View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12154_low_5 (Length: 353)

Name: NF12154_low_5
Description: NF12154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12154_low_5
NF12154_low_5
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (16-340)||(1548237-1548562)
chr4 (106-318)||(1552668-1552883)
chr4 (28-317)||(546897-547189)
chr4 (201-308)||(1524485-1524592)
chr4 (206-317)||(8187095-8187206)
chr4 (128-317)||(570335-570524)
chr4 (44-305)||(55908567-55908831)
chr4 (147-308)||(553472-553633)
chr4 (61-317)||(3438422-3438680)
chr4 (206-308)||(1513411-1513513)
chr4 (76-273)||(1600447-1600647)
chr4 (206-308)||(12121461-12121563)
chr4 (206-306)||(8184034-8184134)
chr4 (189-304)||(532186-532301)
chr4 (207-306)||(558493-558592)
chr4 (206-287)||(1519146-1519227)
chr4 (220-308)||(1508021-1508109)
chr4 (192-308)||(1537757-1537873)
chr4 (196-317)||(640899-641020)
chr4 (125-308)||(53761692-53761876)
chr4 (211-286)||(659726-659799)
chr4 (206-317)||(7307844-7307955)
chr4 (189-315)||(55505095-55505221)
chr4 (147-246)||(644885-644984)
chr4 (229-275)||(12116602-12116648)
chr4 (257-308)||(566182-566233)
chr4 (124-246)||(21834297-21834422)
chr4 (206-308)||(1489365-1489467)
chr4 (206-308)||(7225887-7225989)
chr4 (73-176)||(8186959-8187065)
chr4 (206-272)||(1545802-1545868)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (27-308)||(18315095-18315379)
chr8 (51-308)||(32151294-32151551)
chr8 (206-306)||(27922503-27922603)
chr8 (76-308)||(34936034-34936269)
chr8 (70-313)||(17636262-17636512)
chr8 (147-308)||(28246240-28246399)
chr8 (201-317)||(21235542-21235658)
chr8 (43-98)||(17627897-17627952)
chr8 (206-294)||(17628018-17628106)
chr8 (266-306)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (24-317)||(51113603-51113896)
chr3 (37-308)||(13470567-13470838)
chr3 (145-313)||(51120836-51121004)
chr3 (37-308)||(51764275-51764546)
chr3 (221-289)||(27005791-27005859)
chr3 (206-308)||(1657244-1657346)
chr3 (18-100)||(514541-514623)
chr3 (208-265)||(33714861-33714918)
chr3 (221-261)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (124-308)||(6432154-6432341)
chr6 (124-306)||(6402855-6403040)
chr6 (71-306)||(7119152-7119387)
chr6 (71-306)||(7131630-7131865)
chr6 (124-308)||(6394857-6395044)
chr6 (186-308)||(6409999-6410121)
chr6 (124-308)||(6415959-6416146)
chr6 (28-317)||(6426495-6426784)
chr6 (147-308)||(11936220-11936381)
chr6 (147-308)||(11948200-11948361)
chr6 (188-308)||(6423210-6423330)
chr6 (144-287)||(6589265-6589408)
chr6 (37-317)||(9411339-9411619)
chr6 (124-305)||(6594525-6594709)
chr6 (124-340)||(6585156-6585375)
chr6 (186-293)||(12102274-12102381)
chr6 (129-308)||(19632432-19632611)
chr6 (124-308)||(7994101-7994288)
chr6 (218-295)||(28935055-28935132)
chr6 (190-294)||(6596916-6597020)
chr6 (206-306)||(6603206-6603306)
chr6 (208-306)||(14802331-14802429)
chr6 (216-306)||(10579750-10579840)
chr6 (124-307)||(14820687-14820873)
chr6 (189-252)||(9410751-9410814)
chr6 (206-306)||(6586114-6586214)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (72-308)||(10614586-10614822)
chr7 (125-308)||(15092071-15092257)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (42-317)||(41889391-41889669)
chr5 (77-339)||(32267437-32267699)
chr5 (209-308)||(37937880-37937979)
chr5 (209-306)||(41901542-41901639)
chr5 (145-308)||(20478025-20478188)
chr5 (208-306)||(38267562-38267660)
chr5 (65-174)||(41901398-41901510)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (37-306)||(32785607-32785876)
chr2 (44-305)||(1037503-1037767)
chr2 (208-308)||(45245091-45245191)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (189-306)||(19468486-19468603)
chr1 (206-300)||(52082582-52082676)
chr1 (123-302)||(52092776-52092955)
chr1 (235-305)||(7554484-7554554)
chr1 (37-308)||(9586632-9586903)
chr1 (28-100)||(19468325-19468397)
chr1 (229-317)||(43634891-43634979)
chr1 (37-96)||(9581276-9581335)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (114-302)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (193-309)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (216-318)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (129-294)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 16 - 340
Target Start/End: Original strand, 1548237 - 1548562
Alignment:
Q  16 tgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548237 tgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggca 1548336  T
Q  116 tatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctac-ttggactgaactttg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1548337 tatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttg 1548436  T
Q  215 aaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1548437 aaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgtt 1548536  T
Q  315 actaaaacgttgtaaaaatatcacag 340  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  1548537 acaaaaacgttgtaaaaatatcacag 1548562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 106 - 318
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552883
Alignment:
Q  106 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 202  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  203 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  303 tttgcacttgttacta 318  Q
    ||||||  ||||||||    
T  1552868 tttgcagctgttacta 1552883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 547189 - 546897
Alignment:
Q  28 aattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaag 127  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||      
T  547189 aattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagaca 547090  T
Q  128 gtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaa 224  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||||||| || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||    
T  547089 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 546990  T
Q  225 actggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||| | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  546989 attggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 201 - 308
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524592
Alignment:
Q  201 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 300  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  301 cttttgca 308  Q
    ||||||||    
T  1524585 cttttgca 1524592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 206 - 317
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187206
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctttt 8187194  T
Q  306 gcacttgttact 317  Q
    ||| ||||||||    
T  8187195 gcagttgttact 8187206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 128 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570335
Alignment:
Q  128 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  228 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 305
Target Start/End: Original strand, 55908567 - 55908831
Alignment:
Q  44 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 143  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  55908567 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 55908666  T
Q  144 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaac 240  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| |||    
T  55908667 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 55908766  T
Q  241 ttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55908767 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 55908831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553472
Alignment:
Q  147 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  247 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgca 553472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 61 - 317
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438680
Alignment:
Q  61 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  158 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 257  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  258 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 3438680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 206 - 308
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513513
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctttt 1513510  T
Q  306 gca 308  Q
    |||    
T  1513511 gca 1513513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 1600647 - 1600447
Alignment:
Q  76 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||    
T  1600647 cccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaact 1600548  T
Q  173 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 272  Q
    |||| |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||    
T  1600547 tagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T
Q  273 c 273  Q
    |    
T  1600447 c 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 206 - 308
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121563
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctttt 12121560  T
Q  306 gca 308  Q
    |||    
T  12121561 gca 12121563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 206 - 306
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184134
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctttt 8184133  T
Q  306 g 306  Q
    |    
T  8184134 g 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532186
Alignment:
Q  189 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 288  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  289 agttgtcgtgggcttt 304  Q
    | |||||||| |||||    
T  532201 aattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 207 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558493
Alignment:
Q  207 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 287
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 287  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 220 - 308
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508109
Alignment:
Q  220 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgca 1508109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 192 - 308
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537873
Alignment:
Q  192 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 291  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  292 tgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||||||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgca 1537873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 196 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640899
Alignment:
Q  196 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 295  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  296 gtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    |||| ||||||||  |||||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttact 640899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 125 - 308
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761876
Alignment:
Q  125 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  222 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca 53761876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 211 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  211 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 286  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 206 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307844
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctttt 7307856  T
Q  306 gcacttgttact 317  Q
    |||| |||||||    
T  7307855 gcacctgttact 7307844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 315
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505221
Alignment:
Q  189 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 288  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  289 agttgtcgtgggcttttgcacttgtta 315  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgtta 55505221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  147 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 229 - 275
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  229 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566182
Alignment:
Q  257 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgca 566182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 246
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||||||| | |  | ||||||| | |||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 308
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489467
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || |  | ||||||||   ||| ||||||| | |||| |||||||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggctttt 1489464  T
Q  306 gca 308  Q
    |||    
T  1489465 gca 1489467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 308
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225989
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||   |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggactttt 7225986  T
Q  306 gca 308  Q
    |||    
T  7225987 gca 7225989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 176
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187065
Alignment:
Q  73 ttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttga 169  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | ||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  170 acttagc 176  Q
    |||||||    
T  8187059 acttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 272  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 27 - 308
Target Start/End: Original strand, 18315095 - 18315379
Alignment:
Q  27 caattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaa 126  Q
    ||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||   | |||  |  |||| | || |||    
T  18315095 caattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaa 18315194  T
Q  127 ggtatttgtgaagttttaagatgttgta---agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattccca 223  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||    ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||| |||||||| || ||||||    
T  18315195 ggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttccca 18315294  T
Q  224 aactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18315295 aactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgca 18315379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151294
Alignment:
Q  51 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 150  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||     
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgc 32151452  T
Q  151 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacata 250  Q
    | | ||||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  32151451 tctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgta 32151352  T
Q  251 caagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32151351 caaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 32151294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 206 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922503
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 27922504  T
Q  306 g 306  Q
    |    
T  27922503 g 27922503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 76 - 308
Target Start/End: Original strand, 34936034 - 34936269
Alignment:
Q  76 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 172  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||    
T  34936034 cccaatttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtact 34936133  T
Q  173 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 272  Q
    | ||   | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  34936134 tggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacact 34936233  T
Q  273 caatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34936234 ctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgca 34936269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 70 - 313
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636512
Alignment:
Q  70 attttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagt 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||     |||||| |   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| ||||| || |    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  167 tgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggac----tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatg 262  Q
    |||||||||  ||  ||| || |||||| |||| | ||     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  263 atgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 313  Q
    ||||| || |  ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgt 17636512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 308
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246399
Alignment:
Q  147 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  247 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgca 28246399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 201 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235542
Alignment:
Q  201 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 300  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||||  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  301 cttttgcacttgttact 317  Q
    ||||||||  |||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 98
Target Start/End: Original strand, 17627897 - 17627952
Alignment:
Q  43 gatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgattt 98  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627897 gatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 206 - 294
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628106
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 294  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgt 17628106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736530
Alignment:
Q  266 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 44736530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 317
Target Start/End: Original strand, 51113603 - 51113896
Alignment:
Q  24 tcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagac 123  Q
    ||||||| || | ||||||||||| | ||||| |||  || |||| |||||||||||| |||| || |||||||| | | |||||  ||  |||||   |    
T  51113603 tcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatc---c 51113699  T
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  ||    
T  51113700 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 51113799  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  51113800 ccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 51113896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Original strand, 13470567 - 13470838
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 136  Q
    ||||| ||||||  ||||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | ||||| |   ||||||||||     
T  13470567 ttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaa---aggtatttgtc 13470663  T
Q  137 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 233  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||    
T  13470664 aagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggt 13470763  T
Q  234 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||||||||| ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  13470764 gttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 13470838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 313
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51121004
Alignment:
Q  145 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 244  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  245 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 313  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Original strand, 51764275 - 51764546
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 136  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||| | |||||||  |   |||| | ||||    
T  51764275 ttaagtgatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaa---aggtgtctgtg 51764371  T
Q  137 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgta-gtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggagg 232  Q
    ||||||||||   ||||| ||||||||| || |||||| || | || | ||| || |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||    
T  51764372 aagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatc-cgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggagg 51764470  T
Q  233 tgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||  ||||||||  |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  51764471 tgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgca 51764546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 221 - 289
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 289  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657244
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||  ||  | ||||| ||  |||||||||||||||  | ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggctttt 1657247  T
Q  306 gca 308  Q
    |||    
T  1657246 gca 1657244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 100
Target Start/End: Original strand, 514541 - 514623
Alignment:
Q  18 tttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| | | | ||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||    
T  514541 tttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatttga 514623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 265
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  208 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 265  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 221 - 261
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432154
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgca 6432154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 124 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402855
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 71 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119152
Alignment:
Q  71 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 167  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  168 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 267  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  268 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7119152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 71 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131630
Alignment:
Q  71 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 167  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  168 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 267  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  268 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7131630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394857
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 6394857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 186 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6409999
Alignment:
Q  186 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 285  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  286 aagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||| |||| || ||||||||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggcttttgca 6409999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415959
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgca 6415959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 6426784 - 6426495
Alignment:
Q  28 aattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaag 127  Q
    |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||| | | |||| |||||||||||||| || || ||||||||||    |||| |||  ||||| ||   ||    
T  6426784 aattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctga---ag 6426688  T
Q  128 gtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaa 224  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |    
T  6426687 gtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccga 6426588  T
Q  225 actggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
     |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| || || ||||||| || |||||    
T  6426587 gctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattact 6426495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 147 - 308
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936381
Alignment:
Q  147 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  247 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11936381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 147 - 308
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948361
Alignment:
Q  147 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 246  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  247 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11948361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 188 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423210
Alignment:
Q  188 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 287  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  288 gagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  6423230 gagttgttgtgggattttgca 6423210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 144 - 287
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  144 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 243  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  244 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 287  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 9411619 - 9411339
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 136  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     ||  ||  ||||||  ||||||||||||       
T  9411619 ttaagagataaaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcggatgttgtaacatatctaacgaaggtattttgc 9411520  T
Q  137 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 233  Q
    | ||||||||   |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||| ||     |||| |||   |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  9411519 aggttttaaggagatgtggtaacattagacatttgaacctagcttgtacttgt---gtgacgctcgatggattgaactttgaggttcccaagctggaggt 9411423  T
Q  234 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||    
T  9411422 gttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtggacttttgcaactgttact 9411339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 124 - 305
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594709
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctttt 6594709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 340
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585375
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 320  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |  | ||||| ||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  321 acgttgtaaaaatatcacag 340  Q
    | ||||| ||||| ||||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacag 6585375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  186 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 285  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  286 aagagttg 293  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 129 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632432
Alignment:
Q  129 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 228  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  229 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 19632432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994288
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgca 7994288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 218 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  218 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 295  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 190 - 294
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  190 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 289  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  290 gttgt 294  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 206 - 306
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603306
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctttt 6603305  T
Q  306 g 306  Q
    |    
T  6603306 g 6603306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  208 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 216 - 306
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579840
Alignment:
Q  216 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 124 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820687
Alignment:
Q  124 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 220  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  221 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 307  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgc 14820687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 189 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  189 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 252  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 206 - 306
Target Start/End: Original strand, 6586114 - 6586214
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||  | || ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| | |||||||    
T  6586114 tgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctttt 6586213  T
Q  306 g 306  Q
    |    
T  6586214 g 6586214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614586
Alignment:
Q  72 tttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  169 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 268  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  269 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 125 - 308
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092257
Alignment:
Q  125 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 221  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  222 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    | | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 42 - 317
Target Start/End: Original strand, 41889391 - 41889669
Alignment:
Q  42 agatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtt 141  Q
    |||||||  ||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | |||||    
T  41889391 agatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagtt 41889490  T
Q  142 ttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttga 238  Q
    |||||   ||||||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  41889491 ttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttga 41889590  T
Q  239 acttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    |||| ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||| | | ||||||||    
T  41889591 acttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttact 41889669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267437
Alignment:
Q  77 ccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaactt 173  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  174 agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 273  Q
    | | |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  274 aatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcaca 339  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||  ||||||  ||||||||    
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcaca 32267437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 209 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937880
Alignment:
Q  209 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 209 - 306
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901639
Alignment:
Q  209 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttg 41901639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 308
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478188
Alignment:
Q  145 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 244  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  245 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgca 20478188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 208 - 306
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  208 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 174
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  65 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 161  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  162 acagttgaactta 174  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 37 - 306
Target Start/End: Original strand, 32785607 - 32785876
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 136  Q
    ||||||||||||| |||||  || |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || ||||||||||||     
T  32785607 ttaagagatgaaagcatcaggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtc 32785706  T
Q  137 aagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgtt 236  Q
    || |||||||||||| |||||||||||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| ||||||||    
T  32785707 aatttttaagatgttctaagattagacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgtt 32785806  T
Q  237 gaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  32785807 gaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 305
Target Start/End: Original strand, 1037503 - 1037767
Alignment:
Q  44 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 143  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1037503 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagtttt 1037602  T
Q  144 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 239  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||    
T  1037603 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 1037701  T
Q  240 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1037702 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 1037767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 208 - 308
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245191
Alignment:
Q  208 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 307  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 45245190  T
Q  308 a 308  Q
    |    
T  45245191 a 45245191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 306
Target Start/End: Original strand, 19468486 - 19468603
Alignment:
Q  189 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 288  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19468486 agtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaag 19468585  T
Q  289 agttgtcgtgggcttttg 306  Q
    |  ||| |||| ||||||    
T  19468586 aactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 206 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  206 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 300  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  123 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 221  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  222 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 302  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 235 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554484
Alignment:
Q  235 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 305  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggactttt 7554484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9586903 - 9586632
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 136  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||    ||||| ||  ||||||  |   ||||||||||     
T  9586903 ttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtc 9586804  T
Q  137 aagtttta---agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 233  Q
    ||||||||   ||||||||| |||||||||| |||||| || || ||  |      || || ||||||| | | || |||||| | ||||| || |||||    
T  9586803 aagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatcttgttctcct---gtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggt 9586707  T
Q  234 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 308  Q
    ||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9586706 gttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 100
Target Start/End: Original strand, 19468325 - 19468397
Alignment:
Q  28 aattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 100  Q
    |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  19468325 aattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttga 19468397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 43634979 - 43634891
Alignment:
Q  229 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 317  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  43634979 gaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttact 43634891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 9581335 - 9581276
Alignment:
Q  37 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgat 96  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9581335 ttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgat 9581276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 302
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  114 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 210  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  211 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 302  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39176
Alignment:
Q  193 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 292  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  293 gtcgtgggcttttgcac 309  Q
    || ||||||||||||||    
T  39192 gtagtgggcttttgcac 39176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88822
Alignment:
Q  216 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtta 315  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaa 88825  T
Q  316 cta 318  Q
    |||    
T  88824 cta 88822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 294
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  129 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 225  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  226 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 294  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University