View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12184_high_2 (Length: 440)

Name: NF12184_high_2
Description: NF12184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12184_high_2
NF12184_high_2
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (14-410)||(6364712-6365108)
chr8 (161-410)||(6353957-6354203)
chr8 (161-410)||(7460967-7461213)
chr8 (155-406)||(6425506-6425754)
chr8 (277-406)||(6290726-6290855)
chr8 (211-406)||(6333403-6333595)
chr8 (178-406)||(6392437-6392665)
chr8 (178-406)||(6411577-6411805)
chr8 (211-406)||(6275978-6276170)
chr8 (277-406)||(6322953-6323082)
chr8 (275-406)||(6371533-6371664)
chr8 (284-408)||(6265475-6265599)
chr8 (169-217)||(6265663-6265711)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (298-405)||(42686798-42686905)
chr2 (283-405)||(42694694-42694816)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 6365108 - 6364712
Alignment:
Q  14 tgagctgtaaaaaacatcaaattttggaatagctataacgtctt-ctacaatg--agatggacatcatcagtgaaattgagagtccaatttttgtatagg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||   | ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6365108 tgagctgtaaaaaacatcaaattttggaatagctataacgtgttactactatttaaaat---catcatcagtgaaattgagagtccaatttttgtatagg 6365012  T
Q  111 aaaaaccggtaaaggcaaagtcggagagaaaacgtatctgaaaagtgttattacctccttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaa 210  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6365011 aaaaaccggaaaaggcaaagtgggagagaaaacgtatctggcaagtgttattacctccttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaa 6364912  T
Q  211 tttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6364911 tttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatg 6364812  T
Q  311 ttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaagaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6364811 ttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaagaat 6364712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 161 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 6354203 - 6353957
Alignment:
Q  161 ttacctccttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaa 260  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||| || || ||    
T  6354203 ttacctccataccaacattgggagacaaacaaaatgctttcagtattcattttgaatgggacagtaacatgggaattcccggagctttttacatcgataa 6354104  T
Q  261 ttatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaac 360  Q
    || | |||||||||   ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||     
T  6354103 ttttatgcaaggtg---aattcttccttgtgagtttgacacttgaagatgttccaaaccatggatccatccactttgtctgcaactcatggatttacaat 6354007  T
Q  361 gctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaagaat 410  Q
     ||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6354006 tctaaaaagtacaaaaccgaccgcatcttctttgccaacaaggtaagaat 6353957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 161 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 7461213 - 7460967
Alignment:
Q  161 ttacctccttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaa 260  Q
    |||||||| | ||||||||||| || || |||  ||||||||||||| | ||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7461213 ttacctccctcccaacattgggggacaagcaatctgctttcagtattcattttcaatgggacagtaccatgggaattccaggagctttttatattgataa 7461114  T
Q  261 ttatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaac 360  Q
     ||| |||||||||   ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  7461113 ctatatgcaaggtg---aattcttccttgtgagtttgacacttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatggattcacaat 7461017  T
Q  361 gctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaagaat 410  Q
     ||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7461016 tctaaaaagtacaaaacggaccgcatcttctttgccaacaaggtaagaat 7460967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 155 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6425754 - 6425506
Alignment:
Q  155 gtgttattacctccttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatat 254  Q
    |||||||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||||| |||| || | |||||||||| || ||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  6425754 gtgttattacctccataccaacattaggagacaagcaaaatgcttacagtgttcattttgaatggggcagtgacatgggaattccaggagcattctatat 6425655  T
Q  255 tgagaattatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtt 354  Q
    |||||||| | |||||  ||   | ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6425654 tgagaattttttgcaacatg---agttcttccttgtgagtttgacacttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcttgggtt 6425558  T
Q  355 tacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    ||||| |  ||||| ||||||| | | ||||| || || || ||||||||||    
T  6425557 tacaatgacaaaaaatacaaaagtgaccgcatctttttcgctaacaaggtaa 6425506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 277 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6290855 - 6290726
Alignment:
Q  277 gaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaa 376  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||    
T  6290855 gaattctttcttgtaagtttgacccttgaagatgttcccaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatggatttacaatgctcaaaactacaaaa 6290756  T
Q  377 ctaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6290755 ctgaacgcatcttctttgccaacaaggtaa 6290726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 211 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6333595 - 6333403
Alignment:
Q  211 tttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatg 310  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||   ||| ||| |   ||||||||||||| || ||||| |||||||||     
T  6333595 tttgaatgggacagtgagatgggaattccaggagcattttatattgaaaatttcatgctaggag---aattcttccttgtaagtttgacgcttgaagata 6333499  T
Q  311 ttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||    
T  6333498 ttcccatccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatggatttacaatgctaaaaagtataaaacgaaacgcatcttctttacgaacaaggtaa 6333403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6392665 - 6392437
Alignment:
Q  178 ttgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaatggga---caatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtg 274  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||   |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || |||||| |  ||||| ||    
T  6392665 ttgggagacatacaaaatgctttcagtattcattttgaatgggatcccaatcacatgggaattccaggagctttctatgttaagaattttacgcaagatg 6392566  T
Q  275 gtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaa 374  Q
       || |||||||||| || ||||| ||||||||||||  || ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| |    
T  6392565 ---aaatcttccttgtgagtttgacccttgaagatgttgaaagccatgaaaccacaaactttatttgcaactcatggatttacaatgctgaaaagtacca 6392469  T
Q  375 aactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6392468 aactgaacgcattttctttgccaacaaggtaa 6392437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 178 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6411805 - 6411577
Alignment:
Q  178 ttgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaatggga---caatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtg 274  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||   |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || |||||| |  ||||| ||    
T  6411805 ttgggagacatacaaaatgctttcagtattcattttgaatgggatcccaatcacatgggaattccaggagctttctatgttaagaattttacgcaagatg 6411706  T
Q  275 gtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaa 374  Q
       || |||||||||| || ||||| ||||||||||||  || ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| |    
T  6411705 ---aaatcttccttgtgagtttgacccttgaagatgttgaaagccatgaaaccacaaactttatttgcaactcatggatttacaatgctgaaaagtacca 6411609  T
Q  375 aactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6411608 aactgaacgcattttctttgccaacaaggtaa 6411577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 211 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6276170 - 6275978
Alignment:
Q  211 tttgaatgggacaatgacatgggaactccaggagctttttatattgagaattatctgcaaggtggtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatg 310  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   ||| ||| |   ||||||| ||||| || || || |||||||||     
T  6276170 tttgaatgggatagtgagatgggaattccaggagcattttatattgagaatttcatgctaggag---aattctttcttgtaagtttaacacttgaagata 6276074  T
Q  311 ttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6276073 ttcctaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatggatttacaattgtcgaaagtacaaaactgaacgcattttctttgccaacaaggtaa 6275978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 277 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6323082 - 6322953
Alignment:
Q  277 gaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaa 376  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| | || || ||||    
T  6323082 gaattcttccttgtaagtttgacacttgaagatattccaaaccatggaaccatcaactttgtatgcaactcatggatttacagtgctgacaagtataaaa 6322983  T
Q  377 ctaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6322982 cgaaacgcatcttcttcgccaacaaggtaa 6322953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 275 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 6371664 - 6371533
Alignment:
Q  275 gtgaattcttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaa 374  Q
    ||||| |||||||||| || ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||| ||  |    
T  6371664 gtgaactcttccttgtgagtttgacccttaatgatgttccaaatcatggaaccatcaactttaactgcaactcatggatttacaatgctaaaaactatca 6371565  T
Q  375 aactaaacgcattttctttgccaacaaggtaa 406  Q
      || | ||||| |||||| ||||||||||||    
T  6371564 ctctgagcgcatcttctttaccaacaaggtaa 6371533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 284 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 6265599 - 6265475
Alignment:
Q  284 tccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacg 383  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||  |||| | ||    
T  6265599 tccttgtgagtttgactcttgatgatatcccaaacgttggaaccattcactttgtttgcaactcgtgggtttacaatgcgaaaaactacctaactgatcg 6265500  T
Q  384 cattttctttgccaacaaggtaaga 408  Q
     |||||||| |||||||| ||||||    
T  6265499 tattttcttcgccaacaatgtaaga 6265475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 6265711 - 6265663
Alignment:
Q  169 ttgccaacattgggagataaacaaaatgctttcagtattgaatttgaat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  6265711 ttgccaacattgggagataaacaaacagctttcagcattgaatttgaat 6265663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 298 - 405
Target Start/End: Original strand, 42686798 - 42686905
Alignment:
Q  298 actcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaacgcattttctttgcca 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||  |||||||| |  |||||||||||||||||    
T  42686798 actcttgaagatgttccaaaccatggaaccattcgatttgtatgcaactcttgggtttacaacgcaaaactttacaaaagtccacgcattttctttgcca 42686897  T
Q  398 acaaggta 405  Q
    ||||||||    
T  42686898 acaaggta 42686905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 283 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 42694816 - 42694694
Alignment:
Q  283 ttccttgtcagcttgactcttgaagatgttccaaaccatggaaccatcaactttgtttgcaactcatgggtttacaacgctaaaaattacaaaactaaac 382  Q
    |||||||| || ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||| |||| || || ||| |  |||||  | | |    
T  42694816 ttccttgtgagtttgactcttgaagacattccaaatcatggaagcatctactttgtatgcaactcctggatttataatgccaaacaccacaaacttgacc 42694717  T
Q  383 gcattttctttgccaacaaggta 405  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  42694716 gcattttctttgccaataaggta 42694694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University