View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12113_low_2 (Length: 912)

Name: NF12113_low_2
Description: NF12113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12113_low_2
NF12113_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (287-912)||(41768852-41769490)
chr8 (6-183)||(41768557-41768734)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (287-910)||(35600676-35601303)
chr4 (19-183)||(35601421-35601585)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (287-911)||(13647315-13647966)
chr2 (19-183)||(13647033-13647197)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (287-911)||(47737207-47737858)
chr7 (19-183)||(47737976-47738140)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 287 - 912
Target Start/End: Original strand, 41768852 - 41769490
Alignment:
Q  287 ttggtttggtttgataaaatgtgatgttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattagg-aaagcataaata 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||    
T  41768852 ttggtttggtttgataaaatgtgatgttatgaattaaatttagttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattttataaagcataaata 41768951  T
Q  386 ttttacattaataatagacgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcgtagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggt 485  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41768952 ttttacattaataatagatgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcatagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggt 41769051  T
Q  486 gtaacctataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatatttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccat 585  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||| ||||||||    
T  41769052 gtaacccataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatatttaaccacttaatacttaaccaaaagggtatgcataattccat 41769151  T
Q  586 tcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagacatgatccaagctttg 685  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41769152 tcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagacatgatccaagctttg 41769251  T
Q  686 cctctgggacaactttgatagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatcttctttcatggtcc 785  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41769252 cctctgggacaactttgacagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatcttctttcctggtcc 41769351  T
Q  786 cttcttgttagcattagttctccaaacattcctacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt------------tgcttgt 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||    
T  41769352 cttcttgttagcattagttctccaaacattcctacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgcttgtcttggtgcttgt 41769451  T
Q  874 gttggtgtaacagatggtttgggtggaacagattttagc 912  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41769452 gttggtgcaacagatggtttgggtggaacagattttagc 41769490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 41768557 - 41768734
Alignment:
Q  6 gcagaacctgtgtagggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaattttactggttgaagttgtttgtta 105  Q
    |||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41768557 gcagaaactttgcagggaatgtgggacgagaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaattttactggttgaagttgtttgtta 41768656  T
Q  106 tagttagctgggtgttctttgtggtatgctatgcaaagaagtagtgaattaagtggagaagttggaatatgattagta 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41768657 tagttagctgggtgttctttgtggtatgctatgcaaagaagtagtgaattaagtggaaaagttggaatatgattagta 41768734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 287 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 35601303 - 35600676
Alignment:
Q  287 ttggtttggtttgataaaa-tgtgatgttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaata 385  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35601303 ttggtttggtttgataaaaatgtgatcttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaata 35601204  T
Q  386 ttttacattaataatagacgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcgtagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggt 485  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35601203 ttttacattaataatagatgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcatagacaagaattacaaccaaaatacttaactaggatacttaaagggt 35601104  T
Q  486 gtaacctataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatatttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccat 585  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||         ||||||| |||||||||||||||||    
T  35601103 gtaacccataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatacttaaacaca---------accaaaaggctaggcagaattccat 35601013  T
Q  586 tcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagacatgatccaagctttg 685  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35601012 tcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttctctaaggaggcctagacatgatccaagctttg 35600913  T
Q  686 cctctgggacaactttgatagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatcttctttcatggtcc 785  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35600912 cctctgggacaactttgacagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcatctatatcaattgggtcatccatcttctttcctggtcc 35600813  T
Q  786 cttcttgttagcattagttctccaaacattcctacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgc------------ttgt 873  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||    
T  35600812 cttcttgttagcattagttctcaaaacattcctaccacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgcttgtcttggtgcttgt 35600713  T
Q  874 gttggtgtaacagatggtttgggtggaacagatttta 910  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600712 gttggtgcaacagatggtttgggtggaacagatttta 35600676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 35601585 - 35601421
Alignment:
Q  19 agggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaattttactggttgaagttgtttgttatagttagctgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  35601585 agggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaatttgactggttgaagttgtttgttatagttagtttggt 35601486  T
Q  119 gttctttgtggtatgctatgcaaagaagtagtgaattaagtggagaagttggaatatgattagta 183  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35601485 gttctttgtggtatgttatgcaaagaagtagtgagttaagtggagaagttggaatatgattagta 35601421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 287 - 911
Target Start/End: Original strand, 13647315 - 13647966
Alignment:
Q  287 ttggtttggtttgataaaatgtgatgttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaatat 386  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647315 ttggtttggtttaatgaaatgtgatcttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaatat 13647414  T
Q  387 tttacattaataatagacgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcgtagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggtg 486  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  13647415 tttacatcaataataaatgatgtcaacatagaaattgttcataacttgtgcataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtg 13647514  T
Q  487 taacctataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatattt---------------aaccacataatacttaaccaaaatgct 571  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  13647515 taacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattacaaccaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgct 13647614  T
Q  572 aggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagaca 671  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  13647615 aggcaaaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaattaaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctaaaaa 13647714  T
Q  672 tgatccaagctttgcctctgggacaactttgatagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatc 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||     
T  13647715 tgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcttcaactatatgaattgggtcatccata 13647814  T
Q  772 ttctttcatggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcctacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt----- 866  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||         
T  13647815 ttctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcctaccacttctcctcactttacctaagccatgcttcttaccttctgactttgatt 13647914  T
Q  867 -------tgcttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacagattttag 911  Q
           |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647915 gtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacagattttag 13647966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Original strand, 13647033 - 13647197
Alignment:
Q  19 agggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaattttactggttgaagttgtttgttatagttagctgggt 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647033 agggaatgtgggacgagaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaatttgactggttgaagttgtttgttatagttagctgggt 13647132  T
Q  119 gttctttgtggtatgctatgcaaagaagtagtgaattaagtggagaagttggaatatgattagta 183  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13647133 gttctttgtggtatgttatgcaaagaagtagtgagttaagtggagaagttggaataggattagta 13647197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 287 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 47737858 - 47737207
Alignment:
Q  287 ttggtttggtttgataaaatgtgatgttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaatat 386  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737858 ttggtttggtttaatgaaatgtgatcttatgaattaaatttgtttgtgattgaacctgttgacatacatacatcatatggaattaggaaagcataaatat 47737759  T
Q  387 tttacattaataatagacgatgtcaacatagaacttgttcataacttgtgcgtagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggtg 486  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  47737758 tttacatcaataatatatgatgtcaacatagaatttgttcataacttgtgcataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtg 47737659  T
Q  487 taacctataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattacaaccaaaatattt---------------aaccacataatacttaaccaaaatgct 571  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  47737658 taacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattacaaccaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgct 47737559  T
Q  572 aggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaactaattaaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagaca 671  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  47737558 aggcaaaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaattaaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctatata 47737459  T
Q  672 tgatccaagctttgcctctgggacaactttgatagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatc 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||     
T  47737458 tgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtctccttctgagcatcagcattacaatcttcatctatatgaattgggtcatccata 47737359  T
Q  772 ttctttcatggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcctacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt----- 866  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||         
T  47737358 ttctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcctaccacttctcctcactttacctaagccatgcttcttaccttctgactttgatt 47737259  T
Q  867 -------tgcttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacagattttag 911  Q
           |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737258 gtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacagattttag 47737207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 47738140 - 47737976
Alignment:
Q  19 agggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaattttactggttgaagttgtttgttatagttagctgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47738140 agggaatgtgggacgggaagaaagaaaaaatgaagatgaaattggtgcaacaaaagaagaaatttgactggttgaagttgtttgttatagttagctgggt 47738041  T
Q  119 gttctttgtggtatgctatgcaaagaagtagtgaattaagtggagaagttggaatatgattagta 183  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47738040 gttctttgtggtatgttatgcaaagaagtagtgagttaagtggagaagttggaataggattagta 47737976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University