View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12066_low_1 (Length: 752)

Name: NF12066_low_1
Description: NF12066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12066_low_1
NF12066_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-736)||(7167869-7168583)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 7168583 - 7167869
Alignment:
Q  14 agggcatgtaaagtttgtttcacttatatatagtggttgagctgagatgttagtgagaaaaaacaacatgagtacaagaaaaagagcatgagaactagaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7168583 agggcatgtaaagtttgtttcacttatatatagtggttgagctgagatgttagtgagaaaaaacaacatgaggacaagaaaaagagcatgagaactagaa 7168484  T
Q  114 ggaagaaagaaggcagacattgttgtgaagttgtgaggaaatgcaaattatgaggggaagataaaagagagtttcttatggcaaataacaaccaagactt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7168483 ggaagaaagaaggcagacattgttgtga--------ggaaatgcaaattatgaggggaagagaaaagagagtttcttatggcaaataacaaccaagactt 7168392  T
Q  214 attgtcatacttctaactttatatttatctcttctttggacatcaaatatcttttggtttgatattaaaaatatatgctgatgtctctgtcattagttct 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7168391 attgtcatacttctaactttatatttatctcttctttggacatcaaatatcttttggtttgatattaaaaatatatgctgatgtctctgtcattagttct 7168292  T
Q  314 actatttttctttttcaaatcttagacactgttggcaaatcccaaacaagtatgaaatcatgcgcagaatataataaagatggtaagaataatatggtat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7168291 actatttttctttttcaaatcttagacactgttggcaaatcccaaacaagtatgaaatcatgcgcagaatataataaagatggtaagaataatatggtat 7168192  T
Q  414 tataacccaatttggtgtccatacacgatgtcaactagctggctggtacctaaagaccatctaacttgatgcctttaccaaatttttaaggggcaaacta 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7168191 tataacccaatttggtgtccatacacgatgtcaactagctggctggtacctaaagaccatctaacttgatgcctttaccaaatttttaaggggcaaacta 7168092  T
Q  514 gcaaaagatatggtttaacgtttaacaaaggctaatgccattatatatatgcaattataatataatacaggcaatgaacagctttcaatgttgacacttc 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7168091 gcaaaagatatggtttaacgtttaacaaaggctaatgccattatatatatgcaattataatataatacaggcaatgaacagctttcaatgttgacacttc 7167992  T
Q  614 cagttacattggtttcaatatattaaaacaccttgacaaactcaccatttatattatttgttccctatttctactacatagctaattcggatagaaacag 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7167991 cagttacattggtttcaatatattaaaacaccttgacaaactcaccatttatattatttgttccctatttctagtacatagctaattcggatagaaacag 7167892  T
Q  714 tgtttacatcgccacgtaagctt 736  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7167891 tgtttacatcgccacgtaagctt 7167869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University