View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12194_high_2 (Length: 733)

Name: NF12194_high_2
Description: NF12194
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12194_high_2
NF12194_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-718)||(29291613-29292313)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 718
Target Start/End: Original strand, 29291613 - 29292313
Alignment:
Q  17 attagtgacctaaacatttgaacatttaaaatgtttagtcgcatatttgtttttaggtagaaacactatgcaagtcaaaatcatgatgtatcagaccaac 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29291613 attagtgacctacacatttgaacatttaaa-tgtttagtcgcatatttgtttttaggtagaaacactatgcaagtcaaaatcatgatgtatcagaccaac 29291711  T
Q  117 cattttaatgttgggggcaaaaagtatattacaagcccgaactctcggcttttcaaccaaatgcttatcatctaggctgcaaatgagtaatcgattggtt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29291712 cattttaatgttgggggcaaaaagtatattacaagcccgaactctcagcttttcaaccaaatgcttatcatctaggctgcaaatgagtaatcgattggtt 29291811  T
Q  217 aataacaatagagcattaatcgaatagtttcactttcacaatattgtcacttgcaaaggtgatattgcttgtttctaacattcattaatttcttggatag 316  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29291812 aataacagtagaacattaatcgaatagtttcactttcacaatattgtcacttgtaaaggtgatattgcttgtttctaacattcattaatttcttggatag 29291911  T
Q  317 agatatgcacaaacacaaatatcgttattctttataatttaccttcctgttatacattgtgatttgtcaatacaatagaataatattcactcaaatcaaa 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29291912 agatatgcacaaacacaaatatcgttattctttataatttaccttcctgttatacattgtgatttgtcaatacaatagaatattattcactcaaatcaaa 29292011  T
Q  417 cctaatggagattattttatcattttagtactaaaatgtagaggcaaacctcaaatccacgggcatactgtctgttaagtcaagatcaagttgagcatat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292012 cctaatggagattattttatcattgtagtactaaaatgtagaggcaaacctcaaatccacgggcatactgtctgttaagtcaagatcaagttgagcatat 29292111  T
Q  517 ttaagcagaataagcatagttttatcgatgaatttgtcaatattcacactttgacattgacagaattgatccagtgcctgcacagtgttcatttatttag 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292112 ttaagcagaataagcatagttttatcgatgaatttgtcaatattcacactttgacattgacagaattgatccagtgcctgcacagtgttcatttatttag 29292211  T
Q  617 gattacagccttcaaaccagaattgccatataaaggagataaatgatctaccattgatttcaaatatacctttaagatgacataacttgtcaagtggtct 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292212 gattacagccttcaaaccagaattgccatataaaggagataaatgatctaccattgatttcaaatatacctttaagatgacataacttgtcaagtggtct 29292311  T
Q  717 gt 718  Q
    ||    
T  29292312 gt 29292313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University