View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12043_low_1 (Length: 679)
Name: NF12043_low_1
Description: NF12043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12043_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 34300854 - 34300203
Alignment:
| Q |
16 |
cacaatgtatacattctttacaaagaagaataaatcggtacacaccaggtaaggttgctccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcgga |
115 |
Q |
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| T |
34300854 |
cacaatgtatacattctttacaaagaagaataaatcggtacacaccaggtaaggttgctccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcgga |
34300755 |
T |
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| Q |
116 |
agaatcatgaattaggtaacgagccagagatgtcaatgcaggatctgaagcggcatttgcagaaaagcttgagaagaaacaactgacacagaccgcaatt |
215 |
Q |
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| T |
34300754 |
agaatcatgaattaggtaacgagccagagatgtcaatgcaggatctgaagcggcaattgcagaaaagcttgagaagaaacaactgatacagaccgcaatt |
34300655 |
T |
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| Q |
216 |
gcaagaaaagtattaatatcgagagccacaaaatccatgatacataagaaataccagttacgaaccagaatttaaagctgttatttaagttgcaaaattg |
315 |
Q |
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| T |
34300654 |
gcaagaaaagtattaatatcgagagccacaaaatccatgatacataagaaataccagttgctaaccagaatttaaagctgttatttaagttgcaaaattg |
34300555 |
T |
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| Q |
316 |
gttatacttgataaaaataaatgataacagtaacaactctcataggcaggaattcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaagtactaatctta |
415 |
Q |
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| T |
34300554 |
gttatacttgataaaaataaatgataacagtaacaactctcataggcaggaattcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaagtactaatttta |
34300455 |
T |
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| Q |
416 |
atcaagagtatagttgttatgcttatttttatgttagaaacatatagcaaatgaaactca---taaatgatgaaatgcaacagcaggagatttaagtgat |
512 |
Q |
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| T |
34300454 |
atcaagagtatagttgttatgcttatttttatgttagaaacatatagcaaatgaaactcatactaaatgataaaatgcaacagcaggatatttaagtgat |
34300355 |
T |
|
| Q |
513 |
gaacctgttgtttcgtccaatgcctccacccaactttctggaagacccaaacatggtgttgattgctcagttaaggatgcttcacatggcttttcccatt |
612 |
Q |
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| T |
34300354 |
gaacctgttgtttcgtccaatgcctccacccaactttctggaagacccaaacatggtgttgattgctcagttaaggatgcttcacagggcttttcccatt |
34300255 |
T |
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| Q |
613 |
gactcttcccggtactttcatcataataatagaatacaccacttcctgtatc |
664 |
Q |
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| T |
34300254 |
gactcttcccggtactttaatcataataatagaatacaccacttcctgtatc |
34300203 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 660
Target Start/End: Original strand, 3755794 - 3756436
Alignment:
| Q |
16 |
cacaatgtatacattctttacaaagaagaataaatcggtacacaccaggtaaggttgctccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcgga |
115 |
Q |
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| T |
3755794 |
cacaatgtatatattctttacaaagaagaataaatcggtacac--caggtaaggttgctccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcgga |
3755891 |
T |
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| Q |
116 |
agaatcatgaattaggtaacgagccagagatgtcaatgcaggatctgaagcggcatttgcagaaaagcttgagaagaaacaactgacacagaccgcaatt |
215 |
Q |
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| T |
3755892 |
agaatcatgaattaggtaacgagccagagatgtcaatgcaggatctgaagcggcaattgcagaaaagcttgagaagaaacaactgatacagaccgcaatt |
3755991 |
T |
|
| Q |
216 |
gcaagaaaagtattaatatcgagagccacaaaatccatgatacataagaaataccagttacgaaccagaatttaaagctgttatttaagttgcaaaattg |
315 |
Q |
| |
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| T |
3755992 |
gcaagaaaagtattaatatcgagagccacaaaatccatgatacataagaaataccagttgctaaccagaatttaaagctgttatttaagttgcaaaattg |
3756091 |
T |
|
| Q |
316 |
gttatacttgataaaaataaatgataacagtaacaactctcataggcaggaattcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaagtactaatctta |
415 |
Q |
| |
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| T |
3756092 |
gttatacttgataaaaataaatgataacagtaacaactctcataggcaggaattcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaagtattaatctta |
3756191 |
T |
|
| Q |
416 |
atcaagagtatagttgttatgcttatttttatgttagaaacatatagcaaatgaaactcataaatgatgaaatgcaacagcaggagatttaagtgatgaa |
515 |
Q |
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| T |
3756192 |
atcaagagtatagttgttatgcttatttttatgttagaaacatatagcaaatgaaactcataaatgatcaaatgcaacagcaggatatgtaagtgatgaa |
3756291 |
T |
|
| Q |
516 |
cctgttgtttcgtccaatgcctccacccaactttctggaagacccaaacatggtgttgattgctcagttaaggatgcttcacatggcttttcccattgac |
615 |
Q |
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| T |
3756292 |
cctgttgtttcgtccaatgcctccacccaactttttggaagacccaaacatggtgttgattgctcagttaaggatgcttcacagggcttttcccattgac |
3756391 |
T |
|
| Q |
616 |
tcttcccggtactttcatcataataatagaatacaccacttcctg |
660 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
3756392 |
tcttcctggtactttcatcataataatagaatgcaccacttcctg |
3756436 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 161 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 19971734 - 19971228
Alignment:
| Q |
161 |
tgaagcggcatttgcagaaaagcttgagaagaaacaactgacacagaccgcaattgcaagaaaa--gtattaatatcgagagccacaaaatccatgatac |
258 |
Q |
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|
| T |
19971734 |
tgaagcggcaattgcagaaaagcttgagaagaaacaactgatacagaccgcaattggaagaaaaaagtagtaacagtgacagccacaaaatccatgatac |
19971635 |
T |
|
| Q |
259 |
ataagaaataccagttacgaaccagaatttaaagctgttatttaagttgcaaaattggttatacttgataaaaat--aaatgataacagtaacaactctc |
356 |
Q |
| |
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||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
19971634 |
ataagaaatcccagttgctgaccagaatttaaagccattatttaaggtgcaaaatcggttatacttgataaaaaataaaatgataacaataacaactctc |
19971535 |
T |
|
| Q |
357 |
ataggcaggaattcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaagtactaatcttaatcaagagtata-----gttgttatgcttatttttatgtta |
451 |
Q |
| |
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| T |
19971534 |
ataggcaggatttcctactaaacaatcagagaaaatatttaattgaaacactgatcttaatcaagagtataatatagttgttacacttaattttatgtta |
19971435 |
T |
|
| Q |
452 |
gaaacatatagcaaatgaaactcataaatgatgaaatgcaacagcaggagatttaagtgatgaacctgttgtttcgtccaatgcctccacccaactttct |
551 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |
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| T |
19971434 |
gaaacatatagcaaatgaaactcataaatgataaaatgcaacagcaggatatttatgtaatgaacctgttgtttcatctaatgcctccacccaactatct |
19971335 |
T |
|
| Q |
552 |
ggaagacccaaacatggtgttgattgctcagttaaggatgcttcacatggcttttcccattgactcttcccggtactttcatcataataatagaatacac |
651 |
Q |
| |
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||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |
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| T |
19971334 |
ggaagacacaaaaccgttgttgattgctgggttaaggatgcttcgccgggtttttcccattgactcctcccggtactttcattataataataaaatgcac |
19971235 |
T |
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| Q |
652 |
cacttcc |
658 |
Q |
| |
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||||||| |
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| T |
19971234 |
cacttcc |
19971228 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 19979869 - 19979721
Alignment:
| Q |
16 |
cacaatgtatacattctttacaaagaagaataaatcggtacacaccaggtaaggttgctccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcgga |
115 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
19979869 |
cacaatgtatacattctttacaaagaagaataaatcgg--cacaccaggtaaggttactccacaatcaacaataaaattgttacccgtgacatattcaga |
19979772 |
T |
|
| Q |
116 |
agaatcatgaattaggtaacgagccagagatgtcaatgcaggatctgaagc |
166 |
Q |
| |
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| T |
19979771 |
agcatcatgaattaggtaacgagccaaagatgtcaatccaggatctgaagc |
19979721 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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