View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12071_low_10 (Length: 526)

Name: NF12071_low_10
Description: NF12071
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12071_low_10
NF12071_low_10
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (15-510)||(12282572-12283067)
chr8 (15-510)||(12266846-12267341)
chr8 (15-407)||(12287528-12287917)
chr8 (15-374)||(12256891-12257247)
chr8 (15-374)||(12264283-12264639)
chr8 (15-374)||(12270895-12271251)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-410)||(29197581-29197973)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 12283067 - 12282572
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||    
T  12283067 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggcgccattgagaaaatccgaaacg 12282968  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282967 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 12282868  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282867 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 12282768  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagtt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12282767 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagtt 12282668  T
Q  415 gtgaataaaacttcctgttagctggtgtaagaatgaatgaatattgttatgtccttgaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgtaataagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12282667 gtgaataaaacttcctgttagctggtgtaagaatgaatggatattgttatgtccttcaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgttataagt 12282572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 12267341 - 12266846
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||    
T  12267341 atgaataaccccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacggtgccattaagaaaatccgaaacg 12267242  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267241 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 12267142  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267141 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 12267042  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagtt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267041 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgttagtt 12266942  T
Q  415 gtgaataaaacttcctgttagctggtgtaagaatgaatgaatattgttatgtccttgaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgtaataagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12266941 gtgaataaaacttcctgttagctggtgtaagaatgaatggatattgttatgtccttcaagtttattgtgagtgaattgaggtgttatgttataagt 12266846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 15 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12287917 - 12287528
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||| || || |||| ||| ||||||    
T  12287917 atgaataactccattttgcctcccttcccaatctctcaatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcagccccgtttagaatatccgaaacg 12287818  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
     | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  12287817 gcgattcttgccaccccaataggtcgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgtttaataaaaact 12287718  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| |||   |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12287717 tctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcctacaatcatc---gttatctttcactgtcttcgtcgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaac 12287621  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaat 407  Q
    ||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12287620 aacatatgcatcctcaattacatgaatattttccccggatataaccgttatttctaatgtatgtgaggctacacccatcgtatagaatttaat 12287528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12257247 - 12256891
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||      
T  12257247 atgaataactccattttgcctcccttcccagttcctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaaga 12257148  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
     |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12257147 gcaattcttgccaccccaataggacgtacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 12257048  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12257047 tctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcccacaattatc---attatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaac 12256951  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgt 374  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  12256950 aacgtatgcatcctccgttacatgaatattttcaccagatataaccgtaatttctaatgt 12256891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12264639 - 12264283
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||      
T  12264639 atgaataactccattttgcctcccttcccagttcctcaatttataactcaaaatttgcaaacaattttccggcgcgatgccattgagaaaatccgaaaga 12264540  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
     |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12264539 gcaattcttgccaccccaataggacgtacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaaagtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 12264440  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12264439 tctcattccatgaaagaaaactcgagtttttcccacaattatc---attatctttcaccgtttttgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaac 12264343  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgt 374  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  12264342 aacgtatgcatcctccgttacatgaatattttcaccagatataaccgtaatttctaatgt 12264283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 15 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12271251 - 12270895
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   || | || || |||| ||| ||||||    
T  12271251 atgaataactccattttgcctcccttcccaattcctcaatttataactcaaaattcgtgaacaattttccgattcatccccgtttagaatatccgaaacg 12271152  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
     | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12271151 gcgattcttgccaccccaatagggcgaacacttttgaacttcttgcattgcacctcaaacgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 12271052  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    | |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12271051 tctcattccatgaaagaaaacttgagtttttcccacaattatc---attatctttcaccgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacaac 12270955  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgt 374  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||    
T  12270954 aacgtatgcatcctctgttacatgaatattttctccagatataatcgtaatttctaatgt 12270895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 29197973 - 29197581
Alignment:
Q  15 atgaataactccattttgcctcccttcccaatccctcaatttataactcaaaatttgcgaacaattttccggcacagcaccattgagaaaatctgaaacg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    |||| || || |||| |||  |||||    
T  29197973 atgaataactccattttgcctcccttcccagttcctcaatttataactcaaaatccgggaacaattttccaattcagccccgtttagaatatccaaaacg 29197874  T
Q  115 ccaattcttgctaccccaataggacgaacacttttaaacttcttgcattgcacctcaaacgtaattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 214  Q
     | |||| ||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29197873 gcgattcgtgtcaccccaatagggcgaacacttttgaacttcttgcattgcacctcaaatgtgattgaccttgcatgcaatggcatgttcaacaaaaact 29197774  T
Q  215 tttcattccatgaaaggaaactcgaattttttccacaattatcgttgttatctttcagcgtcttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||  |||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29197773 tttcattccatgaaagaaaactcgagttttttccaca---atcgtctttatttttcactgttttcgttgtgtaacaattaagagactcacctcgaacgac 29197677  T
Q  315 aacgtatgcatcttcggttacatgaatattttcgccggatataaccgtgatttctaatgtgcgtgaggctacacccatagtagagaatttaatgtt 410  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  29197676 aacgtatgcatcctcagttatatgaatattttcaccggttataactgttatttctaatgtgcgtgaagctatacccatagtagaaaatttgatgtt 29197581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University