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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12055_low_1 (Length: 1180)
Name: NF12055_low_1
Description: NF12055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12055_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 403 - 1162
Target Start/End: Original strand, 21533117 - 21533876
Alignment:
| Q |
403 |
ccataacatataaaactccaacttaacttagatattgagcagagggnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataccattaaaacattccattttgtcagaatcac |
502 |
Q |
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| T |
21533117 |
ccataacatataaaactccaacttaacttagatattgagcagagggaaaaaggaaaggaaaaaacaataccattaaaacattccattttgtcagaatcac |
21533216 |
T |
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| Q |
503 |
atttaacgaaatggtcaatggttaaagagacatctaggcatctatgttaaacttacaatagctgaccaaataagtggatgctgcttcaacgttgtgctga |
602 |
Q |
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| T |
21533217 |
atttaacgaaatggtcaatggttaaagagacatctaggcatctatgttaaacttacaatagctgaccaaataagtggatgctgcttcaacgttgtgctga |
21533316 |
T |
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| Q |
603 |
tgctaagtgctgatatcgtgcaagtatgatgtttccatgaaacacgcccagcccaagtaagctcatgttcatgcaatatcaccatcacaggttcaatata |
702 |
Q |
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| T |
21533317 |
tgctaagtgctgatatcgtgcaagtatgatgtttccatgaaacacgcccagcccaagtaagctcatgttcatgcaatatcaccatcacaggttcaatata |
21533416 |
T |
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| Q |
703 |
gcctgtacaatcagttaaacctctttacaaaaaactccttaaatcaaaaatagcacaaactaatatacatacttcttcaggtaaacaaaaataaacaaag |
802 |
Q |
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| T |
21533417 |
gcctgtacaatcagttaaacctctttacaaaaaactccttaaatcaaaaatagcacaaactaatatacatacttcttcaggtaaacaaaaataaacaaag |
21533516 |
T |
|
| Q |
803 |
catgaaacaaaagaaccataatttgtaatattttgacttctgatgactaatttaattcatgaaggagaccagaaaaggaagaaggaaatgaattcaagaa |
902 |
Q |
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| T |
21533517 |
catgaaacaaaagaaccataatttgtaatattttgacttctgatgactaatttaattcatgaaggagaccagaaaaggaagaaggaaatgaattcaagaa |
21533616 |
T |
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| Q |
903 |
acatatcattttcactgaaccaacagtctattttaagtgtaatcaaagagtacagttggtatctttctttaatttgtgagtggattggaatgcatgcatg |
1002 |
Q |
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| T |
21533617 |
acatatcattttcactgaaccaacagtctattttaagtgtaatcaaagagtacagttggtatctttctttaatttgtgagtggattggaatgcatgcatg |
21533716 |
T |
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| Q |
1003 |
tagattacatgtcaatttttattgtttatcatttctctccaaaaagaacacagcaaaagaattgccaagtaaattctattgctctagaaatgaaatcctg |
1102 |
Q |
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| T |
21533717 |
tagattacatgtcaatttttattgtttatcatttctctccaaaaagaacacagcaaaagaattgccaagtaaattctattgctctagaaatgaaatcctg |
21533816 |
T |
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| Q |
1103 |
agcttccatttcaattgttatcatttattacttctctccaaaacaaaacagcaaagaatt |
1162 |
Q |
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| T |
21533817 |
agcttccatttcaattgttatcatttattacttctctccaaaacaaaacagcaaagaatt |
21533876 |
T |
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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Original strand, 21532715 - 21533037
Alignment:
| Q |
1 |
ttggcgagggcactgcaagaagcttgtaggcatcatgggggagattctaaaaatgaagatgacaaacacaaagttaaatcttcaaaaagagcataaagtg |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
21532715 |
ttggcgagggcactgcaagaagcttgtaggcatcatgggggagattctaaaaatgaagatgacaaacacaaagttaaatcttcaaaaagagcataaagtg |
21532814 |
T |
|
| Q |
101 |
aacagaagtaaaattatgccaaacttcggagatatgtatgacattcgtgaggaaataacattcaaagattataaattctttacgtgcttttttaatgata |
200 |
Q |
| |
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| T |
21532815 |
aacagaagtaaaattatgccaaacttcggagatatgtatgacattcgtgaggaaataacattcaaagattataaattctttacgtgcttttttaatgata |
21532914 |
T |
|
| Q |
201 |
attattttatgtgcttattaattttcggtttacaagagagacctggagtgcaagaagtaacttatgaaaaataagaaagataacagaacatgatatacat |
300 |
Q |
| |
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| T |
21532915 |
attattttatgtgcttattaattttcggtttacaagagagacctggagtgcaagaagtaacttatgaaaaataagaaagataacagaacatgatgtacat |
21533014 |
T |
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| Q |
301 |
tattcacaggccattgtgtatat |
323 |
Q |
| |
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| T |
21533015 |
tattcacaggccattgtgtatat |
21533037 |
T |
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