View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12055_low_5 (Length: 950)

Name: NF12055_low_5
Description: NF12055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12055_low_5
NF12055_low_5
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-723)||(26357577-26358305)
chr5 (741-935)||(26358374-26358565)
chr5 (309-370)||(26356821-26356882)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (35-447)||(51759446-51759850)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (32-447)||(6684843-6685250)
chr6 (42-290)||(30821828-30822069)
chr6 (32-279)||(30812556-30812796)
chr6 (32-235)||(12592521-12592717)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-311)||(27810568-27810826)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (792-896)||(30012265-30012366)
chr2 (863-935)||(30012178-30012255)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (32-83)||(2942525-2942576)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 723
Target Start/End: Original strand, 26357577 - 26358305
Alignment:
Q  1 gttatgcatagcgagtgatatagtacgattaagttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26357577 gttatgcatagcgagtgatatagtacaattaagttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgca 26357676  T
Q  101 atacctaaagattcaacaagctattaccaacactccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357677 atacctaaagattcaacaagctattactaacactccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaaca 26357776  T
Q  201 ----------ctgatatcaaacatgtaagctagtaatatccaaatcacggtgttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcc 290  Q
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357777 ctgataaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatccaaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcc 26357876  T
Q  291 caggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataactgaaatatagtttcaatttc 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357877 caggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataactgaaatatagtttcaatttc 26357976  T
Q  391 atgtttaatagggttcaaatataagcttaatcaccaaattcagctactctagactctggtgtcgctatcggaatttgatcagaacagaaatcaacgttga 490  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  26357977 atgtttaatagggttcaaatat-agcttaatcacctaattcagctactctagactct-gtgtcgctatcggaatttgatcagaacaggaatcaacattga 26358074  T
Q  491 tgacaataatgatttttgacaacacataaactcgcagccaattccccttatttttgtttttcgagtgccttgtgattaaaattaacagattcaattttaa 590  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26358075 tgacaataatgattttggacaacacataaactcgcagccaattccccttatttttgtttttcaagtgccttgtgattaaaattaacagattcaattttaa 26358174  T
Q  591 tgttcattattactaatttaccattcaaaaattgattaaccttaacaggttcaaacaacatctttctctcaacagcaagagctgggcactaataggataa 690  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  26358175 tgttcatcattactaatttaccattcaaaaattgattaaccttaacaggttcaaacaacatctt--tctcaacagcaagagccgggcgctaataggataa 26358272  T
Q  691 tcataaacacacaagaaatcaacaatttgtgat 723  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26358273 tcacaaacacacaagaaatcaacaatttgtgat 26358305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 741 - 935
Target Start/End: Original strand, 26358374 - 26358565
Alignment:
Q  741 ggagtattgaatcagagatttaaaattcaataaattaacaaagacgaaaggaacaattatatattggcaagagttagaaaagtgatacagtactaaaaga 840  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26358374 ggagtactgaatcagagatttaaaattcaataaattaacaaagacgaaaggaacaattatatattggcaagagttagaaaagtgatacagtactaaaaga 26358473  T
Q  841 ttcaacaagctattacgactaattactactaattcacttttcttactactaattaacaataccctaacctaacccccaaaaccataaagggtcct 935  Q
    ||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26358474 ttcaacaagctataacgactaat---tactaattcacttttcttactactaattaacaataccctaacctaacccccaaaaccataaagggtcct 26358565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 309 - 370
Target Start/End: Original strand, 26356821 - 26356882
Alignment:
Q  309 acaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataac 370  Q
    ||||||||||||||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  26356821 acaatgttatcataaagcttttccagattaagatcaaacaggaaaataggttctagcataac 26356882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 1e-96; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 35 - 447
Target Start/End: Original strand, 51759446 - 51759850
Alignment:
Q  35 tgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaacact 134  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51759446 tgagctgggaacataaattaagcaacaattatacataaccaagagtaagaact-------gatgcagtatctaaagattcaacaagctattactaacact 51759538  T
Q  135 ccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatccaaa 234  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  51759539 ctaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatctaaa 51759638  T
Q  235 tcacggtgttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagag 334  Q
    | ||  ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |  || ||| || |||||    
T  51759639 taactatgttgaatggattgagaagacaattttgaatatataccagaaacaactccgaagttaatccatacttcacaatgtcacgatgaagcttttagag 51759738  T
Q  335 ataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataactgaaatatagtttcaatttcatgtttaatagggttcaaatataagcttaatcaccaaa-ttcag 433  Q
    || || ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||| |||| |||||| ||| |  |||||||  | |||||| || ||||| |||||| |||||    
T  51759739 atcaaaatcaagcagcaaaataggttctagcatgac-aaaacataggttcaatctcacgagtaataggcctgaaatat-agattaattaccaaacttcag 51759836  T
Q  434 ctactctagactct 447  Q
    |||||| |||||||    
T  51759837 ctactcgagactct 51759850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 179; Significance: 4e-96; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 32 - 447
Target Start/End: Original strand, 6684843 - 6685250
Alignment:
Q  32 agttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 131  Q
    |||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||  | |||    
T  6684843 agttgagctgggaacataaattatgcaacaattatacataaccaagagtaagaact-------gatgcagtacctaaagattcaacaagctatacctaac 6684935  T
Q  132 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatcc 231  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6684936 actctaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaatattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatcc 6685035  T
Q  232 aaatcacggtgttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattcta 331  Q
    |||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |  ||    
T  6685036 aaataactatgttgaatggactgagaagacaattttgaatatatgccaaaaacaactcccaagttaatccatacttcacaatgtcatcatgaagctctta 6685135  T
Q  332 gagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataactgaaatatagtttcaatttcatgtttaatagggttcaaatataagcttaatcaccaaa-tt 430  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||  ||| |||  |||||| |||||| |||||||  | ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  6685136 gagatcaaaatcaaccagcaaaattggttctagcatgac-aaaacataagttcaatctcatgtataataggtctgaaata-aagcttaattaccaaactt 6685233  T
Q  431 cagctactctagactct 447  Q
    ||||||||| |||||||    
T  6685234 cagctactcgagactct 6685250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 290
Target Start/End: Original strand, 30821828 - 30822069
Alignment:
Q  42 ggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaacactccaaatc 141  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  30821828 ggaacagaaattaagcaacaattataaataaccaagagtaagaact-------gattcagtacctaaatattcaacaagctattactaacactcttaatc 30821920  T
Q  142 aaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatccaaatcacggt 241  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  30821921 aaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatccaaataactat 30822020  T
Q  242 gttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcc 290  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  30822021 gttgaatggattgagaagacaattttgaatatatgccagaaaaaactcc 30822069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 32 - 279
Target Start/End: Original strand, 30812556 - 30812796
Alignment:
Q  32 agttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 131  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30812556 agttgagctgggaacataaattaagcaacaattataaataaccaagagtaagaact-------gattcagtacctaaagattcaacaagctattactaac 30812648  T
Q  132 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatcc 231  Q
    ||||  |||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  30812649 actcttaatcaacagggcaacatccaactgttatactaacatttcaaatcaaaaattggttgtacaaaactaatatcatacatgtaagctagtaatatcc 30812748  T
Q  232 aaatcacggtgttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgcca 279  Q
    |||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||    
T  30812749 aaataactatgttgaatggactgagaagacaattttgaataaatgcca 30812796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 32 - 235
Target Start/End: Original strand, 12592521 - 12592717
Alignment:
Q  32 agttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 131  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |       |||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12592521 agttgagctgggaacagaaattaagcaataattatacataaccaagagaaagaatt-------gatgtagtacctaaagattcaataagctattactaac 12592613  T
Q  132 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatcc 231  Q
    |  | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  12592614 aaactaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgataacatacatgtaagctagtaatatcc 12592713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 311
Target Start/End: Original strand, 27810568 - 27810826
Alignment:
Q  32 agttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagcactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 131  Q
    |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27810568 agttgagatgggaacagaaattaagcaacaattataaataaccaagagtaagaact-------gatgcagtacctaaagattcaacaagctattactaac 27810660  T
Q  132 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtaagc--tagtaatat 229  Q
    |||| |||||||||||| ||                |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  27810661 actctaaatcaaaagggcag----------------taacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctatagtaatat 27810744  T
Q  230 ccaaatcacggtgttggatggattgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcaca 311  Q
    |||||| ||  ||||| ||||| |||||| |||||||  |||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  27810745 ccaaataactatgttgaatggactgagaatacaattttgaatataagccagaaaaaactcccaagttaatccatacttcaca 27810826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 792 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 30012366 - 30012265
Alignment:
Q  792 aacaattatatattggcaagagttagaaaagtgatacagtactaaaagattcaacaagctattacgactaattactactaattcacttttcttactacta 891  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  30012366 aacaattatatattgccaagagttagaaaagtgatacaatactaaaagattcatgaagttattacgactaatt---actaattcacttttcttactacta 30012270  T
Q  892 attaa 896  Q
    |||||    
T  30012269 attaa 30012265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 863 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 30012255 - 30012178
Alignment:
Q  863 ttactactaattcacttttcttactactaattaaca-----ataccctaacctaacccccaaaaccataaagggtcct 935  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30012255 ttactactaattcacttttcttactactaattaacatgacaataccctaacctaacacccaaaaccataaagggtcct 30012178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 32 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 2942576 - 2942525
Alignment:
Q  32 agttgagcagggaacaaaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaag 83  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2942576 agttgagctgggaacagaaattaagcaacaatcatacataaccaagagtaag 2942525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University