View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12097_high_2 (Length: 1082)

Name: NF12097_high_2
Description: NF12097
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12097_high_2
NF12097_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-1070)||(52644384-52645453)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1026; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1026; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1070
Target Start/End: Complemental strand, 52645453 - 52644384
Alignment:
Q  1 tgaaaatttccttaggtctgtgtttcttcaggtttttaagcacgtggaatctgtttgtttattttctgagggaaatcaaagttttcacgctcttaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52645453 tgaaaatttccttaggtctgtgtttcttcaggtttttaagcgcgtggaatctgtttgtttattgtctgagggaaatcaaagttttcacgctcttaagatt 52645354  T
Q  101 gggattagggaagatgaactatcggtggctttgctcagtgcaattattgttcttatcaatgtctgtaatgttgagcaactacataatatccctgaaagtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52645353 gggattagggaagatgaactatcggtggctttgctcagtgcaattattgttcttatcaatgtctgtaatgttgagcaactacataatatccctgaaagtg 52645254  T
Q  201 tttctgaagcattcatgagccttctaaaagagataagggcaaatgctactcatcatttggtgattagaggtgctgtgaaatctaatgtagaaggacgtgt 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  52645253 tttctgaagcattcctgagccttctaaaagagataagggcaaatgctactcatcatttggtgattagaggtgatgtgaaatctaatgtagaaggacgttt 52645154  T
Q  301 ttgtaagagtaatgttggagtttgtgatcttgccaacagcatctttaggctttccattaatgcttcacaacttagtgtctctttgccatttgaagtggtc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52645153 ttgtaagagtaatgttggagtttgtgatcttgccgacagcatctttaggctttccattaatgcttcacaacttagtgtctctttgccatttgaagtggtc 52645054  T
Q  401 caaagaggtctttttggtacaagtggttctagttttgaagattttctgtcaaatcattgggaagtttcaccttttcttctatcaaggacatcggaggatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52645053 caaagaggtctttttggtacaagtggttctagttttgaagattttctgtcaaatcattgggaagtttcaccttttcttctatcaaggacatcggaggatc 52644954  T
Q  501 acagcgtgaatgatatgtttagcccatttatacaatctttgaactggaatgggagtgttccttccctacttcattcactccttcaagatctcgtgtcttg 600  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52644953 acaacgtgaatgatatgtttagcccatttatacaatctttgaactggaatgggagtgttccttccctacttcattcaatccttcaagatctcgtgtcttg 52644854  T
Q  601 ttttcctattgcttcagaggagcaaaacatcctcaatttcctaattgaggtgaaagatagactaggctgtcctataatctaccagcaggatatacgggtt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52644853 ttttcctattgcttcagaggagcaaaacatcctcaatttcctaattgaggtgaaagatagactaggctgtcctataatctaccagcaggatatacgggtt 52644754  T
Q  701 gtaaaagccgagagccaatccagaaaagagacacattactttcatccggaatgccataaggaacctctgtattttactaatgaagatgtcttaaagtgcg 800  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52644753 gtaaaagccgatagccaatccagaaaagagacacattactttcatccggaatgccataaggaacctctgtattttactaatgaagatgtcttaaagtgcg 52644654  T
Q  801 agcaagcttataaagagggttatactgttgctctgcgtggtctcgagtttcgatatcagcgcattgcttctattgccgatacattagcacttatgtttgg 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52644653 agcaagcttataaagagggttatactgttgctctgcgtggtctcgagtttcgatatcagcgcattgcttctattgccgatacattagcacttatgtttgg 52644554  T
Q  901 ccaaccttctgtaggtgctaatttgtacttaacaccagctaattctcaagggttggcccgtcactttgatgatcactgtgtatttgtctgccagattttt 1000  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52644553 ccaaccttcagtaggtgctaatttgtacttaacaccagctaattctcaagggttggcccgtcactttgatgatcactgtgtgtttgtctgccagattttt 52644454  T
Q  1001 ggctccaagaagtggacagtattttctcgacccggtcagctgttacctcgcttatatgatagtctctgtg 1070  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52644453 ggctccaagaagtggacagtattttctcgacccggtcagctgttacctcgcttatatgatagtctctgtg 52644384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University