View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12080_low_1 (Length: 1577)

Name: NF12080_low_1
Description: NF12080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12080_low_1
NF12080_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-1559)||(53361654-53363196)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1511; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1559
Target Start/End: Original strand, 53361654 - 53363196
Alignment:
Q  17 acatcagtcaatggagcaagcaaatcaggatttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361654 acatcagtcaatggagcaagcaaatcagggtttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaag 53361753  T
Q  117 gcaaaggtgttaacttcggaagtaaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctact 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361754 gcaaaggtgttaacttcggaagtaaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctact 53361853  T
Q  217 aacacgagaactctgcaaagcaaatcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcagaacttttaggtggc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  53361854 aacacgagaactctgcaaagcaaatcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcggaactttgaggtggc 53361953  T
Q  317 aaagttttgatgtaaacaacacccataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggaccct 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361954 aaagttttgatgtaaacaacacccataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggaccct 53362053  T
Q  417 tcatttcggttttcttcaccaaattctcaagtgcaccaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccacc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362054 tcatttcggttttcttcaccaaattctcaagtgcatcaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccacc 53362153  T
Q  517 aagaccttgaggttttggtgccttggttggacccacaaactccgaagcatcaagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaatt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362154 aagaccttgaggttttggtgccttggttggacccacaaactccgaagcatcgagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaatt 53362253  T
Q  617 gaagcttgttccattccaaactcaactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtag 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362254 gaagcttgttccattccaaactcaactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtag 53362353  T
Q  717 taacatcaagaccttccaaagctgtagccaaatcattggaagaaccatccttagtcttcttaaacccactcacaagctcttgaggtttgttaatggcatc 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362354 taacatcaagaccttccaaagctgtagccaaatcattggaagaaccatccttagtcttcttaaacccactcacaagctcttgaggtttgttaatggcatc 53362453  T
Q  817 actagccgcaaatggatccttttccacttcaacctcttcctgtttctgcttctgttgaatctcttcattctgttcactggtcaccggagcagcaaggcta 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362454 actagccgcaaatggatccttttccacttcaacctcttcctgtttctgcttctgttgaatctcttcattctgttcactggtcaccggagcagcaaggcta 53362553  T
Q  917 gccaccacttcatcaccggcttcaagcgtctcctgaggcaattcaaatctagcatttgcaaatgcatcaatgctcgcttgatgttcgacggaatgcacct 1016  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362554 gccaccacttcatcaccggcttcaagcgtctcctgaggcaattcaaatctcgcatttgcaaatgcatcaatgctcgcttgatgttcgacggaatgcacct 53362653  T
Q  1017 ccgcggaagaccaattatccgcaccacggatcttattctctgtatcaattgcagaatgcaccatcttagcaatactatcaccgtgcattgtggcaagcat 1116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362654 ccgcggaagaccaattatccgcaccacggatcttattctctgtatcaattgcagaatgcaccatcttagcaatactatcaccgtgcattgtggcaagcat 53362753  T
Q  1117 tgcggcaagacggatattgctaacaccacgaagaacaatatcaagtgccatatagatctcggcgtatttccggccgagcttctccggcgtgacgtcaacg 1216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362754 cgcggcaagacggatattgctaacaccacgaagaacaatatcaagtgccatatagatctcggcgtatttccggccgagcttctccggcgtgacgtcaacg 53362853  T
Q  1217 ccacggcaagcggtgacgacgacactaacagcttgattaacaatatgaatgcattcgaaaacattgacggagttatcgtgatcggcgacggttattccaa 1316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362854 ccacggcaagcggtgacgacgacactaacagcttgattaacaatatgaatgcattcgaaaacattgacggagttatcgtgatcggcgacggttattccaa 53362953  T
Q  1317 ggacgtagattccgttaactaaacgataaacgatgcggtaacggctttcgactccgacgatgacttgaccactggaagcggcgaggggatcgtcaccgat 1416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362954 ggacgtagattccgttaactaaacgataaacgatgcggtaacggctttcgactccgacgatgacttgaccactggaagcggcgaggggatcgtcaccgat 53363053  T
Q  1417 ggattcggcggcgtaggcgtcttcgggggcgttgtttttgttgttcttggttgcggcgaatgcgcggcgcgtgtgacggaaagcggaaagagcgccgagg 1516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53363054 ggattcggcggcgtaggcgtcttcgggggcgttgattttgttgttcttggttgcggcgaatgcgcggcgcgtgtgacggaaagcggaaagagcgccgagg 53363153  T
Q  1517 gcgcgtgagggtgggaaccactcgcgggtttgaagaaggatat 1559  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53363154 gcgcgtgagggtgggaaccactcgcgggtttgaagaaggatat 53363196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University