View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12115_low_1 (Length: 831)

Name: NF12115_low_1
Description: NF12115
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12115_low_1
NF12115_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (9-831)||(41169527-41170349)
chr1 (779-831)||(41170350-41170402)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 831
Target Start/End: Original strand, 41169527 - 41170349
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggcagacagtgatggttgccaaagactaaaaagtaggacgaaaacag--ggcatcaaacaacagaactgtatatttttgaagcttaacag 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41169527 cagaaactgtggcagacagtgatggttgccaaagactaaaaagtaggacgaaaacagatggcatcaaacaacagaactgtatatttttgaagcttaacgg 41169626  T
Q  107 aagaataagaatgggattaggtcatggggagttgtactggcaatttccatgttgaaatcacatatttttcaacccccggaaaaagttgacttaaaggatt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41169627 aagaataagaatgggattaggtcatggggagttgtactggtgatttccatgttgaaatcacat--ttttcaacccccggaaaaagttgacttaaaggatt 41169724  T
Q  207 tgttgcaaaaggaagggatggaagaaacattatattttactgataagaagttcttaagatataatacataccagatacaaagcattggcatttataattg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41169725 tgttgcaaaaggaagggatggaagaaacattatattttactgataagaagttcttaagatataatacatatcagatacaaaacattggcatttataattg 41169824  T
Q  307 ttggaagttttccttaattgcaggccacttccagccgccttaattgcggttactttagactgccattatcgcagcctccagcacctttgtgctagatatg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41169825 ttggaagttttccttaattgcaggcctcttccagccgccttaattgcggttactttagacttccattatcgcagcctccagcacctttgtgctagatatg 41169924  T
Q  407 gcctaagtagtgtgtaaggtttggatatttctcatcttacaaaccga-nnnnnnngagaatgagttaggccttaagcctaaattctctatacgatagtaa 505  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41169925 gcctaagtagtgcgtaaggtttggatatttctcatcttacaaaccgattttttttgagaatgagttaggctttaagcctaaattctctatacgatagtaa 41170024  T
Q  506 tctacgccaagcataactaacataacctaatgcagtacgattaataaaatacctaggctccaaaacatgaataactaggctccttacagaagcctaaatt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41170025 tctacgccaagcataactaacataacctaatgcagtacgattaataaaatatctaggctccaaaacatgaataactaggctccttacagaagcctaaatc 41170124  T
Q  606 ctcacctattctcaaaaccagattttctctatagaaatctctaatgcttaaatccaacgcacactatggcagcatactggaatgatgagaaaggggaagt 705  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41170125 ctcacctattctcaaaaccaga-tttctctatagaaatctctaatgcttaaatccaacttacactatggcagcatactggaatgatgagaaaggggaagt 41170223  T
Q  706 catcttatgcgattccgttgacatatcaatagcagttgccaccgagaaggtaattgatggttgtttaacagtcattttacaaaatactcaatccttttgt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41170224 catcttatgcgattccgttgacatatcaatagcagttgccaccgagaaggtaattgatggttgtttaacagtcattttacaaaatactcaatccttttgt 41170323  T
Q  806 gtggctatagggcttgatgactccaa 831  Q
    |||| |||||||||||||||||||||    
T  41170324 gtggatatagggcttgatgactccaa 41170349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 779 - 831
Target Start/End: Original strand, 41170350 - 41170402
Alignment:
Q  779 attttacaaaatactcaatccttttgtgtggctatagggcttgatgactccaa 831  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41170350 attttacaaaatactcgatccttttgtgtggctatagggcttgatgactccaa 41170402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University