View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12103_low_6 (Length: 386)

Name: NF12103_low_6
Description: NF12103
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12103_low_6
NF12103_low_6
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (16-373)||(14588200-14588557)
chr6 (17-373)||(14621858-14622214)
chr6 (27-161)||(12845949-12846083)
chr6 (240-364)||(12845743-12845867)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (80-364)||(20491921-20492205)
chr2 (216-351)||(1354248-1354383)
chr2 (216-351)||(1361134-1361269)
chr2 (78-121)||(1357250-1357293)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-349)||(11529766-11530099)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (27-364)||(29953786-29954123)
chr4 (79-369)||(51370382-51370672)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14588557 - 14588200
Alignment:
Q  16 tgctgtaatacgcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14588557 tgctgtaatacgcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgaa 14588458  T
Q  116 tatctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaacggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttct 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  14588457 tatctcagtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaaccagttaggtttaacggaacattttgagtgctttctgcaccttgtagttct 14588358  T
Q  216 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14588357 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaatggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 14588258  T
Q  316 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtg 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14588257 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtg 14588200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14622214 - 14621858
Alignment:
Q  17 gctgtaatacgcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14622214 gctgtaatacgcacaaggaatgttgaaactcttggttatcgacggtaaccaatccgatactacatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagt 14622115  T
Q  117 atctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaacggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14622114 atctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaaccagttaggtttaacggaacattttgagtgctttctgcaccttgtagttctt 14622015  T
Q  217 ctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatgt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14622014 ctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaatggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaacgt 14621915  T
Q  317 gacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtg 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14621914 gacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtg 14621858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 12846083 - 12845949
Alignment:
Q  27 gcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagtatctcggtaa 126  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |   | |||||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||    
T  12846083 gcacaagggatgttcaaacttttggctattgacggtaaccattcggtagcaaaatcatagaaaacccagtcagggtttgatgttttgagtatctcagtaa 12845984  T
Q  127 cacggtcttggaaaccatcataagctaacttaagg 161  Q
    ||   ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  12845983 catcatcttggagaccatcataagccaacttaagg 12845949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 240 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 12845867 - 12845743
Alignment:
Q  240 accaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatgtgacagtgtgaccattttgagcaa 339  Q
    ||||| || ||||| ||||||||  |||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||| || |||  |||||| ||||||||||    
T  12845867 accaattttatgaatggttgaagaattttaggggtttttggcatgtggtcaatatttttagggctgtttatgaaggtaacatagtgacccttttgagcaa 12845768  T
Q  340 gaattttggctaactcgaaaaaagg 364  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  12845767 gaatcttggccaactcaaaataagg 12845743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 80 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20492205 - 20491921
Alignment:
Q  80 atcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagtatctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaac 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| || | |   || |||     
T  20492205 atcatagaaaacccaatcaggctttgaagttttaagtatttcagtaacatggtcttgaaaaccatcataagccaatttaaggtgaccattcttgtctaat 20492106  T
Q  180 ggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttcttctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgg 279  Q
    ||||| ||  ||||||| ||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||| |||||    
T  20492105 ggaaccttaagagtgctctcttcaccatgtagttgttctatgtatggtaaaggtgattttaccaaattgatgaatggttgaattgctttgggtgctttgg 20492006  T
Q  280 gcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatgtgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaagg 364  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  20492005 gcatttgatcaatgtttttgggggagtttatgaaggtgacagtgtgacccttttgagcaagaatttttgctaactcgaaataagg 20491921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 216 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 1354383 - 1354248
Alignment:
Q  216 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 315  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||| |||||||| |||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  1354383 tctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttgatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaagg 1354284  T
Q  316 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggcta 351  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||    
T  1354283 tgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggcta 1354248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 216 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 1361269 - 1361134
Alignment:
Q  216 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 315  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||| || ||||| |||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  1361269 tctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaagg 1361170  T
Q  316 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggcta 351  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||    
T  1361169 tgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggcta 1361134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 78 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 1357293 - 1357250
Alignment:
Q  78 aaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagtatctc 121  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  1357293 aaatcatagaaaacccaatcaggatttgaagttttgagtatctc 1357250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 11530099 - 11529766
Alignment:
Q  16 tgctgtaatacgcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgag 115  Q
    |||||||||  ||||||||||| || |  || ||||||||||| ||||||||||| | |||  ||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  11530099 tgctgtaatgggcacaaggaatattcaggcttttggctatcgacggtaaccaatcagctacacaatcatagaaaacccaatcagactttgatgttttgag 11530000  T
Q  116 tatctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaacggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttct 215  Q
    |||||| ||||||  | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||||| |||||||| |||||||| || ||||||| ||||| |    
T  11529999 tatctcagtaacatcgacttggagaccgtcataagccaacttaaggtaaccagtcttgtttaatggaacattttgagtgctctctgcaccttctagttgt 11529900  T
Q  216 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 315  Q
    |||||||  ||||| ||| |||||||||| |||||||| || |||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| || |    
T  11529899 tctatgtggggtaagggtaattttaccaaattgatgaatggctgaattgcttttggtgttttgggaatttgatcaatgtttttaggagaggttattaagg 11529800  T
Q  316 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggc 349  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11529799 tgacagtgtgacccttttgagcaagaattttggc 11529766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 29954123 - 29953786
Alignment:
Q  27 gcacaaggaatgttgaaactcttggctatcgatggtaaccaatccgatactaaatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagtatctcggtaa 126  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| || ||||||||||| | | |  ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  29954123 gcacaaggaatgttgaggcttttcgctattgacggtaaccaatcagctgcataatcatataaaacccaatcaggctttgaagttttgagtatctcagtaa 29954024  T
Q  127 cacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaacggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttcttctatgtatgg 226  Q
    ||  |||||||| ||| |||||||| || ||||| |||| |   | ||| || |||||||| |||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  29954023 catcgtcttggagaccgtcataagccaatttaagataaccaagcatgttaaatggaacattttgagtgctctctccaccttgtagttgttctatgtatgg 29953924  T
Q  227 taaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatgtgacagtgtga 326  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||| ||   || ||| |||| |||||||||||||||    
T  29953923 taaaggtgattttaccaaattgatgaatggttgaattgttttgggtggtttcggaatttgatcaatgattccgggagagcttataaatgtgacagtgtga 29953824  T
Q  327 ccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaagg 364  Q
    | ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  29953823 cgattttgagcaagaatcttggccaactcgaaataagg 29953786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 79 - 369
Target Start/End: Original strand, 51370382 - 51370672
Alignment:
Q  79 aatcacagaaaacccaatcaggcttcgaagttttgagtatctcggtaacacggtcttggaaaccatcataagctaacttaaggtaactagttaggtttaa 178  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  |||||| | ||| |||||||| |||||||| |||| | | | ||||      
T  51370382 aatcatagaaaacccaatcaggctttgaagttttgagtatatcagtaacattgtcttgtagaccgtcataagccaacttaagataaccaatcatgttttt 51370481  T
Q  179 cggaacattctgagtgctttcagcaccttgtagttcttctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaagggttgaagtgttttgggtgttttg 278  Q
     |||| ||||||  |||| ||  |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||     
T  51370482 tggaatattctgcatgctctcttcaccttgtagttgttctatatgtggtaaaggtgatttaaccaaattgatgaatggttgaattgttttgggtggttta 51370581  T
Q  279 ggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatgtgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagta 369  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  51370582 ggaatttgatcaatgtttttgggagagttgataaaggtgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggccaactcaaaataagggagta 51370672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University