View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12121_low_14 (Length: 255)

Name: NF12121_low_14
Description: NF12121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12121_low_14
NF12121_low_14
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-229)||(8021213-8021426)
chr2 (59-195)||(22792281-22792417)
chr2 (59-131)||(22965811-22965883)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (19-227)||(28152035-28152242)
chr3 (19-227)||(27920590-27920797)
chr3 (19-227)||(27954559-27954766)
chr3 (24-227)||(30993721-30993923)
chr3 (19-227)||(11421610-11421814)
chr3 (19-227)||(8538653-8538860)
chr3 (19-215)||(27430520-27430715)
chr3 (19-203)||(17744048-17744231)
chr3 (19-203)||(19045368-19045551)
chr3 (19-227)||(28163032-28163239)
chr3 (19-227)||(18078769-18078976)
chr3 (88-227)||(28037895-28038034)
chr3 (19-227)||(28057568-28057775)
chr3 (19-227)||(28067993-28068200)
chr3 (19-125)||(28187144-28187249)
chr3 (88-229)||(28479461-28479602)
chr3 (88-229)||(28508644-28508785)
chr3 (44-132)||(27458389-27458477)
chr3 (88-152)||(26138821-26138885)
chr3 (88-227)||(26204229-26204365)
chr3 (27-173)||(27776978-27777123)
chr3 (88-125)||(26109937-26109974)
chr3 (88-203)||(28136724-28136839)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (19-227)||(2124-2328)
[»] scaffold0257 (1 HSPs)
scaffold0257 (19-203)||(19507-19690)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8021426 - 8021213
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatga---acccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8021426 gctcggctagacagttgtaggcataaccaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtca 8021327  T
Q  116 acaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgaga 215  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8021326 acagagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgaga 8021227  T
Q  216 aggttcccctgaga 229  Q
    ||||||||||||||    
T  8021226 aggttcccctgaga 8021213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 22792417 - 22792281
Alignment:
Q  59 tactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactag 158  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   | | |||| ||||| ||| || ||    
T  22792417 tactcagtgaagtgtcccttaaaagaactgatggatacttaacaaagaaatcagtcaacaaagacaagttctcgtaatccaaataattctcggagaccag 22792318  T
Q  159 attctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaactt 195  Q
     | ||||||||||| | ||||||| |||| |||||||    
T  22792317 ttgctcaagctcccatttgacaatacaaggagaactt 22792281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 22965883 - 22965811
Alignment:
Q  59 tactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctc 131  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  22965883 tactcagtgaagtgtcccttaaaagaactgatggatacttaacaaagaaatcagtcaacaaagacaagttctc 22965811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28152242 - 28152035
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28152242 gctctgctaggctgttgtaggcat-aacccttgtatctgctactcaatgaagtgtcccttagaagaactgaaggatgcttaacaaggaagtcagtcaaca 28152144  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28152143 aagacaatttctcaatagccaaatgattattggagactagattctcaagctccccggtgacaacaaaagaagaacttaaatcttcatctatttgagaagg 28152044  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     ||||||||    
T  28152043 gtcccctga 28152035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27920797 - 27920590
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27920797 gctcagctaggcagttgtaggaat-aacccttgtatctgctactcagtgaagtgtcccttagaagaactgaaggatgcttaacaaggaagtcagtcaaca 27920699  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||   |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  27920698 aagacaagttctcaatagccaaatgcttcttggagactagattctcaagctcctttgtcacaaccaaagatgaacttagatctttatctatttgagaagg 27920599  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     ||||||||    
T  27920598 gtcccctga 27920590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27954766 - 27954559
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27954766 gctcagctaggcagttgtaggaat-aacccttgtatctgctactccatgaagtgtcccttgtaagaaatgaaggatgcttaactaggaaatcagtcaaca 27954668  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | || ||| |||||||||||||||||||   || |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27954667 aagacaagttctcaatagccaaatgcttattggagattatattttcaagctcccttgtgacaaccaaataagaacttaaatctccatctatttgagaagg 27954568  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     ||||||||    
T  27954567 gtcccctga 27954559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30993923 - 30993721
Alignment:
Q  24 gctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagac 123  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||  |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||    
T  30993923 gctagacagttgtaggcat-aacccttatatctgttactcggtgaactgttccttagaagaattgaaggatgattaacaaggaaatccgtcaacaagtac 30993825  T
Q  124 aatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaaggttccc 223  Q
    || || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30993824 aagttatcaatagctaaatacttcttggagactagattctcaagctcccctgtgacaaccaaagaagaacttaaatcttcatctatttgagaagggtccc 30993725  T
Q  224 ctga 227  Q
    ||||    
T  30993724 ctga 30993721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11421814 - 11421610
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11421814 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgctactcaatgaagtgtcccttagaagaacagacggatgcttaacaaggaattcagtcaaca 11421716  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaag---ctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgaga 215  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||  ||||||      ||||||||| || |||||||    
T  11421715 aagacaagttctcaatagccaaatggttcttggaaactagattctcaagctcctcccttgtgacaacccaagaa------aaatcttcaactatttgaga 11421622  T
Q  216 aggttcccctga 227  Q
    ||| ||||||||    
T  11421621 agggtcccctga 11421610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Original strand, 8538653 - 8538860
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| | ||||| || | ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  8538653 gctcagctagacagttgtaggcat-aacccttgtatctgttacttagtgaagcgtccgttaaaagaattgaaggatggttaacaaggaaattggtcaaca 8538751  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    | ||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  8538752 aggacatgttatcaatagccaaatgattcttggagactagattttcaagctcccttgtgacaaccaaagaagaaattaaatcttcatctaattgagaagg 8538851  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     ||||||||    
T  8538852 gtcccctga 8538860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 27430520 - 27430715
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || | ||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27430520 gctcagctaggcagttgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagggtcctttaaatgaacagaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 27430618  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgaga 215  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||    |||| ||||| |||| ||||||| |||||||    
T  27430619 aagacaagttctcgatagccaaatgattcttggagactagattctcgagttcctttgtgacagccaaagacgaactaaaatattcatctatttgaga 27430715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 17744048 - 17744231
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  17744048 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtcctttaaaagaattgaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaaaa 17744146  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttc 203  Q
    ||||||| ||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |  |||||||||||  ||||||   |||||||||| ||||||||    
T  17744147 aagacaagttctcataatcgaaatgcttcttggagactagttgatcaagctccctcttgacaaacaaagaagaactgaaatcttc 17744231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 19045368 - 19045551
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  19045368 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtcctttaaaagaattgaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaaaa 19045466  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttc 203  Q
    ||||||| ||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |  |||||||||||  ||||||   |||||||||| ||||||||    
T  19045467 aagacaagttctcataatcgaaatgcttcttggagactagttgatcaagctccctcttgacaaacaaagaagaactgaaatcttc 19045551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28163239 - 28163032
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| |||||||| ||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||   ||| |||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28163239 gctccgctagacaattgtaggtat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtcgtttaaaagaaccaaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaaca 28163141  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgc-aagaagaacttaaatcttcatctctttgagaag 217  Q
    ||||||| || |||  | | ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||  |||| |||| |||||||||| ||||||||  || |||||||||    
T  28163140 aagacaagttatcataatcgaaatgcttcttggagactagttgctcaagctccctcttgac-atgcaaagaagaactgaaatcttctactttttgagaag 28163042  T
Q  218 gttcccctga 227  Q
    | ||||||||    
T  28163041 ggtcccctga 28163032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Original strand, 18078769 - 18078976
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | |||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  18078769 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtcctttaagagaactgaaggattcttaacaaagaaatcagtcaaca 18078867  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    |||| || ||||||  |   ||||  ||||  || ||||| |||||||||||||| | |||||   ||||||||||||||||||| ||| | |||||||     
T  18078868 aagaaaagttctcataattcaaatacttctcagagactagtttctcaagctccctcgcgacaagcaaagaagaacttaaatcttcttctatatgagaaga 18078967  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     ||||||||    
T  18078968 gtcccctga 18078976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 88 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28038034 - 28037895
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaag 187  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||  | ||||||   |||    
T  28038034 gaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaacaaagacaaattatcaatagccaaatgcttcttagagactagattctcaagttccgctttgacaaccaaag 28037935  T
Q  188 aagaacttaaatcttcatctctttgagaaggttcccctga 227  Q
    || |||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||||    
T  28037934 aataacttaaagctttttctatttgagaagggtcccctga 28037895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28057775 - 28057568
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | | | |||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  28057775 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtccttcaaacgaacagaaggatgtttaacaaagaaatcagtcaaca 28057677  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||  ||||||   |||||||||| ||||||||  || ||||||||||    
T  28057676 aagacacgttctcataatccaaatgcttcttggagagtagttgctcaagctccctcttgacaagcaaagaagaactgaaatcttctactttttgagaagg 28057577  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
      |||||||    
T  28057576 aacccctga 28057568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28068200 - 28067993
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | | | |||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  28068200 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtccttcaaacgaacagaaggatgtttaacaaagaaatcagtcaaca 28068102  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||  ||||||   |||||||||| ||||||||  || ||||||||||    
T  28068101 aagacacgttctcataatccaaatgcttcttggagagtagttgctcaagctccctcttgacaagcaaagaagaactgaaatcttctactttttgagaagg 28068002  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
      |||||||    
T  28068001 aacccctga 28067993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 28187249 - 28187144
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||   ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28187249 gctcagctaggcagttgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtcgtttaaaagaaccgaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaaca 28187151  T
Q  119 aagacaa 125  Q
    |||||||    
T  28187150 aagacaa 28187144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 229
Target Start/End: Original strand, 28479461 - 28479602
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaag 187  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  | | |||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||   |||    
T  28479461 gaaggattcctaacaaggaaagcagtcaacaaagacaagttctcacaatccaaatgattcttggagactagttcctcaagctcactcttgacaagcaaag 28479560  T
Q  188 aagaacttaaatcttcatctctttgagaaggttcccctgaga 229  Q
    ||||||||||||||||  |  |||||||||| || |||||||    
T  28479561 aagaacttaaatcttctacattttgagaagggtctcctgaga 28479602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 229
Target Start/End: Original strand, 28508644 - 28508785
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaag 187  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  | | |||| ||||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||   |||    
T  28508644 gaaggattcttaacaaggaaaacagtcaacaaagacaagttctcacaatccaaataattcttggagactagttgctcaagctcactcttgacaagcaaag 28508743  T
Q  188 aagaacttaaatcttcatctctttgagaaggttcccctgaga 229  Q
    ||||||||||||||||  |  |||||||||| || |||||||    
T  28508744 aagaacttaaatcttctacattttgagaagggtctcctgaga 28508785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 132
Target Start/End: Original strand, 27458389 - 27458477
Alignment:
Q  44 aacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctca 132  Q
    ||||||||||||   |||||| ||| |||| | ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27458389 aacccttgtatctattactcagtgatgtgtcctttaaaagaagtgaagggtgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaagttctca 27458477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 152
Target Start/End: Original strand, 26138821 - 26138885
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttgga 152  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||  | | ||||||||||||||    
T  26138821 gaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaacaaagacaaattcccacaatccaaatgattcttgga 26138885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 227
Target Start/End: Original strand, 26204229 - 26204365
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaag 187  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||  | | |||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||| |||||| |||      
T  26204229 gaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaacaaagaaaaatttccacaatccaaatgattcttggagattagttgctcaagctcacttttgacaa-gca-- 26204325  T
Q  188 aagaacttaaatcttcatctctttgagaaggttcccctga 227  Q
    |||||||||||||||   || |||||||||| ||| ||||    
T  26204326 aagaacttaaatcttgtactttttgagaagggtcctctga 26204365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 27777123 - 27776978
Alignment:
Q  27 agacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaat 126  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||||   |||||| |||||||| ||| | |||||  |||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  27777123 agacagttgtaggaat-aactcttgtatctattactcagtgaagtgtccctcaaaagaacagaaggattgttatcaagaaaatcagtcaacaaagacaag 27777025  T
Q  127 ttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctccct 173  Q
    ||||||    | ||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||    
T  27777024 ttctcacagtccaaatgcttctcagaaactagtttctcaagttccct 27776978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 125
Target Start/End: Original strand, 26109937 - 26109974
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaa 125  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26109937 gaaggatgcttaacaaagaaatcagtcaacaaagacaa 26109974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28136839 - 28136724
Alignment:
Q  88 gaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaacaaagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaag 187  Q
    |||||||  |||||||||||| | ||||| | ||| || ||||||  | | |||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||   |||    
T  28136839 gaaggatttttaacaaggaaacctgtcaatagagataagttctcataatccaaatgattcttggagactagttgctcaagctcactcttgacaaacaaag 28136740  T
Q  188 aagaacttaaatcttc 203  Q
    ||||||||||||||||    
T  28136739 aagaacttaaatcttc 28136724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2328 - 2124
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  2328 gctcagctagacagttgtaggcat-aacccttgaatctgttactcaatgaagtgtcccttagaac---tgaaggattcttaactaggaaatcagtcaaca 2233  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttcatctctttgagaagg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||   |||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2232 aagacaagttctcaatagccaaataattctcggaaactagattccgtagctcctttgtgacaacccaagaataacttaaatcttcatctctttgagaagg 2133  T
Q  219 ttcccctga 227  Q
     || |||||    
T  2132 gtcacctga 2124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0257 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0257
Description:

Target: scaffold0257; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19690 - 19507
Alignment:
Q  19 gctcggctagacagttgtaggcatgaacccttgtatcggctactcaatgaagtgtgccttagaagaaatgaaggatgcttaacaaggaaatcagtcaaca 118  Q
    |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | | | |||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  19690 gctcagctaggcaattgtaggcat-aacccttgtatctgttactcaatgaagtgtccttcaaacgaacagaaggatgtttaacaaagaaatcagtcaaca 19592  T
Q  119 aagacaatttctcaatagctaaatgattcttggaaactagattctcaagctcccttgtgacaatgcaagaagaacttaaatcttc 203  Q
    ||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||    
T  19591 aagacatgttctcataatccaaatgcttcttggagagtagttgctcaagctccctcttgacaagcgaagaagaacttaaatcttc 19507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University