View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12071_low_3 (Length: 802)

Name: NF12071_low_3
Description: NF12071
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12071_low_3
NF12071_low_3
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (13-625)||(33674605-33675228)
chr6 (13-519)||(33664005-33664509)
chr6 (13-519)||(33685795-33686311)
chr6 (11-216)||(33693020-33693225)
chr6 (462-517)||(33693394-33693449)
chr6 (316-446)||(33693296-33693413)
chr6 (712-763)||(33664742-33664793)
chr6 (712-763)||(33686544-33686595)
chr6 (555-626)||(33686390-33686460)
chr6 (555-626)||(33664588-33664658)
[»] scaffold0016 (4 HSPs)
scaffold0016 (13-519)||(102922-103425)
scaffold0016 (13-238)||(86524-86756)
scaffold0016 (369-434)||(86367-86432)
scaffold0016 (472-515)||(86319-86362)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 625
Target Start/End: Original strand, 33674605 - 33675228
Alignment:
Q  13 aaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctacca 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33674605 aaggaggaagacgagtggtggcggagagtgagagtgttggctatagctttgatggcggcgagtttgctacgttttagcaagagattaaattgtgctacca 33674704  T
Q  113 ttttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33674705 ttttgcttttggctatgttttttgtaaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 33674804  T
Q  213 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtg---nnnnnnngttttg-------ttgagagagagaatgagaatgtgtgaacgtgtgtaatatgattg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||       |||||||| |||||||||||  |||||||| ||| ||  |||||    
T  33674805 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtgttttttttttgttttgtagagacttgagagaaagaatgagaataggtgaacgtatgtgattggattg 33674904  T
Q  303 tgatatggtttgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatga 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33674905 tgatatggtttgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatga 33675004  T
Q  403 taaatttataattaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgt-nnnnnnncaattcaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaa 501  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33675005 taaaattataattaatcgtttctaaaaagataacaacactaccagtacaaaaaacaattcaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaa 33675104  T
Q  502 tgtatgagcattgactgccataaccatacatacaaattcagttatatcactgttttttaccttgtcagaaaaatagtacacttactttttcttcatgagc 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33675105 tgtatgagcattgactgccataaccatacttacaaattcagttatatcactgttttttaccttgtcagtaaaatagtacacttactttttcttcatgagc 33675204  T
Q  602 nnnnnnncaaaagttatttacata 625  Q
           |||||||||||||||||    
T  33675205 aaaaaaacaaaagttatttacata 33675228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 519
Target Start/End: Original strand, 33664005 - 33664509
Alignment:
Q  13 aaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctacca 112  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  33664005 aaggaggcagtcgagtggtggcggagagctagagtgttggctatggctttgatggcggcgagtttgctacgttttaacaagagatttaattctgctacca 33664104  T
Q  113 ttttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 212  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33664105 ttttgcttttggcaatgttttttgtaaacatgaagaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgtttggtttgtttcaatttc 33664204  T
Q  213 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtgnnnnnnngttttgttgagagagagaatgagaatgtgtgaacgtgtgtaatatgattgtgatatggtt 312  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33664205 cattgttgtaacggtttgataagtttgtgagtgttttt--gttttgttgagagagagaatgagaatgtgtgaacgtgtgtaattggattgtgatatggtt 33664302  T
Q  313 tgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatgataaatttata 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33664303 tgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatgataaatttata 33664402  T
Q  413 attaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgtnnnnnnncaattcaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaatgtatgagcat 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33664403 attaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgtcaaaaaaagaaacaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaatgtatgagcat 33664502  T
Q  513 tgactgc 519  Q
    |||||||    
T  33664503 tgactgc 33664509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 519
Target Start/End: Original strand, 33685795 - 33686311
Alignment:
Q  13 aaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctacca 112  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33685795 aaggaggcagtcgagtggtggcggagagctagagtgttggctatggctttgatggcggcgagtttgctacgttttaacaagagatttaattgtgctacca 33685894  T
Q  113 ttttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33685895 ttttgcttttggctatgttttttgtaaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 33685994  T
Q  213 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtg---nnnnnnngttttg-------ttgagagagagaatgagaatgtgtgaacgtgtgtaatatgattg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||       |||||||| |||||||||||  |||||||| ||| ||  |||||    
T  33685995 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtgttttttttttgttttgtagagacttgagagaaagaatgagaataggtgaacgtatgtgattggattg 33686094  T
Q  303 tgatatggtttgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatga 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33686095 tgatatggtttgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatga 33686194  T
Q  403 taaatttataattaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgtnnnnnnncaattcaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaat 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  33686195 taaatttataattaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgccaaaaaaagaaacaaaagagaacaacacttacttaaaagttcaactttttcaat 33686294  T
Q  503 gtatgagcattgactgc 519  Q
    ||||||||| |||||||    
T  33686295 gtatgagcaatgactgc 33686311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 216
Target Start/End: Original strand, 33693020 - 33693225
Alignment:
Q  11 caaaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33693020 caaaggaggcggacgagtggtggcggagagtgagagtgttggctatggctttgatagcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctac 33693119  T
Q  111 cattttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatt 210  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33693120 cattttgcttttggcaatgttttttgtaaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaata 33693219  T
Q  211 tccatt 216  Q
    ||||||    
T  33693220 tccatt 33693225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 462 - 517
Target Start/End: Original strand, 33693394 - 33693449
Alignment:
Q  462 aaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaatgtatgagcattgact 517  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33693394 aaaagataaccacactaccttaaaagttcaacttttgcaatgaatgagcattgact 33693449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 446
Target Start/End: Original strand, 33693296 - 33693413
Alignment:
Q  316 gtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatgataaatttataatt 415  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||       || ||||||||     |||| || |||||||| ||||||||| ||||    
T  33693296 gtttgtgatatgagagttagagtttggtggtatataaaggggttcc-------aaatataatta-----taaggaa-tagattataataaatttaaaatt 33693382  T
Q  416 aatcgtttctaaaaagataacaacactacct 446  Q
    ||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  33693383 aagtgtttctaaaaagataaccacactacct 33693413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 712 - 763
Target Start/End: Original strand, 33664742 - 33664793
Alignment:
Q  712 agagattagctataagaaatatatgaagaaataatgtatgttacattaatat 763  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  33664742 agagattagttataagaaatatatgaagaagaaatgtatgttatattaatat 33664793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 712 - 763
Target Start/End: Original strand, 33686544 - 33686595
Alignment:
Q  712 agagattagctataagaaatatatgaagaaataatgtatgttacattaatat 763  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  33686544 agagattagttataagaaatatatgaagaagaaatgtatgttatattaatat 33686595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 555 - 626
Target Start/End: Original strand, 33686390 - 33686460
Alignment:
Q  555 tttttaccttgtcagaaaaatagtacacttactttttcttcatgagcnnnnnnncaaaagttatttacatag 626  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  33686390 tttttaccttgttagaaaaatagtacac-tcctttttcttcatgagctaaaaaacaaaagttatttacatag 33686460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 555 - 626
Target Start/End: Original strand, 33664588 - 33664658
Alignment:
Q  555 tttttaccttgtcagaaaaatagtacacttactttttcttcatgagcnnnnnnncaaaagttatttacatag 626  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  33664588 tttttaccttgttagaaaaatagtacac-tcttttttcttcatgagctaaaaaacaaaagttatttacatag 33664658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 4)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 103425 - 102922
Alignment:
Q  13 aaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctacca 112  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||| || |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  103425 aaggaggcgaacaggtggtggcggagggtgagagggttggctatggctttgatagcggcgagcttgctacgttttagcaagagatttaattgtgctacct 103326  T
Q  113 ttttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  103325 ttttgcttttggctatgtttttttttaacattaacaaaattagacgtagtgtgttccatactttctttgttactatcattggttgggttgtttcaatttc 103226  T
Q  213 cattgttgtaacggtttgatgagtttgtgagtg-nnnnnnngttttgttgagagagagaatgagaatgtgtgaacgtgtgtaatatgattgtgatatggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||        ||||||||||||| ||||  |||||  || ||| |||||| ||  ||||||||||||||    
T  103225 cattgttgtaacggtttgatgagtttgcgtgtgttttttttgttttgttgagagggaga--gagaa--tgagaatgtgtgtgattggattgtgatatggt 103130  T
Q  312 ttgtgtttgtgataggagagttggagttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataattatccactaagaaattagattatgataaattt-- 409  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||| ||||||||      
T  103129 ttgtgtttgtgataggagagttggggttaggtggtatataaaggggttccaattacaaattataactattcattaagaaa-tagattattataaatttat 103031  T
Q  410 -ataattaatcgtttctaaaaagataacaacactacctgtnnnnnnncaattcaaaagataacaacactaacttaaaagttcaacttttccaatgtatga 508  Q
     |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||        ||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  103030 aataattaagcgtctctaaaaagataacaacactacctgtcaaaaaaaaa--caaaatataacaacactaacttaaagtttcaacttttccaatgtatga 102933  T
Q  509 gcattgactgc 519  Q
    |||||||||||    
T  102932 gcattgactgc 102922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 86756 - 86524
Alignment:
Q  13 aaggaggcggacgagtggtggcggagagttagactgttggctatggctttgatggcggcgagtttgccacgttttagcaagagatttaattgtgctacca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  86756 aaggaggcggacgagtggtggcggagagctagagtgttggctatggctttgatggcggcgagtttgctacgttttagcaagagatttaattctgctacca 86657  T
Q  113 ttttgcttttggctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgtagtgtgttccatactttctttgtaactaccattgcttggtttgtttcaatttc 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||||||||||||||||||    
T  86656 ttttgcttttagctatgttttttgttaacatgaacaaaattatacgcagtgtgttccatactttctttgttactataattagttggtttgtttcaatttc 86557  T
Q  213 ca-------ttgttgtaacggtttgatgagttt 238  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||    
T  86556 cattcttgtttgttgtaacggtttgatgagttt 86524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 86432 - 86367
Alignment:
Q  369 aattataattatccactaagaaattagattatgataaatttataattaatcgtttctaaaaagata 434  Q
    ||||||||| ||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  86432 aattataatcatccattaagtaattagattagtataaatttataattaagcttttctaaaaagata 86367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 472 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 86362 - 86319
Alignment:
Q  472 aacactaacttaaaagttcaacttttccaatgtatgagcattga 515  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  86362 aacactaatttaaaagttcaacttttccaatgaatgagcattga 86319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University