View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12113_low_3 (Length: 830)

Name: NF12113_low_3
Description: NF12113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12113_low_3
NF12113_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-824)||(40221407-40222212)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 782; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 782; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 40222212 - 40221407
Alignment:
Q  19 actatgtactggatacagtggtatgattatgattcattgcttacatttttataaatttgtgttttatgctaacagggttcgatatctattagcatgagat 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40222212 actatgtactggctacagtggtatgattatgattcattgcttacatttttgtaaatttgtggtttatgctaacagggttcgatatctattagcatgagat 40222113  T
Q  119 tgtaccataccacattctgcttcgtttgcactcacttggcctctggagagaaatgtggtgacgagttgcgtcgaaacttggacatcgcggaaatcatcaa 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40222112 tgtaccaaaccacattctgcttcgtttgcactcacttggcctctggagagaaatgtggtgacgagttgcgtcgaaacttggacatcgcggaaatcatcaa 40222013  T
Q  219 gagaactaaattttctcactcacttggtatactagaacatgagtaagtcctatgaataatgattccaaatttctaattatttaatatctacacactctta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40222012 gagaactaaattttctcactcacttggtatactagaacatgagtaagtcctatgaataatgattccaaatttctaattatttaatatctacacactctta 40221913  T
Q  319 attaatttggtatatgtgcagtaacattatttggttgggggatttgaattatagacttgccgctggttacgatgaaattcatgagctactaaaaaataat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40221912 attaatttggtatatgtgcagtaacattatttggttgggggatttgaattatagacttgccgctggttacgatgaaattcatgagctactaaaaaacaat 40221813  T
Q  419 aacttgaaggcgttactagagaaagatcaactaaggatggagcagaatgctggacgaatatttgaaggttggaatgaagggagcatatactttgctccta 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40221812 aacttgaaggcgttactagagaaagatcaactaaggatggagcagaatgctggacgaatatttgaaggttggaatgaagggagcatatactttgctccta 40221713  T
Q  519 cttacaaatacttgatgaattctgaccaatatgttgctcaaacttgcaaatcaaaggaaaaacgacgcactcctgcttggtatgatttttatgattcaac 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40221712 cttacaaatacttgatgaattctgaccaatatgttgctcaaacttgcaaatcaaaggaaaaacgacgcactcctgcttggtatgatttttatgattcaac 40221613  T
Q  619 tcacattacgaaagctattaaaatttgatatcttttaattaatattttttggttgctgaaggtgtgatagaattctatggaaaggagaaggactaaatca 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40221612 tcacattacgaaagctattaaaatttgatatcttttaattaatattttttggttgctgaaggtgtgatagaattctatggaaaggagaaggactaaatca 40221513  T
Q  719 gaaaatgtatgttagaggagagtcaaaattctctgaccatagaccagtgtattctctattcacagcacaagtggacatgacaaacaagaatctcacaggt 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40221512 gaaaatgtatgttagaggagagtcaaaattctctgaccatagaccagtgtattctctattcacagcacaagtggacatgacaaacaagaatctcacacgt 40221413  T
Q  819 tctgct 824  Q
    ||||||    
T  40221412 tctgct 40221407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University