View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12204_low_3 (Length: 528)

Name: NF12204_low_3
Description: NF12204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12204_low_3
NF12204_low_3
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (12-508)||(35914419-35914915)
chr3 (12-506)||(35909981-35910478)
chr3 (14-506)||(35939766-35940254)
chr3 (19-506)||(35920795-35921285)
chr3 (12-506)||(35934198-35934691)
chr3 (12-506)||(35927372-35927878)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (80-241)||(21285096-21285260)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 508
Target Start/End: Original strand, 35914419 - 35914915
Alignment:
Q  12 gaacctgtggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtc 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35914419 gaacctctggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaagtcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtc 35914518  T
Q  112 atgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttttcagaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35914519 atgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttttcagaa 35914618  T
Q  212 gtgaagtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaacctgtggcatcat 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35914619 gtgaagtcacaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccccttaaacctgtggcatcat 35914718  T
Q  312 caatccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaag 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35914719 caatccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagataatgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaag 35914818  T
Q  412 tttgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcggaacatagt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35914819 tttgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtcgatgcaagctgcggaacatagt 35914915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 12 - 506
Target Start/End: Original strand, 35909981 - 35910478
Alignment:
Q  12 gaacctgtggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtc 111  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  35909981 gaacctctggtctatttagataggcagaaccataataatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtc 35910080  T
Q  112 atgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcatt---gatacaaattgatgaaacgttttca 208  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||||||  ||||| ||||   ||||||||||| |||||| ||||||    
T  35910081 atgacacaatggagcatagatgttatataagtctatctttccatgttcaaagaaggcctttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttca 35910180  T
Q  209 gaagtgaagtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaacctgtggcat 308  Q
    | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  35910181 gtagtgaagtcacagtacttctcaatcaactcatgagtttgatctgagttcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcat 35910280  T
Q  309 catcaatccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttca 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  | |||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||  || ||||||      
T  35910281 catcaatccaagcattccctatctgaaattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttg 35910380  T
Q  409 aagtttgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcggaacata 506  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||    
T  35910381 aagttggaaaatcatacagaaatgcctttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacata 35910478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 14 - 506
Target Start/End: Original strand, 35939766 - 35940254
Alignment:
Q  14 acctgtggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtcat 113  Q
    |||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |    
T  35939766 acctctggtctatttagataggcagtgccatagtaatcagaacaagggtcaagatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagtagagtcgt 35939865  T
Q  114 gacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttttcagaagt 213  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  | || | |||   |||||||| ||||||||| ||||   ||||    |||    
T  35939866 gacataatggagcatagatgttaaaggagtctatctttcctttctcaatcatggacatattcattgcattggtacaaattgctgaataattttgtttagt 35939965  T
Q  214 gaagtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaacctgtggcatcatca 313  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  35939966 gaagtcacagtacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaaagcatgagtccacaagttatcatataacccctttaaacttgtagcatcatca 35940065  T
Q  314 atccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaagtt 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||   || ||||||||| |||||| |||  | ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  35940066 atccaagcattccctaactgaaattttgta-tgtacagata---atgaagttagatatatgagattgtgatttatattgcattattagtcttttgaagtt 35940161  T
Q  414 tgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcggaacata 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||    
T  35940162 tgatcaacatacagaaatgcctttgaggttaataatggtgttcttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacata 35940254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 506
Target Start/End: Original strand, 35920795 - 35921285
Alignment:
Q  19 tggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagtt---gagccatttttgagagaagagtcatga 115  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    || |||||||| |||||||||||||||    
T  35920795 tggtctatttagataggcagtaacatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattgcttacgtaaccagtactagaaccatttttcagagaagagtcatga 35920894  T
Q  116 catagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttttcagaagtga 215  Q
    || | ||| |||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |||||   |||||    
T  35920895 cacaatggcgcatggatgttatagatgtctatctttcctgtctcaacgaaggccttatcagttgcattgttacaaattgctgaaacattttctttagtga 35920994  T
Q  216 agtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaacctgtggcatcatcaat 315  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | || |||| ||| ||||||||||   || |||||||||||    
T  35920995 agtcacagtacttctcaatcaactcatgagtttgatctgagtttaaagcatgagtccacaagttatcatatatcccctttaaattcgtcgcatcatcaat 35921094  T
Q  316 ccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaagtttg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| | || |  ||||| ||||||| |||  ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  35921095 ccaagcattccctatctgaaatttttttaagtatagataataatgagattagaattatgagattgcgagttatatttcattattagtcattcgaagtttg 35921194  T
Q  416 aacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcggaacata 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| || ||||||||    
T  35921195 aacaacatacagaaatgcctttgaggttaataatggtgttgttatagagtttattgttgtaaagaatagtggatgcaagttgaggaacata 35921285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 506
Target Start/End: Original strand, 35934198 - 35934691
Alignment:
Q  12 gaacctgtggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtc 111  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  35934198 gaacctctggtctatttagataggcaataccatagttatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgaaccatttttcagagaagagtc 35934297  T
Q  112 atgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttttcagaa 211  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||   ||||    |    
T  35934298 atgacacaatggcgcatagatgttatagaagtctatctttcctttctcaatgaaggcccaatctgttacattgatacaaattgttgaataattttgttta 35934397  T
Q  212 gtgaagtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaacctgtggcatcat 311  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||| |||||||    
T  35934398 gtgaagtcacagtacttctcaatcaactcatgagtttgatctgagttcaaagcatgagtccagaagtaatcaaataaccccttgtcacctgtagcatcat 35934497  T
Q  312 caatccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaag 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |  ||| | ||| | || ||||||| | |||| | | |  ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  35934498 caatccaagcattccctatctgaaaaatttga-agtacaaataatcatgaagttagttatatgtgatagtgagttatattgcattattagtcttttgaag 35934596  T
Q  412 tttgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcggaacata 506  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||| || ||||||||    
T  35934597 attgatcaacatacagatatgcctttgaggttaatgatggttttgttatagagtttatggtggtgaagaatagtggatgcaagttgaggaacata 35934691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 506
Target Start/End: Original strand, 35927372 - 35927878
Alignment:
Q  12 gaacctgtggtgtatttagataggcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtc 111  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  35927372 gaacctctggtctatttaaataggcaatgccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcaaagaagagtc 35927471  T
Q  112 atgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcattgatacaaattgatgaaacgttt------ 205  Q
     ||||| | |||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||  | | ||| ||| |||| ||||| | || |||| ||||   |||          
T  35927472 gtgacacaatggagcgtagatgttatagaaatctatctttcctttctcagtgtaagccctatctgttacattgttgcatattgctgaagtatttccacta 35927571  T
Q  206 ------tcagaagtgaagtcgcaatacttctcaatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccctttaaac 299  Q
          |||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  35927572 gtgaagtcaacagtgaagtcacagtacttctcaatcaactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaagtaatcaaataaccccttcaaac 35927671  T
Q  300 ctgtggcatcatcaatccaagcattccctatctgaaattttttattgtaaagatattgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattatt 399  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||  ||    
T  35927672 ttgtggcatcatcaatccaagcattccctatctgaaattttttaaagtaaagataataataaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatactt 35927771  T
Q  400 agtctttcaaagtttgaacaacatacagaaatgcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtccatgcaagctgcg 499  Q
     ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |    
T  35927772 ggtcttttgaagtttgaagaacatacagaaatgcctttgaggttaataacagtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtcgatgcaagttgag 35927871  T
Q  500 gaacata 506  Q
    |||||||    
T  35927872 gaacata 35927878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 6e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 80 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21285260 - 21285096
Alignment:
Q  80 taaccagttgagccatttttgagagaagagtcatgacatagtggagcatagatgttataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttg 179  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||  ||||||||  |||||     
T  21285260 taaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatataagtctatctttccatgttcaaacaaggcctttagtgtta 21285161  T
Q  180 c---attgatacaaattgatgaaacgttttcagaagtgaagtcgcaatacttctcaatcaactca 241  Q
    |   |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  21285160 cattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagccacagtacttctcaatcaactca 21285096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University