View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12193_high_1 (Length: 896)

Name: NF12193_high_1
Description: NF12193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12193_high_1
NF12193_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-896)||(5173559-5174450)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 5174450 - 5173559
Alignment:
Q  7 aaggggttgaaaatgacaagtatcaaatatggcaaaaactacaactggtactaatccct-acttagttgttttatggttacatttaaacataaattatcc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5174450 aaggggttgaaaatgacaagtatcaaatatgacaaaaactacaactgttactaataccttacttagttgttttatggttacattaaaacataaattatcc 5174351  T
Q  106 taggatctatatcatcgttcttgaaggtggtaacgtgagagccaaggattattgtagacctattcatatgtcattattagccttcatttattttataatt 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5174350 taggatctatatcatcgttcttaaaggtggtaacgtgagagccaaggattattgtagacctattcatatgtcattatttgccttcatttattttataatt 5174251  T
Q  206 aaagttctaaattggggactataaccatattataatgtaacaaacaatcaaaacaggacaacttttgcataagattatcagtttgtcaccttttcataac 305  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174250 aaagttctaaattggggactaaaaccatattataatgtaacaaacaatcaaaacaggacaacttttgcataagattatcagtttgtcaccttttcataac 5174151  T
Q  306 tgctatgcgatgataatataacataattagttgtccaaaacactacacaacatatattaatttcataacaatacagcttgtctcctttgtaaaaccttta 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174150 tgctatgcgatgataatataacataattagttgtccaaaacactacataacatatattaatttcataacaatacagcttgtctcctttgtaaaaccttta 5174051  T
Q  406 actttgtgtcgatatcaacaatacggcctgcaattgtgacattctaatatatatactcacaaaaataaattatgtgcatacactccaaaaacacttgaat 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174050 actttgtgtcgatatcaacaatacggcctgcaattgtgacattctaatatatatactcacaaaattaaattatgtgcatacactccaaaaacacttgaat 5173951  T
Q  506 gaaatgactcgggtctcttacaacataacataggtcctaggtttcaatccagctctgagaatgcagcagcgttaaaactcttaatggagagttgtatcac 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173950 gaaatgactcgggtctcttacaacataacataggtcctaggtttcaatccagctctgagaatgcagcagcgttaaaactcttaatggagagttgtatcac 5173851  T
Q  606 cctcgtgactctatttaactcgagggattagtctatatagttgcacgtgaaggatatccgatttacaacgataaataattatgtgcataggcttttgaca 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173850 cctcgtgactctatttaactcgagggattagtctatatagttgcacgtgaaggatatccgatttacaacgataaataattatgtgcataggcttttgaca 5173751  T
Q  706 tgttgttacttgtcattatcctatagctaaaaatgctgctttcaaatttaagtttataaatgatctacaattgaagttcaaaaggttcgtcatcc-aaat 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5173750 tgttgttacttgtcattatcctatagctaaaaatgctgctttcaaatttaagtttataaatgatctacaattgaagttcaaaaggttcgtcatccaaaat 5173651  T
Q  805 ttagtgacacaattgagacatcaaatctatttttatcattagaaatctaactcaataacccggaatttgcaaacatggtagcacaagcaact 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173650 ttagtgacacaattgagacatcaaatctatttttatcattagaaatctaactcaataacccggaatttgcaaacatggtagcacaagcaact 5173559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University