View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12174_high_14 (Length: 381)

Name: NF12174_high_14
Description: NF12174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12174_high_14
NF12174_high_14
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-361)||(34302469-34302812)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-350)||(34645812-34646143)
chr5 (19-360)||(34665506-34665847)
chr5 (61-357)||(19649395-19649691)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-361)||(45645007-45645350)
chr4 (26-118)||(1390099-1390194)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (26-312)||(40717523-40717809)
chr8 (26-361)||(14191704-14192039)
chr8 (24-209)||(14182762-14182947)
chr8 (24-127)||(14200716-14200819)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (35-177)||(28402655-28402797)
chr2 (74-177)||(45396688-45396791)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 361
Target Start/End: Original strand, 34302469 - 34302812
Alignment:
Q  18 attatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302469 attatatcatgagctattcagttggcaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtga 34302568  T
Q  118 acaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302569 acaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacaaaaacatttcttgttcgtctaaactatgtcaatctgtgagagat 34302668  T
Q  218 acctcttgcaatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaat 317  Q
    ||||||||||||||         ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302669 acctcttgcaatgacaaaaaaaattgcgaatattctatcaattatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaat 34302768  T
Q  318 ctaccatggggcgtccggtttcatttcctaaaactgttatagga 361  Q
    ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34302769 ctaccactgggcgtcctgtttcatttcctaaaactgttatagga 34302812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 350
Target Start/End: Original strand, 34645812 - 34646143
Alignment:
Q  19 ttatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaa 118  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  34645812 ttatctcatgacctattcagttggtacccctccaactaagatatatggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaa 34645911  T
Q  119 caatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagata 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  34645912 caatgttacaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttgttcgtctaagctatgtcattctgtgagagaca 34646011  T
Q  219 cctcttgcaatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaatc 318  Q
    ||||||||| |||         |||| |||||   |||||||||||  ||   |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  34646012 cctcttgcagtgaccaaaattcttgtcaatataaaattagttatggagattcttcacattcacaaggagatcttagtgttgatactctttcattggaatc 34646111  T
Q  319 taccatggggcgtccggtttcatttcctaaaa 350  Q
     ||||  ||  |||| ||||||||||||||||    
T  34646112 caccagcggaagtcctgtttcatttcctaaaa 34646143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 34665506 - 34665847
Alignment:
Q  19 ttatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaa 118  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  ||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  34665506 ttatctcatgacctattcagttggtacccctccaactaagatatacggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtgagccttgtgaa 34665605  T
Q  119 caatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagata 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| | |||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  34665606 caatgttacaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttgtttgtctaagctatgtcattctgtgagagaca 34665705  T
Q  219 cctcttgcaatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaatc 318  Q
    ||||||||| |||         |||| |||||   |||||||||||  ||   |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  34665706 cctcttgcagtgaccaaaattcttgtcaatataaaattagttatggagattcttcacattcacaaggagatcttagtgttgatactctttcattggaatc 34665805  T
Q  319 taccatggggcgtccggtttcatttcctaaaactgttatagg 360  Q
     ||||  ||  |||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  34665806 caccagtggaagtcctgtttcatttcctaaaacagtgatagg 34665847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 61 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 19649691 - 19649395
Alignment:
Q  61 atatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaag 160  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| |||||     
T  19649691 atatggtgttgttgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtaagccttgtgaacaatgctacaagcaaaccactcctatatttaatccttcaaaa 19649592  T
Q  161 tcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagatacctcttgcaatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagtt 260  Q
    ||||| |||||| |||| ||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |         |||||||||| ||||||  |    
T  19649591 tcatcaagttacaaaaatattccttgctcttctaacttatgtcaatctgtgagatatacctcttgtaataaacaaaactcttgtgaatatactattaact 19649492  T
Q  261 atggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaatctaccatggggcgtccggtttcatttcctaaaactgttat 357  Q
     | |  |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||  || | | | |||||||||||||||||||||||    
T  19649491 ttagtgatcaatcatattcacaaggagaacttagtgttgagactcttacattggattccaccaccggtcattctgtttcatttcctaaaactgttat 19649395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 361
Target Start/End: Original strand, 45645007 - 45645350
Alignment:
Q  19 ttatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtc-atatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtga 117  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  45645007 ttatctcatgaactattgagttggtaccccaccatttaagtttatatggtattatcgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaa 45645106  T
Q  118 acaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagat 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||| |||| || ||||  |||||||| || ||||||  |    
T  45645107 acaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaatcatcaagttacataaacattccttgttcttctatcctatgtcactcagtgagatct 45645206  T
Q  218 acctcttgcaatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaat 317  Q
    ||||||||||||||         |||||||||| | ||||  |||||  || | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  45645207 acctcttgcaatgaccaaattttttgtgaatatacaattaactatggagatgattcacattcacaaggagatcttagtgttgaaactcttacattggatt 45645306  T
Q  318 ctaccatggggcgtccggtttcatttcctaaaactgttatagga 361  Q
    | ||||  ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  45645307 ccaccactggaagccctgtttcatttcctaaaactgtgatagga 45645350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 118
Target Start/End: Original strand, 1390099 - 1390194
Alignment:
Q  26 atgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcat---atggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaa 118  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| | |||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||    
T  1390099 atgacctattcagtcggtaccccaccattaaagttattatatggtattgttgatacaggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaa 1390194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 312
Target Start/End: Original strand, 40717523 - 40717809
Alignment:
Q  26 atgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgtt 125  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40717523 atgacctattcaattggtagcccaccatttaagttatatggcattgttgacacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgtt 40717622  T
Q  126 acaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagatacctcttg 225  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||  | || || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40717623 acaaccaaaccactcctaagtttaaaccatcaaaatcatcaacttacaaaaatatcccatgttcatctaacctatgtcaatctgtgagagatatctcttg 40717722  T
Q  226 caatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacatt 312  Q
     ||||          |||||||||| |||||  ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  40717723 taatgcccacaatttttgtgaatatactatttcttatggagatcattcacattcacaaggagatcttagtgttgatactcttacatt 40717809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 361
Target Start/End: Original strand, 14191704 - 14192039
Alignment:
Q  26 atgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgtt 125  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||||||    
T  14191704 atgacctattcagttggtacaccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtcaagaatgtt 14191803  T
Q  126 acaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctgtgagagatacctcttg 225  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| || || || || |||||| |||||||| ||||| | || ||  | ||||||||| ||  ||||||||| ||    
T  14191804 acaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttgcccatcaaagttgtgtcaatctatggaagatacctcatg 14191903  T
Q  226 caatgatnnnnnnnnttgtgaatattctattagttatggcaatcaatcacattcacaaggagatcttagtcttgagactcttacattggaatctaccatg 325  Q
     |||||         |||||||||||||| |  ||||||  || | |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||      
T  14191904 taatgacaaaaattattgtgaatattctacttattatggtgataattcacattcaggaggagatcttagtgttgacactcttacattggaatccaccaat 14192003  T
Q  326 gggcgtccggtttcatttcctaaaactgttatagga 361  Q
    || | | | |||||||||||||| | ||| ||||||    
T  14192004 ggacttacagtttcatttcctaatattgtgatagga 14192039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Original strand, 14182762 - 14182947
Alignment:
Q  24 tcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatg 123  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  14182762 tcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggcattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgcaaagaatg 14182861  T
Q  124 ttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaacatttcttgctcgtctaaactatgtcaatctg 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || | |||| |||||||| | || |||||| | |||||| ||||||    
T  14182862 ttacaatcaaacaactcctaagtttaaaccatcaaaatcgtcaacttacaaaaacattccatgttcgtctgacctatgtaaatctg 14182947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 127
Target Start/End: Original strand, 14200716 - 14200819
Alignment:
Q  24 tcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatg 123  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||  || |||  |||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  14200716 tcatgagttattcaattggtactccaccatttaaggtatttggctttgttgatacaggtagtgaccttgtttggcttcaatgtgagccttgtaaacaatg 14200815  T
Q  124 ttac 127  Q
    ||||    
T  14200816 ttac 14200819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 177
Target Start/End: Original strand, 28402655 - 28402797
Alignment:
Q  35 tcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaa 134  Q
    |||||||||||||||||  ||||    |||||| || | |||||||||||| |||| || ||||| |||||| |||||||| |   ||||| ||||||||    
T  28402655 tcagttggtaccccaccctttaaagtttatggttttatggatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtcatacatgtttcaatcaaa 28402754  T
Q  135 ccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacgaaaa 177  Q
    || ||||||  |||||||| ||||| || || |||||| ||||    
T  28402755 cctctcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaaaaa 28402797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 74 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 45396791 - 45396688
Alignment:
Q  74 gatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacg 173  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||||| |||||||| |   ||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||||| || || ||||||     
T  45396791 gatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtaatacatgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttaca 45396692  T
Q  174 aaaa 177  Q
    ||||    
T  45396691 aaaa 45396688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University