View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12059_low_1 (Length: 587)
Name: NF12059_low_1
Description: NF12059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12059_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 577
Target Start/End: Original strand, 14725865 - 14726422
Alignment:
| Q |
20 |
ctgaactctctccatcagcaccaaatgaagtgtagattctgtttgaatgttgtaatccgcaagcgtacgatcgttctccaattgcttttctgtcaatatt |
119 |
Q |
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| T |
14725865 |
ctgaactctctccatcagcaccaaatgaagtgtagattctgtttgaatgttgtaatccgcaagcgtacgatcgttctccaattgcttttctgtcaatatt |
14725964 |
T |
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| Q |
120 |
ttcacaaagattttcatctgctcacattgaaacaccaaaatgttagaaacagatcacgcacatcaagacaacactaattaaatcacaaacaataatccat |
219 |
Q |
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| T |
14725965 |
ttcacaaagattttcatctgctcatattgaaacaccaaaatgttagaaacagatcactcacatcaagacaacactaattaaatcacaaacaataatccat |
14726064 |
T |
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| Q |
220 |
cgaattcagaacaagctgggaccaaagctttttgcaaaaattctactcatgagattaaattcatcaattgacagattatagcacaagatattccacgata |
319 |
Q |
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| T |
14726065 |
cgaattcagaacaagctgggaccaaagctttttgcaaaaattctactcatgagattaaattcatcaattgacagattatatcacaagatattccacgata |
14726164 |
T |
|
| Q |
320 |
gccaaggttatcaatcgctgattgcagaaacaatagtttattcagcagaactataacaaatgctataactagacaacattttatactaaagaacgtacag |
419 |
Q |
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| T |
14726165 |
gccaaggttatcaatcgctgattgcagaaacaatagtttattcagcagaactataacaaatgctataattagacaacattttatactaaagaacgtacag |
14726264 |
T |
|
| Q |
420 |
caggaccatatcaattatatcatattcgacagcagtcggtatttgacaaccaatacatgcccagcgtcactatatgatagaaaggcatcaattctgatct |
519 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
14726265 |
caggaccatatcaattatatcatattcgacagcagtcggtatttgacaaccaatacatgcccagcgtcactatatgatagaaaggcatcaattctgatct |
14726364 |
T |
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| Q |
520 |
ctatagtaccgacatttctgaacgtgtcagatatccgacaccaacacaaaaccatcac |
577 |
Q |
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| T |
14726365 |
ctatagtaccgacatttctgaacgtgtcagatatccgacaccaacacaaaaccttcac |
14726422 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 17597645 - 17597088
Alignment:
| Q |
20 |
ctgaactctctccatcagcaccaaatgaagtgtagattctgtttgaatgttgtaatccgcaagcgtacgatcgttctccaattgcttttctgtcaatatt |
119 |
Q |
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| T |
17597645 |
ctgaactctctccatcagcaccaaatgaagtgtagattctgtttgaatgttgtaatccgcaagcgtacgatcgttctccaattgcttttctgtcaatatt |
17597546 |
T |
|
| Q |
120 |
ttcacaaagattttcatctgctcacattgaaacaccaaaatgttagaaacagatcacgcacatcaagacaacactaattaaatcacaaacaataatccat |
219 |
Q |
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| T |
17597545 |
ttcacaaagattttcatctgctcaaattgaaacaccaaaatgttagaaacagatcacacacatcaagacaacactaattaaatcacaaacaataatccat |
17597446 |
T |
|
| Q |
220 |
cgaattcagaacaagctgggaccaaagctttttgcaaaaattctactcatgagattaaattcatcaattgacagattatagcacaagatattccacgata |
319 |
Q |
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| T |
17597445 |
cgaattcagaacaagctgggaccaaagctttttgcaaaaattctactcatgagattaaattcatcaattgacagattatatcacaagatattccacgata |
17597346 |
T |
|
| Q |
320 |
gccaaggttatcaatcgctgattgcagaaacaatagtttattcagcagaactataacaaatgctataactagacaacattttatactaaagaacgtacag |
419 |
Q |
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| T |
17597345 |
gccaaggttatcaatcgctgattgcagaaacaatagtttattcagcagaactataacaactgatataattagacaacattttatactaaataacgtacaa |
17597246 |
T |
|
| Q |
420 |
caggaccatatcaattatatcatattcgacagcagtcggtatttgacaaccaatacatgcccagcgtcactatatgatagaaaggcatcaattctgatct |
519 |
Q |
| |
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|
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| T |
17597245 |
caggaccatatcaattatatcatattcgacagcagtcggtatttgacaaccaatacatgcccagcgtcactatatgatagaaaggcgtcaattatgatct |
17597146 |
T |
|
| Q |
520 |
ctatagtaccgacatttctgaacgtgtcagatatccgacaccaacacaaaaccatcac |
577 |
Q |
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|
| T |
17597145 |
ctatagtaccgacatttctgaacgtgtcagatatccgacaccaacacaaaaccgtcac |
17597088 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 36 - 246
Target Start/End: Original strand, 31249561 - 31249771
Alignment:
| Q |
36 |
agcaccaaatgaagtgtagattctgtttgaatgttgtaatccgcaagcgtacgatcgttctccaattgcttttctgtcaatattttcacaaagattttca |
135 |
Q |
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| T |
31249561 |
agcaccaaatgaagtgcggattctgtttgaatgttgtaatccacaagcgtgcgaccatcctccaattgccttcctatcaatattttcacaaagatcttca |
31249660 |
T |
|
| Q |
136 |
tctgctcacattgaaacaccaaaatgttagaaacagatcacgcacatcaagacaacactaattaaatcacaaacaataatccatcgaattcagaacaagc |
235 |
Q |
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| T |
31249661 |
tctgctcaaattgaaacaccaaaacgttagaaacaggtcacacacatcaagacaacactaaataaatcatgaatgataatccatcgaattcagaacaagt |
31249760 |
T |
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| Q |
236 |
tgggaccaaag |
246 |
Q |
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| T |
31249761 |
tgggaccaaag |
31249771 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 159
Target Start/End: Original strand, 31306653 - 31306703
Alignment:
| Q |
109 |
ctgtcaatattttcacaaagattttcatctgctcacattgaaacaccaaaa |
159 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
31306653 |
ctgtcaatgttttcacaaagatctgcatctgctcacattgaaacacaaaaa |
31306703 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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