View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12066_low_6 (Length: 250)

Name: NF12066_low_6
Description: NF12066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12066_low_6
NF12066_low_6
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (1-248)||(55908708-55908955)
chr4 (8-205)||(546828-547025)
chr4 (27-238)||(553361-553572)
chr4 (22-133)||(1524487-1524598)
chr4 (21-148)||(8184030-8184157)
chr4 (48-124)||(1548451-1548527)
chr4 (48-238)||(640797-640987)
chr4 (23-130)||(659701-659806)
chr4 (22-113)||(1519143-1519234)
chr4 (48-146)||(8187118-8187216)
chr4 (27-140)||(7307840-7307953)
chr4 (20-92)||(12116574-12116646)
chr4 (75-229)||(566080-566234)
chr4 (59-140)||(3438604-3438684)
chr4 (22-130)||(1513408-1513516)
chr4 (22-93)||(12121458-12121529)
chr4 (51-133)||(1552797-1552879)
chr4 (46-130)||(1508028-1508112)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (6-248)||(1037649-1037891)
chr2 (22-199)||(45245086-45245263)
chr2 (22-105)||(32785773-32785856)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (1-238)||(604-841)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (7-205)||(14820608-14820806)
chr6 (45-206)||(14818296-14818457)
chr6 (49-197)||(6432084-6432232)
chr6 (1-205)||(6402775-6402979)
chr6 (1-224)||(6594586-6594809)
chr6 (8-197)||(6394787-6394976)
chr6 (1-199)||(6585217-6585415)
chr6 (49-178)||(6409948-6410077)
chr6 (15-199)||(19632360-19632544)
chr6 (49-199)||(6603230-6603380)
chr6 (48-205)||(10579763-10579921)
chr6 (48-205)||(6415881-6416038)
chr6 (46-199)||(7994207-7994360)
chr6 (48-197)||(7119080-7119229)
chr6 (48-197)||(7131558-7131707)
chr6 (9-199)||(6426432-6426622)
chr6 (75-124)||(14802332-14802381)
chr6 (48-149)||(6423188-6423289)
chr6 (48-121)||(6596955-6597028)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (27-199)||(27922429-27922601)
chr8 (22-199)||(18315274-18315451)
chr8 (48-133)||(32151288-32151373)
chr8 (27-121)||(17628020-17628114)
chr8 (46-163)||(34936188-34936305)
chr8 (22-106)||(17636402-17636486)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-205)||(51113770-51113965)
chr3 (1-206)||(51764420-51764625)
chr3 (48-205)||(13470759-13470916)
chr3 (1-197)||(51120873-51121069)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (27-199)||(32267396-32267568)
chr5 (8-178)||(41889541-41889711)
chr5 (48-205)||(20478109-20478266)
chr5 (23-190)||(41901537-41901704)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (57-193)||(7554415-7554551)
chr1 (48-178)||(19468526-19468656)
chr1 (46-238)||(9586521-9586713)
chr1 (75-192)||(29718977-29719094)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (85-199)||(10170145-10170259)
chr7 (85-199)||(10177670-10177784)
chr7 (9-197)||(15092139-15092327)
chr7 (48-192)||(10614521-10614665)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (77-114)||(1523-1560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 55908708 - 55908955
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908708 gttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 55908807  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908808 ctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 55908907  T
Q  201 agagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgcctatgctact 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  55908908 agagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgttact 55908955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 547025 - 546828
Alignment:
Q  8 agtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaac 107  Q
    |||||| ||| || |||| |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||||  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||     
T  547025 agtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaag 546926  T
Q  108 aattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    | |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||  | | ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||| |||| |||||    
T  546925 agttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagaga 546828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 553572 - 553361
Alignment:
Q  27 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 126  Q
    |||||||||||||   || | |||||||| |||||||||  |||| | |||||||||||| ||||  || |||| ||||| | ||||| ||||||||| |    
T  553572 aactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgc 553473  T
Q  127 aactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtga 226  Q
    |||||||  ||    |||||  ||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  553472 aactgttgttgttttattgtagtgatgtcacagataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgtga 553373  T
Q  227 taatgtgaatgc 238  Q
    ||| ||| ||||    
T  553372 taaagtgcatgc 553361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 133
Target Start/End: Original strand, 1524487 - 1524598
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    |||| |||||| |||||||  | || |||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||    
T  1524487 gaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggct 1524586  T
Q  122 tttacaactgtt 133  Q
    ||| ||||||||    
T  1524587 tttgcaactgtt 1524598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 148
Target Start/End: Original strand, 8184030 - 8184157
Alignment:
Q  21 agaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggc 120  Q
    ||||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||||   |||||||| | |||||||||||    
T  8184030 agaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggc 8184129  T
Q  121 ttttacaactgtttctggaaaattgtga 148  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  8184130 ttttggaactgttactggaaaattgtga 8184157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 124
Target Start/End: Original strand, 1548451 - 1548527
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 124  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||    
T  1548451 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 1548527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 640987 - 640797
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||  |||| ||||| || ||||| |||||| |||||     
T  640987 gaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtc 640888  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 238  Q
    || | || ||| |||| || ||||| ||||| || |||||||||| | || | ||||| ||| ||||   ||||||| |||| ||||||||    
T  640887 attatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgc 640797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 659806 - 659701
Alignment:
Q  23 aataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctt 122  Q
    |||||| ||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||  |||| |||||||||  ||||||| |||| ||    
T  659806 aataaattttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggtt 659709  T
Q  123 ttacaact 130  Q
    ||||||||    
T  659708 ttacaact 659701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 113
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519234
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgt 113  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaacacttgt 1519234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 146
Target Start/End: Original strand, 8187118 - 8187216
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgt 146  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||   || ||||| | ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||    
T  8187118 gaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgt 8187216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 7307953 - 7307840
Alignment:
Q  27 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 126  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||| |||||   |||||||||||| ||||   |||||||||||| | ||||||| ||||||| |    
T  7307953 aactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggcttttgc 7307854  T
Q  127 aactgtttctggaa 140  Q
    | ||||| ||||||    
T  7307853 acctgttactggaa 7307840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Original strand, 12116574 - 12116646
Alignment:
Q  20 tagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactc 92  Q
    |||||| |||||| | |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12116574 tagaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 566234 - 566080
Alignment:
Q  75 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaac 174  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||||||||| || ||||  ||| || ||  | |  | || |||||||| || |||||||    
T  566234 gttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgcagctgtcactgcaatataatcaaaatgttacagagaagggagtgaaac 566135  T
Q  175 atgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataa 229  Q
    |  | || ||||||||||||||||| |||||| || | |||| ||||||| ||||    
T  566134 acctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgttataa 566080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 140
Target Start/End: Original strand, 3438604 - 3438684
Alignment:
Q  59 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 140  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||| |||| || | |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  3438604 cttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 3438684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 130
Target Start/End: Original strand, 1513408 - 1513516
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||  | ||||||||   |||| |||||||    
T  1513408 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggct 1513507  T
Q  122 tttacaact 130  Q
    ||| |||||    
T  1513508 tttgcaact 1513516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 93
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121529
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactct 93  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactct 12121529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 133
Target Start/End: Original strand, 1552797 - 1552879
Alignment:
Q  51 gtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 133  Q
    ||||| || ||||||||||||  | || |||||||||||||| || |||| ||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  1552797 gtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggcttttgcagctgtt 1552879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 130
Target Start/End: Original strand, 1508028 - 1508112
Alignment:
Q  46 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaact 130  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||| | | | ||||||||   |||| |||||||||| |||||    
T  1508028 tagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaact 1508112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 6 - 248
Target Start/End: Original strand, 1037649 - 1037891
Alignment:
Q  6 agagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037649 agagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaa 1037748  T
Q  106 acaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037749 agaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 1037848  T
Q  206 agtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgcctatgctact 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  1037849 agtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgttact 1037891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 199
Target Start/End: Original strand, 45245086 - 45245263
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    ||||||||||| |||||||  || | |||||||| || |||||| | |||   |||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| |||||||    
T  45245086 gaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 45245185  T
Q  122 tttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    ||| ||||| ||  || |||| ||| || | |||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  45245186 tttgcaactattattgaaaaaatgttatcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaact 45245263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 105
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785856
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaa 105  Q
    |||| |||||||||| |||  || |||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaa 32785856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 604 - 841
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  604 gttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgat 703  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 200  Q
    ||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  704 ctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactggaaaattgtgatgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacaactt 803  T
Q  201 agagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 238  Q
     || || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  804 cgataaatcgattttgggggttgtgataatgtgaatgc 841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 14820806 - 14820608
Alignment:
Q  7 gagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaa 106  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||  ||||||  | ||||||||||| ||||| ||| |||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  14820806 gagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaa 14820707  T
Q  107 caattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
     ||||||||||||||||| | | | || || ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| || |||||    
T  14820706 gaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagaga 14820608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 45 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14818457 - 14818296
Alignment:
Q  45 ttagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaatt 144  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| | | | || || |||||||    
T  14818457 ttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaatt 14818358  T
Q  145 gtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaa 206  Q
    || || | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  14818357 gtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagagaa 14818296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 6432232 - 6432084
Alignment:
Q  49 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 148  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| || ||| | ||||||||    
T  6432232 aggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtga 6432133  T
Q  149 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    | | |||||| |||| || ||||||| ||| || ||||| |||||||||    
T  6432132 taatgtcacacagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcacacaa 6432084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 6402979 - 6402775
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||||  ||||||  || |||| ||||| ||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||| ||||    
T  6402979 gttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgat 6402880  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 200  Q
    |||||| |||||| ||||||||||  |||| ||  ||  | ||||| || | |||||||| || || | |||||||||  | |||||||| ||||||||     
T  6402879 ctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactattattgagagattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactg 6402780  T
Q  201 agaga 205  Q
    |||||    
T  6402779 agaga 6402775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 6594586 - 6594809
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||||||||  ||||||  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||| |||||   | ||||    
T  6594586 gttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgat 6594685  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    || |||||||||||| |  |||||||| | || |  |||||||| || ||||||||||||||| |     
T  6594686 ctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacacaattg 6594785  T
Q  201 agagaagtcgatttggggggttgt 224  Q
    |||||| |  ||||| ||||||||    
T  6594786 agagaaatgtatttgaggggttgt 6594809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 6394976 - 6394787
Alignment:
Q  8 agtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaac 107  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||| || | | ||||||||||     
T  6394976 agtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaag 6394877  T
Q  108 aattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    ||||||||||||||||| ||| |    || || |||||| |  | |||||||| || |||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  6394876 aattgttgtgggcttttgcaattacaacttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaa 6394787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Original strand, 6585217 - 6585415
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||||  |||| |  | || ||||| || ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||    
T  6585217 gttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgat 6585316  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    |||||| | ||||| || ||||||  |||| || ||| ||  ||||||  | ||||||||||| ||  |||||||||| || ||||  |||||||||||    
T  6585317 ctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaact 6585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 49 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 6410077 - 6409948
Alignment:
Q  49 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 148  Q
    ||||||| |||| |||| ||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| || | || |||||    
T  6410077 aggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttgcaactatttttgtacaactgtga 6409978  T
Q  149 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 178  Q
    | | |||||| |||| || |||||||||||    
T  6409977 taatgtcacacagaagggagtgaaacatgt 6409948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 19632544 - 19632360
Alignment:
Q  15 ctacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 114  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||  |  ||||||||||  |||||||  |||||   |||||||||||   ||| | | |||||||||| |||||||    
T  19632544 ctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgtt 19632445  T
Q  115 gtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    |||||||||| ||||| || ||| ||||||||| | |  |||||||||| || |||||||| || || |||||||||| ||||||    
T  19632444 gtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaact 19632360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 199
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603380
Alignment:
Q  49 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 148  Q
    |||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | ||||  |||||||||  |||| ||  || || ||||| |    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgtta 6603329  T
Q  149 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    | | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  6603330 ttatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaact 6603380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 205
Target Start/End: Original strand, 10579763 - 10579921
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgttt-ctggaaaattgt 146  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| ||| ||| |||| |||    
T  10579763 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaactgt 10579862  T
Q  147 gatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
     |    |||||| |||| || || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  10579863 aaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagaga 10579921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 6416038 - 6415881
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||| ||||| |||| |||||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||||| || || |||  |||||    
T  6416038 gaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtg 6415939  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    || | ||||||||    || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  6415938 ataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaactaagaga 6415881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 199
Target Start/End: Original strand, 7994207 - 7994360
Alignment:
Q  46 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattg 145  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||| |||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || || |||  |||    
T  7994207 tagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttg 7994306  T
Q  146 tgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    | |||| || || ||| | || ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  7994307 taatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 7994360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7119229 - 7119080
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || |||||     
T  7119229 gaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtt 7119130  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    || | |||||| | || |  ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  7119129 attatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaa 7119080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7131707 - 7131558
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || |||||     
T  7131707 gaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtt 7131608  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    || | |||||| | || |  ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  7131607 attatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaa 7131558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 6426622 - 6426432
Alignment:
Q  9 gtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaaca 108  Q
    |||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| || |||||| | ||| |  |||||||||||||  | |||  ||||||||| |    
T  6426622 gtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaaga 6426523  T
Q  109 attgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    |||||||| || |||| ||| | || || ||||||||| | |  ||||||  ||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  6426522 attgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaaacaagtggtagaaaactgcacacaact 6426432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 14802381 - 14802332
Alignment:
Q  75 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  14802381 gttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtctttt 14802332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 48 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 6423289 - 6423188
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| | |||   ||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||| ||||| || || ||| ||||||    
T  6423289 gaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactattacttgaagattgtg 6423190  T
Q  148 at 149  Q
    ||    
T  6423189 at 6423188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Original strand, 6596955 - 6597028
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    |||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||| ||||||    
T  6596955 gaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27922601 - 27922429
Alignment:
Q  27 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 126  Q
    |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||      
T  27922601 aactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttga 27922502  T
Q  127 aactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    || |||  || ||||||||| ||||  ||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||    
T  27922501 aattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaact 27922429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 199
Target Start/End: Original strand, 18315274 - 18315451
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    |||| ||||||||||||||  || | |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||| || ||||    
T  18315274 gaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggct 18315373  T
Q  122 tttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    ||| ||||||||  |||||   |||  ||| ||||||||||| || |  ||  |||| || |||||||||||||||||    
T  18315374 tttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcacacaact 18315451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 32151373 - 32151288
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 133  Q
    |||||||| |||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  32151373 gaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtt 32151288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 121
Target Start/End: Original strand, 17628020 - 17628114
Alignment:
Q  27 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 121  Q
    ||||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| || |||||  | |||||||||| ||||||| ||||||    
T  17628020 aactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggct 17628114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 46 - 163
Target Start/End: Original strand, 34936188 - 34936305
Alignment:
Q  46 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattg 145  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||   ||| |||| | |||| |||||||||| ||||| || ||  |||||||    
T  34936188 tagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaaaattg 34936287  T
Q  146 tgatgaagtcacagagaa 163  Q
    |  ||| ||||| |||||    
T  34936288 ttgtgatgtcacggagaa 34936305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 106
Target Start/End: Original strand, 17636402 - 17636486
Alignment:
Q  22 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaa 106  Q
    |||| |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| || | ||| ||||||||||    
T  17636402 gaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaa 17636486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 205
Target Start/End: Original strand, 51113770 - 51113965
Alignment:
Q  10 tgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaa 109  Q
    |||| |||||| |||| |||||| ||| |||  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| || |     
T  51113770 tgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 51113869  T
Q  110 ttgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |  | ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  51113870 ttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagaga 51113965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 51764420 - 51764625
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| |||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||  |  | ||||||||  ||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||  |||    
T  51764420 gttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgat 51764519  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactc 200  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||||||| | ||||  ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| |     
T  51764520 ctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcacacaattg 51764619  T
Q  201 agagaa 206  Q
    ||||||    
T  51764620 agagaa 51764625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 205
Target Start/End: Original strand, 13470759 - 13470916
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||  ||||     
T  13470759 gaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtc 13470858  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    || | ||||||||  | || ||||||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  13470859 ataatgtcacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacagctaagaga 13470916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 51120873 - 51121069
Alignment:
Q  1 gttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgat 100  Q
    |||| ||||||||||| | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | ||    
T  51120873 gttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaat 51120972  T
Q  101 ctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    |||||| | |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||  |||    | |||||| | || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  51120973 ctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 51121069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 32267568 - 32267396
Alignment:
Q  27 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 126  Q
    |||||| |||||||  |||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||      
T  32267568 aactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttga 32267469  T
Q  127 aactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 199  Q
    || |||  ||  |||||||| ||||  ||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  32267468 aattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcacgcaact 32267396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 178
Target Start/End: Original strand, 41889541 - 41889711
Alignment:
Q  8 agtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaac 107  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||| |||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  41889541 agtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaag 41889640  T
Q  108 aattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 178  Q
    | |||||| |||||||   || |||| ||  |||||||| |||| |||||| |||| || ||||| |||||    
T  41889641 agttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaatcatgt 41889711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 205
Target Start/End: Original strand, 20478109 - 20478266
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||| | | | |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |  | ||| ||||||| |    
T  20478109 gaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactactgaaaaattgcg 20478208  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 205  Q
    || | ||||||  ||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  20478209 ataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagaga 20478266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 23 - 190
Target Start/End: Original strand, 41901537 - 41901704
Alignment:
Q  23 aataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctt 122  Q
    |||| ||||| |||||||  || | |||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  41901537 aatagactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggactt 41901636  T
Q  123 ttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactg 190  Q
    ||  || |||  ||  || ||||| |||| |||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  41901637 ttgaaattgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 57 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 7554551 - 7554415
Alignment:
Q  57 aacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtca 156  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||| ||| ||   |||||| | ||||    
T  7554551 aacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatgtca 7554452  T
Q  157 cagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 193  Q
    |||| || || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7554451 cagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcac 7554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 178
Target Start/End: Original strand, 19468526 - 19468656
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| || |||||| |||||   ||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||||  || | ||| ||||   ||||     
T  19468526 gaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgta 19468625  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 178  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  19468626 atgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 19468656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9586713 - 9586521
Alignment:
Q  46 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattg 145  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||  |||||| |||| ||||| || || || | | |||||||    
T  9586713 tagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaattg 9586614  T
Q  146 tgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 238  Q
    | || | ||||||   |||||  |||| | ||| || ||||| |||||||| || | |||| |||||||| | |||||||||||  |||||||    
T  9586613 ttatcatgtcacaagcaatggattgaagcgtgtggtagaaaattgcacacatctaaaagaaatcgatttgagaggttgtgataaattgaatgc 9586521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 192
Target Start/End: Original strand, 29718977 - 29719094
Alignment:
Q  75 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaa-gtcacagagaatggtgtgaaa 173  Q
    ||||||||| || ||||| |||| || ||||  | ||||||||| ||||| ||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  29718977 gttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgt-atgaatgtcacagagaatggagtgaaa 29719075  T
Q  174 catgtagtcgaaaactgca 192  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  29719076 catgtggttcaaaactgca 29719094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 199
Target Start/End: Original strand, 10170145 - 10170259
Alignment:
Q  85 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 184  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10170145 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10170244  T
Q  185 aaactgcacacaact 199  Q
    ||||||| |||||||    
T  10170245 aaactgctcacaact 10170259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 199
Target Start/End: Original strand, 10177670 - 10177784
Alignment:
Q  85 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 184  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10177670 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10177769  T
Q  185 aaactgcacacaact 199  Q
    ||||||| |||||||    
T  10177770 aaactgctcacaact 10177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 197
Target Start/End: Original strand, 15092139 - 15092327
Alignment:
Q  9 gtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaaca 108  Q
    |||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| || |||||| | |||   ||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |    
T  15092139 gtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaaga 15092238  T
Q  109 attgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 197  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || |||  |||| || | ||||||||    || |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  15092239 attgttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaa 15092327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10614665 - 10614521
Alignment:
Q  48 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 147  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    ||| ||||| ||||||||||| ||||||| || || ||| |||||||||| ||||| || || |||  || |     
T  10614665 gaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctc 10614566  T
Q  148 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgca 192  Q
    || | ||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||    
T  10614565 ataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 77 - 114
Target Start/End: Original strand, 1523 - 1560
Alignment:
Q  77 tgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1523 tgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtt 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University