_2 (Length: 787)

Name: NF12041_low_2
Description: NF12041
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12041_low_2
NF12041_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-775)||(10598818-10599583)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 10599583 - 10598818
Alignment:
Q  4 agaggctaggaaagtgtttgatggtatgagagagcataatgtgatgtcgtggacggcacttattaatggatatgtaagaggcggtggtggatatgaacgg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10599583 agaggctaggaaagtgtttgatggtatgagggagcataatgtgatgtcgtggacggctcttgttaatggatatgtacgaggcggtggtggatatgaacgg 10599484  T
Q  104 gaagctatgagattgtttagcgatatgttgcttcagggttgtgttgcgccaaattgctttacgttttctggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttccta 203  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10599483 gaagctatgagaatgtttagtaatatgttgcttcagggtggtgttgcgccgaactgctttacgttctccggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctg 10599384  T
Q  204 attttgattttggtgaacaagttcacgggcaaacgattaaattaggtctttctgcgattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaggtc 303  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10599383 attttgattttggtgaacaggttcatgggcaaacgattaaattaggtctttctgcaattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaagtc 10599284  T
Q  304 tgggagaatggaaggtgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaagaatttggtttcgggtagtgggatcgttggtgatgcaagtgtgaaagattcg 403  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |   | |||| |||| ||| |||||||||||      
T  10599283 tggaagaatggaatctgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaagaatttggtttcggagacag---ttgttgatgatacaaatgtgaaagatttt 10599187  T
Q  404 gatttaaattctgaacaagacataaaccctgaaattgaatacactggtagtagcaaagttagttcgtttttatatgctagcctgttgagtggtgctgctt 503  Q
     |||| ||||||||||||||| |  ||| |||| |||||||   ||||||| |   |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10599186 aatttgaattctgaacaagacttggaccgtgaagttgaatatgttggtagtgg---agttagttcgtttacatatgctagcctcttgagtggtgctgctt 10599090  T
Q  504 gtattggtacaataggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggtgaagatgggatttcggactgacctaagtgttaataatgctttgatctctatgta 603  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599089 gtattggtacaattggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggttaagattggatttcggactgacttaagtgttaataatgctttgatctctatgta 10598990  T
Q  604 ttctaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatggaagatcgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaa 703  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10598989 ttccaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatggaagattgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaa 10598890  T
Q  704 catgggtttgctacaaaagcactagaattgttctatgatatgctcaaaacaggtgtgaaacctaatgatgtc 775  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10598889 catggatttgcttcaaaagcactagaattgttctataatatgcttgaaacaggtgtgaagcctaatgatgtc 10598818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University