View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12106_high_2 (Length: 578)

Name: NF12106_high_2
Description: NF12106
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12106_high_2
NF12106_high_2
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-550)||(36107373-36107922)
chr4 (153-550)||(34971723-34972120)
chr4 (165-540)||(21482272-21482644)
chr4 (182-550)||(36100295-36100663)
chr4 (165-540)||(36090423-36090799)
chr4 (323-500)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-550)||(6838134-6838683)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (143-550)||(8338140-8338547)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 36107373 - 36107922
Alignment:
Q  1 agtagcaaaccaaatttttactactataccatggatacaatggggaaattgttttttctcacggcaacgttaacaattgtcttgtttaattcaacaacag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107373 agtagcaaaccaaattgttactactataccatggatacaatggggaaattgttttttctcacggcaaccttaacaattgtcttgtttaattcaacaacag 36107472  T
Q  101 ctgcaacatcacctattcaacattttctaaattgtcttccacattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107473 ctgcaacatcacctattcaacattttctaaattgtcttccacattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcct 36107572  T
Q  201 caacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36107573 caacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcgcatatccaagaaacaatt 36107672  T
Q  301 gaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttg 400  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36107673 aaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttattatacttg 36107772  T
Q  401 acatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107773 acatgtttcatctcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 36107872  T
Q  501 taaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107873 taaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 36107922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 153 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 34972120 - 34971723
Alignment:
Q  153 ctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacct 252  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| | || || ||  | | ||||| ||| |||| ||||||| || ||||||| || || |||    
T  34972120 ctctgaagtcatttacacaccaaacaatacctcattctcagccatactaaatgtaagaatactaaacaagatatttaaagcaacaacaaccccaaagcct 34972021  T
Q  253 ttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattgaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacg 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| || || |    
T  34972020 ttggcaattataactgcaaaagatgtttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagtaacaacattcagataagaattcgaagtggagggcatg 34971921  T
Q  353 actatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatg 452  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  34971920 actatgaaggtttatcatatttatcagatgtgccttttattgtacttgacatgtttcacctcaattcagttgatgtcaatttacaagaatcaacaacatg 34971821  T
Q  453 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||     ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34971820 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattatacaattggaaataaaaacaattcttttgcttttccatccggggtctgttttactgtaggtg 34971723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 165 - 540
Target Start/End: Original strand, 21482272 - 21482644
Alignment:
Q  165 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattata 264  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||    
T  21482272 ttacactccaaacaatatctcattctcaaccatcctcaacatgaaaatacaaaacaagagatttaaaaca---acaacaccaaaacctttggcaattata 21482368  T
Q  265 actgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattgaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtt 364  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||   |||||| |||||  |||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  21482369 actgcaaaagatgattctcatgtccaagcaacaattcaatgcctcaaaagtaacaaaattcagatcagaatccgaagtggcggccacgactttgaaggtt 21482468  T
Q  365 tttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcagg 464  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21482469 tctcatatgtatcagacgtgccttttgttataattgacttgcttcatctcaattcagttgatgtcaatttacaagaagaaacagcatgggttgaatcagg 21482568  T
Q  465 tgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttt 540  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||||  |||   |||||||||||||| || || ||||||    
T  21482569 tgcaacacttggaaagctttattataccattggaaagaaaaataactctcttgctttcccatccggcgtttgtttt 21482644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 182 - 550
Target Start/End: Original strand, 36100295 - 36100663
Alignment:
Q  182 cctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattc 281  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36100295 cctcattctcaaccatcctaaatatgaaaatacataacaagagatttaaaacagcaacatcaccaaaagctttagcaattataactccaaaagatgattc 36100394  T
Q  282 acatatccaagaaacaattgaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagat 381  Q
     ||| |||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| | ||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||  |||||||     
T  36100395 tcatgtccaaacaacaattaaatgtgccaaaatcaacaacttccaattaagaatccgaagtggcggccacgattatgaaggcttctcatacttatcagac 36100494  T
Q  382 gtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaaga 481  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||   |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36100495 gtgccttatgttataattgacttgcttcacctcaattcagttgaagtcaatttacaagatgaaacaacatgggttgaagctggtgcaacacttggtaaga 36100594  T
Q  482 tttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 550  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36100595 tttattataccatttcaaagaaaaataattctcttgctttcccatctggggtctgtttttctctaggtg 36100663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 165 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 36090799 - 36090423
Alignment:
Q  165 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa-caccgaaacctttggcaattat 263  Q
    |||||| | ||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  36090799 ttacactcaaaacaacacctcattcttaaccatcttcaacatgaaaatacattacaagagattcaaaacagcaacaaacactaaaacctttggcaattat 36090700  T
Q  264 aactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattgaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggt 363  Q
    ||| | ||| |||  ||| ||| |||||| |||| || ||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||    
T  36090699 aacagtaaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcgaagtggcggacatgattacgaaggt 36090600  T
Q  364 ttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcag 463  Q
    || ||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  36090599 ttatcaaatgtatcagacatgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcag 36090500  T
Q  464 gtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttt 540  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||||  |||   |||||||||||||||||||| ||||||    
T  36090499 gtgcaatacttggtaagatttattatacgattgcaatgaaaaataactcccttgctttcccatctggggtatgtttt 36090423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 323 - 500
Target Start/End: Original strand, 36079831 - 36080008
Alignment:
Q  323 ttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagt 422  Q
    ||||||||||||| ||||| || || || || | ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    |||||||    
T  36079831 ttcaaattagaatccgaagcggtggccatgattgtgaaggcctttcatatgtatcagatgttccttttattatacttgacatgtttcatcatgattcagt 36079930  T
Q  423 tgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 500  Q
    ||||||  |  |  || |   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  36079931 tgatattgacgttgaaaacggaacagcatgggttgaagcaggtgcaacacttggtaaggtttattattacattgcaaa 36080008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 6838134 - 6838683
Alignment:
Q  1 agtagcaaaccaaatttttactactataccatggatacaatggggaaattgttttttctcacggcaacgttaacaattgtcttgtttaattcaacaacag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  6838134 agtagcaaaccaaattgttactactataccatggatacaatttggaaattgtgttttcttatggcaaccttaacaattgtcttgtctaattcaacaacaa 6838233  T
Q  101 ctgcaacatcacctattcaacattttctaaattgtcttccacattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcct 200  Q
    | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  6838234 cagcaaaatcacctattcaacattttataaattgtctttcacattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaacacctcattctcaactatcct 6838333  T
Q  201 caacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaatt 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||    
T  6838334 caacataaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaagcctttggcaattataactgtaaaagatgattctcatgtccaagaaacagtt 6838433  T
Q  301 gaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttg 400  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838434 aaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagtggtggtcacgactatgaaggttgttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttg 6838533  T
Q  401 acatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 500  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6838534 acatgtttcatctcaattctgttgatgtcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataccattgcaaa 6838633  T
Q  501 taaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 550  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  6838634 gaaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtgtgctttactgtaggtg 6838683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 143 - 550
Target Start/End: Original strand, 8338140 - 8338547
Alignment:
Q  143 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 242  Q
    |||||| | |||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||    
T  8338140 attcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaacacctcattctcaaccatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaac 8338239  T
Q  243 accgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattgaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagt 342  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||    
T  8338240 accaaaatctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaagt 8338339  T
Q  343 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaat 442  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||  |  ||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||      
T  8338340 ggcggccacgactacgaaggcttctcttacgtatcagacatatcttttgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagatg 8338439  T
Q  443 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 542  Q
     ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||    ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  8338440 aaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaagaaaaacaattctcttgctttcccgtctggggtctgttctac 8338539  T
Q  543 tctaggtg 550  Q
     |||||||    
T  8338540 actaggtg 8338547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University