View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12142_high_1 (Length: 825)

Name: NF12142_high_1
Description: NF12142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12142_high_1
NF12142_high_1
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (47-475)||(19647574-19648002)
chr8 (560-799)||(19648087-19648327)
chr8 (63-475)||(192784-193196)
chr8 (63-475)||(720388-720800)
chr8 (63-475)||(881495-881907)
chr8 (573-751)||(193298-193476)
chr8 (573-751)||(720902-721080)
chr8 (573-751)||(882009-882187)
chr8 (336-475)||(44239793-44239932)
chr8 (573-785)||(44240033-44240245)
chr8 (595-751)||(30983217-30983373)
chr8 (1-50)||(19646323-19646372)
chr8 (1-50)||(19646408-19646457)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (47-475)||(4345370-4345798)
chr1 (560-799)||(4345883-4346122)
chr1 (238-475)||(46407061-46407298)
chr1 (573-785)||(46407399-46407611)
chr1 (238-469)||(35605899-35606131)
chr1 (573-785)||(35606240-35606452)
chr1 (570-785)||(35569867-35570082)
chr1 (196-428)||(35570242-35570474)
chr1 (669-751)||(50978933-50979015)
chr1 (1-50)||(4344236-4344285)
chr1 (1-50)||(4344320-4344369)
chr1 (704-744)||(50979027-50979067)
chr1 (63-125)||(46406886-46406948)
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (47-475)||(22698114-22698542)
chr4 (47-475)||(22981988-22982416)
chr4 (47-475)||(22995575-22996003)
chr4 (560-799)||(22698627-22698866)
chr4 (560-799)||(22981664-22981903)
chr4 (560-799)||(22995251-22995490)
chr4 (63-475)||(24036488-24036900)
chr4 (666-799)||(28948413-28948546)
chr4 (666-799)||(22703057-22703190)
chr4 (666-799)||(22990927-22991060)
chr4 (573-785)||(56560419-56560631)
chr4 (570-785)||(16565447-16565662)
chr4 (238-463)||(52057167-52057392)
chr4 (573-751)||(24036208-24036386)
chr4 (225-428)||(16565088-16565291)
chr4 (333-475)||(56560176-56560318)
chr4 (570-748)||(15618753-15618930)
chr4 (225-426)||(15618394-15618596)
chr4 (1-50)||(22714910-22714959)
chr4 (1-50)||(22990266-22990315)
chr4 (1-50)||(28949167-28949216)
chr4 (1-50)||(46956661-46956710)
chr4 (1-47)||(46956573-46956619)
chr4 (1-50)||(22714825-22714874)
chr4 (1-50)||(22990351-22990400)
chr4 (1-50)||(28949082-28949131)
chr4 (1-42)||(22696889-22696930)
chr4 (1-50)||(22696974-22697023)
chr4 (696-758)||(52056980-52057042)
chr4 (1-48)||(22990411-22990458)
chr4 (1-48)||(46956721-46956768)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (47-475)||(7011035-7011462)
chr3 (560-799)||(7011547-7011786)
chr3 (63-475)||(51125657-51126069)
chr3 (573-751)||(51125377-51125555)
chr3 (573-751)||(52692453-52692631)
chr3 (325-424)||(16247125-16247224)
chr3 (685-768)||(16246797-16246880)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (47-474)||(23361251-23361678)
chr2 (560-795)||(23360928-23361164)
chr2 (238-475)||(13895573-13895810)
chr2 (238-475)||(14036200-14036437)
chr2 (573-785)||(13895910-13896122)
chr2 (570-785)||(5916905-5917120)
chr2 (570-785)||(36311505-36311720)
chr2 (196-428)||(36311113-36311345)
chr2 (196-428)||(5917280-5917512)
chr2 (573-751)||(14380018-14380196)
chr2 (648-785)||(14036602-14036739)
chr2 (1-50)||(23362505-23362554)
chr2 (1-50)||(23362590-23362639)
chr2 (63-125)||(14036025-14036087)
chr2 (63-125)||(13895398-13895460)
chr2 (573-622)||(14036539-14036588)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (47-475)||(22809381-22809808)
chr5 (611-799)||(22809929-22810117)
chr5 (238-475)||(33232030-33232267)
chr5 (573-785)||(33232368-33232580)
chr5 (570-785)||(22481423-22481638)
chr5 (196-428)||(22481031-22481263)
chr5 (573-785)||(7071992-7072203)
chr5 (595-742)||(16841753-16841900)
chr5 (1-47)||(22808194-22808240)
chr5 (1-50)||(22808109-22808158)
chr5 (395-475)||(7072304-7072384)
chr5 (712-785)||(27738523-27738596)
chr5 (63-125)||(33231855-33231917)
[»] scaffold0009 (3 HSPs)
scaffold0009 (666-799)||(200029-200162)
scaffold0009 (1-50)||(200793-200842)
scaffold0009 (1-42)||(200716-200757)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (560-746)||(17830768-17830954)
chr6 (573-785)||(21515663-21515875)
chr6 (570-785)||(16547364-16547579)
chr6 (196-428)||(16546972-16547204)
chr6 (573-751)||(30019131-30019309)
chr6 (225-428)||(17831096-17831299)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (570-746)||(37638611-37638787)
chr7 (570-746)||(10372715-10372891)
chr7 (238-428)||(37638265-37638455)
chr7 (572-758)||(12963213-12963399)
chr7 (309-428)||(10373043-10373162)
chr7 (1-47)||(20087625-20087671)
chr7 (1-50)||(20087710-20087759)
chr7 (1-48)||(20087770-20087817)
[»] scaffold0394 (2 HSPs)
scaffold0394 (570-740)||(6607-6777)
scaffold0394 (150-415)||(9084-9347)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 19647574 - 19648002
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19647574 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 19647673  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||    
T  19647674 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacagtattggccattttttaagaatg 19647773  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  19647774 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagatttattggacaaaagggatatccgacacaaaatgtaat 19647873  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19647874 ggctgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 19647973  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19647974 aatctaaattttccacatcctcctccagg 19648002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Original strand, 19648087 - 19648327
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgtt-atcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaa 658  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  19648087 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacaaatgtgaacgtttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaa 19648186  T
Q  659 taacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19648187 taacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 19648286  T
Q  759 actaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19648287 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 19648327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 475
Target Start/End: Original strand, 192784 - 193196
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttg-cttgcttgagtttgtccatcgaa 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||| | |||     || | | ||| |||| ||| ||  ||    
T  192784 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcatcaagtgcttcatgtcgtccttaagtt-gtctatgaaa 192882  T
Q  162 tatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcg 261  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||| | |||||  ||| |||| ||| |||||| ||| || |||||||||| ||||||||||| |    
T  192883 tatattaaacccgaagatcctatgtttcgtgattgtcattccaaaataaaaaatgatccacgatattggccagtttttaagaatgctataggagcaattg 192982  T
Q  262 atggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattg 361  Q
    ||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  192983 atggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacacaaaatataatggatgtatgtgattg 193082  T
Q  362 gaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttcca 461  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  193083 gaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttgacaaatgcgaaccttaattttcca 193182  T
Q  462 catcctcctccagg 475  Q
    || ||||| |||||    
T  193183 caccctccgccagg 193196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 475
Target Start/End: Original strand, 720388 - 720800
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttg-cttgcttgagtttgtccatcgaa 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||| | |||     || | | ||| |||| ||| ||  ||    
T  720388 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcatcaagtgcttcatgtcgtccttaagtt-gtctatgaaa 720486  T
Q  162 tatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcg 261  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||| | |||||  ||| |||| ||| |||||| ||| || |||||||||| ||||||||||| |    
T  720487 tatattaaacccgaagatcctatgtttcgtgattgtcattccaaaataaaaaatgatccacgatattggccagtttttaagaatgctataggagcaattg 720586  T
Q  262 atggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattg 361  Q
    ||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  720587 atggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacacaaaatataatggatgtatgtgattg 720686  T
Q  362 gaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttcca 461  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  720687 gaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttgacaaatgcgaaccttaattttcca 720786  T
Q  462 catcctcctccagg 475  Q
    || ||||| |||||    
T  720787 caccctccgccagg 720800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 475
Target Start/End: Original strand, 881495 - 881907
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttg-cttgcttgagtttgtccatcgaa 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||| | |||     || | | ||| |||| ||| ||  ||    
T  881495 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcatcaagtgcttcatgtcgtccttaagtt-gtctatgaaa 881593  T
Q  162 tatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcg 261  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||| | |||||  ||| |||| ||| |||||| ||| || |||||||||| ||||||||||| |    
T  881594 tatattaaacccgaagatcctatgtttcgtgattgtcattccaaaataaaaaatgatccacgatattggccagtttttaagaatgctataggagcaattg 881693  T
Q  262 atggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattg 361  Q
    ||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  881694 atggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacacaaaatataatggatgtatgtgattg 881793  T
Q  362 gaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttcca 461  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  881794 gaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttgacaaatgcgaaccttaattttcca 881893  T
Q  462 catcctcctccagg 475  Q
    || ||||| |||||    
T  881894 caccctccgccagg 881907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 193298 - 193476
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  193298 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 193397  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  193398 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 193476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 720902 - 721080
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  720902 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 721001  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  721002 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 721080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 882009 - 882187
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  882009 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 882108  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  882109 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 882187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 336 - 475
Target Start/End: Original strand, 44239793 - 44239932
Alignment:
Q  336 caaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctc 435  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  44239793 caaaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattggctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaagctt 44239892  T
Q  436 tcaaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    | | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  44239893 taacaaatgcaaatcttaattttccacaccctccgccagg 44239932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 44240033 - 44240245
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||| |  |||||  ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  44240033 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacaaacatgaacagtatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 44240132  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  44240133 ttaattattatcactcaagtttaagatacacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 44240232  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  44240233 tgagacacaagtt 44240245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 595 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 30983373 - 30983217
Alignment:
Q  595 ttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtattcaattattatcaatcaagttt 694  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  30983373 ttggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtatttaattattatcactctagttt 30983274  T
Q  695 aaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30983273 aaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 30983217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 19646323 - 19646372
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19646323 attaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactcttatgtt 19646372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 19646408 - 19646457
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||    
T  19646408 attaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtattgttatgtt 19646457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 4345370 - 4345798
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4345370 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 4345469  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||||    
T  4345470 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattggccattttttaagaatg 4345569  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4345570 ccataggagcaatcgatggtacacatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagatttattggacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 4345669  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4345670 ggctgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 4345769  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4345770 aatctaaattttccacatcctcctccagg 4345798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Original strand, 4345883 - 4346122
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  4345883 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaat 4345982  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatga 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4345983 aacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgc 4346082  T
Q  760 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346083 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 4346122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 238 - 475
Target Start/End: Original strand, 46407061 - 46407298
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |  | || || ||||||| || ||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  46407061 ttaagaatgatataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgcgtagttagtggcagtgagcaaacaaggtttattggaagaaagggatatcctacaca 46407160  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctc 437  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  46407161 aaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattggctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaagcttta 46407260  T
Q  438 aaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  46407261 acaaatgcaaatcttaattttccacaccctccgccagg 46407298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 46407399 - 46407611
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  46407399 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacagacatgaacggtatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 46407498  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  46407499 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 46407598  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  46407599 tgagacacaagtt 46407611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 238 - 469
Target Start/End: Original strand, 35605899 - 35606131
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgaca-c 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | || || ||||||| || ||| ||||| || ||||||| | ||||| ||||||| ||| |    
T  35605899 ttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgcgtagttagtggcagtgagcaaacaaggtttattggaagaaagagatatcctacaac 35605998  T
Q  337 aaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctct 436  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |||||||| || | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  35605999 aaaatgtaatggctgtatgtgattgaaatatgtgtttcacttttgtattggttggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaagcttt 35606098  T
Q  437 caaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcc 469  Q
     | ||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  35606099 gacaaatgcaaaccttaattttccacaccctcc 35606131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 35606240 - 35606452
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||  |||| | ||||| || ||||| ||| || ||||| | |||||||||||| | ||| | ||||    
T  35606240 tatccaacaccaatagggtacattggtccatgcagacatgaaagatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgaaaatcataacaaagtat 35606339  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||| |||| || | | |    
T  35606340 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactgttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacatcgcatgcctaactttaaatt 35606439  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    |||||||||||||    
T  35606440 taagacacaagtt 35606452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 35570082 - 35569867
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  35570082 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 35569983  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| |||| ||||     
T  35569982 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaataaatttgcaattctgcgtagcatgcctaagttcaa 35569883  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  35569882 atatgagacacaagtt 35569867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 35570474 - 35570242
Alignment:
Q  196 gtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaa 295  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| |     
T  35570474 gtcatgccaaaattaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctag 35570375  T
Q  296 tgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgg 395  Q
    ||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||    
T  35570374 tgagcaaccaaggtttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttgg 35570275  T
Q  396 gaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  35570274 gaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 35570242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 669 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 50979015 - 50978933
Alignment:
Q  669 gtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  50979015 gtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 50978933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 4344236 - 4344285
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4344236 attaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 4344285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 4344320 - 4344369
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  4344320 attaagaagtaatctaggaagtaccagtaactttgaagtattgttatgtt 4344369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 704 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 50979067 - 50979027
Alignment:
Q  704 aatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaa 744  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  50979067 aatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaa 50979027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 125
Target Start/End: Original strand, 46406886 - 46406948
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcat 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | || ||||| |||||| ||||||||    
T  46406886 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgagtgagactgttagtagatgttttcat 46406948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 22698114 - 22698542
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22698114 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacacttaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 22698213  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| | |||||||||    
T  22698214 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattgaccatattttaagaatg 22698313  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22698314 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagatttattggacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 22698413  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22698414 ggctgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagccggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 22698513  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22698514 aatctaaattttccacatcctcctccagg 22698542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 22982416 - 22981988
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22982416 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacacttaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 22982317  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| | |||||||||    
T  22982316 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattgaccatattttaagaatg 22982217  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22982216 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagttttattggacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 22982117  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22982116 ggctgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagccggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 22982017  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22982016 aatctaaattttccacatcctcctccagg 22981988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 22996003 - 22995575
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22996003 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacacttaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 22995904  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| | |||||||||    
T  22995903 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattgaccatattttaagaatg 22995804  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22995803 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagttttattggacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 22995704  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22995703 ggctgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagccggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 22995604  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22995603 aatctaaattttccacatcctcctccagg 22995575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Original strand, 22698627 - 22698866
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22698627 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaat 22698726  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatga 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22698727 aacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgc 22698826  T
Q  760 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22698827 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgc 22698866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 22981903 - 22981664
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22981903 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaat 22981804  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatga 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22981803 aacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgc 22981704  T
Q  760 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22981703 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgc 22981664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 22995490 - 22995251
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22995490 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaat 22995391  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatga 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22995390 aacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgc 22995291  T
Q  760 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22995290 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgc 22995251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 24036900 - 24036488
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttg-cttgcttgagtttgtccatcgaa 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||| | |||     || | | ||| |||| ||| ||  ||    
T  24036900 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcatcaagtgcttcatgtcgtccttaagtt-gtctatgaaa 24036802  T
Q  162 tatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcg 261  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||| | |||||  ||| |||| ||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  24036801 tatattaaacccgaagatcctatgtttcgtgattgtcattccaaaataaaaaatgatccacgatattggccattttttaagaatgctataggagcaattg 24036702  T
Q  262 atggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattg 361  Q
    ||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  24036701 atggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacacaaaatataatggctgtatgtgattg 24036602  T
Q  362 gaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttcca 461  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  24036601 gaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttgacaaatgcgaaccttaattttcca 24036502  T
Q  462 catcctcctccagg 475  Q
    || ||||| |||||    
T  24036501 caccctccgccagg 24036488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 666 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 28948546 - 28948413
Alignment:
Q  666 gaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaat 765  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28948546 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgcctaaat 28948447  T
Q  766 tcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  28948446 tcacaattaagacacaggttcaagtggttattgc 28948413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 666 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 22703190 - 22703057
Alignment:
Q  666 gaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaat 765  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22703190 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgcctaaat 22703091  T
Q  766 tcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||| ||| ||||    
T  22703090 tcacaattatgacacaggttcaagtggttattgc 22703057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 666 - 799
Target Start/End: Original strand, 22990927 - 22991060
Alignment:
Q  666 gaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaat 765  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22990927 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgcctaaat 22991026  T
Q  766 tcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||| ||| ||||    
T  22991027 tcacaattatgacacaggttcaagtggttattgc 22991060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 56560419 - 56560631
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  56560419 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacagacatgaacggtatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 56560518  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  56560519 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 56560618  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  56560619 tgagacacaagtt 56560631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Original strand, 16565447 - 16565662
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  16565447 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 16565546  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||     
T  16565547 taatcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctgcgtagcatgcctaagttcaa 16565646  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  16565647 atatgagacacaagtt 16565662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 238 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 52057392 - 52057167
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | || || ||||| | || ||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||| || ||    
T  52057392 ttaaaaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgcgtagttaggggcagtgagcaaacaaggtttattggaagaaagggatatcctacgca 52057293  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctc 437  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |     
T  52057292 aaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattggctggttggaaaggtactgctcatgatgctcgtgttttttaccaagctttg 52057193  T
Q  438 aaaaatgcaaatctaaattttccaca 463  Q
    | |||||||||||| |||||||||||    
T  52057192 acaaatgcaaatcttaattttccaca 52057167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 24036386 - 24036208
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  24036386 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 24036287  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  24036286 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 24036208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 225 - 428
Target Start/End: Original strand, 16565088 - 16565291
Alignment:
Q  225 tattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagg 324  Q
    ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| | ||| ||| | || ||||||| | |||| |    
T  16565088 tattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctagtgagcaaccaaggtttattggaagaaaag 16565187  T
Q  325 gatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttt 424  Q
    ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  16565188 gatatccaacacaaaatattatggttgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttttattagctggttgggaaggcactgcccatgatgcccgtgtttt 16565287  T
Q  425 tgac 428  Q
    ||||    
T  16565288 tgac 16565291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 333 - 475
Target Start/End: Original strand, 56560176 - 56560318
Alignment:
Q  333 acacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatg 432  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||| |    
T  56560176 acacaaaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattggctggttgggaaagtactcctcatgatgctcgtgttttttaccaag 56560275  T
Q  433 ctctcaaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    || | | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  56560276 ctttaacaaatgcaaatcttaattttccacaccctccgccagg 56560318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 570 - 748
Target Start/End: Original strand, 15618753 - 15618930
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| || ||  | |||||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||  ||  |||   |||||| |||||| | || || |    
T  15618753 ggttatccaacaccaatagg-tacatcggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcttgaattaaggcattcaggtgggttcgaaaatcataatgaag 15618851  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattct 748  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15618852 tattcaattactatcactcaagtttaggatgcacaattgaaaaaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattct 15618930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 225 - 426
Target Start/End: Original strand, 15618394 - 15618596
Alignment:
Q  225 tattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagg 324  Q
    ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| | |||  || | || ||||||| | |||| |    
T  15618394 tattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctagtgagaaaccaaggtttattggaagaaaag 15618493  T
Q  325 gatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactg-cccatgatgctcgtgttt 423  Q
    ||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||  || ||||| || |||||||| ||| |||| |||||| | |||| |||||||||| | |||||    
T  15618494 gatatccaacacaaaatattatggttgtatgtgattaaaatatgtgtttcacttttgtattatctggttgggaaagcactgccccatgatgcccatgttt 15618593  T
Q  424 ttg 426  Q
    |||    
T  15618594 ttg 15618596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 22714959 - 22714910
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22714959 attaagaagtaatctaggaagtattagtaactatgaagtactgttatgtt 22714910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 22990266 - 22990315
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22990266 attaagaagtaatctaggaagtattagtaactatgaagtactgttatgtt 22990315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 28949216 - 28949167
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28949216 attaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtt 28949167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 46956661 - 46956710
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46956661 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatcaagtactgttatgtt 46956710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Original strand, 46956573 - 46956619
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46956573 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagcactgttat 46956619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 22714874 - 22714825
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22714874 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgtt 22714825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 22990351 - 22990400
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22990351 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgtt 22990400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 28949131 - 28949082
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  28949131 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgtt 28949082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 42
Target Start/End: Original strand, 22696889 - 22696930
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtact 42  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22696889 attaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtact 22696930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 22696974 - 22697023
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  22696974 attaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtactgttatgtt 22697023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 696 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 52057042 - 52056980
Alignment:
Q  696 aggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 758  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||    
T  52057042 aggtgcacaatagaaataacttttagggtatggaagaacagatttgaaatcctacgtcgcatg 52056980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 22990411 - 22990458
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatg 48  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  22990411 attaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatg 22990458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 46956721 - 46956768
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatg 48  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  46956721 attaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactattatg 46956768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 7011035 - 7011462
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7011035 tgttggacatggagtgggtaataaaatgattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 7011134  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||    
T  7011135 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacgatattggccattttttaagaatg 7011234  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7011235 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgaccaaactagatttattggacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 7011334  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7011335 ggctgtatgtgattggaacatttgctttac-tttgttttagctggatgggaaggtagtgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 7011433  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7011434 aatctaaattttccacatcctcctccagg 7011462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 560 - 799
Target Start/End: Original strand, 7011547 - 7011786
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7011547 ggtggatgccggttatccaacaccgatgggatatcttggtccatacagatgtgaatgttatcacctccctgattttcggtgttctcatgggtttgaaaat 7011646  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatga 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7011647 aacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgc 7011746  T
Q  760 ctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7011747 ctaaattcacaattaagatacaagttgaagtcgttgttgc 7011786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 63 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 51126069 - 51125657
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttg-cttgcttgagtttgtccatcgaa 161  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||| | |||     || | | ||| |||| ||| ||  ||    
T  51126069 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcatcaagtgcttcatgtcgtccttaagtt-gtctatgaaa 51125971  T
Q  162 tatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcg 261  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||| | |||||  ||| |||| ||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  51125970 tatattaaacccgaagatcctatgtttcgtgattgtcattccaaaataaaaaatgatccacgatattggccattttttaagaatgctataggagcaattg 51125871  T
Q  262 atggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattg 361  Q
    ||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51125870 atggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacacaaaatataatggatgtatgtgattg 51125771  T
Q  362 gaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttcca 461  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  51125770 gaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttgacaaatgcgaaccttaattttcca 51125671  T
Q  462 catcctcctccagg 475  Q
    || ||||| |||||    
T  51125670 caccctccgccagg 51125657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 51125555 - 51125377
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  51125555 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 51125456  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  51125455 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 51125377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 52692453 - 52692631
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  52692453 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 52692552  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  52692553 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 52692631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 325 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 16247224 - 16247125
Alignment:
Q  325 gatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttt 424  Q
    ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||| || ||||||||||| | |||||||||||    
T  16247224 gatatcctacacaaaatattatggatgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttggaaaagtactgcccataacgctcgtgtttt 16247125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 685 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 16246880 - 16246797
Alignment:
Q  685 aatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattca 768  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  16246880 aatcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttaaggcatggaagaatagatttgcaattctacgtcgcatgcctaagttca 16246797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 23361678 - 23361251
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  23361678 tgttggacatggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagtttctttcttg 23361579  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||||    
T  23361578 agtttgtccatcgaatatataaagccttaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattggccattttttaagaatg 23361479  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  23361478 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattagacgaaagtgatatctgacacaaaatgtaat 23361379  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23361378 ggttgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcacaaatgca 23361279  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccag 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23361278 aatctaaattttccacatcctcctccag 23361251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 560 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 23361164 - 23360928
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  23361164 ggtggatgccggttatccaacaccgatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgattttcggcattctcatgggtttgaaaat 23361065  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaac-ttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 758  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23361064 aataacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactttttggtgtatgaaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 23360965  T
Q  759 actaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttg 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23360964 actaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttg 23360928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 238 - 475
Target Start/End: Original strand, 13895573 - 13895810
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |  | || || ||||||| || ||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  13895573 ttaagaatgttataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgcgtagttagtggcagtgagcaaacaaggtttattggaagaaagggatatcctacaca 13895672  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctc 437  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  13895673 aaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattggctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaagcttta 13895772  T
Q  438 aaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  13895773 acaaatgcaaatcttaattttccacaccctccgccagg 13895810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 238 - 475
Target Start/End: Original strand, 14036200 - 14036437
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||  | ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| | |||||    
T  14036200 ttaagaatgatataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtggaagtgagcaaacaaagtttattggaagaaagggatatgctacaca 14036299  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctc 437  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  14036300 aaatataatggctgtatgtgattggaacatgtgcttcacttttgtattagctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaggctttg 14036399  T
Q  438 aaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    | |||||| || || ||||||||||| ||||| |||||    
T  14036400 acaaatgcgaaccttaattttccacaccctccgccagg 14036437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 13895910 - 13896122
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  13895910 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacagacatgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 13896009  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  13896010 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 13896109  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  13896110 tgagacacaagtt 13896122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 5917120 - 5916905
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  5917120 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 5917021  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||     
T  5917020 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctacgtagcatgcctaagttcaa 5916921  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  5916920 atatgagacacaagtt 5916905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Original strand, 36311505 - 36311720
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  36311505 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 36311604  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||     
T  36311605 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctgcgtagcatgcctaagttcaa 36311704  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  36311705 atatgagacacaagtt 36311720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Original strand, 36311113 - 36311345
Alignment:
Q  196 gtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaa 295  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| |     
T  36311113 gtcatgccaaaattaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctag 36311212  T
Q  296 tgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgg 395  Q
    ||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||    
T  36311213 tgagcaaccaaggtttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttgg 36311312  T
Q  396 gaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36311313 gaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 36311345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5917512 - 5917280
Alignment:
Q  196 gtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaa 295  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| |     
T  5917512 gtcatgccaaaattaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgctataggagtaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctag 5917413  T
Q  296 tgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgg 395  Q
    ||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||    
T  5917412 tgagcaaccaaggtttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttgg 5917313  T
Q  396 gaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5917312 gaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 5917280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 14380018 - 14380196
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| |  ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  14380018 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttagacgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 14380117  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14380118 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacg 14380196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 648 - 785
Target Start/End: Original strand, 14036602 - 14036739
Alignment:
Q  648 gggtttgaaaataacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattc 747  Q
    ||||||| |||| | || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  14036602 gggtttgcaaatcataatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcc 14036701  T
Q  748 tacgacgcatgactaaattcacaattaagacacaagtt 785  Q
    |||| |||||| |||| || | | || |||||||||||    
T  14036702 tacgtcgcatgcctaactttaaatttgagacacaagtt 14036739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 23362554 - 23362505
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23362554 attaagaagtaatctaggaagtactaataactatgaagtactgttatgtt 23362505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 23362639 - 23362590
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  23362639 attaagaagtaatctacgaagtactagtaactattaagtattgttatgtt 23362590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 125
Target Start/End: Original strand, 14036025 - 14036087
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcat 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| |||||||    
T  14036025 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgtaagtagacattttcat 14036087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 125
Target Start/End: Original strand, 13895398 - 13895460
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcat 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||  |||||||    
T  13895398 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgttagtagatattttcat 13895460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 573 - 622
Target Start/End: Original strand, 14036539 - 14036588
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatca 622  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14036539 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatca 14036588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Original strand, 22809381 - 22809808
Alignment:
Q  47 tgttggacatggagtgggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgtaagttgcttgcttg 146  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22809381 tgttggaca-ggagtgggtaatagaatgattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcatgatgtgttagttgcttgcttg 22809479  T
Q  147 agtttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatg 246  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||||    
T  22809480 agtttgtccatagaatatataaagcctcaagatcctttgttccgtgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatccacggtattggccattttttaagaatg 22809579  T
Q  247 ccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 346  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22809580 tcataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtagttagtgccaatgatcaaactagatttattggatgaaagggatatccgacacaaaatgtaat 22809679  T
Q  347 ggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgca 446  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22809680 ggatttatgtgattggaacatgtgttttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctcccacaaatgca 22809779  T
Q  447 aatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22809780 aatctaaattttccacatcctcctccagg 22809808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 611 - 799
Target Start/End: Original strand, 22809929 - 22810117
Alignment:
Q  611 tgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaa 710  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22809929 tgaacgttatcacctccctgattttcggcgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaa 22810028  T
Q  711 agaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810029 agaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 22810117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 238 - 475
Target Start/End: Original strand, 33232030 - 33232267
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | || || ||||||| || ||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  33232030 ttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgcgtagttagtggcagtgagcaaacaaggtttattggaagaaagggatatcctacaca 33232129  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctc 437  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  33232130 aaatgtaatggccgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtatttgctggttgggaaggtactgctcatgatgctcgtgtttttgaccaagcttta 33232229  T
Q  438 aaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  33232230 acaaatgcaaatcttaattttccacaccctccgccagg 33232267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Original strand, 33232368 - 33232580
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  33232368 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacagacatgaacggtatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 33232467  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  33232468 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 33232567  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  33232568 tgagacacaagtt 33232580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Original strand, 22481423 - 22481638
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  22481423 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 22481522  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||     
T  22481523 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctgcgtagcatgcctaagttcaa 22481622  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  22481623 atatgagacacaagtt 22481638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Original strand, 22481031 - 22481263
Alignment:
Q  196 gtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaa 295  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| |     
T  22481031 gtcatgccaaaattaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctag 22481130  T
Q  296 tgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgg 395  Q
    ||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||    
T  22481131 tgagcaaccaaggtttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttgg 22481230  T
Q  396 gaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  22481231 gaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 22481263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 7072203 - 7071992
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||| ||| |||||  |||||||||||| || |||||| ||||| || | ||| ||| || ||||| ||||  ||| |||| | || || ||||    
T  7072203 tatccaacacgaatagggtacattggtccataca-atatgaacgatatcatcttcttgaatttaggcgttctaatggtcttgcaaatcataatgaagtat 7072105  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  7072104 ttaattattatcactcaaatttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 7072005  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  7072004 tgagacacaagtt 7071992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 595 - 742
Target Start/End: Original strand, 16841753 - 16841900
Alignment:
Q  595 ttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctca-tgggtttgaaaataacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtt 693  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| || | ||||||||||||| | || || ||||||||||| ||  | |||||||    
T  16841753 ttggtccttatagatgtgaacgttatcaccttcctgattttaggtgt-ctaagtgggtttgaaaatcataatgaagtattcaattactacgactcaagtt 16841851  T
Q  694 taaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc 742  Q
    |||  |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16841852 taaaatgcacaattgaaagatattttggagtatggaagcatagatttgc 16841900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Original strand, 22808194 - 22808240
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22808194 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactattat 22808240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 22808109 - 22808158
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22808109 attaagaagtaatctatgaagtactagtaactatgaagtattgttatgtt 22808158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 7072384 - 7072304
Alignment:
Q  395 ggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgaccatgctctcaaaaatgcaaatctaaattttccacatcctcctccagg 475  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||| | | |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||    
T  7072384 ggaaggtactactcatgatgctcgtgtttatgaccaagctttgacaaatgcaaatcttaattttccataccctccgccagg 7072304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 712 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 27738596 - 27738523
Alignment:
Q  712 gaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaattaagacacaagtt 785  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| || | | || |||||||||||    
T  27738596 gaacttttggggtatggaagaacagatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatttgagacacaagtt 27738523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 125
Target Start/End: Original strand, 33231855 - 33231917
Alignment:
Q  63 ggtaatagaattattcaagaaaggttccaacactcaggagaaactgtgagtagacgttttcat 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||  |||||||    
T  33231855 ggtaatagaatgattcaagaaaggtttcaacactcgggtgagactgttagtagatattttcat 33231917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 3)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 666 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 200162 - 200029
Alignment:
Q  666 gaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaat 765  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  200162 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgcctaaat 200063  T
Q  766 tcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgc 799  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||| ||| ||||    
T  200062 tcacaattatgacacaggttcaagtggttattgc 200029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 200842 - 200793
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  200842 attaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtt 200793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 200757 - 200716
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtact 42  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  200757 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtact 200716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 560 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 17830954 - 17830768
Alignment:
Q  560 ggtggatgccggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaat 659  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||  || || ||||   |||||| ||||||    
T  17830954 ggtggattctggttatccaacaccaatagggtatattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaagttaggcgttcaagtgggttcgaaaat 17830855  T
Q  660 aacaacgaggtattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 746  Q
    || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17830854 aataacgaagtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 17830768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 573 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 21515875 - 21515663
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | ||||||| |||| | || || ||||    
T  21515875 tatccaacaccaatagggtacattggtccatacagacatgaacggtatcatcttcctgaatttaggcgttctaacgggtttgcaaatcataatgaagtat 21515776  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcacaat 772  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| |||| || | | |    
T  21515775 ttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaatcctacgtcgcatgcctaactttaaatt 21515676  T
Q  773 taagacacaagtt 785  Q
    | |||||||||||    
T  21515675 tgagacacaagtt 21515663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 785
Target Start/End: Original strand, 16547364 - 16547579
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  16547364 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 16547463  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatgactaaattcac 769  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||     
T  16547464 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctgcgtagcatgcctaagttcaa 16547563  T
Q  770 aattaagacacaagtt 785  Q
    |  | |||||||||||    
T  16547564 atatgagacacaagtt 16547579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 428
Target Start/End: Original strand, 16546972 - 16547204
Alignment:
Q  196 gtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaa 295  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| |     
T  16546972 gtcatgccaaaattaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctag 16547071  T
Q  296 tgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgg 395  Q
    ||| ||| | || ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||    
T  16547072 tgagcaaccaaggtttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagctggttgg 16547171  T
Q  396 gaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  16547172 gaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 16547204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 573 - 751
Target Start/End: Original strand, 30019131 - 30019309
Alignment:
Q  573 tatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggtat 672  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||| || ||||| | || || | |||| | || || ||||    
T  30019131 tatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgatatcatcttcctgaatttaggcgttctaacggattcgcaaatcataatgaagtat 30019230  T
Q  673 tcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacg 751  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  30019231 ttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaatcctacg 30019309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 225 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 17831299 - 17831096
Alignment:
Q  225 tattgtccatttcttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagg 324  Q
    ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |  | ||||  |||||||| | ||| ||| | || ||||||| |  ||| |    
T  17831299 tattggcctttttttaagaatgctataggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgaagttagtgctagtgagcaaccaaggtttattggaataaaag 17831200  T
Q  325 gatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttt 424  Q
    ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  17831199 gatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatatgtttcacttttgtattagctggttcggaaggcactgcccatgatgtccgtgtttt 17831100  T
Q  425 tgac 428  Q
    ||||    
T  17831099 tgac 17831096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 746
Target Start/End: Original strand, 37638611 - 37638787
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||   |||||| |||||| | || || |    
T  37638611 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttagacgttcaagtgggttcgaaaatcataatgaag 37638710  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 746  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638711 tattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 37638787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 570 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 10372891 - 10372715
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| || | ||   ||||||||||||||| || || |    
T  10372891 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttaggcgctcaagtgggtttgaaaataataatgaag 10372792  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 746  Q
    ||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10372791 tattcgattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 10372715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 238 - 428
Target Start/End: Original strand, 37638265 - 37638455
Alignment:
Q  238 ttaagaatgccataggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacaca 337  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||| |  | ||||| |||||||| | ||| ||| | || ||||||| | ||||  ||||||| |||||    
T  37638265 ttaagaatgctataggagcaattgatgttacacatgtgtcatgtgtagttagtgctagtgagcaaccaaggtttattggaagaaaatgatatccaacaca 37638364  T
Q  338 aaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  37638365 aaatattatggttgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattaggtggttgggaaggcactgcccatgatgcccgtgtttttgac 37638455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 572 - 758
Target Start/End: Original strand, 12963213 - 12963399
Alignment:
Q  572 ttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgaggta 671  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||| || |||| | |||||||||| || ||| | ||| || ||||   | |||| |||||| | ||||| |||    
T  12963213 ttatccaacaccaatagggtacattggtccctatagatataaacgttatcatcttcctaattttaggcgttcaagtcggttcgaaaatcataacgaagta 12963312  T
Q  672 ttcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattctacgacgcatg 758  Q
    |||||||| || || ||||||||||  | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  12963313 ttcaattactaccactcaagtttaaaattcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattctgcgtcgcatg 12963399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 309 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 10373162 - 10373043
Alignment:
Q  309 tttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatggatgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgccc 408  Q
    ||||||| | |||| |||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||| |||||||    
T  10373162 tttattggaagaaaaggatatccaacacaaaatattatggctgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttatattagctggttgggaaggcactgccc 10373063  T
Q  409 atgatgctcgtgtttttgac 428  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  10373062 atgatgcccgtgtttttgac 10373043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Original strand, 20087625 - 20087671
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20087625 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 20087671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 20087710 - 20087759
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 50  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20087710 attaagaagtaatctagaaagtactagtaactatgaagtactgttatgtt 20087759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 20087770 - 20087817
Alignment:
Q  1 attaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatg 48  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20087770 attaggaagtaatctaagaagtactagtaactatgaagtactattatg 20087817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 570 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 6777 - 6607
Alignment:
Q  570 ggttatccaacaccaatggggtatcttggtccatacagatgtgaacgttatcacctccctgactttcggtgttctcatgggtttgaaaataacaacgagg 669  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||  |  |||   |||||| |||||||| ||||| |    
T  6777 ggttatccaacaccaatagggtacattggtccatatagatgtgaacgttatcatcttcctgaatttaagcattcaagtgggttcgaaaataataacgaag 6678  T
Q  670 tattcaattattatcaatcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt 740  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6677 tattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagattt 6607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 9347 - 9084
Alignment:
Q  150 ttgtccatcgaatatataaagcctcaagatcctttgttccatgatagtcatgcaaaaattcaaagtgatacacaatattgtccatttcttaagaatgcca 249  Q
    |||||| || ||||||| || ||  |||||||| |||| | |||| ||||||| |||||  ||| ||||  ||  ||||| || ||| |||||||||| |    
T  9347 ttgtccttcaaatatattaaacccaaagatcctatgtttcgtgattgtcatgccaaaataaaaaatgatcaacgttattggcctttttttaagaatgcta 9248  T
Q  250 taggagcaatcgatggtacgcatattccctgtgtggttagtgccaatgatcaaactagatttattgaacgaaagggatatccgacacaaaatgtaatgga 349  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |  | ||||| |||||||| | ||| ||| | || ||||||| | ||||  ||||||| |||||| ||   ||||     
T  9247 taggagcaattgatggtacacatgtgtcatgtgtagttagtgctagtgagcaaccaaggtttattggaagaaaatgatatccaacacaatatt--atggc 9150  T
Q  350 tgtatgtgattggaacatgtgctttacttttgttttagctggatgggaaggtactgcccatgatgc 415  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  9149 tgtatgtgattggaatatgtgtttcacttttgtattagtgggttgggaaggcactgcccatgatgc 9084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University