View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12087_low_5 (Length: 416)
Name: NF12087_low_5
Description: NF12087
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12087_low_5 |
 | |
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| [»] scaffold0349 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 27595261 - 27594879
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
27595261 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
27595162 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
27595161 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
27595062 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
318 |
Q |
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| T |
27595061 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgt--gtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
27594964 |
T |
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| Q |
319 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaattaagggaagtacttggaatct |
403 |
Q |
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| T |
27594963 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaattaagggaagtacttggaatct |
27594879 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 27726811 - 27726431
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
27726811 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcgattttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
27726712 |
T |
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| Q |
119 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
218 |
Q |
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| T |
27726711 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttcattatcaaaattttaaagatgatatggaaagagttgtgcactttc |
27726612 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
318 |
Q |
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| T |
27726611 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcggcaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
27726512 |
T |
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| Q |
319 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaattaagggaagtacttggaatct |
403 |
Q |
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| T |
27726511 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatgga----aagggaagtacttggaatct |
27726431 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 27533859 - 27533479
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
27533859 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcgtcttgaagtattcttcgattttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
27533760 |
T |
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| Q |
119 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
218 |
Q |
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| T |
27533759 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttcattatcaaaattttaaagatgatatggaaagagttgtgcactttc |
27533660 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
318 |
Q |
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| T |
27533659 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
27533560 |
T |
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| Q |
319 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaattaagggaagtacttggaatct |
403 |
Q |
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| T |
27533559 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttagccttttggtttctttgttttggtttgtgatgga----aagggaagtacttggaatct |
27533479 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 27693135 - 27692772
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
27693135 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcgattttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
27693036 |
T |
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| Q |
119 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
218 |
Q |
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| T |
27693035 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttcattatcaaaattttaaagatgatatggaaagagttgtgcactttc |
27692936 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
318 |
Q |
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| T |
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acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtggggcattcttgtcttttcccttccctctccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
27692836 |
T |
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| Q |
319 |
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381 |
Q |
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27692835 |
agaacaaccaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaa |
27692772 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 27615028 - 27614696
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
27615028 |
aaagcacccctggttttcatacccttatgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
27614929 |
T |
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| Q |
119 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
218 |
Q |
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| T |
27614928 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttcattatcaaaattttaaagatgatatggaaagagttgtgcactttc |
27614829 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtc-ttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaatt |
317 |
Q |
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27614828 |
acattcctgcataatgaattgagaag-ttttattttgtgggttattcttgtctttttcccttccctctccaaattgttaac--------aggatgtgatt |
27614738 |
T |
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318 |
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359 |
Q |
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| T |
27614737 |
tataacaataatatatgatttaatgttaggcttttggtttct |
27614696 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0349 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:
Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 5390 - 5010
Alignment:
| Q |
19 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacatttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
118 |
Q |
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| T |
5390 |
aaagcacccctggttatcatacccttacgaaccgatatcatcttgaagtattcttcggttttttcacacttggtgatgatgtcaatattaccctaagttg |
5291 |
T |
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| Q |
119 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttgattatcaaaattttaaagatgatatggatagagttgtgcactttc |
218 |
Q |
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| T |
5290 |
attaggttaatcattgaaagggaaaggcactacctttgcatccatgatgcttttcattatcaaaattttaaagatgatatggaaagagttgtgcactttc |
5191 |
T |
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| Q |
219 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcgccaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
318 |
Q |
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| T |
5190 |
acattcctgcataatgaattgagaagtttttattttgtgggtcattcttgtcttttcccttccctcggcaaattgttaaccatggtcaaggatgtaattt |
5091 |
T |
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| Q |
319 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatggaaattaagggaagtacttggaatct |
403 |
Q |
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| T |
5090 |
agaacaacaatatatgatgtaatgttaggcttttggtttctttgttttggtttgtgatgga----aagggaagtacttggaatct |
5010 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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