View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12143_low_5 (Length: 311)

Name: NF12143_low_5
Description: NF12143
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12143_low_5
NF12143_low_5
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (44-311)||(46532006-46532273)
chr7 (44-311)||(46322839-46323106)
chr7 (44-311)||(46524453-46524720)
chr7 (45-311)||(46520388-46520654)
chr7 (47-311)||(46478960-46479224)
chr7 (51-311)||(46326544-46326804)
chr7 (57-311)||(46490172-46490426)
chr7 (48-309)||(46516750-46517011)
chr7 (44-311)||(46494457-46494724)
chr7 (45-148)||(46464833-46464934)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (44-301)||(7475308-7475565)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (45-118)||(88323-88396)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (45-118)||(37151834-37151907)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 44 - 311
Target Start/End: Original strand, 46532006 - 46532273
Alignment:
Q  44 gagacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 143  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532006 gagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 46532105  T
Q  144 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagat 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46532106 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcggtgtcaccatagccacgcagat 46532205  T
Q  244 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532206 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 46532273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 44 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 46323106 - 46322839
Alignment:
Q  44 gagacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 143  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
T  46323106 gagacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacacttgatcaacg 46323007  T
Q  144 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagat 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46323006 ccaagcaaatctataagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgtagat 46322907  T
Q  244 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  46322906 ccggagctacggcgcggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagt 46322839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 44 - 311
Target Start/End: Original strand, 46524453 - 46524720
Alignment:
Q  44 gagacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 143  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  46524453 gagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaaca 46524552  T
Q  144 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagat 243  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  46524553 cccagaaaatctataagtgcaacaagatcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagat 46524652  T
Q  244 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    | |||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46524653 cgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacaatctggtggcgccatgaataccagagt 46524720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 311
Target Start/End: Original strand, 46520388 - 46520654
Alignment:
Q  45 agacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacac 144  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  46520388 agacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgc 46520487  T
Q  145 caagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagatc 244  Q
    | ||  | || || || ||||| |  ||||| || | ||| ||    |||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || |||||||| |||||    
T  46520488 cgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatc 46520587  T
Q  245 tggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46520588 tggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagt 46520654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 47 - 311
Target Start/End: Original strand, 46478960 - 46479224
Alignment:
Q  47 acaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacacca 146  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     
T  46478960 acaaacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccg 46479059  T
Q  147 agcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagatctg 246  Q
    ||  | || || || ||||| |  ||||| || | ||| ||    |||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  46479060 agtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctg 46479159  T
Q  247 gagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46479160 gagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagt 46479224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 51 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 46326804 - 46326544
Alignment:
Q  51 acataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaagca 150  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||    
T  46326804 acataggctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatggcacccatatcatgaccaacaaggaaaacttgttccacaccaagca 46326705  T
Q  151 aatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagatctggagc 250  Q
    | || || || | ||||| |||||| || | ||||||||  ||||||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  46326704 agtcgatgagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctgctaatggaagacggaacatctgtgtcaccatagccacggagatcgggagc 46326605  T
Q  251 aacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    ||| || |||||||||||||| || |||||  |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  46326604 aacagcacggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagt 46326544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 57 - 311
Target Start/End: Original strand, 46490172 - 46490426
Alignment:
Q  57 gctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaagcaaatcta 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | || |    
T  46490172 gctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaacgccaagtgagtcga 46490271  T
Q  157 taagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagatctggagcaacggc 256  Q
    | || ||||| | |||||| || |  || ||    |||||||| || || || |  ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  46490272 tgagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagc 46490371  T
Q  257 gcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46490372 gcggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatgaataccagagt 46490426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 48 - 309
Target Start/End: Original strand, 46516750 - 46517011
Alignment:
Q  48 caaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaa 147  Q
    ||||||||||| |||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |    
T  46516750 caaacataagccttgactttctcaggacgaaacaaacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaaggaaaacttggtccacaccca 46516849  T
Q  148 gcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagatctgg 247  Q
    |  | || || || ||||| |  ||||| || |  || |||   |||||||| || | |||||  ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  46516850 gtgagtcaattagagcaacgatatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaactgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagccacagagatctgg 46516949  T
Q  248 agcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccaga 309  Q
    ||| |||| |||||| || |||||||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  46516950 agccacggtgcggtagccaagggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagtaccaga 46517011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 44 - 311
Target Start/End: Original strand, 46494457 - 46494724
Alignment:
Q  44 gagacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 143  Q
    |||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||     
T  46494457 gagacacacataggctttaactctctcagggcgaaacaagcaaagataccaaccaacgatggcaccccaatcatgagccacaaggaagacttgatcaacc 46494556  T
Q  144 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagat 243  Q
    |||||| | || || || ||||||| |||||| || | ||| ||    || || ||| |||  |||   ||  | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  46494557 ccaagcgagtcgatgagcgcaacaatgtcaccaaccaagtggaagattgtataactgtttaccgaactggggacatcagtatcgccataaccacgaagat 46494656  T
Q  244 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagt 311  Q
    | ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  46494657 cgggagccacagcccggtaaccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagt 46494724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 148
Target Start/End: Original strand, 46464833 - 46464934
Alignment:
Q  45 agacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacac 144  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||||||||| | |  ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||| |    
T  46464833 agacaaacataggctttgactctttcaggacgaaacaaaca--gataccaaccagttaaggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaaccc 46464930  T
Q  145 caag 148  Q
    ||||    
T  46464931 caag 46464934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 7475565 - 7475308
Alignment:
Q  44 gagacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaaca 143  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7475565 gagacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacgtgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagccacaagaaacacttgatcaaca 7475466  T
Q  144 ccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgcagat 243  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||    
T  7475465 ccaagaaaatctataagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctgcttattgaagatggagaatcggtgtcaccatagccacggagat 7475366  T
Q  244 ctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatga 301  Q
    | | ||| ||| |  |||| ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  7475365 cagtagccacgacatggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatga 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 88396 - 88323
Alignment:
Q  45 agacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatg 118  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| || || ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  88396 agacaaacataggccttgactctttctggtcggaacatgcaaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatg 88323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 118
Target Start/End: Original strand, 37151834 - 37151907
Alignment:
Q  45 agacaaacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatg 118  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| || || ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37151834 agacaaacataggccttgactctttctggtcggaacatgcaaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatg 37151907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University