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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12200_low_1 (Length: 994)
Name: NF12200_low_1
Description: NF12200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12200_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 386 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 40334501 - 40333914
Alignment:
| Q |
386 |
gaaacattcataatctgctctaacgtaatgcttagtggataagccaagcctaatatcaaactttaacggtacatcctaatttaggaaaagaaagagtgtt |
485 |
Q |
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| T |
40334501 |
gaaacattcataatctgctctaacgtaatgcttagtggataagccaagcctaatatcaaactttaacggtacatcctaatttaggaaaagaaagagtgtt |
40334402 |
T |
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| Q |
486 |
gatatcgaaatcaatttaaattaaaacgtaaattgatccaaagtcgaaaacctaacaaaatatattatcaaatatttttggatctcgctttatgaaaacc |
585 |
Q |
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| T |
40334401 |
gatatcgaaatcaatttaaattaaaacgtaaattgatccaaagtcgaaaacctaacaaaatatattatcaaatatttttggatctcgctttatgaaaacc |
40334302 |
T |
|
| Q |
586 |
gatcgatttatatcatatttcatattagtttgttcaaagttaaattaaaacgattttatttaacacnnnnnnnaagggagattttatgtaatacttattt |
685 |
Q |
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| T |
40334301 |
gatcgagttatatcatattttatattagtttgttcaaagttaaattaaaacgattttatttaacactttttttaagggagattttatgtaatacttattt |
40334202 |
T |
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| Q |
686 |
ttgttattagagtaagaagaattgcactaatannnnnnnnacaatacttcttagttttttgcttcaaagtatactataaccgcaccacaaacaagtttga |
785 |
Q |
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| T |
40334201 |
ttgttattagagtaagaagaattgcactaatattttttttacaatacttcttagttttttgcttcaaagtatactataaccgcaccacaaacaagtttga |
40334102 |
T |
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| Q |
786 |
atccccacaagtagttgagagtccattttcaaatgaaaaagaaataaagatcattttctttctaaggaggatctttataaatatatgaggatccaaactc |
885 |
Q |
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| T |
40334101 |
atccccacaagtagttgagagtccattttcaaatgaaaaagaaataaagatcattttctttctaaggaggatctttataaatatatgaggatccaaactc |
40334002 |
T |
|
| Q |
886 |
atctcataattgtctaacaaattgtctattcaaacatgcacttattatatttagaaatttgaaaatcactacaaatcatcctcatgca |
973 |
Q |
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| T |
40334001 |
atctcacaattatctaacaaatcgtctattcaaacatgcacttattatatttagaaatttgaaaatcactacaaatcatcctcatgca |
40333914 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 40334849 - 40334487
Alignment:
| Q |
1 |
cactagacaaccgtacactttagctaatacatgaaagtgcatatcataattttttgtccattgataactacgtgcactgcacgatggattggatatgaag |
100 |
Q |
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| T |
40334849 |
cactagacaaccgtacactttagctaatacatgaaagtgcatatcataattttttgtccattgataactacgtgcactgcacgatggattggatatgaag |
40334750 |
T |
|
| Q |
101 |
gtggagaccacttttattcacaataatgtcaagctagctagtatttgcagtgaatgcattaggatagaaactctcaattctttgtcatttatgcattagg |
200 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
40334749 |
gtggagaccacttttattcacaataatgtcaagctagctagtatttgcagtgaatgcattaggatagaaactctcaattctttgtcatttatgcattagg |
40334650 |
T |
|
| Q |
201 |
atagaaataatgtcctttgatttattttattttattgaatctatatgcttcgaaaattatttctttacaaataagaaacaatttatccaatgcataaatg |
300 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40334649 |
atagaaataatgtcctttgatttattttattttattgaatctatatgcttcgaaaattatttcttcacaaataagaaacaatttatccaatgcataaatg |
40334550 |
T |
|
| Q |
301 |
gttgagacttgagagttcacatgctcactacctttaataaaagcaagtatccgtagaaacattcataatc |
370 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40334549 |
gtt-------gagagttcacatgctcactacctttaataaaagcaagtatccgtagaaacattcataatc |
40334487 |
T |
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