View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12051_high_3 (Length: 879)
Name: NF12051_high_3
Description: NF12051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12051_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 758673 - 757849
Alignment:
| Q |
37 |
tcacacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacatta |
136 |
Q |
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| T |
758673 |
tcacacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacatta |
758574 |
T |
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| Q |
137 |
agattctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatat |
236 |
Q |
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| T |
758573 |
agattctagcataaatacatgttggaatgattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatat |
758475 |
T |
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| Q |
237 |
taattattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccctaatttattttgttaagaaaccaaagt |
336 |
Q |
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| T |
758474 |
taattatcaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccctaatttattttgttaagaaaccaaagt |
758375 |
T |
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| Q |
337 |
gagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatc |
436 |
Q |
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| T |
758374 |
gagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatc |
758275 |
T |
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| Q |
437 |
aaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattta |
536 |
Q |
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| T |
758274 |
aaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattta |
758175 |
T |
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| Q |
537 |
aaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaa |
636 |
Q |
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| T |
758174 |
aaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaa |
758075 |
T |
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| Q |
637 |
acaagtcttaatattgcattgaacttcnnnnnnnnnnnnnngacaaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaaac |
736 |
Q |
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| T |
758074 |
acaagtcttaatattgcattgaacttc-tttttttttttttgataaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaaac |
757976 |
T |
|
| Q |
737 |
atttaatcattttgatttatatactgtgagtctgttattactatttggtccagagtttattgttttaggggatcacggtgtaagtatatatgtcacatga |
836 |
Q |
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| T |
757975 |
atttaatcattttgatttatatactatgagtctgttattactatttggtccacagtttattgttttaagggatcacggtgtaagtatatatgtcacatga |
757876 |
T |
|
| Q |
837 |
agtcatgtttttgtttgccttccatgt |
863 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
757875 |
agtcatgtttttgtttgccttccatgt |
757849 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 858
Target Start/End: Original strand, 37014139 - 37014961
Alignment:
| Q |
39 |
acacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
138 |
Q |
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|
| T |
37014139 |
acacctaccaagtaatatatattttattttctttttaattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
37014238 |
T |
|
| Q |
139 |
attctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
238 |
Q |
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|
|
| T |
37014239 |
attctagcataaatacatgttggaataattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
37014337 |
T |
|
| Q |
239 |
attattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccctaatttattttgttaagaaaccaaagtga |
338 |
Q |
| |
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|
|
| T |
37014338 |
attattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaagaaaccaaagtga |
37014437 |
T |
|
| Q |
339 |
gaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatcaa |
438 |
Q |
| |
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|
|
| T |
37014438 |
gaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatcaa |
37014537 |
T |
|
| Q |
439 |
attcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaatttaaa |
538 |
Q |
| |
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|
| T |
37014538 |
attcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaatttaaa |
37014637 |
T |
|
| Q |
539 |
agtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaaac |
638 |
Q |
| |
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| T |
37014638 |
agtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaaac |
37014737 |
T |
|
| Q |
639 |
aagtcttaatattgcattgaacttc----nnnnnnnnnnnnnngacaaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaa |
734 |
Q |
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|
| T |
37014738 |
aagtcttaatattgcattgaacttctttttttttttttttttttacaaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaa |
37014837 |
T |
|
| Q |
735 |
acatttaatcattttgatttatatactgtgagtctgttattactatttggtccagagtttattgttttaggggatcacggtgtaagtatatatgtcacat |
834 |
Q |
| |
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| T |
37014838 |
acatttaatcattttgatttatatactgtgagtctgttattactatttggtccacagtttattgttttaggggatcacggtgtaagtatatatgtcacat |
37014937 |
T |
|
| Q |
835 |
gaagtcatgtttttgtttgccttc |
858 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
37014938 |
gaagtcatgtttttgtttgccttc |
37014961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 726; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 863
Target Start/End: Original strand, 36988700 - 36989527
Alignment:
| Q |
39 |
acacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
138 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
36988700 |
acacctaccaagtaatatatattttattttctttttaattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
36988799 |
T |
|
| Q |
139 |
attctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
238 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
36988800 |
attctagcataaatacatgttggaataattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
36988898 |
T |
|
| Q |
239 |
attattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccctaatttattttgttaagaaaccaaagtga |
338 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
36988899 |
attattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaagaaaccaaagtga |
36988998 |
T |
|
| Q |
339 |
gaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatcaa |
438 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36988999 |
gaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgatcaa |
36989098 |
T |
|
| Q |
439 |
attcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaatttaaa |
538 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989099 |
attcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaatttaaa |
36989198 |
T |
|
| Q |
539 |
agtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaaac |
638 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989199 |
agtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttactaaac |
36989298 |
T |
|
| Q |
639 |
aagtcttaatattgcattgaacttc----nnnnnnnnnnnnnngacaaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaa |
734 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989299 |
aagtcttaatattgcattgaacttctttttttttttttttttttacaaattaatgttgcattgaactttgtttatatcattatgtacttaatcatatgaa |
36989398 |
T |
|
| Q |
735 |
acatttaatcattttgatttatatactgtgagtctgttattactatttggtccagagtttattgttttaggggatcacggtgtaagtatatatgtcacat |
834 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989399 |
acatttaatcattttgatttatatactatgagtctgttattactatttggtccacagtttattgttttaagggatcacggtgtaagtatatatgtcacat |
36989498 |
T |
|
| Q |
835 |
gaagtcatgtttttgtttgccttccatgt |
863 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989499 |
gaagtcatgtttttgtttgccttccatgt |
36989527 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 235 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 36443693 - 36443639
Alignment:
| Q |
235 |
attaattattaacaacaaccttaatcattacaatttgtgatatcattaccaataa |
289 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36443693 |
attaattattaacaacaaccttagttattacaatttgtgatatcattaccaataa |
36443639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 36443880 - 36443810
Alignment:
| Q |
51 |
taatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattc |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36443880 |
taatatatattttctcttctttttaattccctttgttgatttgtcttagtttatcacttcttacttcattc |
36443810 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 40 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19181049 - 19180933
Alignment:
| Q |
40 |
cacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaaga |
139 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
19181049 |
cacctaccaagtaatatatattttcttttctttttaattcctcttgttgatctgttttagattatcacttcttacttcattcttctcatgaacactaaga |
19180950 |
T |
|
| Q |
140 |
ttctagcataaatacat |
156 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| |
|
|
| T |
19180949 |
ttctagcatacatacat |
19180933 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 434 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 19180896 - 19180800
Alignment:
| Q |
434 |
atcaaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattcc---atttcaattttaggtaccaaaatgtgcc |
527 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
19180896 |
atcaaattcaaagtcttaagcacaattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagcttccaatatttcaatcttagttaccaaaatgtgcc |
19180800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 716 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 19180230 - 19180180
Alignment:
| Q |
716 |
atgtacttaatcatatgaaacatttaatcattttgatttatatactgtgagt |
767 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19180230 |
atgtactttatcatatcaaacatttaatca-tttgatttatatactgtgagt |
19180180 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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