View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12194_low_3 (Length: 742)

Name: NF12194_low_3
Description: NF12194
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12194_low_3
NF12194_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-734)||(27774038-27774771)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 730; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 730; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 27774771 - 27774038
Alignment:
Q  1 ctgctactcctgcaaccaatgatggccagactaatgcagcttctggttctagtagcaaagttggttcagtcaggggatcagaccccacagattttaggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774771 ctgctactcctgcaaccaatgatggccagactaatgcagcttctggttctagtagcaaagttggttcagtcaggggatcagaccccacagattttaggag 27774672  T
Q  101 tggctattcttctagctcacgaggtgcaatgtcatttgctgctgctgctatggctggactgggatctgccaatagcagaggaatcagagggggaagagac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774671 tggctattcttctagctcacgaggtgcaatgtcatttgctgctgctgctatggctggacttggatctgccaatagcagaggaatcagagggggaagagac 27774572  T
Q  201 cggcacgggcgtcccttgtttggtagttctaatgatcctccaaagttaatattcactgctggtgggaaacaattgaacagacagttgactatttatcaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774571 cggcacgggcgtcccttgtttggtagttctaatgatcctccaaagttaatattcactgctggtgggaaacaattgaacagacagttgactatttatcaag 27774472  T
Q  301 cagttcaaagacagcttgtacaagatgacgatgatgatgagagatttgctggcagtgactttgtgtcgaatgatggaagcaggatgtggggcgacatttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774471 cagttcaaagacagcttgtacaagatgacgatgatgatgagagatttgctggcagtgactttgtgtcgaatgatggaagcaggatgtggggcgacatttt 27774372  T
Q  401 cacaatcacttatcagaaggcagatggccaaacagatagggcttccccaggaggcgcaagttctaacacttcaaaatctagtaaatctgggtctgcatca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774371 cacaatcacttatcagaaggcagatggccaaacagatagggcttccccaggaggcgcaagttctaacacttcaaaatctagtaaatctgggtctgcatca 27774272  T
Q  501 aattccagttctgaagtcaagctgcatcagacatctgtagtagatagtatcttgcaaggagaattgccttgtgagctggagaaatctaatcccacatacg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774271 aattccagttctgaagtcaagctgcatcagacatctgtagtagatagtatcttgcaaggagaattgccttgtgagctggagaaatctaatcccacatacg 27774172  T
Q  601 atatattggctctactccgtgtactcgagggtttgaaccagcttgcacctcgtttgagggcccaagtggctactgatggctttgccgagggtaaactttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774171 atatattggctctactccgtgtactcgagggtttgaaccagcttgcacctcgtttgagggcccaagtggctactgatggctttgccgagggtaaactttt 27774072  T
Q  701 ggatttagatgagctagtcgttgccacaggttct 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27774071 ggatttagatgagctagtcgttgccacaggttct 27774038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University