View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12108_low_1 (Length: 1971)

Name: NF12108_low_1
Description: NF12108
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12108_low_1
NF12108_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-1956)||(26426648-26428597)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1956
Target Start/End: Original strand, 26426648 - 26428597
Alignment:
Q  19 gatatcagcagatgaagtaaatttgtatacatattatatagctcaggtcttattttgcgagtgtgtgaatattacacctctctcagttcattttcagctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26426648 gatatcagcagatgaagtaaatttgtatacatattatatagctcaggtcttattttgcgagtgtgtgaatattacacctctctcagttcattttcagctt 26426747  T
Q  119 gcagttgagcacgctttaacttttcactgtgttcagcttgcaggcatagttgcctcttatcatgttcctgctgcatatgagtcacctgtagattggacag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26426748 gcagttgagcacgctttaacttttcactgtgttcagcttgcaggcatagttgcctcttatcatgttcctgctgcatatgagtaacctgtagattggacag 26426847  T
Q  219 gaaataagcttacctggtgtttggatgtttctcaacttaatgttaagcaaatttcatactaagaaagtagtgatgcaataacatcgtctcgtcacagcac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26426848 gaaataagcttacctggtgtttggatgtttctcaacttaatgttaagcaaatctcatactaagaaagtagtgatgcaataacatcgtctcgtcacagcac 26426947  T
Q  319 acaagaggtacataaccaccccaaaaagagtaatttacaaactc-----------gatcaaattacactatcacttgattgaatagtgtgagtacaaatt 407  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26426948 acatgaggtacataaccaccccaaaaagagtaatttacaaactctaattcacttcgatcaaattacactatcacttgattgaatagtgtaagtacaaatt 26427047  T
Q  408 acgaaatatttgaattgtttaattaaataggggttatttgaattattttcataaagacaacttttaatctcaatcaaacaccaaaatattgtaagaagtc 507  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427048 acgaaatatttgaattgtttaaataaataggggttatttgaattattttcataaagacaacttttaatcttaatcaaacaccaaaatattgtaagaagtc 26427147  T
Q  508 aataattttaattctatannnnnnnaatagataccagcttagcatgttcctcctgaatgtgcatcaactgcctccttgattcttctttgcactctgcaag 607  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427148 aataattttaattctatatttttttaatagataccagcttagcatgttcctcctgaatgtgcatcaactgcttccttgattcttctttgcactctgcaag 26427247  T
Q  608 tttttggtcacaccttccctcaattgctgcaatagccttgtcagcctggtggttaaaattggtcaaaaatgtttcagtggagagtaattgctgtaaagac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427248 tttttggtcacaccttccctcaattgctgcaatagccttgtcagcctggtggttaaaattggtcaaaaatgtttcagtggagagtaattgctgtaaagac 26427347  T
Q  708 taatatatcatatcaaaccttgtctgtttccaatttgacaatctccatcttctctaattcatacttccttttaatgtcattaatagcctgttcaaatgca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427348 taatatatcatatcaaaccttgtctgtttccaatttgacaatctccatcttctctaattcatacttccttttaatgtcattaatagcctgttcaaatgca 26427447  T
Q  808 tgttatgagaactcattgcacagtacatcaagcacctattataggtaaccagttatatgcaacacctgatcatttctttgagatatttcttttaaatgct 907  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427448 tgttatgagaacttattgcacagtacatcaagcacctattataggtaaccagttatatgcaacacctgatcatttctttgagatatttcttttaaatgct 26427547  T
Q  908 ttgacaattccaactgcttattctctaccatttgatcgtattgatttcttgcttctgcaagtttactttcagcagcagttaataatgaccggttctgcaa 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427548 ttgacaattccaactgcttattctctaccatttgatcgtattgatttctagcttctgcaagtttactttcagcagcagttaataatgaccggttctgcaa 26427647  T
Q  1008 aggcattcaaaaaa--ttatatggtatacaaacaccagtcaggaaattgaagcatgcactatattttttctctaaaacctctgtgatctgatcttccagc 1105  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427648 aggcatgcaaaaaaaattatatggtatacaaacaccagtcaggaaattgaagcatgcactatatttt-tctctaaaacctctgtgatctgatcttccagc 26427746  T
Q  1106 ttcttttcctgttctgtatgctgcaaaatgcattgttctttttcctctaagacgttccgaagctgtaggacttccttgtcaaaagagtctgcattctgct 1205  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427747 ttcttttcctcttctgtatgctgcaaaatgcattgttctttttcctctaagatgttccgaagctgtaggacttccttgtcaaaagagtctgcattctgct 26427846  T
Q  1206 ctattttcatcctctccttttgcagagtatcaatttcctctgatttcttcaatatgtctgcctgcattctttccatattttctttgctttcagtctctag 1305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427847 ctattttcatcctctccttttgcagagtatcaatttcctctgatttcttcaatatgtctgcctgcattctttccatattttctttgctttcagtctctag 26427946  T
Q  1306 agctgaaattttgagcagtagaccttgctgcaaagcattaaatataaaaataacgaacacaatgtttgttgatattctgttaaataaagctgattaacga 1405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26427947 agctgaaattttgagcagtagaccttgctgcaaagcattaaatataaaaataacgaacacaatgtttgttgatattctgttaaataaagctgattaacga 26428046  T
Q  1406 taataccatttggttctccgatgatgtaacacttcctaacagaatttcagctttctcctctaatttggaaattgtgacttctgtttctgccttctttgag 1505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26428047 taataccatttggttctccgatgatgtaacacttcctaacagaatttcagctttctcctctaatttggaaattgtgacttctgtttctgccttttttgag 26428146  T
Q  1506 attaaagcttcagcttctgactccaaatgctgaattctctcagcagctaatcgacaatcctctgtatactgtgctacagtggactcttggactttacgaa 1605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26428147 attaaagcttcagcttctgactccaaacgctgaattctctcagcagctaatcgacaatcctctgtatactgtgctacagtggcctcttggactttacgaa 26428246  T
Q  1606 gatcattcaaactacttcttaactcttgattcgtcatatgaatttcatctttttctgatgacaataccaagaacttagtatgaagcacgtcatactggtt 1705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26428247 gatcattcaaactacttcttaactcttgattcgtcatatgaatttcatctttttctgatgacaataccaagaacttagtatgaagcacgtcatactggtt 26428346  T
Q  1706 ttgagcatgcttcgagaaagtgtctctttcgtgctggaccaagttgaagaaggaagtatagagagagttcatttcatcaaacttgttaacaaggttcaag 1805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26428347 ttgagcatgcttcgagaaagtgtctctttcgtgctggaccaagttgaagcaggaagtatagagagagttcatttcatcaaacttgttaacaaggttcaag 26428446  T
Q  1806 ctttctttgtctaaattcaataaatgtgcaaccatctcctgaagtgatccttcaagattgtttattttctgaagtgacgtaccaagcttttcagcaagat 1905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26428447 ctttctttgtctaaattcaataaatgtgcagccatctcctgaagtgatccttcaagattgtttattttctgaagtgacgtgccaagcttttcagcaagat 26428546  T
Q  1906 cagcattgcacaattgcagatcacttttttctttatccaatttctgttcac 1956  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26428547 cagcattgcacaattgcagatcacttttttctttatccaatttctgttcac 26428597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University