View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12117_low_5 (Length: 340)

Name: NF12117_low_5
Description: NF12117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12117_low_5
NF12117_low_5
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (11-321)||(45034224-45034534)
chr3 (11-321)||(52560639-52560950)
chr3 (15-321)||(48164365-48164667)
chr3 (29-321)||(18907769-18908061)
chr3 (12-259)||(180639-180886)
chr3 (29-321)||(18943260-18943552)
chr3 (11-311)||(38110692-38110992)
chr3 (11-321)||(8739-9049)
chr3 (43-321)||(55150420-55150698)
chr3 (14-118)||(13826776-13826880)
chr3 (269-321)||(178083-178135)
chr3 (268-321)||(13826572-13826626)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (11-321)||(5619870-5620180)
chr6 (43-321)||(33522575-33522853)
chr6 (43-321)||(19269015-19269293)
chr6 (235-321)||(33523212-33523298)
chr6 (259-321)||(2946035-2946097)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (11-321)||(26391194-26391504)
chr2 (36-321)||(2120113-2120398)
chr2 (32-321)||(2776719-2777008)
chr2 (11-321)||(4174351-4174649)
chr2 (23-321)||(40613112-40613410)
chr2 (43-321)||(695000-695276)
chr2 (43-321)||(31501397-31501675)
chr2 (165-321)||(34458221-34458377)
chr2 (32-124)||(28652230-28652322)
chr2 (11-105)||(21833034-21833128)
chr2 (225-321)||(19508351-19508447)
chr2 (14-97)||(20723177-20723260)
chr2 (23-113)||(29901825-29901915)
chr2 (235-321)||(29902025-29902111)
chr2 (242-321)||(26172511-26172590)
chr2 (235-321)||(21833258-21833344)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (11-321)||(15291849-15292160)
chr1 (14-320)||(46192554-46192860)
chr1 (59-321)||(42056010-42056272)
chr1 (43-321)||(50914462-50914740)
chr1 (29-321)||(31387098-31387390)
chr1 (43-321)||(42463883-42464161)
chr1 (43-321)||(4912196-4912474)
chr1 (29-321)||(18242523-18242815)
chr1 (47-321)||(27106286-27106559)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (12-321)||(41963882-41964192)
chr7 (29-321)||(46526677-46526969)
chr7 (32-321)||(10554185-10554470)
chr7 (29-250)||(6321178-6321399)
chr7 (184-321)||(42013861-42013997)
chr7 (23-112)||(28507870-28507959)
chr7 (24-112)||(11405552-11405640)
chr7 (52-112)||(3939521-3939581)
chr7 (259-319)||(3939728-3939788)
chr7 (246-298)||(28507684-28507736)
chr7 (275-321)||(6273115-6273161)
chr7 (67-112)||(11382182-11382227)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (11-321)||(23066802-23067111)
chr5 (32-321)||(37980521-37980810)
chr5 (99-321)||(7262576-7262797)
chr5 (14-204)||(9039270-9039460)
chr5 (140-321)||(19876262-19876442)
chr5 (163-321)||(10825977-10826135)
chr5 (11-97)||(19876171-19876257)
chr5 (11-105)||(7253087-7253181)
chr5 (238-321)||(24169323-24169406)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (11-321)||(12025145-12025454)
chr4 (11-296)||(39389081-39389361)
chr4 (149-321)||(54602810-54602982)
chr4 (23-109)||(16357903-16357989)
chr4 (29-88)||(54602996-54603055)
chr4 (266-322)||(16347334-16347390)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (11-321)||(42096027-42096337)
chr8 (29-321)||(41269429-41269721)
chr8 (32-321)||(8317302-8317591)
chr8 (43-321)||(44116179-44116457)
chr8 (235-321)||(20477879-20477965)
chr8 (16-100)||(23713984-23714068)
chr8 (25-97)||(2870684-2870755)
[»] scaffold0079 (2 HSPs)
scaffold0079 (23-109)||(22749-22835)
scaffold0079 (266-322)||(45471-45527)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (14-97)||(27006-27089)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (23-112)||(63206-63295)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (43-78)||(18699-18734)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (43-78)||(54110-54145)
[»] scaffold0751 (1 HSPs)
scaffold0751 (128-240)||(1798-1910)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 45034224 - 45034534
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45034224 cacagagagatacacccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctgagcgggtaaaga 45034323  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45034324 ggcagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatccgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 45034423  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  45034424 gttcttcattgctcggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctagctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 45034523  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  45034524 cctgatgaagg 45034534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 52560639 - 52560950
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  52560639 cacagagagatacgccctttttagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaaga 52560738  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcattt-gctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgt 209  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||| | |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52560739 ggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccatcatatgtcgctcaggtgcctacacattttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcaggtgt 52560838  T
Q  210 ggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccc 309  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  52560839 ggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccc 52560938  T
Q  310 acctgatgaagg 321  Q
    ||||||||||||    
T  52560939 acctgatgaagg 52560950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 15 - 321
Target Start/End: Original strand, 48164365 - 48164667
Alignment:
Q  15 gagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  48164365 gagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagatgatgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggca 48164464  T
Q  115 gcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttc 214  Q
    |||||||||||| || ||||||||    ||||| |||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  48164465 gcttttctatgtacaagatgttcc----catctatcatatgtcgctcaggtgcctacgcattcgctgaccaccgtgccgcaaaacgctcaggtgtggttc 48164560  T
Q  215 ttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctg 314  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48164561 ttcactgcttggggagatgcgtgtgagagatcatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtataccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctg 48164660  T
Q  315 atgaagg 321  Q
    |||||||    
T  48164661 atgaagg 48164667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Original strand, 18907769 - 18908061
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||      
T  18907769 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcaacttttttatgtat 18907868  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||   || |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||| ||||    
T  18907869 aggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttctttactgcttgggg 18907968  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18907969 agatgtgtgtgagataccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 18908061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 12 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 180886 - 180639
Alignment:
Q  12 acagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagag 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  180886 acagagggatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagag 180787  T
Q  112 gtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtgg 211  Q
    | | ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||    
T  180786 gcaacttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcagttgctgaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtgg 180687  T
Q  212 ttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtg 259  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  180686 ttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagaaaccatggcatcatgtg 180639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 18943552 - 18943260
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |    
T  18943552 tttcagcctattgtcgcttactcgagatggctgatgtgtgggatggagagggtgtaccgtcatttacctaagcgggtaaagaggaagcttttttatgtac 18943453  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||   || ||||||||| |||| ||||||||   ||||| |||||||||| ||||    
T  18943452 aggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgttgcaaaacgctcatgcgtggtacttcactgcttgggg 18943353  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18943352 agatgcgtgtaagagaccatggcatcatgcgcctagctagatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 18943260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 11 - 311
Target Start/End: Original strand, 38110692 - 38110992
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| || |||||||||    
T  38110692 cacaaagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggttgatgtgcgggaaggatatgatgtaccgtcatttacctgagtgggtaaaga 38110791  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    |  ||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||   |||    
T  38110792 gacagcttttctatgtacatgatgttcccagacatccgtcatctatcgttcagatgcctacgcatttgctaaccactgtgctgcaaaacgctcaagcgtg 38110891  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| || ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  38110892 gttcttcactgcttggagagatgcttgtgagaaaccatggcatcatgagcctggctacaaggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 38110991  T
Q  311 c 311  Q
    |    
T  38110992 c 38110992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 8739 - 9049
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||| |   ||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8739 cacagagaggtgcgcccatttcagcttctgtgcacttactcggaatgggtgatgtgcaggaaggatagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaaga 8838  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||| ||||||| |||||  |||| ||||||||| ||  | || ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||| ||  | ||||||| | |||    
T  8839 ggcagcttgtctatgtacaggacattcccagacatctgccagatgtccctcaggtgcatacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcacacgtg 8938  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8939 gttattcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatgacttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 9038  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  9039 cctgatgaagg 9049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Original strand, 55150420 - 55150698
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||  || | | || ||| || || ||||| |||    
T  55150420 cacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtatcgttatttacatgagcgggtaaagagacagttatcctttgtacatgacgttcccaga 55150519  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||  | || |||  ||||||| ||| ||||||||||| ||| ||  | ||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  55150520 catccgtcagatgtccctcaagtgcctaggcaattgctgaccactgtgttgatggacgctcagacgtggttattcactgcttgaggagatgcgtgtgaga 55150619  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55150620 gaccatgatatcatgcgcctggttacatggcttggtatgccaaattctcccaccctcgtattctcccacctgatgaagg 55150698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 13826880 - 13826776
Alignment:
Q  14 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggt 113  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||| || |||||||    
T  13826880 agagagatgcacccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgagaaggagaggatgtaccgtcatttacctgagcgagttaagaggt 13826781  T
Q  114 agctt 118  Q
    |||||    
T  13826780 agctt 13826776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 178135 - 178083
Alignment:
Q  269 atggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  178135 atggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacgtgatgaagg 178083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 268 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 13826626 - 13826572
Alignment:
Q  268 catggcttgg-tatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  13826626 catggcttgggtatgccaaagtctctcaccctcggattatcccacctgatgaagg 13826572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 5619870 - 5620180
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  5619870 cacagagagatacatccttttcagcttattgtcacttactcggaatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagtgggtaaaga 5619969  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || | ||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  5619970 ggcatcttttctatgtacatgatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcagatgcctacgcattcgctgaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtg 5620069  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  5620070 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatgtcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 5620169  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  5620170 cctgatgaagg 5620180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 33522853 - 33522575
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||| || ||| | ||| ||||| |||    
T  33522853 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggataaggtgtaccgtcatttaacttagcgggtaaagaggcagttttcctttgtaccggacgttcctaga 33522754  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||||||||| | |||||| | ||| || ||| ||| ||||||| ||  ||||  ||||||||    |||||| |  || | | | | ||| ||||||||    
T  33522753 catctgtcatatgtcgctcagatgcatatgcagttgatgaccactgtattgcaagacgctcaggctcggttctaccttgattgagtacatgggtgtgaga 33522654  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
     |||||| |||||||  |||  ||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  33522653 aaccatggcatcatgaccctgactacatggcttgtaatgccaaagtctcttaccctcgtattctctcacctgctgaagg 33522575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19269293 - 19269015
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||   | ||| || || ||||| | |    
T  19269293 cacttactcgggatggatgatgtgcaggaatgagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtatagaggcagtttgagtttgtacaagacgttcccata 19269194  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||||| | |||| | |||||||| | ||||| | ||| ||| |||   |||||||  ||||||||| | ||| | ||| | ||  |||| |||    
T  19269193 catccgtcatctgtagctcagatgcctacgtagttgctaaacactgtgttgctagacgctcaagtgtggttctaccctgattgggtacataggtgttaga 19269094  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    || ||||  | ||||  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  19269093 gagcatggaagcatgatcatggctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcctacctgatgaagg 19269015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 235 - 321
Target Start/End: Original strand, 33523212 - 33523298
Alignment:
Q  235 gtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33523212 gtgtgagaaaccatgacatcatgaccctagctacatggcttgctatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 33523298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 321
Target Start/End: Original strand, 2946035 - 2946097
Alignment:
Q  259 gcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||| ||| |||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2946035 gccttgctgcatgacttggtatgtcaaagtctctcaccatcgtattctcccacctgatgaagg 2946097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 26391194 - 26391504
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26391194 cacagagagatacgccattctcagcttattgtcacttactcgggatggctagtgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaaga 26391293  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |   |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||  |||    
T  26391294 ggcagcttttctatgtacaggatgttcctagacatccgtcatctgtcgcgcatatgcctacgcatttgttgaccaccgtgctgcaaaacgatcaggcgtg 26391393  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  26391394 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 26391493  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  26391494 cctgatgaagg 26391504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 36 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 2120398 - 2120113
Alignment:
Q  36 ttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgt 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||    
T  2120398 ttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagcttttctatatacaggatgt 2120299  T
Q  136 tccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtg 235  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||   || |||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  2120298 tcccagacatctgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccgtgctgtaaaacgctaaggtgtggttcttcactgcttggggagatgcg 2120199  T
Q  236 tgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  2120198 tgtgagagaccatgacatcatgcttctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccctcctgataaagg 2120113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 32 - 321
Target Start/End: Original strand, 2776719 - 2777008
Alignment:
Q  32 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcagg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||    
T  2776719 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggaaagggtgtatcgtcatttacctgagcgggtaaagagacatcttttctatgtacagg 2776818  T
Q  132 atgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggaga 231  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||   || |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  ||||||    
T  2776819 atgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacacataatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttagggaga 2776918  T
Q  232 tgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    || ||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2776919 tgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcctggctacatggcttggtatgacaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 2777008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 4174351 - 4174649
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  4174351 cacagagagatacatctttttcagcttattgtcacttacttgggatgagtgatgtgtgggaaggagatggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaaga 4174450  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||            |||||||||| |||||||||||    
T  4174451 ggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatt------------tgctgcagaatgctcagatgtg 4174538  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4174539 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatgacatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcctattctccca 4174638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 23 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 40613410 - 40613112
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgt-cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttc 121  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||| || |||||    
T  40613410 cgcccttttcagctt-ttgtgcacttactcgggatggctgatgttcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacgtgagcgtgtaaagaggcagtttttc 40613312  T
Q  122 tatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactg 221  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||| ||||||||| | |||    
T  40613311 tttgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcagatgcctacgcagttgctgaccactgtgttgcaaaatgctcaggtgtggttctaccctg 40613212  T
Q  222 ctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
     | ||| | ||| |||||||| || ||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40613211 attgggtacatgggtgtgagaaacaatggcatcatgaccctaactacatggtttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 40613112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 695276 - 695000
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |  |||||||  |||    
T  695276 cacttactcgggatgactgatgtgcgg-aaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagatagtttttctatgtacgtgatgttctcaga 695178  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||  | || |||   |||||| ||| |||||||||||  || |||| |||||||||  |||||| | ||||| | ||||| ||| ||||||||    
T  695177 catccgtcagatgtcactcaaatgcctatgcagttgctgaccactatgttgcaaaacgctcaggcgtggttgtacactgattggggaaatgggtgtgaga 695078  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
     || ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  695077 aac-atggcatcatgagcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctctcacctgatgaagg 695000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 31501675 - 31501397
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  | | || ||| || || ||||| |||    
T  31501675 cacttactcgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtactgtcatttacctgagcgggtaaagaggcaattatcctttgtacaagacgttcccaga 31501576  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||  | || ||| |||||||||||| ||||||||||| |||  |  | |||||||   |||||| |||||||||  |||||| | ||||||||    
T  31501575 catccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgtcgatggacgctcaagcgtggttattcactgcttcgggagaagggtgtgaga 31501476  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    || |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31501475 gagcatgtcatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 31501397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 165 - 321
Target Start/End: Original strand, 34458221 - 34458377
Alignment:
Q  165 tgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctag 264  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||   |||||||| | ||  | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||      
T  34458221 tgcctacgcagttgctgaccactgtgttgcaaaacgctcatgcgtggttctacccttattggggacatgggtgtgagagaccatgacatcatgaccctga 34458320  T
Q  265 ctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34458321 ctacatggcttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 34458377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 124
Target Start/End: Original strand, 28652230 - 28652322
Alignment:
Q  32 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctat 124  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  28652230 cagcttattgtcacttactcgagatggctaatgtgcgggaaggagagggtgttgcgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagcttttctat 28652322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 105
Target Start/End: Original strand, 21833034 - 21833128
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggt 105  Q
    ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||  |||||||    
T  21833034 cacagagagatgcatccatttcagcttattgtcacttactcgggatggcttatgtgcgggaagaagagggtgtactgtcatttaccagagcgggt 21833128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 225 - 321
Target Start/End: Original strand, 19508351 - 19508447
Alignment:
Q  225 ggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| ||| || |||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19508351 ggggaaatgggtatgagagaccattgcatgatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcactctcgtattctcccacctgatgaagg 19508447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 97
Target Start/End: Original strand, 20723177 - 20723260
Alignment:
Q  14 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacct 97  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  20723177 agagaaatgcgcccttttcagcttattgtcacttactcgggataacttatgtgcgggaaggaaaaggtgtaccgtcatttacct 20723260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Original strand, 29901825 - 29901915
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggt 113  Q
    ||||||||||| ||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  29901825 cgcccttttcaccttctgtgcacttactcgggatggctgatgtgcgagaaggagaaggtgtatcgtcatttacctgagcgggtaaaaaggt 29901915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 235 - 321
Target Start/End: Original strand, 29902025 - 29902111
Alignment:
Q  235 gtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||| ||||| |||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  29902025 gtgtcagagagcatggcatcatgatcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcatattctaccacctgatgaagg 29902111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 321
Target Start/End: Original strand, 26172511 - 26172590
Alignment:
Q  242 agaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  26172511 agaccatggcatcacgagcctggctacatggcttggtattccaaagtctctcaccctcggattaacccacctgatgaagg 26172590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 321
Target Start/End: Original strand, 21833258 - 21833344
Alignment:
Q  235 gtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| ||||||||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  |||  |||||||||||||||    
T  21833258 gtgtgggagaccatggcaacatgagcctggatacatggcttggtatgccaaagtcactcaccgtcagattatcccacctgatgaagg 21833344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15292160 - 15291849
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  15292160 cacagagaaatacgccctttttagtttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaag- 15292062  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15292061 ggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgttgcagaacgctcaggtgtg 15291962  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtga--gagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccc 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||| || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  15291961 gttcttcactgcttggggagatgtgtgtgagagagaccatggcatcgtgcgcctggctacatgacttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcc 15291862  T
Q  309 cacctgatgaagg 321  Q
     |||| |||||||    
T  15291861 taccttatgaagg 15291849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 14 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 46192860 - 46192554
Alignment:
Q  14 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggt 113  Q
    ||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  46192860 agagaaatacaccattttaagcttattgtcacttactcgggatgactgatgtgcgggaagaagaggatgtaccgtcatttacctgagcgggaaaagaggt 46192761  T
Q  114 agcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggtt 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  | |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||||  ||||||    
T  46192760 agcttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcagatgtcgctcagatgcctacacatttgctgaccaccgtgctgcaagacactcaggcgtggtt 46192661  T
Q  214 cttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacct 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46192660 cttcactgcttggggagatgtgtgtgagaaaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacct 46192561  T
Q  314 gatgaag 320  Q
    |||||||    
T  46192560 gatgaag 46192554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 59 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 42056272 - 42056010
Alignment:
Q  59 ctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcg 158  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| | || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  42056272 ctgatgtgcgggaaggagaaggtgtatcgtcatttacatgagtgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatctgtcatctgtcg 42056173  T
Q  159 ctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgt 258  Q
    ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||     
T  42056172 ctcaggtgcctatgcatttgttgaccaccgtgctgcagaactctcagttgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgc 42056073  T
Q  259 gcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||| ||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42056072 gcctggctacatgatttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 42056010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Original strand, 50914462 - 50914740
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | | || ||| ||||| ||||| |||    
T  50914462 cacttacccgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagttatcctttgtacaggacgttcccaga 50914561  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||  | || |||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  50914562 catccgtcagatgtccctcaagtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagatgcgtgtgaga 50914661  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50914662 gaccatgacatcatgcacctagttacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 50914740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Original strand, 31387098 - 31387390
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| || | | || ||| |    
T  31387098 tttcagcttatgtgcacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgagtaaagaggcagttatcctttgtac 31387197  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    | || ||||| ||||||| ||||  | || |||  |||||||||||  |||| ||||| ||| ||  | ||||||||  |||||| ||||||||| ||||    
T  31387198 atgacgttcctagacatccgtcagatgtccctcatgtgcctacgcagatgctaaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttgggg 31387297  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31387298 agatgggtgtgagagaccatgacatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 31387390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 42464161 - 42463883
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || | | || |||  |||| ||||| |||    
T  42464161 cacttactcgggatggctcatgtgcgggaaggagatggtgtaccgtcatttacctgagtgggtaaagaggcagttatcctttgtataggacgttcccaga 42464062  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||| ||||  | || ||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | |||||||| ||||||| ||| || ||  |||||||| ||||||||    
T  42464061 catccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggtgtggttattccctacttagggagatgggtgtgaga 42463962  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42463961 gaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 42463883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 4912474 - 4912196
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  || | | || ||| ||  | |||||||||    
T  4912474 cacttactcaggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagagacagttatcctttgtacataacgttccgaga 4912375  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    |||||||||  | || ||| ||||||| || | ||||||||||| ||| ||  | ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  4912374 catctgtcagatgtccctcaggtgcctccgtagttgctgaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagatgggtgggaga 4912275  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||    
T  4912274 gaccatggcattatgcgcttggctacatggcttggtatgtcaaagtctctcaccctcgtattctcccatccgatgaagg 4912196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Original strand, 18242523 - 18242815
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    |||||||||||   |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  || | | || ||| |    
T  18242523 tttcagcttatgtgcacttacttgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtactgtcatttacctgagcgggtaaagagacagttatcctttgtac 18242622  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    | || ||||| ||||||| || |  | || ||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | |||||||    ||||| ||||||||||||||    
T  18242623 aagacgttcccagacatccgtaagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgtgttgatggacgctcatgcctggttattcactgctcgggg 18242722  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  18242723 agatgcgtgtgagatattatggcatcatgcgcctggttacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcctacctgatgaagg 18242815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 47 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 27106559 - 27106286
Alignment:
Q  47 tactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatc 146  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  || | | || ||| || || ||| | |||||||    
T  27106559 tactcgggatgactcatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgaacgggtaaagagc-agttatcctttgtacatgacgtttccagacatc 27106461  T
Q  147 tgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagacc 246  Q
     |||   | || ||| |||||||||||  ||||||| ||| ||| ||  | ||||||||  |||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  27106460 cgtcggatgtccctcaggtgcctacgcgattgctgatcactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttgaggagatgggtgtgagagacc 27106361  T
Q  247 atgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  27106360 atggcatcatgcgccttgctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcccatctgataaagg 27106286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 12 - 321
Target Start/End: Original strand, 41963882 - 41964192
Alignment:
Q  12 acagagagatacgccctttt-cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41963882 acagagagatacgttctttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcaggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaaga 41963981  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41963982 ggtagtgtttctatgtacaggatgttcacagacatctgtcatctgtcgctcaggtgcctacacatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcaggtgtg 41964081  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||    
T  41964082 gttcttcactacttggggagatgcgtgtgagagacaatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctcacaccctcgtattctacca 41964181  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||| ||||||    
T  41964182 cctggtgaagg 41964192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 46526969 - 46526677
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||| | | ||||||||||| |    
T  46526969 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggatatggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagatgcaacttttctatgtac 46526870  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    | |||||| | ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||   || || ||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||| ||||    
T  46526869 aagatgtttccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcacaaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtggttctttactgcttgggg 46526770  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46526769 agatgcgtgtgagagaccatggcatcatgtgcctggctacatggtttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 46526677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 32 - 321
Target Start/End: Original strand, 10554185 - 10554470
Alignment:
Q  32 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcagg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||  |||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  10554185 cagcttattgtcacttactcgggatggctggtgtgcgggaaggagagggtgtaccgt----tacccgagcgggtaaagaggcaacttttctatgtacaag 10554280  T
Q  132 atgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggaga 231  Q
    ||||||| |||||||  |||||| |||||  ||||||||| |||   || |||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  10554281 atgttcccagacatccttcatctgtcgctaaggtgcctacacatgatctcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcatggttcttcactgcttggggaga 10554380  T
Q  232 tgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    || |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  10554381 tgcgtgtgagagaccatgacatcatgctcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaacctcgtattctccgacctgatgaagg 10554470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 29 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6321399 - 6321178
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||| | ||||||||||| |    
T  6321399 tttcagcttattgtcacgtactcgggatggctgatgtgcgagaaggagagggtgtaccgtcatttacctgaacaggtaaagaggcaccttttctatgtac 6321300  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||   || |||||| ||||||| ||||||| |   ||||||||||||||| ||||    
T  6321299 aagatgttcccagacatctgtcatctgtcgctaaggtgcctacgcatgatctcaccaccatgctgcaaaacgctcggccatggttcttcactgcttgggg 6321200  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatga 250  Q
    ||||| ||||||||| ||||||    
T  6321199 agatgcgtgtgagagtccatga 6321178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 184 - 321
Target Start/End: Original strand, 42013861 - 42013997
Alignment:
Q  184 caccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgct 283  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  42013861 caccgtgctgcaaaacgctcagacgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgcc 42013960  T
Q  284 aaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  42013961 aaagtctctcacccttgtattctccc-cctgatgaagg 42013997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 28507959 - 28507870
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagagg 112  Q
    |||| ||||||| |||||  |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  28507959 cgccattttcagattatttgcacttactcaagatggctgatttgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctaagcgggtgaagagg 28507870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 11405640 - 11405552
Alignment:
Q  24 gcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagagg 112  Q
    |||||||||||||| |   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  11405640 gcccttttcagcttctgtgcacttactcgagatggctgatgtgcgggtaggagagggtgtaccgtcatttacctgagagggtaaagagg 11405552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 112
Target Start/End: Original strand, 3939521 - 3939581
Alignment:
Q  52 gggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagagg 112  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  3939521 gggatgactggtgtgcgggaaggagagggtgtatcgtcatttacctgagcgggttaagagg 3939581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 259 - 319
Target Start/End: Original strand, 3939728 - 3939788
Alignment:
Q  259 gcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaa 319  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||  |||||||||||||    
T  3939728 gcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctaggattatcccacctgatgaa 3939788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 246 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28507736 - 28507684
Alignment:
Q  246 catgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccct 298  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28507736 catgacaacatgagcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccct 28507684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6273161 - 6273115
Alignment:
Q  275 tggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6273161 tggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctggtgaagg 6273115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 11382227 - 11382182
Alignment:
Q  67 cgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagagg 112  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||    
T  11382227 cgggaaggagagggtgtatcgtcatttacctgagagggtaaagagg 11382182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 23066802 - 23067111
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  23066802 cacagagagatacacccttttaaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccatcatttacctgagcgggtaaaga 23066901  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  23066902 gccagcttttctatgtacaggatgttcacagacatccatcatctgtcgctcaagtgcctacgcatttgatgaccaccgtgttgcagaacgctcaggtgtg 23067001  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  23067002 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcttcatgcg-ctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctccca 23067100  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  23067101 cctgatgaagg 23067111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 32 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 37980810 - 37980521
Alignment:
Q  32 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcagg 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| || |    
T  37980810 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgagtaaagaggaagcttttctatgtacatg 37980711  T
Q  132 atgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggaga 231  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| || ||| ||||||||| |||   |  |||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  37980710 atgttcctagacatccgtcatctgtctctcaggtgcctacacatgatcccaccaccgtgctgcaaaaagctcaggcgtggttcttcactgcttggggaga 37980611  T
Q  232 tgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    || ||||||||||||||| |||||||  ||   |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37980610 tgcgtgtgagagaccatggcatcatgctcccgtctacatggcttggtctgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 37980521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 99 - 321
Target Start/End: Original strand, 7262576 - 7262797
Alignment:
Q  99 agcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaa 198  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7262576 agcgggtaaagaggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatttgtcatctgtcgctcagatgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcaaaa 7262675  T
Q  199 cgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccct 298  Q
    ||||||   |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  7262676 cgctcaagcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccttggcatcatgcgcctggctacat-gcttggtatgccaaagtctctcaccct 7262774  T
Q  299 cgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  7262775 cgtattcgcccacctgatgaagg 7262797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 9039460 - 9039270
Alignment:
Q  14 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  9039460 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcaggatgactgatgtgcgggaaggagagggggtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggc 9039361  T
Q  114 agcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctca 204  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||| || ||| |||||||||||||   ||  ||||||||||||| ||||||||    
T  9039360 agcttttctatgtacatgatgttcccagacatttgtcatctgtcactcaggtgcctacgcatgatctcgccaccgtgctgcaaaacgctca 9039270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 140 - 321
Target Start/End: Original strand, 19876262 - 19876442
Alignment:
Q  140 agacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtg 239  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19876262 agacatctgtcatctgtcactcaggtgcctatgcatttgctgaccaccgtattgcataacgctcaggtgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtg 19876361  T
Q  240 agagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  19876362 agagaccatggcatcatgcgcct-gctacatggcttggtatgccaaagtctctcacccttgtattctcccacctgatgaagg 19876442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 10826135 - 10825977
Alignment:
Q  163 ggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcct 262  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||  | || |||||  |||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10826135 ggtgcctacgcaattgctgaccactgtgttgatggacactcaggcgtggttattcactgcttggggagatgggtgtgaaagaccatgacatcatgcgcct 10826036  T
Q  263 agctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10826035 ggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 10825977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 97
Target Start/End: Original strand, 19876171 - 19876257
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacct 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19876171 cacagagagatacgcccttttcaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacct 19876257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 105
Target Start/End: Original strand, 7253087 - 7253181
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggt 105  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7253087 cacagagagatacgccatttttagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagggggtgtaccgtcatttacctgagcgggt 7253181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 321
Target Start/End: Original strand, 24169323 - 24169406
Alignment:
Q  238 tgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    |||||||| ||| |||||||  ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  24169323 tgagagactatggcatcatgctcctggctacatggtttgatatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgataaagg 24169406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 12025454 - 12025145
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  12025454 cacagagagatacgcccttttcaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaagaagagggtgtatcgtcatttacctgagcggataaaga 12025355  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||| || |||||||| | ||||| ||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  |||    
T  12025354 ggcagcttttctatgtacatgatgttcccaaacatccgtcatctgtcgctcagatgtctacgcatttgctgaccaccgtgttgcaaaacgcttaggcgtg 12025255  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  12025254 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcg-ctggctacatggtttggtatgcaaaagtctctcaccctcgtattctccca 12025156  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  12025155 cctgatgaagg 12025145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 39389361 - 39389081
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| | | ||||||||    
T  39389361 cacagagagatacacccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagaggatgtagcgtcatttacctgaacaggtaaaga 39389262  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  39389261 ggcagcttttctatgtacaggatgttcccagacatccgtcatctgtcgctcaggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaatgctcaggtgtg 39389162  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcacc 296  Q
    ||||||||    | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | || |||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  39389161 gttcttca----ttggggagatgtgcgtgagagaccatggcatcatgcgtct-gctaaatggcttggtatgccaaagtctctcacc 39389081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 149 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 54602982 - 54602810
Alignment:
Q  149 tcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccat 248  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||   || |||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  54602982 tcatctgtcgctcaggtgcctacgcatgatctcaccaccatgctgcaaaacgctcaggcgtggttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagagaccat 54602883  T
Q  249 gacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    | ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54602882 ggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctatcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 54602810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 16357989 - 16357903
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaag 109  Q
    |||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  16357989 cgcccttttcagcttatgtgcacttaatcgggatggctgatgtgcgggaaggagaaggtgtaccgtcatttacctaacggggtaaag 16357903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 54603055 - 54602996
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgt 88  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54603055 tttcagcttattgtgatttactcgggatggctgatgtgcgggaagaagagggtgtaccgt 54602996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16347390 - 16347334
Alignment:
Q  266 tacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaaggt 322  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16347390 tacatgtcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggt 16347334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 42096337 - 42096027
Alignment:
Q  11 cacagagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaaga 110  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  |||||||||||    
T  42096337 cacagagagatgcgccattttcagcttattgtcacttactcgggatgactgatgagcgggaaggagatggtataccgtcatttacctgtgcgggtaaaga 42096238  T
Q  111 ggtagcttttctatgtgcaggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtg 210  Q
    |||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||  |||    
T  42096237 ggtagcttttctatgtacaagatgttctcagacatccgtcatctgtcgctcagatgcttacgcatttgctgaccactgtgctgcaaaacgttaaggcgtg 42096138  T
Q  211 gttcttcactgctcggggagatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattccccca 310  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||    
T  42096137 gttcttcactgcttggggagatgcgtgtgagaatccatggcatcatgagcctggctatatggcttggtatgccaatgtctctcaccctcgtattctccca 42096038  T
Q  311 cctgatgaagg 321  Q
    |||||||||||    
T  42096037 cctgatgaagg 42096027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Original strand, 41269429 - 41269721
Alignment:
Q  29 tttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgc 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  41269429 tttcaacttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcggaaaggagatggtgtaacgtcatttatttgagcgggtaaagaggaggcttttctatgtac 41269528  T
Q  129 aggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcgggg 228  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||   || ||||| |||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||||    
T  41269529 aggatgttcccagacatccgtcatctgttgctcaggtgcctacgcatgatctcaccactgtgctgcaaaacgctcaggcatggttcttcactgcttgggg 41269628  T
Q  229 agatgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  41269629 agatgcgtgtgagagaccatggcatcatgcgcctgactacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctaatgaagg 41269721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 32 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8317591 - 8317302
Alignment:
Q  32 cagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcagg 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||| ||   ||||||||||||| || |    
T  8317591 cagcttattgtcactaactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtaaaccgtcatttacctgagcgggtaacgatacagcttttctatgtacaag 8317492  T
Q  132 atgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggaga 231  Q
    ||||||| ||||||| | ||||| |||||| ||||| |||  ||    | |||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||| |||||||    
T  8317491 atgttcccagacatccgccatctgtcgctcaggtgcttacagatgatatcaccaccgtgctgcaaaacgctcaggcgtgattcttcactgcttggggaga 8317392  T
Q  232 tgtgtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||    |||||||||||| |||||||  ||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8317391 tgctattgagagaccatggcatcatgctcctggctacatagcttggtatcccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 8317302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 44116457 - 44116179
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagaggtagcttttctatgtgcaggatgttccgaga 142  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | | || ||| ||||| ||||| |||    
T  44116457 cacttactcgggatggctcatgttcgggaaggagagggtgtaccgtcatttacctgagcgggtaaagaggcagttatcctttgtacaggacgttcccaga 44116358  T
Q  143 catctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggggagatgtgtgtgaga 242  Q
    ||||  |||  | || ||  |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||  | ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  44116357 catccatcagatgtcccttaggtgcctacgcagttgctaaccactgtgttgatggacgctcaggcgtggttattcactgcttggggagatgggtgagaga 44116258  T
Q  243 gaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||| ||||||  |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44116257 gaccatggcatcattcgcctggctacatgacttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 44116179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 235 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20477965 - 20477879
Alignment:
Q  235 gtgtgagagaccatgacatcatgtgcctagctacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaagg 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20477965 gtgtgagagaccatggcatcatgcgcctggctacatggcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaagg 20477879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 23714068 - 23713984
Alignment:
Q  16 agagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaag 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  23714068 agagatacgtcattttcagcttattgtcacttactcgggatgacttatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtcgtttacctaag 23713984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 2870755 - 2870684
Alignment:
Q  25 cccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacct 97  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||||    
T  2870755 cccttttcagcttattaacacttactcgggatggctgatacgcgggaagg-gatggtgtgccgtcatttacct 2870684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Original strand, 22749 - 22835
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaag 109  Q
    |||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  22749 cgcccttttcagcttatgtgcacttaatcgggatggctgatgtgcgggaaggagaaggtgtaccgtcatttacctaacggggtaaag 22835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 322
Target Start/End: Original strand, 45471 - 45527
Alignment:
Q  266 tacatggcttggtatgctaaagtctctcaccctcgtattcccccacctgatgaaggt 322  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45471 tacatgtcttggtatgccaaagtctctcaccctcgtattctcccacctgatgaaggt 45527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 97
Target Start/End: Original strand, 27006 - 27089
Alignment:
Q  14 agagagatacgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacct 97  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27006 agagaaatgcgcccttttcagcttattgtcacttactcgggataacttatgtgcgggaaggaaaaggtgtaccgtcatttacct 27089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 63295 - 63206
Alignment:
Q  23 cgcccttttcagcttattgtcacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagagggtgtaccgtaatttacctaagcgggtaaagagg 112  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| ||||||    
T  63295 cgcccttttcagattatttgcacttactcacgatggctgatgtgcaggaaggagatggtgtaccatcatttacctgagcgggtgaagagg 63206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 18734 - 18699
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagag 78  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18734 cacttactcgggatggctaatgtgcgggaaggagag 18699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 78
Target Start/End: Original strand, 54110 - 54145
Alignment:
Q  43 cacttactcgggatggctgatgtgcgggaaggagag 78  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  54110 cacttactcgggatggctaatgtgcgggaaggagag 54145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0751 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0751
Description:

Target: scaffold0751; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 1798 - 1910
Alignment:
Q  128 caggatgttccgagacatctgtcatctatcgctcgggtgcctacgcatttgctgaccaccgtgctgcagaacgctcagatgtggttcttcactgctcggg 227  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||  | || ||| |||||||||||| ||||||||||| | | ||  | ||||| ||  |||||| ||||||||| |||    
T  1798 caggacgttcccagacatccgtcagatgtccctcaggtgcctacgcagttgctgaccactgcgttgatggacgcttaggcgtggttattcactgcttggg 1897  T
Q  228 gagatgtgtgtga 240  Q
    |||||| ||||||    
T  1898 gagatgcgtgtga 1910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University