View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12051_low_9 (Length: 648)

Name: NF12051_low_9
Description: NF12051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12051_low_9
NF12051_low_9
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-648)||(27210538-27211185)
chr8 (1-648)||(27195296-27195938)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 27211185 - 27210538
Alignment:
Q  1 ggacagtcttcccctttaattccgacaccggaatctgcaatggagataaaagctgacttgttaataacgaattaaaaggagggattgatggggaatcact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27211185 ggacagtcttcccctttaattccgacaccggaatctgcaatggagataaaagctgacttgttaataacgaattaaaaagagggattgatggggaatcact 27211086  T
Q  101 caacataatccaatacatctatatttatataataagatatattaccttcttcccatctttctcaattacaaaatcttgatcgccagacaccaaaactgac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27211085 caacataatccaatacatctatatttatataataagaaatattaccttcttcccatctttctcaatgacaaaatcttgatcgccagacaccaaaaccgac 27210986  T
Q  201 tcaagtgtttgagatgcctccttggcctttgctatttcatcgagttcagaaaacttttcaggagtgaatggatatgcgtctatcccatgatcctcaatgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27210985 tcaagtgtttgagatgcctccttggcctttgctatttcatcgagttcagaaaacttttcaggagtgaatggatatgcgtctatcccatgatcctcaatgg 27210886  T
Q  301 catcagcggcattaggatgaagagttttcccatctggcccaataacaacaaaggaggggagtgttgatagctcaaagtacttaactagtttcaaacaagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27210885 catcagcggcattaggatgaagagttttcccatctggcccaataacaacaaaggaggggagtgttgatagctcaaagtacttaactagtttcaaacaagt 27210786  T
Q  401 tttttccttgagatgcaaggataaccaaggcacactttctaattctttcttgaatgactcttcttcatcatctaagggtataaagacgatctcaaagttc 500  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  27210785 tttgtccttgagaggcaaggataaccaaggcacgctttctaattctttcttgaatgactcttcctcatcatctaagggtataaacacgacctcaaagttc 27210686  T
Q  501 tgcccattttccttcagctttttgtaaacctcctttagcttttgattaaatagtgtgcatggtttgtatgaaatcgtaaagaagtgcaaaccaactgtct 600  Q
    | ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  27210685 tccccattttccttcaggttgttgtaaacctccttaagcttttgattaaatagcacgcatggtttgtatgaagtcgtaaagaaatgcaaaccaactgtct 27210586  T
Q  601 ttccctcaatctcagcgatcggtatctgttgtgcacatgacaggaaaa 648  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27210585 ttccctcaatctcagagataggtatctgttgtgcacatgaaaggaaaa 27210538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 27195938 - 27195296
Alignment:
Q  1 ggacagtcttcccctttaattccgacaccggaatctgcaatggagataaaagctgacttgttaataacgaattaaaaggagggattgatggggaa-tcac 99  Q
    ||||||| ||||||  |||||| || ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||  ||| | ||| |||| | ||||    
T  27195938 ggacagttttccccactaattctgataccggaatctgaaatgaagataaatgctaacttattaataacaaattaaaaaaaggaaatgacgggggagtcac 27195839  T
Q  100 tcaacataatccaatacatctatatttatataataagatatattaccttcttcccatctttctcaattacaaaatcttgatcgccagacaccaaaactga 199  Q
    |||||| |||| | |  || ||| ||       |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27195838 tcaacaaaatcgagtgaatttatcttg------taagatatattaccttcttcccgtctttgtcaatgacaaaatcttgatcgccagacaccaaaacgga 27195745  T
Q  200 ctcaagtgtttgagatgcctccttggcctttgctatttcatcgagttcagaaaacttttcaggagtgaatggatatgcgtctatcccatgatcctcaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||    
T  27195744 ctcaagtgtttgagatgcctccttggcctttgctatttcatcgagttcagaaaacttttcaggagtgaatggatacgcatcaaccccatgatcctcaatg 27195645  T
Q  300 gcatcagcggcattaggatgaagagttttcccatctggcccaataacaacaaaggaggggagtgttgatagctcaaagtacttaactagtttcaaacaag 399  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||  ||||||||||||||||| || || ||||  ||| |    
T  27195644 gcctcagcggcattaggatgaagagttttcccatctggcccaataataaccaaggtggggagttctgatagctcaaagtactgaattaatttcgcacagg 27195545  T
Q  400 ttttttccttgagatgcaaggataaccaaggcacactttctaattctttcttgaatgactcttcttcatcatctaagggtataaagacgatctcaaagtt 499  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  27195544 ttttgtccttgagaggcaaggataaccaaggcgcactttctaattctttcttgaatgcatcttcctcatcatctaaaggtataaacacgacctcaaagtt 27195445  T
Q  500 ctgcccattttccttcagctttttgtaaacctcctttagcttttgattaaatagtgtgcatggtttgtatgaaatcgtaaagaagtgcaaaccaactgtc 599  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||| | |||| |||||||||||||||    
T  27195444 ctccccattttccttcagcttcttgtaaacctccttaagcttttgagtaaatagcgtgcatgctctgtatgaagtcgcacagaaatgcaaaccaactgtc 27195345  T
Q  600 tttccctcaatctcagcgatcggtatctgttgtgcacatgacaggaaaa 648  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27195344 tttccctcaagctcagagataggtatctgttgtgcacatgaaaggaaaa 27195296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University