View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1204_low_69 (Length: 319)

Name: NF1204_low_69
Description: NF1204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1204_low_69
NF1204_low_69
[»] chr6 (44 HSPs)
chr6 (53-309)||(26655752-26656008)
chr6 (53-309)||(26761723-26761979)
chr6 (53-308)||(27725013-27725267)
chr6 (53-309)||(27718547-27718803)
chr6 (53-309)||(28786041-28786297)
chr6 (53-298)||(27698662-27698906)
chr6 (53-309)||(26802201-26802461)
chr6 (53-309)||(27228997-27229251)
chr6 (53-287)||(28792184-28792418)
chr6 (53-309)||(28780902-28781158)
chr6 (53-309)||(27604873-27605135)
chr6 (53-289)||(27611170-27611406)
chr6 (54-309)||(27338234-27338482)
chr6 (54-309)||(27398974-27399222)
chr6 (53-282)||(31284078-31284307)
chr6 (53-309)||(27678717-27678965)
chr6 (53-240)||(27593188-27593375)
chr6 (53-183)||(27531365-27531495)
chr6 (95-310)||(26823608-26823817)
chr6 (83-309)||(27706600-27706818)
chr6 (80-243)||(26622805-26622968)
chr6 (80-243)||(26728783-26728946)
chr6 (83-240)||(27677812-27677969)
chr6 (98-304)||(27427816-27428020)
chr6 (80-242)||(26861446-26861608)
chr6 (53-178)||(25481636-25481761)
chr6 (53-178)||(26055820-26055945)
chr6 (53-178)||(26075790-26075915)
chr6 (69-210)||(26884025-26884166)
chr6 (213-308)||(26055724-26055818)
chr6 (214-308)||(26048643-26048736)
chr6 (214-308)||(26069812-26069905)
chr6 (214-308)||(26075694-26075787)
chr6 (214-308)||(26142663-26142756)
chr6 (53-178)||(26048739-26048864)
chr6 (53-178)||(26069908-26070033)
chr6 (53-178)||(26142759-26142884)
chr6 (53-178)||(25579613-25579738)
chr6 (214-308)||(25481540-25481633)
chr6 (214-308)||(25538338-25538431)
chr6 (53-178)||(25538434-25538559)
chr6 (53-243)||(26646302-26646498)
chr6 (53-243)||(26752270-26752466)
chr6 (214-293)||(25579529-25579610)
[»] scaffold0349 (3 HSPs)
scaffold0349 (53-308)||(3590-3844)
scaffold0349 (53-298)||(14523-14767)
scaffold0349 (149-309)||(8065-8225)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (53-309)||(4839-5100)
scaffold0277 (53-309)||(13800-14056)
[»] scaffold1254 (1 HSPs)
scaffold1254 (53-309)||(85-334)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (53-309)||(7295-7544)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (79-307)||(18699581-18699807)
chr4 (79-309)||(18655658-18655886)
chr4 (79-309)||(18731685-18731913)
chr4 (79-309)||(18679748-18679976)
chr4 (79-245)||(18724266-18724432)
chr4 (98-304)||(17989250-17989454)
chr4 (98-304)||(18073535-18073739)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (80-271)||(28164544-28164735)
chr1 (80-266)||(28127862-28128042)
chr1 (80-245)||(268539-268704)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (98-304)||(59343-59547)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (80-238)||(29273965-29274123)
chr8 (95-177)||(31903746-31903828)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 44)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 26656008 - 26655752
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26656008 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 26655909  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26655908 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 26655809  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26655808 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 26655752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 26761979 - 26761723
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26761979 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 26761880  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26761879 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 26761780  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26761779 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 26761723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 53 - 308
Target Start/End: Original strand, 27725013 - 27725267
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27725013 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgt 27725112  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  27725113 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgacaattgagagaaatag 27725212  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  27725213 gatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatg-gtaaatttttgtggtctgt 27725267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Original strand, 27718547 - 27718803
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  27718547 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaactgtgccgagtgt 27718646  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27718647 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccatgggagaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaatag 27718746  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  27718747 gatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtgaatttttgtgttctgtg 27718803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 28786297 - 28786041
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  28786297 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgt 28786198  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  28786197 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattg 28786098  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28786097 gatgaaaaaagagtttgagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtg 28786041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 53 - 298
Target Start/End: Original strand, 27698662 - 27698906
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27698662 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgt 27698761  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27698762 cagtgcccctaaaactgatgaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagtggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaatag 27698861  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttt 298  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27698862 gatg-aaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaaatttt 27698906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 26802461 - 26802201
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  26802461 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcaataagagccttgtagagattgcccgtaaaaccgtaccgagtgt 26802362  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||| |||||| ||    
T  26802361 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccataagaaaatgaagaggatgaggaaggagactgcatagccatgaaaattgtgagaaattg 26802262  T
Q  253 gatgaa----aaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26802261 gatgaaaaaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 26802201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 27229251 - 27228997
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27229251 atttcgtctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgagtgt 27229152  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  27229151 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatccaaaggaaaatgaagaggaagaggaaggtgattgtatagccatgagacttgagagaaattg 27229052  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27229051 gatg--aaaagagttttagaatgcagaatatgaatgagtatgtttttgtggtatgtg 27228997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 53 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 28792418 - 28792184
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  28792418 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgt 28792319  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  28792318 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattg 28792219  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaat 287  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28792218 gatgaaaaaagagtttgagaattcagaatatgaat 28792184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 28781158 - 28780902
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  28781158 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgt 28781059  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | ||  || |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  28781058 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatgcagaggaaaatgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgataattgagagaaattg 28780959  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28780958 gatgaaaaaagagtttgagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtg 28780902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Original strand, 27604873 - 27605135
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||    
T  27604873 atttcatctcctcttcgaagatcattttcatcaatgaaggtatgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtatcgagtgt 27604972  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaa------gaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagag 246  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||      ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  27604973 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaaatgaagaggatgaggatgaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagag 27605072  T
Q  247 aaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27605073 aaattggatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 27605135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 53 - 289
Target Start/End: Original strand, 27611170 - 27611406
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  27611170 atttcatctcctcttggaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgt 27611269  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| || ||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  27611270 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaagaagaggaagctaattgcatagccatgaaaattgagagaaattg 27611369  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatga 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27611370 gatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatga 27611406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 54 - 309
Target Start/End: Original strand, 27338234 - 27338482
Alignment:
Q  54 tttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtc 153  Q
    |||||||||||||   |||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||    
T  27338234 tttcatctcctctttcaagatcgttgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtaaagagtgtc 27338333  T
Q  154 aatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatgg 253  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||   |    
T  27338334 aatgtccctaaaactgaggaacacatggtatttgaacccagaggaaattgaagaggaagaggaaagtgattgcatagccatgagaattgagagaaataag 27338433  T
Q  254 atgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27338434 atgaaaaaaaagtttg-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 27338482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 54 - 309
Target Start/End: Original strand, 27398974 - 27399222
Alignment:
Q  54 tttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtc 153  Q
    |||||||||||||   |||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||    
T  27398974 tttcatctcctctttcaagatcgttgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtaaagagtgtc 27399073  T
Q  154 aatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatgg 253  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||   |    
T  27399074 aatgtccctaaaactgaggaacacatggtatttgaacccagaggaaattgaagaggaagaggaaagtgattgcatagccatgagaattgagagaaataag 27399173  T
Q  254 atgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27399174 atgaaaaaaaagtttg-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 27399222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 53 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 31284307 - 31284078
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    |||||||| |||||  |||| ||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||    
T  31284307 atttcatcccctctttgaagttcactatcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtgaaaccataccgagtgt 31284208  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || | ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  31284207 cacttcccctgaaactaaggaatacttggtatttgaatacataggaaattgaagaggaagaggaagatgattgcatagccatgagatttgagagaatatg 31284108  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaata 282  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  31284107 gatgaagaaagaatttgagaatgcagaata 31284078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 27678965 - 27678717
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||| | ||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||    
T  27678965 atttcatctcctctttgaagaccattcttatcaatgaaggtgttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattcccggtgaaaccgtaccgagtgt 27678866  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || | || || ||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |     
T  27678865 cacttcctctgaaactgaggaatacttggtatttgtactcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagattttagagaaatta 27678766  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27678765 gatgaaaaaagagtttg-------agaatatgaatgag-aagtttttgtggtctgtg 27678717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 53 - 240
Target Start/End: Original strand, 27593188 - 27593375
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  27593188 atttcatttcctctttgaagaccattgtcatcaatgaaggtgttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgt 27593287  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaat 240  Q
    || | || || ||||||||||| |||||||||||  |  ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27593288 cacttcctctgaaactgaggaatacttggtatttgtaatcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaat 27593375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 183
Target Start/End: Original strand, 27531365 - 27531495
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  27531365 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatagattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgt 27531464  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggta 183  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||    
T  27531465 ccgcgcccctaaaactgaggaacacttggta 27531495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 95 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 26823817 - 26823608
Alignment:
Q  95 tggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccat 194  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||  | | ||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||    
T  26823817 tggattcccttgtctgtaagagccttgtagagattgccggtaaattcataccgagtgtcagcgcctctaaaactgagaaacacttggtatttgaaatcat 26823718  T
Q  195 aggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaag 294  Q
    | |||| |||||||||      || ||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  26823717 atgaaactgaagagga------agttgactgcatagccatgagaattgagagaaattggacgaagaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtatg 26823624  T
Q  295 tttttgtggtctgtgg 310  Q
    ||  |||||| |||||    
T  26823623 ttactgtggtgtgtgg 26823608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 83 - 309
Target Start/End: Original strand, 27706600 - 27706818
Alignment:
Q  83 tcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggt 182  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||   || || ||||||||||| |||||||    
T  27706600 tcaatgaaggtgtggattcccttgtcatcaaaagccttgtagagattgcctgtgaaaccgtaccgagtgtcacctcctctgaaactgaggaatacttggt 27706699  T
Q  183 atttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaata 282  Q
    ||||  || ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||       ||||||    
T  27706700 atttgtactcataggaaattgaagtggaagagaaaggtgattgcatagccatgagattttagagaaattagatgaaaaaagagtttg-------agaata 27706792  T
Q  283 tgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  27706793 tgaatgag-aagtttttgtggtctgtg 27706818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 80 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26622968 - 26622805
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  26622968 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccgtaccgagtgtcactgcctctgaaacttaggaacactt 26622869  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattga 243  Q
    ||||||| ||   |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||    
T  26622868 ggtatttgaattgataggaaattgaagaggaagaggatggtgattgcatagccatgataattga 26622805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 80 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26728946 - 26728783
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  26728946 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccgtaccgagtgtcactgcctctgaaacttaggaacactt 26728847  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattga 243  Q
    ||||||| ||   |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||    
T  26728846 ggtatttgaattgataggaaattgaagaggaagaggatggtgattgcatagccatgataattga 26728783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 83 - 240
Target Start/End: Original strand, 27677812 - 27677969
Alignment:
Q  83 tcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggt 182  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| | || || ||| ||||||| |||||||    
T  27677812 tcaatgaaggtgtggattcccttgtcatcaagagccttgtagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcacttcctctgaaattgaggaatacttggt 27677911  T
Q  183 atttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaat 240  Q
    ||||  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27677912 atttgtactcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaat 27677969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 304
Target Start/End: Original strand, 27427816 - 27428020
Alignment:
Q  98 attcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccatagg 197  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||| | |||  | ||  ||||||    
T  27427816 attcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgaggaacacatcgtaactgaatgcatagg 27427915  T
Q  198 aaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagttt 297  Q
    |||||||||||||  || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||   ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||    
T  27427916 aaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg--agaagagtttgagaatgcagaatatgaatgaggatgttt 27428013  T
Q  298 ttgtggt 304  Q
    |||||||    
T  27428014 ttgtggt 27428020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 80 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26861608 - 26861446
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||| ||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||| | || || ||||||||||| || |    
T  26861608 tcatccatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagattaccggtaaaaccataccgagtgtcacttcctctgaaactgaggaatacct 26861509  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattg 242  Q
    ||||||| || ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  26861508 ggtatttgaatccataggaaatggaagaggaagagcaaggtgattgcatagccatcagaattg 26861446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 25481761 - 25481636
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  25481761 atttcatctcctctttgaagatcattttcatcaatgaaagtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgt 25481662  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| ||| |||||||||||    
T  25481661 cactgcccctgaaattgaggaacact 25481636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26055945 - 26055820
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  26055945 atttcatctcctctttgaagatcattttcatcaatgaaagtattaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgt 26055846  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| ||| |||||||||||    
T  26055845 cactgcccctgaaaatgaggaacact 26055820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26075915 - 26075790
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  26075915 atttcatctcctctttgaagatcattttcatcaatgaaagtattaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgt 26075816  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| ||| |||||||||||    
T  26075815 cactgcccctgaaattgaggaacact 26075790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 69 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26884166 - 26884025
Alignment:
Q  69 gaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaact 168  Q
    |||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| | | ||||||||||||||||||| || || ||||| | ||| |||||| | || || |||||    
T  26884166 gaagatgattatcatcaatgaaggtgtggattcccttgttagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccataccgagtgtcacttcctctgaaact 26884067  T
Q  169 gaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagagga 210  Q
    |||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  26884066 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagagga 26884025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 213 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26055818 - 26055724
Alignment:
Q  213 aggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26055818 aggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26055724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26048736 - 26048643
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26048736 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26048643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26069905 - 26069812
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26069905 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26069812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26075787 - 26075694
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26075787 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26075694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26142756 - 26142663
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26142756 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26142663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26048864 - 26048739
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  26048864 atttcatctcctctttcaagatcattatcatcaatgaaagtacaaattcccttgtcaatgagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgt 26048765  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  26048764 cactgcccctgaaactgaggaacact 26048739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26070033 - 26069908
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  26070033 atttcatctcctctttcaagatcattatcatcaatgaaagtacaaattcccttgtcaatgagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgt 26069934  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  26069933 cactgcccctgaaactgaggaacact 26069908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26142884 - 26142759
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||   ||  || ||||    
T  26142884 atttcatctcctctttcaagatcattatcatcaatgaaagtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaatttgttgcgagtgt 26142785  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  26142784 cactgcccctgaaactgaggaacact 26142759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 25579738 - 25579613
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||  || ||||    
T  25579738 atttcatctcctctttgaagatcattatcatcaaagaaggtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaagtgttgcgagtgt 25579639  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || |||| || |||||||||||||||    
T  25579638 cactgcctctgaaactgaggaacact 25579613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 25481633 - 25481540
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  25481633 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaaaaaaaactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 25481540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 214 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 25538431 - 25538338
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  25538431 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgattaa-tttgtgtggtctgt 25538338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 25538559 - 25538434
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||||   |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||   ||  || ||||    
T  25538559 atttcatctcctctttcaagatcattatcatctatgaaagtactaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaatttgttgcgagtgt 25538460  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  25538459 cactgcccctgaaactgaggaacact 25538434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26646498 - 26646302
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   |||||||   ||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  || ||||    
T  26646498 atttcatctcctctcttaagatcacaatcatcaatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgtccagtaaaaccgtcacgagtgt 26646399  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaa------atgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattga 243  Q
    || ||||||| ||  ||||||| || |||||  | || || |||||||      | ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  26646398 cactgcccctgaagttgaggaagacctggtaggtgaatccgtaggaaattaaagaggaagaggaataggaaggagattgcatagccatgagaattga 26646302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26752466 - 26752270
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||   |||||||   ||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  || ||||    
T  26752466 atttcatctcctctcttaagatcacaatcatcaatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgtccagtaaaaccgtcacgagtgt 26752367  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaa------atgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattga 243  Q
    || ||||||| ||  ||||||| || |||||  | || || |||||||      | ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  26752366 cactgcccctgaagttgaggaagacctggtaggtgaatccgtaggaaattaaagaggaagaggaataggaaggagattgcatagccatgagaattga 26752270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 25579610 - 25579529
Alignment:
Q  214 ggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatga--aaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaa 293  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||| | ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  25579610 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaataaaaaaactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa 25579529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 3)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 53 - 308
Target Start/End: Original strand, 3590 - 3844
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  3590 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgt 3689  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  3690 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgacaattgagagaaatag 3789  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 308  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  3790 gatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatg-gtaaatttttgtggtctgt 3844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 53 - 298
Target Start/End: Original strand, 14523 - 14767
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14523 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgt 14622  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  14623 cagtgcccctaaaactgatgaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagtggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaatag 14722  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttt 298  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14723 gatg-aaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaaatttt 14767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 149 - 309
Target Start/End: Original strand, 8065 - 8225
Alignment:
Q  149 gtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaa 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8065 gtgtcagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccatgggagaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaa 8164  T
Q  249 aatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  8165 ataggatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtgaatttttgtgttctgtg 8225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Original strand, 4839 - 5100
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  4839 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgt 4938  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4939 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattg 5038  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaat-----gagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||     || |||||||||||||||||||    
T  5039 gatgaaaaaagagtttgagaattcagaatatgaatttaatgaataagtttttgtggtctgtg 5100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Original strand, 13800 - 14056
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  13800 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgt 13899  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||  | ||  || |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||    
T  13900 cagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatgcagaggaaaatgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgataattgagagaaattg 13999  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14000 gatgaaaaaagagtttgagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtg 14056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1254 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold1254
Description:

Target: scaffold1254; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Original strand, 85 - 334
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  85 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgt 184  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  185 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcatatgaaaatgaagaggaagagggaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaatta 284  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  285 gatgaaaaaagagtttg-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 7544 - 7295
Alignment:
Q  53 atttcatctcctctgagaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgt 152  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  7544 atttcatctcctctttgaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgt 7445  T
Q  153 caatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatg 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  7444 cagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcatatgaaaatgaagaggaagagggaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaatta 7345  T
Q  253 gatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7344 gatgaaaaaagagtttg-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 7295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 79 - 307
Target Start/End: Original strand, 18699581 - 18699807
Alignment:
Q  79 gtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  18699581 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctttgtagagatggccagtaaaaccgtcacgagtgtcagtgcccctgaagctgaggaacact 18699680  T
Q  179 tggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcag 278  Q
    |||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18699681 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaactagatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18699780  T
Q  279 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctg 307  Q
    |||||||  |  |||||||||||||||||    
T  18699781 aatatga--ggttaagtttttgtggtctg 18699807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 79 - 309
Target Start/End: Original strand, 18655658 - 18655886
Alignment:
Q  79 gtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||  || ||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  18655658 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctttgtagagatgcccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18655757  T
Q  179 tggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcag 278  Q
    |||||  | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18655758 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcctagccatgaaaattgagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18655857  T
Q  279 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| ||||    
T  18655858 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtg 18655886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 79 - 309
Target Start/End: Original strand, 18731685 - 18731913
Alignment:
Q  79 gtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||  ||||||||| ||| ||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  18731685 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctctgtagagatggccagtaaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18731784  T
Q  179 tggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcag 278  Q
    |||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18731785 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgaaaatcgagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18731884  T
Q  279 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| ||||    
T  18731885 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtg 18731913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 79 - 309
Target Start/End: Original strand, 18679748 - 18679976
Alignment:
Q  79 gtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    |||||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  18679748 gtcatcaatgaaggtgtggattcctttgtcagtaagagccttgtagagatgaccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18679847  T
Q  179 tggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcag 278  Q
    |||||  | || | |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18679848 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagagaatgaggaaggtgattgcatagccatgaaaatagagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18679947  T
Q  279 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 309  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| ||||    
T  18679948 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtg 18679976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 79 - 245
Target Start/End: Original strand, 18724266 - 18724432
Alignment:
Q  79 gtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacact 178  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  18724266 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgaccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18724365  T
Q  179 tggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgaga 245  Q
    |||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18724366 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgagaattgaga 18724432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 304
Target Start/End: Original strand, 17989250 - 17989454
Alignment:
Q  98 attcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccatagg 197  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||| | |||  | ||  ||||||    
T  17989250 attcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgaggaacacatcgtaactgaatgcatagg 17989349  T
Q  198 aaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagttt 297  Q
    |||||||||||||  || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||   ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||    
T  17989350 aaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg--agaagagtttgagaatgcagaatatgaatgaggatgttt 17989447  T
Q  298 ttgtggt 304  Q
    |||||||    
T  17989448 ttgtggt 17989454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 18073739 - 18073535
Alignment:
Q  98 attcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccatagg 197  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||| | |||  | ||  ||||||    
T  18073739 attcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgaggaacacatcgtaactgaatgcatagg 18073640  T
Q  198 aaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagttt 297  Q
    |||||||||||||  || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||   ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||    
T  18073639 aaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg--agaagagtttgagaatgcagaatatgaatgaggatgttt 18073542  T
Q  298 ttgtggt 304  Q
    |||||||    
T  18073541 ttgtggt 18073535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 80 - 271
Target Start/End: Original strand, 28164544 - 28164735
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||   ||| ||||| ||||||| ||| || |||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28164544 tcatcaatgaatgtgtgaattcccttgtcgtcaagggccttatagagatggccagtgaaaccgtcacgagtgtcactgcccctaaaactgaggaacactt 28164643  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttggg 271  Q
    ||||| | || |||||||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  28164644 ggtatgtgaatccataggaaattgaagaggaagaggaatgcgatcgtatagccatgagaattgacagaaattggatgagaaaagagtttggg 28164735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 80 - 266
Target Start/End: Original strand, 28127862 - 28128042
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||| ||| || |||||||  || |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  28127862 tcatcaatgaatgtgtggattcccttgtcataaagggccttgtagagatggccagtgaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacactt 28127961  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagt 266  Q
    ||||| | || |||||||||| ||||      |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||    
T  28127962 ggtatgtgaatccataggaaattgaa------gaggaatgtgattgcatagccatgagaattgacaaaaattggatgagaaaagagt 28128042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 245
Target Start/End: Original strand, 268539 - 268704
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||  ||||||| |  || ||||||  ||| || ||  ||||||| || |    
T  268539 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatggccaataaaaccctcacgagtgtcaccgcctctgaagttgaggaagacct 268638  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgaga 245  Q
    ||||   ||| ||||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  268639 ggtaggcaaatccatatgagattgaagaggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaactgaga 268704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 59547 - 59343
Alignment:
Q  98 attcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacacttggtatttaaacccatagg 197  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||| | |||  | ||  ||||||    
T  59547 attcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgaggaacacatcgtaactgaatgcatagg 59448  T
Q  198 aaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagtttgggaatgcagaatatgaatgagtaagttt 297  Q
    |||||||||||||  || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||   ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||    
T  59447 aaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg--agaagagtttgagaatgcagaatatgaatgaggatgttt 59350  T
Q  298 ttgtggt 304  Q
    |||||||    
T  59349 ttgtggt 59343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 80 - 238
Target Start/End: Original strand, 29273965 - 29274123
Alignment:
Q  80 tcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacactt 179  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||  |||||||||  || ||||||  ||| |||||  ||||||| || |    
T  29273965 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagtcttgtagagatggccaataaaaccgtcacgagtgtcaccgcctctaaagttgaggaagacct 29274064  T
Q  180 ggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgaga 238  Q
    ||||  | || ||||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  29274065 ggtaagtgaatccatatgagattgaagaggaagaggaaggtgattgcatagccatgaga 29274123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 31903828 - 31903746
Alignment:
Q  95 tggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaactgaggaacac 177  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||||| |  || ||||| | ||| ||||| |||||||||||    
T  31903828 tggattcccttatcataaagagctttgtagagatttccagtaaaaccatagcgagtgtctaagcctctaaagctgaggaacac 31903746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University