View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12158_high_1_N (Length: 735)

Name: NF12158_high_1_N
Description: NF12158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12158_high_1_N
NF12158_high_1_N
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (24-713)||(37060843-37061532)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 713
Target Start/End: Original strand, 37060843 - 37061532
Alignment:
Q  24 catggcatggcaaaccttaacaacacttataatcatcacaatcataacaattttcccaaaaacaaaatcccaacaagaatacgtaaacaacaaacaacta 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37060843 catggcatggcaaaccttaacaacacttataatcatcacaatcataacaactttcccaaaaacaaaatcccaacaagaatacgtaaacaacaaacaacta 37060942  T
Q  124 gattgtgaaaacacatacaactcaactttaggcaacatatgcaatagcatcccttcatgtcaatcctatctcaccttcaaatccactccacaatttaaca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37060943 gattgtgaaaacacatacaactcaactttaggcaacatatgcaatagcatcccttcatgtcaatcctatctcaccttcaaatccactccacaatttaaca 37061042  T
Q  224 ccccctcttccatttcacacctcctcaactcctccgcatctctcatctcacaatccaacaacatctccaccgtccaaaccctccctacagacacaatcat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37061043 ccccctcttccatttcacacctcctcaactcctccgcatctctcatctcacaatccaacaacatctccaccgtccaaaccctccctacagacacaatcat 37061142  T
Q  324 aaccgtccctataaactgcacatgctccaacaacaacacctactaccaacacaacacttcctacactatacaaaacaccggtgaaacttacttcaccgtt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37061143 aaccgtccctataaactgcacatgctccaacaacaacacctactaccaacacaacacttcctacactatacaaaacaccggtgaaacttacttcaccgtt 37061242  T
Q  424 gctaataatacatatcaagctttatccacgtgtcaagctcttatagctcagaatccttataatgaacgaaacattgtacgtggtaacaacttaactgttc 523  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37061243 gctaataacacatatcaagctttatccacgtgtcaagctcttatagctcagaatccttataatgaacgaaaaattgtacgtggtaacaacttaactgttc 37061342  T
Q  524 ctcttcgttgtgcttgtcctacgaaaaaacagagtgatgaaggtttcaagtatcttcttacgtacttggtttctgaaggtgaatcagtttcttctattgc 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37061343 ctcttcgttgtgcttgtcctacgaaaaaacagagtgatgaaggtttcaagtatcttcttacgtacttggtttctgaaggtgaatcagtttcttctattgc 37061442  T
Q  624 tgaaattttcaacgttgatccacaaagcattaatgaagctaatgagctttcttctacatcgtttattttctactttacaccacttttaat 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37061443 tgaaattttcaacgttgatccacaaagcattaatgaagctaatgaactttcttctacatcgtttattttctactttacaccacttttaat 37061532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University