View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12051_low_2 (Length: 900)

Name: NF12051_low_2
Description: NF12051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12051_low_2
NF12051_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (16-789)||(2788171-2788941)
chr6 (781-885)||(2789013-2789117)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 789
Target Start/End: Original strand, 2788171 - 2788941
Alignment:
Q  16 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788171 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 2788270  T
Q  116 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788271 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 2788370  T
Q  216 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaaatttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattannnnnnnnnnnngaggtgaat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  2788371 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaattttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattatttttcttttttgaggtgaat 2788470  T
Q  316 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtggatgtggtgttatactataaaaagataatgctatattttagcatgtataatataat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || | |  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2788471 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtgg---tgttatactactataaaaagatgatgctatattttagcttgtataatataat 2788567  T
Q  416 aataggcataacacactcataaccacaaatctagacgcttgtggttagggaattcaaacattcatgaataagcgaattatgattgtctaattaagatcaa 515  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  2788568 aatagacataacacactcataaccacaaatttagacgcttgtggttagggaattcaaacattcataaataagcgaatcatgaccgtctaattaagatcaa 2788667  T
Q  516 actatgagattttggagatttttatacatctttaaatatcgtttatctatattataaattgagttatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 615  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788668 actatgagattttggggatttttatacacctttaaatattgtttatctatattataaattgagtcatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 2788767  T
Q  616 gtttgaatgatgaaattttttaaagctaaaaattcatattctataaccactatacgtatctctgattacattaagattcatttaggggattgactctttt 715  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2788768 gtttgaatgatgaaattttttaaaccaaacaattcatattctataaccactatacgtatctctgactacattaagattcatttacgggattgactctttt 2788867  T
Q  716 gacatatgttcttctatgcattcaagtatgaaatcaaacttgacaacatgtttaagagatcataaaataattaa 789  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788868 gacatatgttcttctatgcattcaagtatgaaatcaaacttgacaacatgtttaagagatcataaaataattaa 2788941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 781 - 885
Target Start/End: Original strand, 2789013 - 2789117
Alignment:
Q  781 aataattaatcaactgtgtcacgtagtataggtagatacttgatannnnnnnctttgactcaagttgaaaaaattattcgctgttgatattcttgtcatt 880  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2789013 aataattaatcaaccgtgtcacgtagtataggtagatacttgatatttttttctttgaattaagttgaaaaaattattcactgttgatattcttgtcatt 2789112  T
Q  881 aattt 885  Q
    |||||    
T  2789113 aattt 2789117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University