View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12045_low_10 (Length: 409)

Name: NF12045_low_10
Description: NF12045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12045_low_10
NF12045_low_10
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-391)||(5354176-5354566)
chr4 (11-384)||(5346502-5346875)
chr4 (11-384)||(5378531-5378904)
chr4 (12-384)||(5423822-5424194)
chr4 (10-390)||(5363032-5363412)
chr4 (10-390)||(5412297-5412677)
chr4 (71-333)||(5392909-5393171)
chr4 (10-390)||(5468107-5468487)
chr4 (58-219)||(5401236-5401397)
chr4 (1-268)||(5502042-5502309)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-384)||(20328708-20329080)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (288-334)||(25789205-25789251)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Original strand, 5354176 - 5354566
Alignment:
Q  1 tagtctcaagatgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5354176 tagtctcaagatgttgaattttggtggaaacaagctccgaggtcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaat 5354275  T
Q  101 gacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5354276 gacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccat 5354375  T
Q  201 gttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5354376 gttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagat 5354475  T
Q  301 gcttcatatcgctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcgcgatgag 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5354476 gcttcatatcgctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcgcgatgag 5354566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 11 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5346875 - 5346502
Alignment:
Q  11 atgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttt 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  5346875 atgttgaatttcggtggaaacaagcttcgaggtcatattcctagtagtatgtttccaaatttatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcatt 5346776  T
Q  111 tagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgag 210  Q
    |||   ||  | |||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| | ||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||    
T  5346775 taggaggtcctataccaaaatcattggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttggaaagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgag 5346676  T
Q  211 caaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatatc 310  Q
     |||||| |  |  | ||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||   |||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5346675 taaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatggctctatcggatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatatc 5346576  T
Q  311 gctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 384  Q
     |||||||||||| |||||| |||   || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5346575 tctgatctagcctgcaataaattcaccggcacaatatcatctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 5346502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 11 - 384
Target Start/End: Original strand, 5378531 - 5378904
Alignment:
Q  11 atgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||  || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5378531 atgttaaattttggtggaaacaagcttcgaggtcatattcctagtagtatttttccaaattcatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttt 5378630  T
Q  111 tagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgag 210  Q
    |||   ||  | |||||||||| |||||||| || || |||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  5378631 taggaggtcctataccaaaatccttggtcaactgtaaggaactacaagttattaaccttggaaagaatgcattaaccggcagatttccatattttttgag 5378730  T
Q  211 caaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatatc 310  Q
     |||||| |  |  | ||| | ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5378731 taaaattccaacattgagaatcatgattttaaggtcaaataagctgcatgggtctattggatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatatc 5378830  T
Q  311 gctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 384  Q
      |||||| || | |||||||||| | || ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378831 attgatctggcatgcaataacttcagcggcacgatatcatctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 5378904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5424194 - 5423822
Alignment:
Q  12 tgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatctttt 111  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||  || | ||| ||||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  5424194 tgttgaatttcggtggaaacaagctccgaggtcaaattcctagtagtatgtttccaaatttatgcgcactaaggtttgttgatctaaatgacaatctttt 5424095  T
Q  112 agacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagc 211  Q
    ||   ||  | |||||||||| ||| ||||||| || |||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||| | ||     
T  5424094 aggaggtcctataccaaaatccttgatcaattgtaaggaactacaagtcttaaaccttggaaagaatgcattaacaggcagatttccatgttttctaagt 5423995  T
Q  212 aaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatatcg 311  Q
    |||||| |  |  | ||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| | ||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  5423994 aaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatcagatgcccaaatagcactggttattggaagatgcttcatatcg 5423895  T
Q  312 ctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 384  Q
     |||||||||   |||||||||| |||| |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5423894 ttgatctagcacgcaataacttcagtggcatgatatcatctgcactcttaaatagttggcaagcaatgatgcg 5423822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Original strand, 5363032 - 5363412
Alignment:
Q  10 gatgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatctt 109  Q
    ||||||||||||| ||||||| || |||| || |||||||||||  ||||||||||  || ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||| |    
T  5363032 gatgttgaattttcgtggaaataaactccaaggtcatattcctaaaactatgtttctaaattcatgtgcactgaggattttcgatctaaatgacaatcat 5363131  T
Q  110 ttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttga 209  Q
    |||||| | | | ||||||||||  | || |||||    |||||| |||||  |||| | ||||| ||| || |||| |||| | |||||||||| ||||    
T  5363132 ttagacggcactataccaaaatccatagtaaattgtcgggaactacaagtcgataacatcggaaataatgcactaactggaagaattccatgtttcttga 5363231  T
Q  210 gcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatat 309  Q
    | |||||| |  || | ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  5363232 gtaaaattccaaccttgagaatcatggttttaaggtcaaataaattccacgggtttattggatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatat 5363331  T
Q  310 cgctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcgcgatga 390  Q
     | |||||||| ||||||||||||  |||| |   ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5363332 tgttgatctaggctccaataactttagtggcatgatatcagcatcactcttaaacagttggaaagcaatgatgcgtgatga 5363412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Original strand, 5412297 - 5412677
Alignment:
Q  10 gatgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatctt 109  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |  | |||||| |||  |||||| | ||  || ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |     
T  5412297 gatgttgaactttggaggtaacaagcttcatggtcatatccctgatactatatctccaaattcatgtgcactgagatatttgaatctaaatgacaattta 5412396  T
Q  110 ttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttga 209  Q
    || ||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||  ||||  ||||| | ||||||||||| ||||  ||||  |  | |||||||||||| || |    
T  5412397 ttggacggtagcataccaaaatctttggtcaattgcaataaacttcaagtcttaaaccttggaaataattttttaagtgacagatttccatgtttcttaa 5412496  T
Q  210 gcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatat 309  Q
    |||| ||||||  |||  || | ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| | ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  5412497 gcaatatttccaacctgcgaatcatgattttaaggtcaaataagatgcatggatctattggatgcccaaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 5412596  T
Q  310 cgctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcgcgatga 390  Q
     | ||||||||||||||||||||||   |||||| || ||  ||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5412597 tgttgatctagcctccaataacttcaacggaacaataccagttgccctattaaatagttggaaggcaatgatgcgtgatga 5412677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 71 - 333
Target Start/End: Original strand, 5392909 - 5393171
Alignment:
Q  71 tcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttg 170  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||  || ||||  |||| ||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||| |||||||    
T  5392909 tcatgtgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctattgaacggtagcatacccaaatctttggtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttg 5393008  T
Q  171 gaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaa 270  Q
    |||| ||||  ||||  |  | |||||||||||| || ||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  5393009 gaaataattttttaagtgacagatttccatgtttcttaagcaatatttccaccctgagaatcatggttttaaggtcaaataagctccatgggtctattgg 5393108  T
Q  271 atgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatatcgctgatctagcctccaataactt 333  Q
    |||| | | |||   |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5393109 atgcccaactagaactggtgactggaagatgcttcatattgttgatctagcctccaataactt 5393171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 5468487 - 5468107
Alignment:
Q  10 gatgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatctt 109  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| |||  |||||| |  |  || |||||||||| |||   ||||||||| ||||||||| |     
T  5468487 gatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatgtgcacgaagatatttgaatctgaatgacaatttg 5468388  T
Q  110 ttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttga 209  Q
    ||  || |||   |||| ||||| || |||||||||||  ||||  ||||||| ||||||||| | ||||  || |  |  | |||||||||||| ||||    
T  5468387 ttgaacggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagataattttttcagtgatagatttccatgtttcttga 5468288  T
Q  210 gcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatat 309  Q
    | || |||||| |||| ||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  5468287 gaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatgtccaaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 5468188  T
Q  310 cgctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcgcgatga 390  Q
     | |||||||||||||||||||||  | |||||| || |   | | || |||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  5468187 tgttgatctagcctccaataacttgagcggaacaataccggtttctctattaaatagttggaaggcaacgatgcgtgatga 5468107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 219
Target Start/End: Original strand, 5401236 - 5401397
Alignment:
Q  58 tatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaa 157  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  ||  | |||||||||| ||||||||||| || |||||  ||    
T  5401236 tatgtttcaaaattcatgtgcactaaggattttggatctaaatgacaatctttcagaaggtcctataccaaaatccttggtcaattgtaaggaacttcaa 5401335  T
Q  158 gtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagcaaaatttc 219  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5401336 gtctttaaccctggaatgaatgcattaacgggcagatttccatgttttctgagcaaaatttc 5401397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 5502042 - 5502309
Alignment:
Q  1 tagtctcaagatgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaat 100  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| |||  ||| || |  |  || ||||||||||||||   |||| ||||||||    
T  5502042 tagtctcaggatgttgaatcttggtggaaacaagcttcgagggcatatccctgatacaatatccccaaattcatgtgcactaagatatttggatctaaat 5502141  T
Q  101 gacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccat 200  Q
    |||||||| || ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||| || ||| | |||   |  | ||||||||    
T  5502142 gacaatctcttggatggtagtataccaaaatctttggtcaattgcaagaaactacaagtcctaaaccttgggaacaatgctttagttgacagatttccat 5502241  T
Q  201 gttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctatt 268  Q
    |||| ||||| || |||||| || | ||  | |||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||    
T  5502242 gtttcttgagaaacatttccaccattaggatcatggttttgaggtctaataagctccacggttctatt 5502309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 384
Target Start/End: Original strand, 20328708 - 20329080
Alignment:
Q  12 tgttgaattttggtggaaacaagctccgagatcatattcctactactatgtttcagaactcatgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatctttt 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||||||||  || | ||| ||||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  20328708 tgttgaatttcggtggaaacaagcttcgaggtcaaattcctagtagtatgtttccaaatttatgcgcactaaggtttgttgatctaaatgacaatctttt 20328807  T
Q  112 agacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagc 211  Q
    ||   ||  | |||||| ||| ||| ||||||| || |||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||| || | ||||||||||||| | ||     
T  20328808 aggaggtcctataccaacatccttgatcaattgtaaggaactacaagtcttaaaccttgaaaagaatgcattaacaggcagatttccatgttttctaagt 20328907  T
Q  212 aaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgctctaatagctttggtgattggaagatgcttcatatcg 311  Q
    |||||| |  |  | ||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| | ||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  20328908 aaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatcagatgcccaaatagcactggttattggaagatgcttcatatcg 20329007  T
Q  312 ctgatctagcctccaataacttcggtggaacattatcacctgcactcttaaatagttggaaagcaatgatgcg 384  Q
     ||||||||| | |||||||||| |||| |   ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20329008 ttgatctagcatgcaataacttcagtggcatgatatcatctgcactcttaaatagttggcaagcaatgatgcg 20329080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 288 - 334
Target Start/End: Original strand, 25789205 - 25789251
Alignment:
Q  288 gtgattggaagatgcttcatatcgctgatctagcctccaataacttc 334  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  25789205 gtgattggaaaatgcttcatattgttgatctagcttccaataacttc 25789251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University