View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12194_low_1 (Length: 1045)

Name: NF12194_low_1
Description: NF12194
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12194_low_1
NF12194_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (23-1035)||(52890501-52891515)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 938; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 938; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 52891515 - 52890501
Alignment:
Q  23 gagcaaaggtgtgtggaggtggttccgacggaaacaagattgaacgtgctggagaagtgctttgtggctgagctttcatatcacagggaggcaaagtcag 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52891515 gagcaaaggtgtgtggaggtggttccgacggaaacaagattgaaggtgctggagaagtgctttgtggctgagctttcatatcacagggaggcaaagtcag 52891416  T
Q  123 tgcaaaatagcttagtgatggaagggattaagaatgttagggtgacaactatgggtgataatctggtgctactgcaagtcgaggatccggtgcgattcga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52891415 tgcaaaatagcttagtgatggaagggattaagaatgttagggtgacaactatgggtgataatctggtgctactgcaagtggaggatccggtgcgattcga 52891316  T
Q  223 actagataggaaggaacatgggcagtggtggtcagttgtgtttaaggatattaagagatggtctccacaattggtggctagtagaagaagggtttggctg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52891315 actagataggaaggaacatgggcagtggtggtcagttgtgtttaaggatattaagagatggtctccacaattggtggctagtagaagaagggtttggctg 52891216  T
Q  323 aaagtgtatggaatttccatgcacatgtgggaggaaggcttcttcaagcagatatgatcnnnnnnnggggagtttatggactttgacgaggatacggtta 422  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52891215 aaagtgtatggaatttctatgcacatgtgggaggaaggcttcttcaagcagatatgatctttttttggggagtttatggactttgacgaggatacggtta 52891116  T
Q  423 cgttgcacagctgtatgtcaaggattctggttcgcacggcaaggctggggattatcaatgaatttctcaaaataaatgtgatgagggcggtttttggcct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52891115 cgttgcacagctgtatgtcaaggattctggttcgcacggcaaggctggggattatcaatgaatttctcaaaataaatgtgatgggggcggtttttggcct 52891016  T
Q  523 atgggtggtggcg-aaggggtggccctgaagattaatttaacagcagcatcggtgggaccaggatgggaagaggcgtcgtcggcatcttctcacggcgga 621  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52891015 atgggtggtggaggaaggggtggccctgaagattaatttaacagcagcatcggtgggaccaggatgggaagaggcgtcgtcggcatcttctcacggcgga 52890916  T
Q  622 gatatgtttcaacatgacaaggtgttttcggaggatgggggtgacgaaagtcctaatcccgtggactctattcggctaggtgtggcatgtggtaatacta 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52890915 gatatgtttcaacatgacaaggtgttttcggaggatgggggtgacgaaagtcctagtcccgtggactctattcggctaggtgtggcatgtggtaatacca 52890816  T
Q  722 ggctagaagtggagttaatgttgaagagacaaaaggatatacaaggtgaagcttttggagaatgtcagaatatagtgaccccactgggggaaagtttttc 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890815 ggctagaagtggagttaatgttgaagagacaaaaggatatacaaggtgaagcttttggagaatgtcagaatatagtgaccccactgggggaaagtttttc 52890716  T
Q  822 aaatgatctaatgggtatgtgacatgtggcaaaggaggggacaatggatgacgcgacgtttgggagagcggatcaggatgaggctttagcagagaa-ggg 920  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52890715 aaatgatctaatgggtatatgacatgtggcaaaggaggggacaatggatgacgtgacgtttgggagagcggatcaggatgaggctttagcagagaagggg 52890616  T
Q  921 tcaggaattggggaggggaacgtggaggctgtggaggggtcagaggagagaaataagcggctggggacaggtgaaggggagagtcaacgggaggatgtag 1020  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890615 tcaggaattggggaggggaacgtggaggctgtggaggggtcagaggagagaaataagcggctggggacaggtgaaggggagagtcaacgggaggatgtag 52890516  T
Q  1021 ttggcccacaggttc 1035  Q
     ||||||||||||||    
T  52890515 gtggcccacaggttc 52890501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University